База данных «Регуляторные районы генов прокариот (ПрокаТ-ЭКС)/Regulatory Gene Regions in Prokaryote (ProkaTEX)»

АВТОРЫ

Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Поплавский А.С., Наумочкин А.Н., Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А.

ХАРАКТЕРИСТИКА

База данных "ProkaTEX" предназначена для накопления экспериментальных данных по структуре регуляторных районов генов у различных видов бактерий, а также данных по экспрес-сии генов в зависимости от стадии роста бактериальной культуры, источников питания и дыхания, различных внешних воздействий и т.д. Формат базы "ProkaTEX" отражает особенности организа-ции и функционирования бактериальных геномов. Единицей входа в базу является ген. Источни-ком информации для базы является аннотация научных публикаций. 

ТЕХНИКО-ЭКОНОМИЧЕСКИЕ ПРЕИМУЩЕСТВА

Формат базы "ProkaTEX" адаптирован для описания генов прокариот и содержит ком-плексную, экспериментально подтвержденную, информацию о механизмах регуляции экспрессии бактериальных генов, что отличает базу "ProkaTEX" от других баз данного направления. Как пра-вило, другие базы накапливают информацию по отдельным аспектам структурно-функциональной организации регуляторных районов (EcoCyc, Regolon, Prodoric) и наряду с экспериментально под-твержденными данными, внесенными на основании анализа научных статей, содержат результаты компьютерного анализа геномных последовательностей (Prodoric, Regolon,), а также информацию, экстрагированную из других баз данных (EcoCyc).

ОБЛАСТИ ПРИМЕНЕНИЯ

Комплексное описание регуляции транскрипции генов прокариот, представленное в базе "ProkaTEX", является основой для решения большого числа актуальных задач биоинформатики и представляет интерес для широкого круга исследователей, занимающихся разными аспектами мо-лекулярной генетики.

УРОВЕНЬ ПРАКТИЧЕСКОЙ РЕАЛИЗАЦИИ

База данных реализована в среде SRS (Sequence Retrieval System), имеет стандартный web-интерфейс, который позволяет вести поиск с использованием комбинаций условий на значения полей в различных таблицах базы данных. В настоящий момент база содержит информацию о бо-лее чем 500 генах прокариот, механизмы регуляции которых реализуются через функционирова-ние более 900 промоторов и 1800 сайтов связывания транскрипционных факторов.

ПАТЕНТНАЯ ЗАЩИТА

Получено свидетельство об официальной регистрации № 2006620257.

КОММЕРЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ

Лицензионное соглашение.

ОРИЕНТИРОВОЧНАЯ СТОИМОСТЬ

Не рассчитывалась.

КОНТАКТНАЯ ИНФОРМАЦИЯ

Колчанов Николай Александрович
Зам.директора Института, член-корр.РАН
Институт цитологии и генетики СО РАН,
Просп.академика Лаврентьева,10, г.Новосибирск 630090
Email: kol@bionet.nsc.ru
WWW: http://www.bionet.nsc.ru