2012 год

Сведения о тематике научных исследований

(отечественные и зарубежные гранты, федеральные целевые,
ведомственные и региональные программы, программы РАН и СО РАН)

 

ГРАНТЫ РФФИ

 

Инициативные проекты

п/п

Номер

проекта

Название проекта

Руководитель

Дата

начала – окончания

1

10-01-00717-а

Симметрия и хаос в генных сетях

Лихошвай В.А.

2010–2012

2

10-04-00008-а

Сравнительный иммуно-флюоресцентный анализ рекомбинационных характеристик геномов млекопитающих

Бородин П.М.

2010–2012

3

10-04-00075-а

Цитогенетическая диссекция цитокинеза
в генеративных тканях Drosophila melanogaster

Федорова С.А.

2010–2012

4

10-04-00083-а

Психопатология повторного опыта агрес­сии: Постдепривационные последствия

Кудрявцева Н.Н.

2010–2012

5

10-04-00121-а

Изучение генетического контроля когни­тивных функций человека с помощью сканирования генома

Зоркольцева И.В.

2010–2012

6

10-04-00133-а

Биология теломер млекопитающих: осо­бенности морфофункциональной органи­зации теломер бурозубок

Жданова Н.С.

2010–2012

7

10-04-00172-а

Молекулярные механизмы регуляции метаболизма ювенильного гормона в процессе размножения насекомых (модель Drosophila)

Раушенбах И.Ю.

2010–2012

8

10-04-00230-а

Генетический анализ репродуктивной изоляции вследствие ядерно-цитоплазма­тической несовместимости в отдаленных скрещиваниях в роде горох ( Pisum L.)

Богданова В.С.

2010–2012

9

10-04-00331-а

Исследование роли эстрадиола в регуляции чувствительности к инсулину у мышей со сниженной активностью меланокортиновой системы гипоталамуса

Яковлева Т.В.

2010–2012

10

10-04-00439-а

Изучение микроспорогенеза у амфигапло­идов ABDR (2n = 28), полученных с использованием пшенично-ржаных дисомно замещенных линий (2 n = 42)

Силкова О.Г.

2010–2012

11

10-04-00462-а

Экспериментально-теоретическое иссле­дование связанных с различными заболе­ваниями полиморфизмов ТАТА-боксов и их ближайшего окружения в промоторах генов человека

Меркулова Т.И.

2010–2012

12

10-04-00616-а

Молекулярно-генетические и физиологи­ческие механизмы кататонических реакций: экспериментальное исследование на крысах линии ГК (генетическая кататония)

Алехина Т.А.

2010–2012

13

10-04-00661-а

Изучение признаков, определяющих устойчивость к биотическим и абиотичес­ким стрессам, продуктивность и межвидо­вые различия у гексаплоидных пшениц рода Triticum L. при направленном замеще­нии отдельных хромосом

Ефремова Т.Т.

2010–2012

14

10-04-00697-а

Агамоспермия – новый подход к созданию исходного материала для селекции сахарной свеклы (Beta vulgaris L.)

Малецкий С.И.

2010–2012

15

10-04-00899-а

Идентификация видов и изучение эволю­ции геномов с помощью молекулярных маркеров (на примере видов рода Chironomus)

Гундерина Л.И.

2010–2012

16

10-04-00903-а

Ранние стадии перепрограммирования родительских геномов в гибридных клетках, получаемых слиянием эмбрио­нальных стволовых и соматических клеток разной плоидности

Матвеева Н.М.

2010–2012

17

10-04-01011-а

Идентификация генов-мишеней транскрип­ционных факторов, участвующих в контро­ле развития глаза дрозофилы

Баричева Э.М.

2010–2012

18

10-04-01280-а

Клеточные и молекулярные механизмы регуляции метаболизма гиалуронана
в почке млекопитающих и его участие
в реализации гидроосмотического эффекта вазопрессина

Иванова Л.Н.

2010–2012

19

10-04-01310-а

Математическое и компьютерное моде­лирование коэволюции сообществ трофи­чески связанных организмов

Матушкин Ю.Г.

2010–2012

20

10-04-01358-а

Выявление механизма глюкокортикоидной регуляции экспрессии тирозингидроксила­зы в развивающемся головном мозге

Калинина Т.С.

2010–2012

21

10-04-01426-а

Исследование 3-мерной организации и функциональной динамики наноструктур интерфазного ядра

Киселева Е.В.

2010–2012

22

10-04-01469-а

Исследование структурных механизмов реорганизации клеток и роли ядра и цито­плазмы в процессе репрограммирования эмбриональных стволовых и дифференци­рованных клеток

Морозова К.Н.

2010–2012

23

11-04-00098-а

Поиск генов, контролирующих уровень фосфо- и сфинголипидов в плазме крови

Аксенович Т.И.

2011–2013

24

11-04-00178-а

Структурная организация и эволюция генов хромосомы 5B, контролирующих развитие пшеницы и ее гибридов

Салина Е.А.

2011–2013

25

11-04-00205-а

Влияние нейротрофических факторов BDNF и GDNF на серотониновую систему мозга и генетически детерминированные формы поведения

Попова Н.К.

2011–2013

26

11-04-00210-а

Норадренергические механизмы мозга, симпатоадреналовая система и артериаль­ная гипертония: генетико физиологическое исследование на гипертензивных крысах линии НИСАГ (ISIAH)

Маркель А.Л.

2011–2013

27

11-04-00266-а

Интерлейкин-6 в регуляции контролируе­мого серотонином поведения

Куликов А.В.

2011–2013

28

11-04-00375-а

Исследование эффектов кортикотропина на экспрессию нейроэндокринных регулято­ров активности мужской половой системы в раннем постнатальном онтогенезе

Дыгало Н.Н.

2011–2013

29

11-04-00414-а

Сигнальные эффекты низкомолекулярных летучих соединений и перспективы неин­вазивной диагностики

Мошкин М.П.

2011–2013

30

11-04-00545-а

Роль ядерных рецепторов в механизмах чувствительности и резистентности к гепа­токанцерогенезу

Ильницкая С.И.

2011–2013

31

11-04-00574-а

Молекулярно-генетические механизмы формирования признаков окраски у пшеницы

Хлесткина Е.К.

2011–2013

32

11-04-00653-а

Исследование функции гипоталамо-гипо­физарно-надпочечниковой системы, пове­дения и последствий стресса в адолесцен­тном периоде у крыс разных генотипов

Оськина И.Н.

2011–2013

33

11-04-00666-а

Выявление генетических детерминант преждевременного старения крыс OXYS

Колосова Н.Г.

2011–2013

34

11-04-00695-а

Изучение молекулярных механизмов быстрых негеномных эффектов альдосте­рона в собирательных трубках почки крысы в постнатальном онтогенезе

Логвиненко Н.С.

2011–2013

35

11-04-00739-а

Ранние стадии индукции плюрипотентности в фибробластах человека и мыши под дей­ствием экзогенных белковых транскрипци­онных факторов: Oct4, Nanog, Sox2 и c-Myc

Серов О.Л.

2011–2013

36

11-04-00799-а

Регуляция инактивации Х-хромосомы у грызунов

Шевченко А.И.

2011–2013

37

11-04-00806-а

Анализ изменчивости последовательностей митохондриальной и хлоропластной ДНК в процессе коадаптации ядерных и цитоплаз­матических геномов при интрогрессивной гибридизации мягкой пшеницы и при ускоренном получении гомозиготных рекомбинантных линий в культуре пыль­ников

Першина Л.А.

2011–2013

38

11-04-00847-а

Репрограммирование дифференцирован­ных соматических клеток человека к плю­рипотентному состоянию

Закиян С.М.

2011–2013

39

11-04-01192-а

Выявление причин и механизмов межкле­точного перемещения хроматина в мате­ринских клетках пыльцы у трансгенных растений табака

Дейнеко Е.В.

2011–2013

40

11-04-01206-а

Изучение связи полиморфизма генов неспецифического иммунного ответа с предрасположенностью человека к заболе­ваниям, вызываемым флавивирусами

Ромащенко А.Г.

2011–2013

41

11-04-01221-а

Изучение молекулярно-генетического контроля наследуемых форм нейросенсор­ной тугоухости/глухоты и анализ их рас­пространенности в популяциях Сибири

Посух О.Л.

2011–2013

42

11-04-01254-а

Экспериментально-теоретическое изучение молекулярно-генетических механизмов распределения ауксина в корне растений

Миронова В.В.

2011–2013

43

11-04-01333-а

Экспериментально-компьютерное исследо­вание механизмов метаболизма ксенобио­тиков у печеночных сосальщиков семейства Opisthorchiidae

Пахарукова М.Ю.

2011–2012

44

11-04-01748-а

Компьютерный анализ и моделирование процессов развития апикальной меристемы побега

Колчанов Н.А.

2011–2013

45

11-04-01771-а

Изучение адаптации протеомов микроорга­низмов к повышенным давлениям внешней среды методами биоинформатики

Афонников Д.А.

2011–2013

46

11-04-01888-а

Компьютерное исследование молекуляр­ных механизмов регуляции транскрипции
с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК и иммунопреципита­ции хроматина (ChIP-seq) в геноме раковых клеток

Орлов Ю.Л.

2011–2012

47

11-04-01956-а

Исследование влияния эмоционального стресса на развитие генетическидетерми­нированного диабета 2 типа у мышей с мутацией Ау

Бажан Н.М.

2011–2013

48

12-04-00065-а

Взаимодействия инсулиноподобных факто­ров роста со стресс-связанными гормонами насекомых в контроле приспособленности

Грунтенко Н.Е.

2012–2014

49

12-04-00082-а

Исследование роли 5-НТ7 рецепторов и их взаимодействий с 5-НТ1А и 5-НТ3 рецеп­торами в регуляции тревожности, агрессив­ного и депрессивноподобного поведения

Науменко В.С.

2012–2014

50

12-04-00091-а

Исследование метаболизма мелатонина
при преждевременном старении и его про­филактике

Стефанова Н.А.

2012–2014

51

12-04-00110-а

Моделирование и изучение свойств искус­ственных вариантов фактор некроза опухо­лей-связывающего белка ортопоксвирусов

Щелкунов С.Н.

2012–2014

52

12-04-00185-а

Исследование феномена эпигенетической памяти при репрограммировании сомати­ческих клеток человека к плюрипотент­ному состоянию

Дементьева Е.В.

2012–2014

53

12-04-00205-а

Функциональная организация гормональной рецепции в тканях-мишенях вазопрессина

Хегай И.И.

2012–2014

54

12-04-00208-а

Поиск подходов к коррекции мутантного фенотипа крыс Браттлборо с наследствен­ным несахарным диабетом посредством применения плюрипотентных клеток с ис­кусственно исправленным генотипом

Медведев С.П.

2012–2014

55

12-04-00369-а

Роль трансмембранного транспорта ионов
в механизме поддержания объема главных клеток собирательных трубок почки в условиях водного диуреза

Батурина Г.С.

2012–2014

56

12-04-00370-а

Исследование регуляции вазопрессином функции водных каналов главных клеток эпителия собирательных трубок почки млекопитающих

Соленов Е.И.

2012–2014

57

12-04-00494-а

Исследование нейробиологических меха­низмов генетической предрасположеннос­ти к агрессии

Плюснина И.З., Гербек Ю.Э.

2012–2014

58

12-04-00549-а

Роль BDNF и ERK/MAPK пути трансдук­ции сигнала в генетическом и эпигенети­ческом контроле репродуктивной функции самцов крыс

Тихонова М.А.

2012–2014

59

12-04-00897-а

Изучение структурно-функциональной организации генов, участвующих в регуля­ции развития соцветия мягкой пшеницы
(T. aestivum L.) и ее сородичей

Добро-

вольская О.Б.

2012–2014

60

12-04-00954-а

Характеристика влияния двухцепочечной фрагментированной ДНК на продукцию цитокинов иммунокомпетентными клетка­ми человека и поиск молекулярных путей этого воздействия

Орищенко К. Е.

2012–2013

61

12-04-01069-а

Влияние глюкокортикоидов и гипоксии
на экспрессию ключевых белков апо­птоза и нейропластичности в формиру­ющемся головном мозге

Булыгина В.В.

2012–2014

62

12-04-01099-а

Молекулярно-генетическое исследова­ние гена Q, контролирующего основ­ные признаки пшениц, связанные с доместикацией

Гончаров Н.П.

2012–2013

63

12-04-01102-а

Механизмы действия стресса на экс­пресссию белков апоптоза в мозге в связи с развитием индуцируемого стрессом депрессивноподобного состояния: роль глюкокортикоидных и минералокортикоидных рецепторов

Шишкина Г.Т.

2012–2014

64

12-04-01319-а

Динамичность генофондов, генетичес­кая и фенотипическая изменчивость популяций

Захаров И.К.

2012–2014

65

12-04-01478-а

Влияние повышенного уровня рибо­нуклеазы III и экстраклеточной рибо­нуклеазы растительного происхожде­ния на устойчивость растений к фито­патогенным вирусам

Трифонова Е.А.

2012–2014

66

12-04-01495-а

Окислительный стресс и мутагенез митохондриальной ДНК соматических клеток при преждевременном старении и патологиях

Синицина О.И.

2012–2014

67

12-04-01588-а

Экспрессия генов медиаторных систем мозга у серых крыс и изменение поведе­ния в условиях экспериментальной доместикации

Трут Л.Н.

2012–2014

68

12-04-01656-а

Исследование генетико-физиологичес­ких механизмов краткосрочных и долгосрочных эффектов этанола у мышей, различающихся по предраспо­ложенности к депрессивноподобному поведению

Базовкина Д.В.

2012–2014

69

12-04-01736-а

Изучение влияния диоксина на регуля­цию экспрессии генов цитокинов, синтезируемых активированным макрофагом

Ощепков Д.Ю.

2012–2014

70

12-07-00671-а

Разработка программного комплекса для моделирования эволюционных и популяционно-генетических процессов в популяциях диплоидных организмов

Лашин С.А.

2012–2014

71

12-04-91322-СИГ_а

Роль генетических взаимодействий в контроле метаболома человека

Аульченко Ю.С.

2012–2014

 

Конкурс ориентированных фундаментальных исследований

по актуальным междисциплинарным темам

 

№ п/п

Номер проекта

Название проекта

Годы

Ответственный исполнитель

1

11-04-12093-офи-м-2011

Изучение эффектов воздействия терагерцового излучения на живые объекты разного уровня организации

2011–2012

Пельтек С.Е.

2

11-06-12006-офи-м-2011

Реконструкция процессов антропогенеза: анализ митохон­дриальных геномов представи­телей древнего и современного населения Сибири

2011–2012

Колчанов Н.А.

 

 

Конкурс совместных российско-индийских исследовательских проектов

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

11-04-92707-ИНД_а

Идентификация и функциональ­ный анализ генов-кандидатов, свя­занных с задержкой пожелтения листьев и фиолетовой окраской зерна у пшеницы

2011–2012

Хлесткина Е.К.

11-04-92712-ИНД_а

Выявление и анализ особенностей аминокислотных последователь­ностей нейраминидазы и гемаг­глютинина вируса гриппа челове­ка, определяющих их адгезивные свойства

2011–2012

Афонников Д.А.

 

Международный конкурс российско-украинских проектов

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

11-04-90437-Укр_ф_а

Молекулярно-генетический анализ полиморфизма генов, контролиру­ющих рост, развитие и чувстви­тельность к фотопериоду среди российских и украинских сортов мягкой пшеницы

2011–2012

Салина Е.А.

11-04-90490-Укр_ф_а

Исследование генетической изменчивости печеночных сосаль­щиков семейства Opisthorchiidae в природных очагах описторхидозов Российской Федерации и Украины

2011–2012

Мордвинов В.А.

 

Международный конкурс российско-белорусских проектов

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

12-04-90000-Бел_а

Гибриды с цитоплазматической мужской стерильностью как исходный материал для селекции сахарной свеклы (Beta vulgaris L.)

2012 – 2013

Малецкий С.И.

12-04-90010-Бел_а

Влияние чужеродных интрогрессий в гено­ме мягкой пшеницы (T. aestivum L.) на про­явление хозяйственно ценных признаков
и устойчивость к биотическим стрессам

2012 – 2013

Салина Е.А.

Организация российских и международных
научных мероприятий на территории России

п/п

Номер проекта

Название проекта

Руководитель

Дата начала – окончания

1

12-04-06037-г

Организация и проведение Восьмой Меж­дународной конференции «Биоинформа­тика регуляции и структуры генома/сис­темная биология» (8th International Confe­rence on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology, ВGRS\SB-2012) и Международной школы молодых ученых «Биоинформатика и сис­темная биология»

Колчанов Н.А.

2012–2012

Совместные российско-французские и российско-тайваньские исследовательские проекты

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

11-04-91397-НИСИ_а

Формирование билатеральной симметрии в зародышах двудоль­ных растений

2011–2012

Колчанов Н.А.

11-04-92009-ННС_а

Нейродегенеративные изменения и нарушения поведения, обуслов­ленные старением: исследование протекторных возможностей диосгенина

2011–2013

Амстиславская Т.Г.

Конкурс на получение доступа
к электронным научным информационным ресурсам зарубежных издательств

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

11-00-14224-ир

Получение доступа к научным информацион­ным ресурсам зарубежных издательств

2011–2012

Колчанов Н.А.

 

Участие российских ученых
в международных мероприятиях за рубежом

№ п/п

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

1

12-04-90729-моб_ст

Научная работа Батуевой Марины Дашидоржиевны из Института общей и экспериментальной биологии СО РАН, г. Улан-Удэ, в Институте цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск. Определение нуклеотидных последова­тельностей 5׳-концевого участка 18S р РНК миксоспоридии Henneguya cere­bralis и таксономического статуса в филогенетическом дереве данного вида среди представителей рода Henneguya

2012–2012

Катохин А.В.

2

12-04-90731-моб_ст

Научная работа Кутырева Ивана Александровича из Института общей и экспериментальной биологии СО РАН, г. Улан-Удэ, в Институте цитологии и генетики СО РАН, г. Новосибирск. Определение молекулярно-генетичес­кими методами видового разнообразия дифиллоботриид в организмах лососе­видных рыб оз. Байкал и оз. Хубсугул."

2012–2012

Мордвинов В.А.

3

12-04-09249-моб_з

Участие в ІІІ Международной конфе­ренции «Дрозофила в эксперименталь­ной биологии и генетике» с докладом «Взаимодействие гена Trithorax-like с генами, участвующими в формирова­нии дорзальных выростов хориона яйца Drosophila melanogaster»

2012–2012

Омелина Е.С.

4

12-04-09255-моб_з

Участие в 3-м ежегодном конгрессе NeuroTalk (NeuroTalk-2012)

2012–2012

Тихонова М.А.

5

12-04-09388-моб_з

Научный проект «Гистофизиологичес­кая характеристика компонентов сис­темы осмотического концентрирования почки крыс в различных эксперимен­тальных условиях» для представления на «SymBioSE 2012 Hungary»

2012–2012

Бабина А.В.

6

12-04-09389-моб_з

Научный проект «Участие серотонино­вой системы мозга в регуляции ката­лепсии, вызванной введением липопо­лисахарида, и наследственной реакции замирания» для предоставления на «8th FENS Forum of Neuroscience»

2012–2012

Базовкина Д.В.

7

12-04-09446-моб_з

Научный проект «Цитомиксис: кле­точные механизмы и распростра­ненность среди высших растений» для представления на IX съезде Украинского общества генетиков и селекционеров им. М.И. Вавилова

2012–2012

Мурсалимов С.Р.

8

12-04-09466-моб_з

Научный проект «Поведение B-хро­мосом в мейозе у красной лисицы (Vulpes vulpes) и восточноазиатской лесной мыши ( Apodemus peninsulae)» для представления на 16-й конферен­ции по эволюционной биологии в
г. Марсель, Франция

2012–2012

Торгашева А.А.

9

12-04-09467-моб_з

«Синапсис и рекомбинация X- и
Y-хромосом у гуппи, Poecilia reticulata и P. wingei» для представ­ления на 16-й конференции по эволю­ционной биологии в г. Марсель, Франция

2012–2012

Лисачев А.П.

10

12-04-09468-моб_з

Научный проект «Различия в уровне филогентического разрешения реконструкций, основанных на генах субтипов 5 и 7 гистона Н1 гороха ( Pisum L.)» для представления на
16-й конференция по эволюционной биологии в г. Марсель, Франция

2012–2012

Зайцева О.О.

11

12-04-09575-моб_з

Научный проект «Изучение возмож­ной связи полиморфизма генов TLR3 и CCR5 с предрасположенностью к клещевому энцефалиту в популяции русских» для представления на «2nd Antivirals Congress»

2012–2012

Бархаш А.В.

12

12-04-16073-моб_з_рос

Научный проект «Функциональная специализация дуплицированных генов биосинтеза флавоноидов пше­ницы» для представления на 2-й международной научной конферен­ции «Генетика, геномика и биотех­нология растений»

2012–2012

Хлесткина Е.К.

13

12-04-16075-моб_з_рос

Научный проект «Антоциановая пигментация у мягкой пшеницы: ге­нетические основы и роль в услови­ях абиотического стресса» для пред­ставления на 2-й международной научной конференции «Генетика, геномика и биотехнология растений»

2012–2012

Терещенко О.Ю.

14

12-04-16076-моб_з_рос

Научный проект «Подходы к изуче­нию организации короткого плеча хромосомы 5В мягкой пшеницы Triticum aestivum L» для представле­ния на 2-й международной научной конференция «Генетика, геномика и биотехнология растений»

2012–2012

Сергеева Е.М.

15

12-04-90840-мол_рф_нр

Исследование нейрональной реакции домовых мышей на запаховые сти­мулы социальной и несоциальной природы: эволюционные аспекты. Научный проект Мальцева Алексея Николаевича из Института проблем экологии и эволюции им. А.Н. Се­верцова РАН, г. Москва в Институте цитологии и генетики СО РАН,
г. Новосибирск

2012–2012

Мошкин М.П., Мальцев А.Н.

Конкурс для молодых ученых

«Мой первый грант» и «Ведущие молодежные коллективы»

№ п/п

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

1

12-04-31430

МОЛ_А_

2012

Нейрональные и иммуноэндокринные эффекты седиментации наноразмерных аэрозолей в верхних дыхательных путях у видов разной экологической специализации

2012–2013

Литвинова Е.А.

2

12-04-31081

МОЛ_А_

2012

Анализ экспрессии пронейротрофина proBDNF в формирующемся мозге и его роли в ходе нормального развития и на фоне экзогенной и эндогенной стимуляции апоптоза

2012–2013

Музыка В.В.

3

12-04-31490

МОЛ_А_

2012

Наследование способности к репрограммиро­ванию в клеточных делениях

2012–2013

Баттулин Н.Р.

4

12-04-31231

МОЛ_А_

2012

Исследование роли серотониновой системы мозга в механизмах коррекции патологического поведения нейротрофическим фактором мозга BDNF на мышах с генетической предрасполо­женностью к агрессии

2012–2013

Кондаурова Е.М.

5

12-04-31298

МОЛ_А_

2012

Разработка метода для количественного анализа экспериментальных данных по водно-электро­литному балансу клетки

2012–2013

Иляскин А.В.

6

12-04-31784

МОЛ_А_

2012

Поиск и характеристика симбиотических ассо­циаций Wolbachia-Arthropoda

2012–2013

Илинский Ю.Ю.

7

12-04-31113

МОЛ_А_

2012

Развитие симптомов аутистического спектра под влиянием хронического социального стресса: экспериментальное исследование

2012–2013

Коваленко И.Л.

8

12-04-31465

МОЛ_А_

2012

Исследование эпигенетического статуса Х-хро­мосомы в линиях плюрипотентных стволовых клеток человека

2012–2013

Захарова И.С.

9

12-04-31804

МОЛ_А_

2012

Исследование генетических систем, контроли­рующих динамику и реорганизацию актинового цитоскелета в клетках эукариот, на примере оогенеза Drosophila melanogaster

2012–2013

Огиенко А.А.

10

12-04-31704

МОЛ_А_

2012

Импринтировнная инактивация Х-хромосомы у грызунов: модификации хроматина и природа импринтинга

2012–2013

Григорьева Е.В.

11

12-04-32181

МОЛ_А_

2012

Филогеография дождевых червей Западной Сибири

2012–2013

Шеховцов С.В.

12

12-04-31760

МОЛ_А_

2012

Сравнительное генетическое и цитогенетичес­кое картирования 5В хромосомы мягкой пшени­цы с использованием интрогрессивных линий

2012–2013

Тимонова Е.М.

13

12-04-31345

МОЛ_А_

2012

Роль клеточного деления при трансдифферен­цировке фибробластов в нейроны

2012–2013

Мензоров А.Г.

14

12-04-31276

МОЛ_А_

2012

Cинапсис и рекомбинация хромосом у межви­довых гибридов полевок рода Microtus и воз­никновение гибридной стерильности

2012–2013

Торгашева А.А.

15

12-04-31893

МОЛ_А_

2012

Роль дофаминового и инсулинового сигнальных путей в регуляции функционирования нефроци­тов насекомых

2012–2013

Лаухина О.В.

16

12-04-31975

МОЛ_А_

2012

Выявление молекулярно-генетических механиз­мов развития ранних нейродегенеративных изменений у крыс OXYS методами массового параллельного секвенирования

2012–2013

Корболина Е.Е.

17

12-04-31818

МОЛ_А_

2012

Генофонд митохондриальной ДНК средневеко­вого населения юга Западной Сибири (тюркское и монгольское время, вторая половина I – пер­вая половина II тысячелетия н.э.)

2012–2013

Пилипенко А.С.

18

12-04-33182

МОЛ_А_

ВЕД_2012

Разработка и применение методов полногеном­ного анализа высокоразмерных признаков с помощью смешанных моделей

2012–2013

Аульченко Ю.С.

Российский гуманитарный научный фонд РГНФ

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

10-01-00322

Общие закономерности и региональные тен­денции антропогенетических и историко-куль­турных процессов южных районов Сибири в эпоху неолита

2011–2012

Губина М.А.


 

Программа фундаментальных исследований Президиума РАН № 3

«Энергетические аспекты глубокой переработки ископаемого и возобновляемого углеродсодержащего сырья»

(координатор – академик Моисеев И.И.)

Шифр

гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

№.3.13

Поиск, селекция и изучение перспективных бактериальных штаммов-продуцентов для переработки глицерина

2010

2012

акад.

Колчанов Н.А.

Программа фундаментальных исследований Президиума РАН № 5

«Фундаментальные науки – медицине»

(координатор – академик Григорьев А.И.)

п/п

Шифр

гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

1

ФНМ-43

Применение нейротрофического фактора мозга (BDNF) для коррекции наследственных нарушений функции мозга и поведения

2010

2012

д.м.н.

Попова Н.К.

2

ФНМ-39

Физиологические и молекулярно-генетические исследования почечных функций в процессе форми­рования стресс-зависимой артериальной гиперто­нии. Экспрессия генов эпителиального натриевого канала (ENaC) при стресс-зависимой артериальной гипертонии (крысы линии НИСАГ)

2010

2012

акад.

Иванова Л.Н.

3

ФНМ-11

Молекулярные механизмы развития хориоретиналь­ной дегенерации у крыс OXYS – первой отечествен­ной модели возрастной макулодистрофии для иссле­дований ее патогенеза, разработки способов лечения и профилактики

2010

2012

д.б.н.

Колосова Н.Г.

4

ФНМ-23

Раннее выявление мутаций в генах EGFR и K-Ras для диагностики и развития персонализированных методов лечения немелкоклеточного рака легких

2010

2012

д.б.н.

Меркулова Т.И.

5

ФНМ-14

Хроническая тревога и иммунодефицит: поиски рациональной фармакотерапии. Инновационное исследование

2010

2012

д.б.н. Кудрявцева Н.Н.

 

Программа фундаментальных исследований Президиума РАН № 6

«Молекулярная и клеточная биология»

(координатор – академик Георгиев Г.П.)

№ п/п

Шифр

гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

1

A.II .6.8.

Системная биология: компьютерно-эксперименталь­ные подходы

2010

2012

акад.

Колчанов Н.А.

2

A.II .6.9.

Молекулярная биология серотониновой системы мозга в экспериментальных моделях генетической предрасположенности к агрессии и депрессии

2010

2012

д.м.н.

Попова Н.К.

3

A.II . 6.11.

Эпигенетические механизмы регуляции экспрессии генов эукариот в ходе онтогенеза

2010

2012

д.б.н.

Закиян С.М.

4

A.II . 6.12.

Изучение структурно-функциональной организации и механизмов сборки ядерной оболочки

2010

2012

к.б.н.

Киселева Е.В.

5

A.II . 6.15.

Молекулярно-генетические механизмы комплекс­ных поведенческих, морфологических и физиоло­гических признаков: экспериментальные исследо­вания на селекционных моделях животных

2010

2012

д.б.н.

Маркель А.Л.

6

A.II . 6.16.

От поведения к геному: молекулярные механизмы агонистического поведения

2010

2012

д.б.н.

Кудрявцева Н.Н.

7

A.II . 6.17.

Скрытый кодирующий потенциал эукариотических мРНК: выявление альтернативных сигналов ини­циации трансляции и новых форм эукариотических белков и биологически активных пептидов

2010

2012

к.б.н.

Кочетов А.В.

 

Программа фундаментальных исследований Президиума РАН № 30

«Живая природа: современное состояние и проблемы развития»,
подпрограмма 2 «Биоразнообразие: состояние и динамика»

(координатор – академик Павлов Д.С.)

 

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

1

Б.29.21

Изучение полиморфизма генов, детерминирующих количественные признаки человека

2010

2012

д.б.н.

Аксенович Т.И.

2

Б.29.22

Исследование молекулярно-генетических механизмов стрессоустойчивости на модели трансгенных расте­ний. Оптимизация экспрессии трансгенов

2010

2012

к.б.н.

Кочетов А.В

3

Б.29.23.

Генетическое разнообразие и популяционная динамика добавочных В-хромосом млекопитающих

2010

2012

д.б.н.

Рубцов Н.Б.

4

Б.29.24.

Разнообразие структуры терминальных районов хромосом млекопитающих

2010

2012

д.б.н.

Жданова Н.С.

5

Б.29.25.

Молекулярно-генетические механизмы взаимодейст­вия гонадотропинов и биогенных аминов в контроле оогенеза насекомых

2010

2012

д.б.н.

Раушенбах И.Ю.

6

Б.29.26.

Анализ генетической детерминации интегрированных признаков организма с использованием методологии многомерной статистики и искусственных нейронных сетей. Поиск локусов, детерминирующих ковариацию поведения и морфологию у серебристо-черных лисиц

2010

2012

д.б.н.

Маркель А.Л.

7

Б.29.27

Молекулярно-генетическое изучение признаков, включенных в доместикацию у ди-, тетра- и гексапло­идных пшениц

2010

2012

д.б.н.

Гончаров Н.П.

8

Б.29.28

Механизмы стабилизации интрогрессивных форм мягкой пшеницы в зависимости от таксономической принадлежности источников чужеродного генетичес­кого материала

2010

2012

д.б.н.

Першина Л.А.

9

Б.29.29.

Биоинформатика генетической изменчивости: иссле­дование влияния мутаций на молекулярно-генетичес­кие системы организмов

2010

2012

акад.

Колчанов Н.А.

10

Б.29.30.

Полиморфизм природных популяций – влияние факторов внешней среды и взаимодействие генов и геномов

2010

2012

д.б.н.

Захаров И.К.

 


 

Программа фундаментальных исследований Президиума РАН № 24

«Фундаментальные основы технологий наноструктур и наноматериалов»

(координатор – академик Алферов Ж.И.)

 

п/п

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

1

Проект: 24.62.

Разработка фундаментальных основ определения масс биополимеров, недоступных современным методам масс-спектрометрического анализа

2010

2012

акад.

Колчанов Н.А.,

к.б.н.

Пельтек С.Е.

2

Проект: 24.56.

Эллипсометрическое изучение закономерностей модуляции поверхностного плазмонного резонанса различными биологическими субстратами для раз­работки новых подходов к диагностике заболеваний человека

2010

2012

чл.-корр. РАМН Воевода М.И.

3

Проект: 24.59.

Исследование подавления экспрессии гена in vivo олигонуклеотидами, комплементарными к мРНК гена-мишени, иммобилизованными на наночастицах биодеградируемых поли-меров радиационным способом

2010

2012

д.б.н.

Дыгало Н.Н.

 

 

Программы Президиума СО РАН

Междисциплинарные интеграционные проекты

 

п/п

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

1

Проект 7.

Разработка научных основ технологии длительно­го хранения семян сельскохозяйственных, редких, исчезающих, древесных и других хозяйственно ценных и перспективных видов растений в толще многолетнемерзлых пород

2012

чл.-корр. РАСХН

Гончаров Н.П.

2

Проект 10.

Изучение безопасности и совместимости тканей
с поверхностью имплантантов, обработанных электронно-ионно-плазменными технологиями

2012

к.б.н. Попова Н.А.

3

Проект 21.

Изучение закономерностей и тенденций развития самоорганизующихся систем на примере веб-про­странства и биологических сообществ

2012

акад.

Колчанов Н.А.

4

Проект 32.

Этногенез населения юга Западной Сибири в эпоху голоцена (по данным археологии, антропо­логии и палеогенетики)

2012

к.б.н.

Ромащенко А.Г.

5

Проект 33.

Пространственно-временная устойчивость пара­зит-хозяйнных систем в популяциях насекомых
и энтомопатогенных микроорганизмов

2012

д.б.н.

Закиян С.М.

6

Проект 39.

Методы параллельной обработки данных и моде­лирование на распределенных вычислительных системах

2012

акад.

Колчанов Н.А.

7

Проект 41.

Поиск и создание новых гепатопротекторных препаратов на основе природных тритерпеноидов для коррекции токсического и лекарственного поражения печени

2012

к.б.н.

Попова Н.А.

8

Проект 47.

Суперкомпьютерная реализация стохастической эволюции ансамблей взаимодействующих час­тиц различной природы для решения естествен­но-научных и нанотехнологических задач

2012

акад.

Колчанов Н.А.

9

Проект 54.

Исследование генетических и нейрофизиологи­ческих механизмов действия нейротрофическо­го фактора мозга и его синтетических агонистов

2012

д.м.н.

Попова Н.К.

10

Проект 55.

Создание панели изогенных индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека, несущих мутации, связанные с развитием раз­личных форм амиотрофического склероза

2012

д.б.н.

Закиян С.М.

11

Проект 57.

Нанобиобезопасность: эффекты наночастиц на разных уровнях биологической организации – от молекул до организма.

2012

д.б.н.

Амстиславская Т.Г.

12

Проект 58.

Коррекция мутантного фенотипа с использова­нием плюрипотентных клеток на модели крыс Браттлборо с наследственным несахарным диабетом

2012

акад.

Иванова Л.Н.

13

Проект 59.

Молекулярные механизмы функционирования защитно-репарационных систем человека; разработка дифференциальных комплексных методов диагностики и терапии заболеваний с аутоиммунными, онкологическими патологиями и заболеваниями пожилого возраста

2012

к.б.н.

Синицына О.И.

14

Проект 60.

Многоядерная магнитно-резонансная спектро­скопия и томография – основа комплексного подхода к разработке противоопухолевых средств на основе нуклеиновых кислот

2012

д.б.н.

Мошкин М.П.

15

Проект 61.

Ядерные спиновые изомеры молекул для совре­менных приложений ядерного магнитного резонанса

2012

д.б.н.

Мошкин М.П.

16

Проект 71.

Магнитные эффекты в биологически значимых системах.

2012

д.б.н.

Мошкин М.П.

17

Проект 80.

Дифференциально-разностные и интегродиффе­ренциальные уравнения. Приложения к задачам естествознания

2012

д.б.н.

Лихошвай В.А.

18

Проект 85.

Химически модифицированные малые интерфе­рирующие РНК для преодоления множествен­ной лекарственной устойчивости опухолей

2012

к.б.н.

Николин В.П.

19

Проект 86.

Биоаналитические платформы на основе электрофизических и электрокинетических сенсорных устройств

2012

д.б.н.

Дымшиц Г.М.

20

Проект 93.

Изучение биологии, биохимии и геохимии живого и ископаемого вещества и нефтей в районах современных гидротермальных прояв­лений, оценка роли в нефтеобразовании юве­нильного вещества

2012

к.б.н.

Пельтек С.Е.

21

Проект 94.

Исследование биогеотехнологических процесс­сов, ассоциированных с экстремофильными микроорганизмами, с целью извлечения редких и благородных элементов, биокатализа и био­медицины

2012

акад.

Колчанов Н.А.

22

Проект 108.

Нетрадиционные способы введения лекарствен­ных веществ в организм и физические методы модифицирования их свойств

2012

д.б.н.

Маркель А.Л.

23

Проект 122.

Математическое моделирование на основе экспериментальных данных аэродинамики и осаждения субмикронных частиц в верхних дыхательных путях млекопитающих

2012

д.б.н.
Мошкин М.П.

24

Проект 130.

Математические модели, численные методы и параллельные алгоритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на многопроцес­сорных суперЭВМ

2012

акад.

Колчанов Н.А.

25

Проект 136.

Исследование информационных и молекулярно-генетических механизмов функционирования сетей нейронов на основе экспериментально-компьютерных подходов

2012

акад.

Колчанов Н.А.

 

 

Проекты фундаментальных исследований, выполняемые СО РАН
совместно с организациями УрО и ДВО РАН, СО РАМН, СО Россельхозакадемии
и ФГУ «ННИИПК им. академика Е.Н. Мешалкина»

 

 

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

1

Проект 19.

Создание антигельминтных препаратов нового поколения на основе методов супрамолекулярной химии и комплексное исследование механизмов их действия

2012

д.б.н.

Мордвинов В.А.

2

Проект 52.

Онкогенез глиом и репарация мозга человека

2012

д.б.н.

Мордвинов В.А.

3

Проект 55.

Создание новых высокоспецифичных противо­опухолевых препаратов для терапии онкологи­ческих заболеваний

2012

д.б.н.

Рубцов Н.Б.

4

Проект 57.

Потенциальная мужская фертильность как фактор демографии

2012

д.б.н.

Осадчук Л.В.

5

Проект 58.

Изучение потенциала кардиальных стволовых клеток в регенерации миокарда и ангиоваскуло­генеза при ишемической болезни сердца

2012

д.б.н.

Закиян С.М

6

Проект 60.

Разработка методов хромосомной инженерии для создания нового поколения сортов яровой мягкой пшеницы, адаптированных к условиям Сибири

2012

акад.

Шумный В.К.

7

Проект 61.

Изучение молекулярно-генетических механизмов устойчивости растений к фитопатогенам

2012

к.б.н.

Кочетов А.В.

8

Проект 62.

Разработка и совершенствование методов созда­ния генотипов растений, устойчивых к биотичес­ким и абиотическим стрессам, возникающим в связи с локальными и глобальными изменениями климата

2012

чл.-корр. РАСХН

Гончаров Н.П.

9

Проект 63.

Филогеография насекомых, птиц и млекопитаю­щих Сибири и Дальнего Востока: история форми­рования фаун и современные эволюционные тен­денции

2012

д.б.н.

Бородин П.М.

10

Проект 65 .

Циркулирующий метаэпигеном крови онкологи­ческих больных как интегральная характеристика опухолевой прогрессии: новый подход к поиску циркулирующих в крови ДНК- и РНК-онкомарке­ров для неинвазивной диагностики и тераностики

2012

д.б.н.

Меркулова Т.И.

11

Проект 75.

Разработка подходов для тканевой инженерии сосудов

2012

к.б.н.

Шевченко А.И.

12

Проект 87.

Исследование эндофенотипических нейрофизиоло­гических и молекулярно-генетических индикато­ров реализации психологических и эмоциональных личностных свойств у людей с особенностями социальных коммуникаций и представителей различных этнических и социальных групп

2012

акад.

Колчанов Н.А.

13

Проект 91 .

Оценка информативности в российской популяции генетических маркеров заболеваний человека, идентифицированных с помощью полногеномного анализа, и разработка новых подходов к повыше­нию эффективности их идентификации

2012

чл.-корр. РАМН Воевода М.И.

14

Проект 92.

Материалы и LIGA-технологии для создания микрофлюидных аналитических систем, регистри­рующих флуоресценцию

2012

к.б.н.

Пельтек С.Е.

Проекты фундаментальных исследований, выполняемые СО РАН

совместно с организациями Тайваня

 

Шифр гранта

0705Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

1

Проект 3.

Лазерная диагностика канцерогенеза с использо­ванием измерения преломления и флюоресцент­ной спектроскопии

2012

д.б.н.

Амстиславская Т.Г.

 

 

Проекты фундаментальных исследований, выполняемые СО РАН

совместно с организациями НАН Беларуси

 

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

1

Проект 2.

Механизмы формирования и наследования устойчивости к биотическим и абиотическим стрессам у мягкой пшеницы Triticum aestivum L.

2012

д.б.н.

Хлёсткина Е.К.

2

Проект 3.

Гибридная мощность в апозиготических потомст­вах сахарной свеклы

2012

д.б.н.

Малецкий С.И.

3

Проект 25.

Физиологические основы демографии: биоразно­образие компонент мужской фертильности в ур­банизированных районах Западной Сибири
и Республики Беларусь.

2012

к..б.н.

Осадчук А.В.

 

ФЦП

Министерство образования и науки

Программа «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013гг.»

 

п/п

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный исполнитель

1

ГК-07.514.11.4003

Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике

2011–2012

акад.

Колчанов Н.А.

2

ГК-16.512.11.2129

Изучение паразитарных антигенов, являю­щихся маркерами описторхоза, и создание набора их рекомбинантных аналогов и специфических моноклональных антител как платформы для совершенствования диагностики гельминтозов

2011–2012

д.б.н.

Мордвинов В.А.

3

ГК-07.514.11.4052

Разработка информационного ресурса модульного типа для поддержки исследо­ваний, проводимых в рамках Технологи­ческой платформы «Биоиндустрия и био­ресурсы – БиоТех 2030» в областях агробиотехнологии и биоинженерии
Отчеты о НИР (Этап 1, Этап 2, Этап 3)
Резюме проекта
РИД (TRANSIG, EIR)

2011–2012

к.б.н.

Кочетов В.А.

4

ГК-16.512.11.2180

Создание коллекции штаммов микроводо­рослей, применимых в качестве продуцен­тов липидов

2011–2012

к.б.н.

Пельтек С.Е.

5

ГК-16.513.11.3135

Разработка экспериментального образца биоаналитического комплекса нового поколения на основе микро/нанофлюид­ных систем

2011–2012

к.б.н.

Пельтек С.Е.

6

ГК-07.514.11.4011

Масштабируемые параллельные програм­мы молекулярной динамики для решения задач биотехнологии и компьютерной фармакологии

2011–2012

Подколодный Н.Л.

7

ГК-07.514.11.4023

Проектирование и разработка веб сервисов для создания распределенной инфраструк­туры, ориентированной на решение задач реконструкции и анализа генных сетей

2011–2012

Подколодный Н.Л.

8

ГК-16.512.11.2223

Разработка метода генетической паспорти­зации сортов и гибридных форм пшеницы на основании маркирования индивидуаль­ных хромосом

2011–2012

д.б.н.

Салина Е.А.

9

ГК-214

Выявление вариантов возможных техни­ческих решений ВТР СР, входящих в сос­тав НДГ и НДИ, по результатам первого, второго и третьего этапов секвенирования

2011–2012

д.б.н.

Мордвинов В.А.

10

ГК-16.513.12.3107

Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований в области ДНК-чипов в рамках технологической платфор­мы «Медицина будущего»

2011–2012

д.б.н.

Колосова Н.Г.

11

ГК-16.518.11.7087-1

Разработка фундаментальных основ масс-спектрометрического анализа биополимеров и наночастиц с применением терагерцового излучения

2011–2012

к.б.н.

Пельтек С.Е.

12

ГК-14.740.11.0007

Разработка технологии создания индивиду­альных вакцин на базе инновационных подходов генерации дендритных клеток с использованием интерферона для лечения онкологических и инфекционных (вирусных) заболеваний человека

2011–2012

д.б.н.

Богачев С.С.

Министерство образования и науки РФ

Программа «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России»
на 2009–2013 гг.

№ п/п

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

1

ГК-14.740.11.0922

Изучение молекулярных механизмов синергичного действия химиотерапевтичес­кого цитостатика циклофосфана и препарата экзогенной ДНК

2011–2012

д.б.н. Богачев С.С.

2

ГК-02.740.11.0705

Молекулярные механизмы стресс-специ­фического контроля экспрессии генов животных

Отчет о НИР: (Этап 1, Этап 2, Этап 3, Этап 4, Этап 5, Этап 6)

2010–2012

к.б.н. КочетовА.В.

3

ГК-П324

Роль дофамина в эволюционно консерватив­ных механизмах молекулярно-генетического контроля стрессоустойчивости у животных

2010–2012

д.б.н. Грунтенко Н.Е.

4

ГК № П1044

Вертикальная эволюция и горизонтальный перенос ДНК транспозонов и non-LTR ретротранспозонов в отряде Lepidoptera (Insects)

2010–2012

к.б.н.

Блинов С.С.

5

ГК-П409

Разработка подходов и создание новых хо­зяйственно ценных форм мягкой пшеницы методом маркер-опосредованной хромосом­ной инженерии

2010–2012

д.б.н.

Салина Е.А.

6

ГК-П857

Разработка программного обеспечения для высокопроизводительных вычислений в биоинформатике

2010–2012

акад.

Колчанов Н.А.

7

ГК-14.740.11.0001

Разработка алгоритмов для биоинформаци­онного анализа комплексных метаболичес­ких и молекулярно-генетических сетей

Отчет о НИР (Этап 1, Этап 2, Этап 3, Этап 4, Этап 5)

2010–2012

акад.

Колчанов Н.А.

8

Соглашение 8474

Исследования молекулярных механизмов социального поведения: поиск новых мише­ней для коррекции патологий

2012–2013

д.б.н.

Трут Л.Н.

9

Соглашение 8095

Исследования трехмерной организации генома половых и соматических клеток методом Hi-C

2012–2013

д.б.н.

Серов О.Л.

10

Соглашение 8264

Разработка технологии масштабного получения специфических типов нейронов головного мозга с использованием эффекта эпигенетической памяти индуцированных плюрипотентных стволовых клеток

2012–2013

д.б.н.

Закиян С.М.

11

Соглашение 8740

Интегрированная биоинформационная плат­форма анализа данных экспрессии генов в тканях мозга

2012–2013

к.б.н.

Орлов Ю.Л.

12

Соглашение 8124

Мониторинг распространения и генетического разнообразия паразитических микроспоридий рода Nozema в природных популяциях шмелей (род Bombus) и пчел (род Apis)

2012–2013

д.б.н.

Блинов А.Г.

13

Соглашение 8060

Нейробиология депрессивных состояний: выявление молекулярных звеньев-мишеней для разработки антидепрессантов новых типов

2012–2013

д.б.н.

Дыгало Н.Н.

Президентская программа

по государственной поддержке ведущих научных школ РФ

 

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный испольнитель

НШ-5278.2012.4

Изучение методами биоинформатики и системной биологии закономерностей структурно-функцио­нальной организации и эволюции молекулярно-генетических систем

2012–2013

акад.

Колчанов Н.А.

 

 

Президентская программа

государственной поддержки молодых российских ученых

 

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный

исполнитель

МК-2573.2012.4

Изучение структурной организации хромосомы 5В мягкой пшеницы с использованием современных технологий по картированию и секвенированию аллополиплоидных геномов

2012–2013

к.б.н.

Сергеева Е.М.

 

Гранты экспедиционных исследований СО РАН

1. «Изучение структуры микробных сообществ озер Новосибирской области». Руководитель проекта – к.б.н. С.Е. Пельтек

2. «Поиск и сбор растительного материала для выявления альтернативных источников целлюлозы». Руководитель проекта – к.б.н С.Г. Вепрев.

3. «Формирование банка ДНК пород крупного рогатого скота Западной Сибири для молеку­лярно-генетического анализа их генофонда». Руководитель проекта – к.б.н. Н.С. Юдин.

4. «Формообразовательный процесс рода Fragaria L. (Земляника) в сибирском регионе».
Руководитель проекта – к.б.н. С.О. Батурин.

5. «Динамика биоразнообразия диких ди- и тетраплоидных видов пшениц и их сородичей в Галилее, Центральном нагорье Израиля и Антиливане». Руководитель проекта – чл.-корр. РАСХН Н.П. Гончаров.

6. «Изучение молекулярных механизмов и распространенности наследственной глухоты в популяциях Сибири». Руководитель проекта – к.б.н. О.Л. Посух.

7. «Комплексное исследование генофонда популяции тундровых ненцев Тазовского района Ямало-Ненецкого АО». Руководитель проекта – к.б.н. Л.П. Осипова.

8. «Изучение природного самоочищения реки Бердь в Присалаирье». Руководитель проекта – А.И. Стекленева.

Гранты Фонда содействия развитию малых форм
предприятий в научно-технической сфере
по программе «Участник молодежного
научно-инновационного конкурса» («УМНИК»)

 

Демидов Е.А., Немудрый А.А., Голубева (Белая) Е.С.

Гранты Carl Zeiss

 

Лаухина О.В. – Молекулярные механизмы регуляции метаболизма гонадотропных гормонов насекомых -OPTEC Zeiss № 2-23

 

 

Гранты мэрии города Новосибирска молодым ученым и специалистам

 

Орлов П.С. – проект «Генетические маркеры предрасположенности к развитию сахарного диабета второго типа в популяции жителей города Новосибирска»

Хоздоговора

п/п

Заказчик

Номер

договора

Ответственный исполнитель

1

ОАО «Тепличный комплекс Туношна»

04/2012

Батурин С.О.

2

НИОХ СО РАН

07/2012

Попова Н.А.

3

ГНУ СибНИИРС Россельхозакадемии

19/2012

Гончаров Н.П.

4

ООО НИИ Митоинженерии МГУ

40/2010

Колосова И.Е.

5

РГП на ПХВ Наццентр Биотехнологии Республики Казахстан

44/2012

Серов О.Л.

6

НПФ «МАТЕРИА МЕДИКА ХОЛДИНГ»

33/2011

Маркель А.Л.

7

ООО НИИ Митоинженерии МГУ

53/2010

Колосова Н.Г.

8

УФК по Томской области (ГБОУ ВПО СибГМУ Минздрава России)

72/2012

Мордвинов В.А.

9

ООО «Тартис-Старение»

76/2012

Колосова Н.Г.

10

ФГБУН ПИН РАН
Отчет-2012

77/2012

Колчанов Н.А.

11

НИИКИ СО РАМН

91/2012

Рубцов Н.Б.

12

МТЦ СО РАН

110/2010

Колосова Н.Г.

13

УФК по Тюменской области (ИПОС СО РАН)

96/2012

Пилипенко А.С.

14

УФК по Тюменской области (ИПОС СО РАН)

97/2012

Пилипенко А.С.

15

УФК по Тюменской области (ИПОС СО РАН)

103/2012

Пилипенко А.С.

16

ООО «ПроСтак»

60/2012

Рубцов Н.Б.


 

Зарубежные гранты

 

Фин. организация;

шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный исполнитель

7-я Европейская рамочная программа (FP7)- № 289461,

Ирландия

Расширение производства биомассы из многолетних трав, полученных на маргинальных землях

2010–2012

к.б.н.

Пельтек С.Е.

7-я Европейская рамочная программа (FP7)- № 260429, Германия

Новые алгоритмы системной биологии хозяин–патоген

2010–2013

к.б.н.

Иванисенко В.А.

Грант № 31003А_141244/1 Швейцарского Националь­ного научного фонда (SNF)

Эко-эволюционные адаптации нейрогенеза взрослого гиппокампа

2012–2015

д.б.н.

Трут Л.Н.

NIH 1R01MH

07711-01А1

Молекулярные механизмы социального поведения

2004–2012

д.б.н.

Трут Л.Н.

Грант DFG,
проект № LI820 33-1

Трехмерная организация интер­фазного ядра клеток человека и расположение в них малых сверхчисленных маркерных хромосом

 

д.б.н.

Рубцов Н.Б.

Грант фонда DAAD-Leonard Euler,
номер проекта 54300176

Лейбницевский Институт зоологии диких животных, Лейбниц, Германия

Разработка подходов к созданию криобанка гамет и эмбрионов для представителей семейства кошачьих

 

д.б.н.

Амстиславский С.Я.

Международные проекты и соглашения с зарубежными партнерами

1. «Молекулярно-генетические механизмы доместикации серебристо-черных лисиц»

Отделение биологии Университета Юты, Солт Лейк Сити, Юта, США, проф. Карл Ларк.

Бейкеровский институт здоровья животных Корнелльского Университета, Итака, Нью-Йорк, США.

ИЦиГ СО РАН – д.б.н. Трут Л.Н.

2. «Изучение генетической основы изменений у крыс при отборе на агрессивное и ручное поведение»

Институт Макс Планка эволюционной антропологии, Лейпциг, Германия.

ИЦиГ СО РАН – д.б.н. А.Л. Маркель.

3. «Создание и использование генетических коллекций пшеницы для выявления и кар­тирования новых генов»

Институт генетики растений и исследования зерновых культур (IPK), г. Гатерслебен, Германия.

Договор о научном сотрудничестве № TTR/03/00070

ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Т.И. Пшеничникова.

4. «Оценка зародышевой плазмы пшеницы на морозоустойчивость методами полноге­номного анализа и методом оценки генов-кандидатов»

Селекционная компания Deutsche Saatveredelung AG, г. Липпштадт. д-р Дитер Стеллинг, Германия. Контракт №48/2012

5. «Экспериментальная генетическая интрогрессия межу видами рода Pisum (горох)»

Сотрудничество с научно-исследовательской организацией Чешской Республики Agritec Plant Research Ltd».

Грант по программе Европейского Союза «КОНТАКТ».

ИЦиГ СО РАН – к.б.н. О.Э. Костерин.

6. «Изучение влияния опыта агонистических взаимодействий у самцов мышей на функциональную активность мозга»

Группа нейральных стволовых клеток, Cold Spring Harbor Laboratory, проф. Г.Н. Ениколопов, США.

ИЦиГ СО РАН – д.б.н. Н.Н. Кудрявцева.

7. «Изучение генетического разнообразия в сибирских популяциях человека.»

Лаборатория геномного анализа и ядерных технологий, отдел биотехнологии Аризонского университета, г. Тусон, штат Аризона, США, Майкл Хаммер, Татьяна Карафет.

ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Л.П. Осипова.

8. Российско-германская виртуальная сеть по биоинформатике «Компьютерная сис­темная биология»

А) с российской стороны:

Институт цитологии и генетики СО РАН,

Факультет информационных технологий НГУ,

Политехнический университет Санкт-Петеребурга,

Центр «Биоинженерия» РАН (Москва),

Институт физико-химической медицины РАМН

Новосибирский государственный университет

Институт биомедицинской химии РАМН

Pbsoft LTD, Новосибирск

Б) с германской стороны:

Университет Билефельда

Steinbeis Innovation Center SciLS, Бремен

Leipzig, Interdisciplinary Centre for Bioinformatics

IPK (Gatersleben)

Schwabach, tdb Software Service GmbH

9. «Палеогенетическое исследование древнего населения Сибири»

Институт Макс Планка эволюционной антропологии, Лейпциг, Германия, профессор Сванто Паабе, Германия.

ИЦиГ СО РАН – к.б.н. А.С. Пилипенко.

10. « Исследование структурно-функциональной организации фоторецепторных клеток в сетчатке животных с ночным видением»

Отделение биологии II, Мюнхенский университет им. Людвига-Максимилиана, Мюнхен, Германия, д-р И. Соловей, д-р В. Йоффе, Германия.

ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Е.В. Киселева.

11. «Выявление биомаркеров у не модельных видов организмов с помощью технологии датамайнинга»

Национальный институт сельскохозяйственных исследований, Отделение биологии разви­тия репродуктивности, INRA, Жуи-ан-Жозас, Франция, д-р Изабелла Хью, Германия.

ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Н.С. Юдин.

12. «Совместные исследования в области молекулярной медицины и системной биологии»

Институт биомедицинских технологий (CNR, Italy), директор Института проф. Луиджи Зесса, Италия

ИЦиГ СО РАН – акад. Н.А.Колчанов, к.б.н. А.В.Кочетов, к.б.н. В.А. Иванисенко

13. Азиатская сеть по исследованиям и образованию в биоинформатике (Asian Bioinformatic Research and Education Network , ABREN )

Участники: от ИЦиГ СО РАН в сети участвуют проф. чл.-корр. РАН Н.А. Колчанов
и с.н.с. к.б.н. А.В. Кочетов. Помимо ИЦиГ СО РАН в ABREN участвуют сотрудники Технологического института Киушу (Япония; председатель Сети – проф. Сараи), Нацио­нального университета Yang-Ming (Тайвань), Nanyang Technological Unversity (Сингапур), Университета Шанхая (Китай), Университета Putra (Малайзия), Национально универ­ситета Pusan (Южная Корея), Национального университета Тайваня, Мусульманского народного университета (Индия).

14. «Изучение этолого-физиологических эффектов отдельных генов на основе нокаутных линий лабораторных мышей»

Центр экспериментальной медицины и системной биологии, Университет Токио, Япония. Профессор Ивакура Ёчиро.

ИЦиГ СО РАН – д.б.н. М.П. Мошкин.

15. «Температурно-зависимое распределение бактерий Wolbachia штамма wMelPop в мозге Drosophila melanogaster».

Коретская школа ветеринарной медицины при Еврейском университете Иерусалима в городе Реховот, д-р Ювал Готтлиб, Израиль.

ИЦиГ СО РАН – А.А. Струнов.

16. «Индукция эпигенетических изменений как новый эффективный метод создания исходных селекционных форм растений»

ДГП «Институт биологии и биотехнологии растений», Национального центра биотехноло­гии Республики Казахстан, Алма-Аты, Казахстан.

ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Е.В. Левитес.

17. «Исследование паразитарных систем описторхид на смежных территориях России и Казахстана (бассейн р. Иртыш, внутренние бассейны Северного Казахстана)»

КАУ (Казахский агротехнический университет), г. Астана. Заведующий центром био­технологий к.б.н. С.Н. Боровиков, Казахстан.

ИЦиГ СО РАН – д.б.н. В.А. Мордвинов.

18. «Исследование паразитарных систем описторхид на смежных территориях России и Беларуси (бассейн реки Днепр)»

ГГУ им.Ф. Скорины, кафедра зоологии и охраны природы, г. Гомель. Заведующий кафед­рой чл.-корр. НАНБ, д.б.н., проф. Г.Г. Гончаренко, Беларусь.

ИЦиГ СО РАН – д.б.н. В.А. Мордвинов

19. «Изучение апозиготического (однородительского) размножения у сахарной свеклы»

Институт биоэнергетических растений и сахарной свеклы УААН Украины, директор
В.А. Роик, Украина

ИЦиГ СО РАН – д.б.н. С.И. Малецкий.

20. «Создание трансгенных животных способных синтезировать и секретировать в моло­ко гранулоцит-макрофаг колониестимулирующий фактор человека»

Национальный центр биотехнологий Республики Казахстан, г. Астана.

Договор №76 от 09.04.2012 (44/2012), 2012

ИЦиГ СО РАН – д.б.н. О.Л. Серов.

 


 

Сведения

об участии Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института цитологии и генетики

Сибирского отделения Российской академии наук

в реализации федеральных целевых, ведомственных и региональных программ
в 2012 году

 

1. Наименование программы

Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологи­ческого комплекса России на 2007–2013 годы

2. Заказчик программы

Министерство образования и науки РФ

3. Наименование проектов:

3.1. Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последова­тельностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике.

ГК 07.514.11.4003 от 13.07.2011.

3.2. Изучение паразитарных антигенов, являющихся маркерами описторхоза, и создание набора их рекомбинантных аналогов и специфических моноклональных антител, как платформы для совершенствования диагностики гельминтозов.

ГК № 16.512.11.2129 от 28.02.2011.

3.3. Разработка информационного ресурса модульного типа для поддержки исследований, проводимых в рамках Технологической платформы «Биоиндустрия и биоресурсы – БиоТех 2030» в областях агробиотехнологии и биоинженерии.

ГК № 07.514.11.4052 от 12.10.2011.

3.4. Создание коллекции штаммов микроводорослей, применимых в качестве продуцентов липидов.

ГК №16.512.11.2180 от 1.03.2011.

3.5. Разработка экспериментального образца биоаналитического комплекса нового поко­ления на основе микро/нанофлюидных систем.

ГК №16.513.11.3135 от 23.10.2011.

3.6. Масштабируемые параллельные программы молекулярной динамики для решения задач биотехнологии и компьютерной фармакологии.

ГК № 07.514.11.4011 от 19.08.2011.

3.7. Проектирование и разработка вебсервисов для создания распределенной инфраструк­туры, ориентированной на решение задач реконструкции и анализа генных сетей.

ГК № 07.514.11.4023 от 26.09.2011.

3.8. Разработка метода генетической паспортизации сортов и гибридных форм пшеницы на основании маркирования индивидуальных хромосом.

ГК №16.512.11.2223 от 12.07.2011.

3.9. Выявление вариантов возможных технический решений ВТР СР, входящих в состав НДГ и НДИ по результатам первого, второго и третьего этапов секвенирования.

Контракт № 214 от 19.09.2011 г. в рамках проекта 16.522.12.2006.

3.10. Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований в области ДНК-чипов в рамках технологической платформы «Медицина будущего».

ГК 16.513.12.3107 от 10.10.2011.

3.11. Разработка фундаментальных основ масс-спектрометрического анализа биополиме­ров и наночастиц с применением терагерцового излучения.

ГК 16.518.11.7087-1 от 15.09.2011.

3.12. Разработка технологии создания индивидуальных вакцин на базе инновационных подходов генерации дендритных клеток с использованием интерферона для лечения онкологических и инфекционных (вирусных) заболеваний человека.

ГК 14.740.11.0007 от 01.09.2010.

4. Основные результаты законченных этапов работы

4.3.1. Разработаны и исследованы алгоритмы и программы, позволяющие осуществлять обработку данных массового секвенирования ДНК и функциональную аннотацию геном­ных последовательностей. Создан и исследован экспериментальный образец програм­много комплекса анализа символьных последовательностей геномики (ЭОПК АСПГ). Разработан проект технического задания на проведение ОКР по теме: «Разработка программных систем для решения задач анализа геномных последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике».

Разработаны и интегрированы в программном комплексе новые методы и алго­ритмы, позволяющие анализировать последовательности биологических текстов, в том числе объемные данные массового параллельного секвенирования ДНК. Реализованные методы включают методы процессинга исходных данных секвенирования, обработки геномного профиля ChIP-seq, выделения сайтов связывания транскрипционных факторов, предсказания сайтов формирования нуклеосом, поиска экзонов, поиска промоторов генов миРНК, оценки аллергенности белков по их свойствам, а также анализа мутационных замен белков и реконструкции их эволюционной истории.

В ходе выполнения проекта в 2012 г. получены два Свидетельства о государствен­ной регистрации программы для ЭВМ.

4.3.2. Целью данного проекта является изучение возможности повышения эффективности иммунодиагностики гельминтозов с использованием методов и подходов молекулярной иммунобиологии, протеомики, функциональной геномики, генной инженерии и нанотех­нологий.

Была отработана методика и приготовлены для проведения работы основные анти­гены мариты O. felineus – метаболический, экскреторно-секреторный, яичный и сомати­ческий. Выявлены и охарактеризованы иммунохимическими методами иммуногенные белки O. felineus, индуцирующие иммунный ответ организма как при иммунизации, так и в процессе развития заболевания у инфицированных животных.

Было показано на иммунных сыворотках от инфицированных животных и позитив­ных сыворотках больных описторхозом и панели моноклональных антител, что у человека и у животных формируется гуморальный иммунный ответ на полипептиды 105, 74, 70,
65 кДа.

В ходе работы были проведены функциональная аннотация и изучение транскрип­тома O. felineus и близкородственных трематод, составлен список из 12 белков-маркеров, пригодных для развития средств иммунодиагностики.

Выполнен протеомный анализ, выявлено 14 белков-маркеров описторхоза, теорети­чески пригодных для развития средств иммунодиагностики трематод.

Сконструированы плазмиды, несущие гены, ответственные за синтез трех выбран­ных нами белков O. felineus, 26 кДа глутатионтрансфераза класс μ (GST-μ-26kDa), 50 kDa легумаин (legumain 50 kDa) и 25 кДа тиоредоксин пероксидаза (TpX-25кДа). Проведены наработка целевых рекомбинантных белков в бактериальной системе и их аффинная очистка. Синтезированные рекомбинантные белки сделаны для O. felineus впервые.

Исходя из анализа полученных данных, можно заключить, что полученные рекомби­нантные аналоги белков Opisthorchis felineus, по-видимому, могут быть использованы для совершенствования иммунодиагностики специфических антител при описторхозе, а также создания генно-инженерных вакцин или препаратов против O. felineus.

4.3.3. Объектом исследований является ЭОИП БР (экспериментальный образец информационного портала «Биотехнология растений»).

Целью исследований является разработка научно-технического задела по перспек­тивным технологиям в области информационно-телекоммуникационных систем для поддержки НИР в рамках Технологической платформы «Биоиндустрия и биоресурсы – БиоТех2030». Задача проекта заключается в создании Интернет-ресурса для информаци­онной поддержки НИР в области агробиотехнологии и генной инженерии. Задачей 3-го этапа НИР являются экспериментальные исследования, обобщение и оценка результатов исследований. Методология работы основана на применении Web-технологий, СУБД и разработке специализированных баз данных, технологий обработки изображений и передачи данных. Результаты работы на этапе 3 включают проведение эксперименталь­ных исследований в соответствии с программой и методиками, доработку ЭОИП БР и технической документации, проведение технико-экономической оценки рыночного потен­циала полученных результатов, разработку рекомендаций и предложений по использо­ванию результатов НИР, разработку проекта ТЗ на проведение ОКР. ЭОИП БР обеспечивает доступ к информации через интернет-браузеры с персональных компьютеров, а также с мобильных устройств (к БWPGE). БД промоторов для трансгенеза содержит 289 записей, БД трансляционных энхансеров – 58 записей, внешних информационных ресурсов – 16 записей, БWPGE – 30 информационных полей.

Областью применения ЭОИП «БР» являются научные исследования и разработки в области биотехнологии растений. Результаты рекомендуется внедрять в научно-исследовательский процесс в указанной области.

Экономические преимущества ЭОИП «БР» заключаются в обеспечении более быстрого и эффективного проведения НИР в области биотехнологии растений.

 

4.3.4. Целью работы являлось создание коллекции фототрофных микроорганизмов-микроводорослей, обитающих в природных сообществах Сибири и продуцирующих липиды. В результате проекта разработана коллекция микроводорослей, включающая штаммы микроводорослей А-1123 и A-1135, обладавших максимальной способностью продуцировать липиды. Микроводоросль Chlorella vulgaris А1123, разработанная в ходе выполнения проекта и являющаяся объектом интеллектуальной собственности, обладает высоким содержанием как насыщенных жирных кислот С16:0, С18:0 (57%), так и мононенасыщенной С18:1, суммарное количество которых составляет 75%. Таким образом, полученный в ходе работ штамм микроводоросли по параметрам превосходит аналогичный штамм (Chlorella vulgaris ESP-31) и позволяет получать сырье для производства моторного топлива более высокого качества.

4.3.5. Целью проекта являлись разработка и создание экспериментального образца биоаналитического комплекса нового поколения, основанного на соединении технологии микрофлюидных систем и свободной иммунодиффузии флуоресцентных нанокомплексов антиген/антитело, для снижения стоимости клинических анализов крови за счет уменьше­ния объемов дорогостоящих реагентов, биоопасных отходов и уменьшения издержек при массовом производстве. В ходе проведения НИР разработан способ проведения реакции свободной иммунодиффузии в каналах микрофлюидного модуля, который пригоден для использования в биоаналитических целях и может быть реализован в приборах для клинических анализов крови. (заявка на изобретение № 20120130218 от 16.07.2012 «Микрофлюидная система для проведения иммуноанализа», РФ). Использование микро­флюидных технологий приводит к снижению себестоимости анализов за счет уменьшения объемов используемых для анализа реагентов. Проведенные исследовательские испыта­ния экспериментального образца биоаналитического комплекса показали, что микро­флюидные модули разработанной топологии пригодны для проведения реакции свобод­ной иммунодиффузии, система перехода с микро- на макроуровень обеспечивает требуе­мые точность позиционирования микрофлюидного модуля и точность подачи реагентов: система детекции имеет заданную чувствительность: чувствительность канала регистра­ции составляет 0,05 люкс. Система регистрации сигнала обеспечивает требуемую точность измерений, порог чувствительности системы детекции по концентрации антител/ антигенов в анализируемой жидкости составил 0,08 нг/мл.

4.3.6. Реализованы прототипы параллельных версий базовых алгоритмов учета эффектов поляризации и переноса заряда, проведены анализ их эффективности, коррекция и оптимизация; разработан алгоритм вычисления разности свободных энергий между диким типом белка и его мутацией; разработаны программные утилиты по построению и оптимизации фрагментов ДНК и комплексов белок–фрагмент ДНК с использованием данных из PDB базы, для накопления, анализа и визуализации статистики по зарядам, распределению данных по узлам высокопроизводительного кластера. Изготовлен экспери­ментальный образец программного обеспечения (ЭО ПО) для оценки термостабильности белковых комплексов на основе расчета свободной энергии взаимодействия и програм­мная документация. Проведены экспериментальные исследования ЭО ПО в соответствии с разработанными программой и методиками испытаний. По результатам эксперимен­тальных исследований проведены доработка ЭО ПО и корректировка технической документации.

4.3.7. Целью проекта являются: создание научно-технического задела в области разработки спецификаций и комплектов веб-сервисов, повышающих эффективность построения распределенных специализированных инфраструктур и обеспечивающих упрощенный способ интеграции ресурсов для научных исследований за счет использо­вания архитектурного стиля REST; создание распределенной инфраструктуры, ориентиро­ванной на решение задач реконструкции и анализа генных сетей.

Получены следующие основные результаты: исследована природа объекта НИР; разработаны методы поддержки процесса реконструкции и анализа генных сетей; реализованы прототипы технических решений, в том числе разработана программная документация на составные части (компоненты) экспериментального образца ПК; разработана программная документация экспериментального образца ПК в целом; изготовлен экспериментальный образец ПК.

Проведены экспериментальные исследования в соответствии с разработанной про­граммой и методикой экспериментальных исследований, по результатам которых дорабо­тан экспериментальный образец ПК и проведена корректировка технической докумен­тации. Проведены дополнительные исследования, в том числе патентные. Проведены обобщение и оценка полученных результатов. Разработаны рекомендации по использова­нию результатов НИР. Разработан проект технического задания на проведение ОКР по теме «Разработка RESTful-веб-сервисов для создания распределенной инфраструктуры, ориентированной на решение задач реконструкции и анализа графов генных сетей».

4.3.8. Проведена генетическая паспортизации сортов с использованием метода C-диффе­ренциального окрашивания и метода флюоресцентной in situ гибридизациии (FISH) с зондами pSc119.2 и pAs1, что позволило идентифицировать индивидуальные генотипы сортов. Идентифицированы ВАС-клоны для маркирования геномов диплоидных пред­шественников в составе аллополиплоидного ядра и гибридов мягкой пшеницы методом in situ гибридизации. Показано, что наиболее эффективным методом для разработки маркеров к ВАС-клонам является метод концевого секвенирования последовательностей ДНК. Данный подход позволяет подобрать маркер для каждого 4-го клона с минимальными затратами на проведенные работы. Разработаны и использованы новые ISBP-маркеры для генома пшеницы; показано, что их эффективность при физическом картировании индивидуальных хромосом составляет 20–40%. Предложен метод формали­зации изображения генетических паспортов в виде таблиц, что позволяет использовать стандартные программы построения дендрограмм по оценке уровня генетического сход­ства между сортами. Дендрограмма, построенная на разработанных методах генетической паспортизации и формализации изображений, отражает тот факт, что все сорта имеют независимое происхождение, согласно имеющимся родословным. Получены генетические паспорта районированных в России сортов пшеницы. Разработан проект методического документа в области биотехнологии сельскохозяйственных растений, включающий: поиск хромосомных перестроек, сопряженных с устойчивостью к болезням у сортов мягкой пшеницы; поиск хромосомных перестроек, сопряженных с устойчивостью к болезням у гибридов мягкой пшеницы. Оформлены предложения и рекомендации по внедрению разработанных методов генетической паспортизации сортов и гибридов пшеницы в программы по биотехнологии сельскохозяйственных культур.

4.3.9. Выявлены методами биоинформатики 30 потенциальных генов-мишеней для НДИ и определены их предполагаемые функции. Рассчитаны нуклеотидные последовательности генов, кодирующих каждый из 30 белков-мишеней для иммунодиагностики. Разработаны методики наработки рекомбинантных белков, полученных в результате клонирования и экспрессии идентифицированных белков-мишеней, пригодных для видоспецифической ИФА-диагностики O. felineus. Разработаны методики исследовательских испытаний, пред­ложенных ВТР СР для НДГ и НДИ (в соответствии с ГОСТ 53079.1-2008). Разработаны требования к составу дополнительных реагентов в соответствии с ГОСТ ИСО 17511-2006 и ГОСТ Р ИСО 15193-2007. Выявлено 10 дополнительных видоспецифических районов, пригодных для разработки ВТР для генодиагностики паразита на основе данных второго этапа секвенирования. Из всех анализируемых ВТР CP для НДГ в результате испытаний в течение 2 и 3 этапов выбрано 25 СР для дальнейшей работы, характеристики которых соответствуют требованиям программы и методик исследовательских испытаний технических характеристик ВТР СР. Из всех анализируемых ВТР CP для НДИ в результате испытаний в течение 2-го и 3-го этапов выбрано 5 белков для дальнейшей работы, характеристики которых соответствуют требованиям программы и методик исследовательских испытаний технических характеристик ВТР СР. Изготовлена панель из 10 образцов, содержащих и несодержащих ДНК объектов дифференциальной диагнос­тики, ранее охарактеризованной секвенированием, для дальнейшего контроля ВТР СР для НДГ. Разработаны программы и методики исследовательских испытаний функциональ­ных характеристик ВТР СР для НДГ и НДИ (в соответствии с ГОСТ 53079.1-2008). Описаны реагенты для ИФА, входящие в состав НДИ, реагенты для ПЦР, входящие в состав НДГ.

4.3.10. Цель проекта – разработка экспериментально-технологических подходов для фундаментальных молекулярно-биологических исследований возрастных заболеваний человека на лабораторных животных с использованием микрочиповых технологий оценки экспрессии генов в соответствии с направлениями технологического развития, поддержи­ваемыми в рамках ТП «Медицина будущего».

Изготовлены и испытаны в соответствии с разработанной программой ДНК-чипы для одновременной оценки экспрессии 112 отобранных генов-кандидатов. С их помощью проведено сравнение транскрипционной активности генов-кандидатов в сетчатке крыс OXYS и Вистар разного возраста. У крыс OXYS выявлены значимые отличия, связанные со стадиями ретинопатии, аналогичной возрастной макулярной дегенерации (ВМД) у людей. Разработаны программа и методики испытания ДНК-чипов и эскизная конструк­торская документация на изготовление ДНК-чипов, проведены их испытания. Установ­лено, что развитие у крыс OXYS ретинопатии связано с нейродегенеративными изме­нениями сетчатки, в которой изменена экспрессия генов пути развития болезни Альцгеймера.

4.3.11. Разрабатываемый в проекте принципиально новый метод получения молекулярных ионов на основе мягкой неразрушающей абляции существенно расширяет круг биополимеров, доступных для масс-спектрометрии, а также для прямого и точного измерения масс наночастиц.

Для доказательства неразрушающего характера метода мягкой абляции белков была применена масс-спектрометрическая методика MALDI-TOF с использованием масс-спектрометра UltraFlex III (Bruker). В независимых экспериментах получали спектры молекулярных ионов как целых препаратов белков, так и их триптических гидролизатов. Дополнительным доказательством неразрушающего характера метода мягкой абляции белков служила идентичность набора пептидов триптических гидролизатов исходного и аблированного образца лизоцима, сконцентрированного методом электрофореза в полиакриламидном геле.

Таким образом, получены надежные доказательства неразрушающего характера мягкой абляции белков под действием терагерцового излучения.

4.3.12. Были проведены пилотные клинические испытания по оценке переносимости и клинической эффективности вакцин на основе интерферон-индуцированных дендритных клеток в лечении хронической рецидивирующей герпетической инфекции и злокачест­венных опухолей головного мозга. Проведение вакцинаций дендритными клетками харак­теризовалось в целом хорошей переносимостью и не вызывало побочных реакций (воспа­лительных, аутоиммунных и аллергических), сопровождается индукцией противоопу­холевого иммунного ответа, увеличением сроков выживаемости больных и улучшением качества их жизни.

Были проведены исследования по оценке влияния препарата двуцепочечной ДНК человека («Панаген»), а также некоторых других иммуномодулирующих коммерческих препаратов на уровень продукции цитокинов клетками крови здоровых доноров в культуре in vitro. Было установлено, что значимый стимулирующий эффект препарата «Панаген» достигается уже через 6 ч инкубации. Пик продукции цитокинов и выход на плато происходит в промежутке 6–24 ч. Препарат двуцепочечной ДНК человека способен оказывать значительный стимулирующий эффект на продукцию целого ряда цитокинов мононуклеарами цельной крови: IL-1β, IL-6, IL-8, TNF-α, IFN-α, IFN-γ, MCP, VEGF, IL-1RA и IL-10. Препараты «Дезоксил» и «Ридостин» продемонстрировали невысокую иммуностимуляцию мононуклеарных клеток периферической крови. Препарат «Панаген» оказывал значимый эффект на продукцию TNF-α, IL-1β, IL-1RА, IL-10, IL-8 и IL-6, при этом его стимулирующий эффект был близким или сравнимым с действием комплекса митогенов. Это указывает на то, что двуцепочечная ДНК человека обладает выраженным иммуностимулирующим действием на мононуклеарные клетки периферической крови условно здоровых доноров.

Был проведен анализ продукции цитокинов клетками периферической крови пациентов в рамках второй фазы клинических исследований препарата «Панаген» (схема FAC, Новосибирск, 20 пациентов). Кроме того, была проведена оценка соотношения CD34+/45+ поверхностных маркеров, характерных для клеток предшественников гемопоэза, у больных с онкопатологией, участвующих в исследованиях препарата «Панаген» на II фазе клинических исследований. У 50 % пациентов в группе «Панаген» количество гемопоэтических стволовых клеток в периферической крови на 7-е сутки после 1-й химиотерапии было достоверно больше, чем в группе «Плацебо».


Сведения

об участии Федерального государственного бюджетного учреждения науки Института цитологии и генетики

Сибирского отделения Российской академии наук

в реализации федеральных целевых, ведомственных и региональных программ
в 2012 году

 

1. Наименование программы

Научные и научно-педагогические кадры инновационной России на 2009–2013 гг.

2. Заказчик программы

Министерство образования и науки РФ

3. Наименование проектов

3.1. Изучение молекулярных механизмов синергичного действия химиотерапевтического цитостатика циклофосфана и препарата экзогенной ДНК.

ГК № 14.740.11.0922 от 29.04.2011.

3.2. Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов живот­ных.

ГК № 02.740.11.0705. от 5.04.2010.

3.3. Роль дофамина в эволюционно-консервативных механизмах молекулярно-генетичес­кого контроля стрессоустойчивости у животных.

ГК № П324 от 7.05.2010.

3.4. Вертикальная эволюция и горизонтальный перенос ДНК транспозонов и non-LTR ретротранспозонов в отряде Lepidoptera (Insects).

ГК № П1044 от 31.05.2010.

3.5. Разработка подходов и создание новых хозяйственно-ценных форм мягкой пшеницы методом маркер-опосредованной хромосомной инженерии.

ГК № П409 от 12.05.2010.

3.6. Разработка программного обеспечения для высокопроизводительных вычислений в биоинформатике.

ГК № П857 от 25.05.2010.

3.7. Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболичес­ких и молекулярно-генетических сетей.

ГК № 14.740.11.0001 от 27.07.2010.

3.8. Исследования молекулярных механизмов социального поведения: поиск новых мишеней для коррекции патологий.

ГК №8474 от 07.09.2012.

3.9. Исследования трехмерной организации генома половых и соматических клеток методом Hi-C.

ГК №8095 от 23.07.2012.

3.10. Разработка технологии масштабного получения специфических типов нейронов головного мозга с использованием эффекта эпигенетической памяти индуцированных плюрипотентных стволовых клеток.

ГК № 8264 от 13.08.2012.

3.11 . Интегрированная биоинформационная платформа анализа данных экспрессии генов в тканях мозга.

ГК № 8740 от 01.10.2012.

3.12 . Мониторинг распространения и генетического разнообразия паразитических микроспоридий рода Nozema в природных популяциях шмелей (род Bombus) и пчел (род Apis).

Соглашение №8124 от 23.07.2012.

3.13. Нейробиология депрессивных состояний: выявление молекулярных звеньев мишеней для разработки антидепрессантов новых типов.

Соглашение №8060 от 23.07.2012.

 

4. Основные результаты законченных этапов работы

4.3.1. В ходе выполнения работ по проекту была проведена характеристика молекулярных изменений, происходящих в геноме клеток костного мозга экспериментальных мышей, как на фоне воздействия одного цитостатика циклофосфана, так и при синергичном действии двух препаратов циклофосфана и экзогенной ДНК. Продемонстрировано, что в промежутке времени 18–24 ч после внутрибрюшинной инъекции цитостатика в геноме клеток костного мозга экспериментальных мышей происходит изменение относительного количества умеренных В1 и B2 повторов. Одновременно с этим, при инъекциях экзоген­ной ДНК мышам в промежуток времени 18–30 ч после введения циклофосфана, относи­тельное количество указанных типов повторов в клетках костного мозга не изменяется. Также было проведено исследование причины заболевания и гибели экспериментальных мышей после совместных инъекций препаратов циклофосфана и экзогенной ДНК. Показа­но, что, причиной гибели животных является полиорганная недостаточность, вызванная акцидентальной инволюцией периферийных лимфоидных органов на фоне системного воспаления. Оба эти процесса связаны с инъекциями фрагментированной экзогенной ДНК в организм экспериментальных животных в «окно смерти», представляющее собой проме­жуток времени репарации двуцепочечных разрывов, индуцированных циклофосфаном.

4.3.2. Целью проекта являются выявление механизмов, контролирующих экспрессию генов животных в норме и в условиях стресса, а также исследование генетических моде­лей патологических состояний. С помощью ПЦР в режиме реального времени проведена выборочная проверка данных по влиянию гепатоканцерогенных аминоазокрасителей на транскриптом печени крысы, полученных ранее методом микрочипового анализа. Пока­зано, что высококанцерогенный для крыс 3׳-МеДАБ в отличие от слабоканцерогенного для них ОАТ приводит к количественным изменениям мРНК целого ряда генов, задейст­вованных в процессах апоптоза и клеточного цикла. Реконструкция схемы регуляторных событий в онкогенезе выявила определяющую роль снижения активности транскрип­ционного фактора FoxO3.

Разработана комплексная математическая модель регуляции почечных процессов и ее роли в развитии артериальной гипертонии, способная описывать как локальные явления, так и усредненные глобальные параметры. Работоспособность модели была протестирована путем имитации такой патологии системы кровообращения, как стеноз артерии.

Создана база данных мРНК генов человека и мыши, эффективность экспрессии которых при стрессе контролируется на уровне трансляции. Предложена гипотеза о роли лидерных рамок считывания и реинициации в стресс-специфическом контроле экспрессии генов млекопитающих на уровне трансляции мРНК.

Впервые продемонстрировано, что онтогенетическое переключение в механизме дофаминовой регуляции деградации ювенильного гормона у дрозофилы происходит на уровне транскрипции гена рецептора дофамина DD2R, а не на уровне его трансляции. Реконструирован механизм молекулярно-генетического контроля экспрессии генов, регулирующих взаимодействие стресс-связанных гормонов дрозофилы. Предложена схема взаиморегуляции генов, контролирующих взаимодействие стресс-связанных гормо­нов у самок дрозофилы. Разработана программа внедрения результатов НИР в образо­вательный процесс.

4.3.3. Целью проекта являлась проверка предположения о том, что стадиеспецифичность эффектов дофамина на метаболизм гонадотропинов насекомых связана с онтогене­тическим перепрограммированием тканей-мишеней (тканей, в которых синтезируются гонадотропины и ферменты их метаболизма) на молекулярно-генетическом уровне и изменением экспрессии Д1- и Д2-подобных рецепторов дофамина в этих тканях. В ходе выполнения проекта гипотеза была экспериментально подтверждена, и было продемон­стрировано, что (1) активирующее влияние дофамина на синтез и деградацию одного из гонадотропинов дрозофилы, ювенильного гормона, у дрозофилы опосредуется Д1-подоб­ными рецепторами (DopR), а ингибирующее – Д2-подобными (DD2R); (2) вызываемое половым созреванием изменение направленности действия дофамина на метаболизм ювенильного гормона обусловлено изменением уровня экспрессии генов DopR и DD2R в железе corpus allatum (месте синтеза гормона) и жировом теле (месте синтеза ферментов его деградации); (3) изменение экспрессии генов DopR и DD2R в жировом теле контролируется вторым гонадотропином, 20- гидроксиэкдизоном; (4) стадиеспецифич­ность влияния дофамина на синтез 20- гидроксиэкдизона опосредуется ювенильным гормоном.

4.3.4. Целью проекта является получение обоснованной информации о горизонтальном переносе нескольких типов мобильных элементов в отряде Lepidoptera. В результате проекта были детально изучены разнообразие и распространение Tc1/mariner ДНК транс­позонов и CR1B non-LTR ретротранспозонов в геномах представителей отряда Lepidoptera. Были выявлены факты горизонтального переноса CR1B non-LTR ретротранс­позонов и Bmmar1 и BmmarY Tc1/mariner ДНК транспозонов между геномами представи­телей родов Maculinea и Bombyx. Получены подтверждения возможного участия Tc1/mariner ДНК транспозонов в горизонтальном переносе CR1B non-LTR ретротранс­позонов между Maculinea и Bombyx.

4.3.5. Проведено сопоставление выявленных в ходе исследования генетических локусов, определяющих устойчивость к грибным заболеваниям, с международной базой данных. Показано, что гены устойчивости к бурой ржавчине LrTt2 и LrAsp5, охарактеризованные в ходе выполнения проекта, не имеют аналогов в международной базе данных. LrTt2 интрогрессирован в геном мягкой пшеницы от T. timopheevii и локализован в районе транслокации на длинном плече хромосомы 5В мягкой пшеницы. LrAsp5 перенесен в геном мягкой пшеницы от Ae. speltoides и локализован в районе транслокации также на длинном плече хромосомы 5В мягкой пшеницы. Линии пшеницы, несущие геныLrTt2 и LrAsp5, отличаются по степени устойчивости к бурой ржавчине и по размеру трансло­кации от T. timopheevii и Ae. speltoides соответственно.

Получено 10 линий мягкой пшеницы – перспективных доноров генов устойчивости к абиотическим и биотическим факторам внешней среды, несущих транслокации от дикорастущих и культурных сородичей пшеницы. Данные по линиям оформлены в виде таблицы, включающей информацию о происхождении линий, устойчивости к стрессам и особым характерным морфологическим и хозяйственно ценным признакам.

Проведено сопоставление молекулярно-генетических данных для линий, содержа­щих интрогрессии от Ae. speltoides, T. dicoccum, T. durum. Показано, что линии с трансло­кацией Т6BS∙6BL-6SL от Ae. speltoides являются умеренно устойчивыми, тогда как исходная гибридная линия T. aestivum/Ae . speltoides 73/00i и линия 16-9, 28-4, 28-12 120(2)-5 21-4 с транслокацией Т5BS∙5BL-5SL не имеют признаков поражения и являются полностью устойчивыми. Практически не поражаются бурой ржавчиной также линии, несущие замещение хромосомы 7D на хромосому 7S Ae. speltoides. Для комбинации скрещивания T. aestivum/T. durum показано, что наиболее вероятной хромосомной локализацией для локусов устойчивости к бурой ржавчине являются хромосомы 1BS, 2B, 3BL, 6AL и 6BL. Локусы устойчивости к стеблевой ржавчине с высокой вероятностью локализуются в хромосомах 3BL и 6AL. В комбинации скрещивания T. aestivum/T . dicoccum наиболее вероятная локализация локусов устойчивости к бурой и к стеблевой ржавчинам в хромосомах 2А, 2В, 3BL, 4А, 5BL и 6BL. Полученные данные согласуются с литературными данными о частоте хромосомной локализации генов устойчивости к болезням в геноме пшениц различного уровня плоидности и в геномах тетраплоидных пшениц T. durum и T. dicoccum.

Создан банк данных по молекулярным маркерам, который может быть использован для отбора устойчивых генотипов растений в потомстве от скрещивания сортов мягкой пшеницы с интрогрессивными линиями мягкой пшеницы, несущих транслокации от Aegilops speltoides, Triticum timopheevii, T. dicoccum, T. durum.

Выработаны рекомендации по использованию маркер-опосредованной (сопутствую­щей) хромосомной инженерии в аграрном секторе экономики.

4.3.6. Цель работы – разработка параллельных версий базовых алгоритмов для широко­масштабного анализа молекулярно-генетических данных, моделирования молекулярно-генетических систем и процессов, а также их реализация на многопроцессорных суперЭВМ или специализированных рабочий местах с аппаратными ускорителями.

В 2012 г. разработаны программы установления количественных взаимосвязей между структурой и активностью белков, выявления участков белка, подверженных конформационным изменениям в результате мутаций. Реализован программный комплекс «Многомерный анализ микрочиповых данных. Проведен сравнительный компьютерный анализ структурно-функциональной организации регуляторных районов коэкспрессирую­щихся генов млекопитающих. Выполнены исследования по распараллеливанию задачи молекулярной динамики, включая оптимизацию параллельных схем расчетов и обмена данными. Проведено тестирование производительности различных схем параллелизации. Реализованы типовые сценарии по анализу филогении белковых семейств и апробированы на примере бактериальных геномов. Создана математическая модель биосинтеза нуклео­тидов в клетке E.coli. Проведен параметрический анализ ее чувствительности. Построены мутационные портреты математической модели, фазовые плоскости, выявлены фармако­логические «мишени». Проведен широкомасштабный анализ влияния мутаций на конфор­мационные свойства функциональных сайтов в пространственной структуре белков. Проведен сравнительный компьютерный анализ структурно-функциональной органи­зации регуляторных районов коэкспрессирующих генов прокариот. Разработаны типовые сценарии и проведен анализ адаптивной эволюции белковых семейств для бактериальных белков.

4.3.7. Целью проекта является разработка биоинформационных методов автоматизирован­ной реконструкции и анализа сложных молекулярно-генетических сетей, описывающих биологические процессы, путем интеграции и расширения различных типов специализи­рованных сетей, таких, как интерактомные сети, метаболические, транспортные и регуля­торные пути. В качестве основных методов и методологии выполнения НИР применялись подходы теории графов и дискретной математики, позволяющие выявлять особенности структурно-функциональной организации сложных молекулярно-генетических сетей, визуализировать сети с семантической разметкой и проводить поиск замкнутых контуров.

Были получены следующие основные результаты: разработан метод предсказания новых молекулярных взаимодействий белков на основе предсказания в их третичной структуре сайтов связывания с различными лигандами. Предсказание сайтов основано на алгоритме структурного выравнивания пространственной структуры анализируемого белка с пространственными структурами известных сайтов из различных белков; разработан метод предсказания новых белок-белок взаимодействий путем анализа первичной структуры белков. Алгоритм основан на анализе частот встречаемости олигопептидов в аминокислотных последовательностях пар взаимодействующих белков; проведена интеграция специализированных молекулярно-генетических сетей с использо­ванием методов предсказания молекулярных взаимодействий; разработана программа внедрения НИР в образовательный процесс; разработан метод предсказания новых молекулярных взаимодействий белков на основе предсказания в их первичной структуре сайтов связывания различных лигандов. Предсказание сайтов основано на алгоритме поиска в аминокислотных последовательностях паттернов Prosite; разработаны методы анализа ассоциативных сетей на основе методов теории графов и дискретной математики, направленных на выявление особенностей их структурно-функциональной организации; разработан метод поиска замкнутых контуров в сложных сетях с семантической разметкой; разработано программное обеспечение для интерактивной визуализации сложных сетей с семантической разметкой; разработано программное обеспечение для анализа сложных сетей с семантической разметкой; проведены патентные исследования.

4.3.8. Целью реализованного этапа проекта была подготовка собранных образцов мозга лисиц для создания к ДНК библиотек, которые в дальнейшем будут использованы для анализа генной экспрессии с помощью новых технологий секвенирования.

Был подготовлен детальный протокол для сбора образцов мозга лисиц. Это позво­лило собрать образцы максимально быстро и стерильно, что требуется для сохранения цельности РНК. Был подготовлен детальный протокол для экстракции тотальной РНК из образцов мозга. Была проведена экстракция РНК с помощью набора RNeasy Plus Universal Mini Kit (Qiagen). Поскольку для создания кДНК библиотек для секвенирования требуется РНК высокой степени сохранности, был проведен анализ качества экстракции с помощью современного прибора Bioanalyzer QC. РНК, экстрагированная из всех собранных образ­цов мозга лисиц (48 образцов), была высокого качества: оценка соотношения оптической плотности выделенного вещества (OD260/OD280) была выше 1,8, т. е. пригодна для созда­ния кДНК библиотек.

Впервые создана репрезентативная выборка образцов РНК высокого качества из переднего мозга лисиц, селекционированных по поведению.

 

4.3.9. Пространственная организация генома эукариот играет важную роль в функцио­нировании ядерного материала. В ходе выполнения этапа проекта было проведено теоре­тическое исследование существующих методик определения пространственной организа­ции генома с помощью молекулярно-биологических подходов. Хотя интенсивное разви­тие в области флюоресцентной микроскопии и флюоресцентной in situ гибридизации (FISH) в последние десятилетия сделало возможным визуализировать трехмерную органи­зацию хромосом в интерфазном ядре, исследование пространственной структуры ядра методом FISH имеет ряд серьезных ограничений: 1) в эксперименте можно визуализи­ровать лишь небольшое количество конкретных хромосомных локусов; 2) исследование можно провести на небольшом (порядка нескольких сотен) количестве клеток; 3) про­странственное разрешение метода ограниченно. Поэтому для исследования пространст­венной организации генома половых и соматических клеток было принято решение использовать метод Hi-C. Hi-C позволяет определять пространственную структуру хроматина в масштабе всего генома с очень высоким разрешением в большом количестве клеток. Метод Hi-C представляет собой объединение технологии 3С и технологий массового параллельного секвенирования. Полное секвенирование 3С-библиотеки теоре­тически позволяет установить все хроматиновые контакты, существующие в геноме. По материалам теоретического исследования подготовлена публикация «3С-методы в исследованиях пространственной организации генома». Для проведения эксперимента на соматических клетках были выделены эмбриональные фибробласты из 13,5-дневных эмбрионов мышей линии С57/BL. Выделенные фибробласты были заморожены на раннем пассаже и готовы для создания ДНК библиотеки взаимодействующих районов.

4.3.10. В ходе выполнения этапа проекта были впервые получены культуры гипотала­мических нейронов крыс линий Браттлборо и WAG. Кроме того, впервые была применена система лентивирусных векторов, обеспечивающая управляемую транскрипцию генов, необходимых для репрограммирования клеток, для получения ИПСК крыс из нейронов головного мозга. Впервые получены стабильные линии ИПСК крыс Браттлборо, которые являются моделью наследственного гипоталамического несахарного диабета.

В данном проекте впервые получены и охарактеризованы ИПСК крыс, которые являются моделью развития наследственного заболевания, в данном случае наслед­ственного гипоталамического несахарного диабета. Полученные культуры гипоталами­ческих нейронов и ИПСК крыс Браттлборо и WAG могут способствовать развитию представлений о природе эффекта эпигенетической памяти и позволят исследовать возможность применения данного феномена при масштабном получении специфических типов нейронов головного мозга.

4.3.11. Цель работы – создание программного обеспечения для анализа данных экспрессии генов в тканях мозга на основе технологий высокопроизводительного секвенирования ДНК и экспрессионных микрочипов.

На данном этапе выполнено теоретическое исследование алгоритмов, обзор баз данных и методов измерения экспрессии генов. Показано, что наиболее перспективными являются методы определения экспрессии генов с помощью высокопроизводительного секвенирования к ДНК. На первом этапе выполнения работ подготовлены материалы и лабораторные животные для выполнения экспериментов – полному секвенированию транскриптома клеток тканей мозга крысы (RNA-seq) с помощью технологии SOLiD.

В ходе выполнения проекта начата разработка учебных курсов компьютерной геномики для студентов, охватывающих вопросы измерения экспрессии генов, проведены занятия для студентов кафедры информационной биологии (КИБ) факультета естествен­ных наук НГУ.

4.3.12. Проект направлен на решение актуальной задачи изучения зараженности природ­ных популяций различных видов шмелей и пчел паразитическими микроспоридиями рода Nosema. Целью первого этапа являлось биоинформатическое исследование нуклеотидных последовательностей из геномов представителей рода Nosema, доступных в генетических базах данных. На основании аналитического обзора и разработанной программы исследо­ваний были проведены следующие работы: поиск прочитанных геномов и незавершенных геномных проектов микроспоридий; поиск последовательностей микроспоридий, парази­тирующих в организмах представителей класса Insecta, по генетическим базам данных; поиск последовательностей микроспоридий, паразитирующих в организмах представи­телей рода Bombus по генетическим базам данных; сравнительный анализ полученных последовательностей с помощью специализированных компьютерных программ; филоге­нетический анализ полученных последовательностей с помощью специализированных компьютерных программ. В результате поиска были выявлены все известные последова­тельности Nosema, проведен сравнительный и филогенетический анализы полученных последовательностей, выявлены кластеры наиболее близких последовательностей и оце­нено разнообразие Nosema в геномах насекомых. На основании полученных результатов были сконструированы специфические праймеры для экспериментального анализа геномов шмелей (род Bombus) и пчел (род Apis) и составлен план экспериментальных исследований, которые будут проводиться на втором этапе проекта.

4.3.13. В ходе выполнения проекта впервые выявлено, что наследственно обусловленная предрасположенность к формированию депрессивноподобного состояния может ассоци­ироваться с повышением экспрессии антиапоптозного белка Bcl-xL во фронтальной коре, гиппокампе и среднем мозге. Впервые обнаружен возрастной градиент экспрессии белка каскада сигнальной трансдукции интерлейкина 6 – gp130: в гиппокампе новорожденных уровень его мРНК более чем в 250 ниже, чем у взрослых, что препятствует участию этого белка в психопатологии онтогенетического генеза. Впервые установлено повышение экспрессии gp130 в мозге, в период формирования у взрослых животных индуциро­ванного стрессом депрессивноподобного состояния. Также впервые выявлена обратная зависимость между экспрессий gp130 и повышением уровня глюкокортикоидов в крови при остром, а также и хронических стрессорных воздействиях, индуцирующих у чувствительных к стрессу особей депрессию. В целом эти результаты впервые позволяют рассматривать внутриклеточные белки Bcl-xL и gp130 в качестве терапевтических мишеней депрессивных расстройств наследственного и индуцированного стрессом генеза.