2011 год

Гранты 2011 год

Сведения о тематике научных исследований (отечественные и зарубежные гранты, федеральные целевые, ведомственные и региональные программы, программы РАН и СО РАН) ГРАНТЫ РФФИ

Инициативные проекты

№ п/п

Номер
проекта

Название проекта

Руководитель

Дата начала-окончания

1

2

3

4

5

1

09-04-00079-а

Комплексное исследование роли 5-НТ1А, 5-НТ2А и 5-НТ2С типов серотониновых рецепторов в генетической регуляции нормального и патологического поведения

Науменко В.С.

2009–2011

2

09-04-00197-а

Исследование внутриклеточных механизмов гидроосмотического действия вазопрессина в осморегули-рующем эпителии почки и их форми-рование в постнатальном онтогенезе

Батурина Г.С.

2009–2011

3

09-04-00213-а

Влияние генетических и физических факторов на уровень экспрессии транспозонов у Drosophila melanogaster

Захаренко Л.П.

2009–2011

4

09-04-00284-а

Анализ эффектов стресса и антидепрессан-тов на активность нейротрофических процессов в областях мозга, содержащих серотонинергические нейроны

Шишкина Г.Т.

2009–2011

5

09-04-00424-а

Функциональный анализ межклеточной адгезии и коммуникации в тканях –мишенях вазопрессина

Хегай И.И.

2009–2011

6

09-04-00441-а

Роль Д1- и Д2-подобных рецепторов в регуляции дофамином уровня стресс-связанных гормонов насекомых

Грунтенко Н.Е.

2009–2011

7

09-04-00447-а

Влияние материнского лептина в период беременности на риск развития ожирения и диабета второго типа у мышей

Макарова Е.Н.

2009–2011

8

09-04-00482-а

Возрастные аспекты нейрогормональной и нейрохимической регуляции сексуального поведения самцов крыс

Амстиславская Т.Г.

2009–2011

9

09-04-00562-а

Изучение конкурентных взаимоотноше-ний транскрипционных факторов семей-ства Fox в регуляции поведениия генов печени и их роли в гепатоканцерогенезе

Васильев Г.В.

2009–2011

10

09-04-00717-а

Роль гена гликопротеида GP130 и нейротрофических факторов в регуляции депрессивно-подобных состояний, характеризующихся высокой предрасположенностью к каталепсии

Тихонова М.А.

2009–2011

11

09-04-00872-а

Генетические факторы, влияющие на изменчивость генофондов популяций дрозофил

Захаров И.К.

2009–2011

12

09-04-00930-а

Влияние социальной иерархии на репродуктивное развитие у самцов лабораторных мышей: роль генотипа

Осадчук Л.В.

2009–2011

13

09-04-01369-а

Исследование колонизации эмбриона и взрослого организма мыши плюрипотент-ными ЭСК разной плоидности на модели инъекционных и агрегационных химер

Кизилова Е.А.

2009–2011

14

09-04-01382-а

Роль транскрипционных факторов в возникновении яровости у пшениц в процессе доместикации

Гончаров Н.П.

2009–2011

15

09-04-01440-а

Изучение молекулярной организации центромерной ДНК и ее роли в процессе видообразования у хирономид

Голыгина В.В.

2009–2011

16

09-04-01641-а

Компьютерное исследование молекулярной эволюции генов и молекулярно-генетических систем многоклеточных животных

Гунбин К.В.

2009–2011

17

10-01-00717-а

Симметрия и хаос в генных сетях

Лихошвай В.А.

2010–2012

18

10-04-00008-а

Сравнительный иммуно-флуоресцент-ный анализ рекомбинационных характеристик геномов млекопитающих

Бородин П.М.

2010–2012

19

10-04-00075-а

Цитогенетическая диссекция цитокинеза в генеративных тканях Drosophila melanogaster

Федорова С.А.

2010–2012

20

10-04-00083-а

Психопатология повторного опыта агрессии: Пост-депривационные последствия

Кудрявцева Н.Н.

2010–2012

21

10-04-00121-а

Изучение генетического контроля когнитивных функций человека с помощью сканирования генома

Зоркольцева И.В.

2010–2012

22

10-04-00133-а

Биология теломер млекопитающих: особенности морфо-функциональной организации теломер бурозубок

Жданова Н.С.

2010–2012

23

10-04-00172-а

Молекулярные механизмы регуляции метаболизма ювенильного гормона в процессе размножения насекомых (модель Drosophila)

Раушенбах И.Ю.

2010–2012

24

10-04-00230-а

Генетический анализ репродуктивной изо-ляции вследствие ядерно-цитоплазмати-ческой несовместимости в отдаленных скрещиваниях в роде горох (Pisum L.)

Богданова В.С.

2010–2012

25

10-04-00331-а

Исследование роли эстрадиола в регуляции чувствительности к инсулину у мышей со сниженной активностью меланокортиновой системы гипоталамуса

Яковлева Т.В.

2010–2012

26

10-04-00439-а

Изучение микроспорогенеза у амфигаплоидов ABDR (2n=28), полученных с использованием пшенично-ржаных дисомно замещенных линий (2n=42)

Силкова О.Г.

2010–2012

27

10-04-00462-а

Экспериментально-теоретическое исследование связанных с различными заболеваниями полиморфизмов ТАТА-боксов и их ближайшего окружения в промоторах генов человека

Меркулова Т.И.

2010–2012

28

10-04-00616-а

Молекулярно-генетические и физиологические механизмы кататонических реакций: экспериментальное исследование на крысах линии ГК (генетическая кататония)

Алехина Т.А.

2010–2012

29

10-04-00661-а

Изучение признаков, определяющих устойчивость к биотическим и абиотическим стрессам, продуктивность и межвидовые различия у гекса-плоидных пшениц родаTriticum L. При направленном замещении отдельных хромосом

Ефремова Т.Т.

2010–2012

30

10-04-00697-а

Агамоспермия – новый подход к созданию исходного материала для селекции сахарной свеклы (Beta vulgaris L.)

Малецкий С.И.

2010–2012

31

10-04-00899-а

Идентификация видов и изучение эволюции геномов с помощью молекулярных маркеров (на примере видов родаChironomus)

Гундерина Л.И.

2010–2012

32

10-04-00903-а

Ранние стадии перепрограммирования родительских геномов в гибридных клетках, получаемых слиянием эмбриональных стволовых и соматических клеток разной плоидности

Матвеева Н.М.

2010–2012

33

10-04-01011-а

Идентификация генов-мишеней транскрипционных факторов, участвующих в контроле развития глаза дрозофилы

Баричева Э.М.

2010–2012

34

10-04-01280-а

Клеточные и молекулярные механизмы регуляции метаболизма гиалуронана в почке млекопитающих и его участие в реализации гидроосмотического эффекта вазопрессина

Иванова Л.Н.

2010–2012

35

10-04-01310-а

Математическое и компьютерное моделирование коэволюции сообществ трофически связанных организмов

Матушкин Ю.Г.

2010–2012

36

10-04-01358-а

Выявление механизма глюкокортикоидной регуляции экспрессии тирозингидроксилазы в развивающемся головном мозге

Калинина Т.С.

2010–2012

37

10-04-01426-а

Исследование 3-мерной организации и функциональной динамики наноструктур интерфазного ядра

Киселева Е.В.

2010–2012

38

10-04-01458-а

Выявление, молекулярно-генетическое и физическое картирование генов, участвующих в регуляции развития соцветия мягкой пшеницы (T. aestivum L.) и ее сородичей

Добровольская О.Б.

2010–2012

39

10-04-01469-а

Исследование структурных механизмов реорганизации клеток и роли ядра и цитоплазмы в процессе репрограммирования эмбриональных стволовых и дифференцированных клеток

Морозова К.Н.

2010–2012

40

11-04-00098-а

Поиск генов, контролирующих уровень фосфо- и сфинголипидов в плазме крови            

Аксенович Т. И.

2011–2013

41

11-04-00178-а

Структурная организация и эволюция генов хромосомы 5B, контролирующих развитие пшеницы и ее гибридов

Салина Е.А.

2011–2013

42

11-04-00205-а

Влияние нейротрофических факторов BDNF и GDNF на серотониновую систему мозга и генетически детерминированные формы поведения

Попова Н.К.

2011–2013

43

11-04-00210-а

Норадренергические механизмы мозга, симпатоадреналовая система и артериальная гипертония: генетико физиологическое исследование на гипертензивных крысах линии НИСАГ (ISIAH)

Маркель А.Л.

2011–2013

44

11-04-00266-а

Интерлейкин-6 в регуляции контролируемого серотонином поведения

Куликов А.В.

2011–2013

45

11-04-00375-а

Исследование эффектов кортикотропина на экспрессию нейроэндокринных регуляторов активности мужской половой системы в раннем постнатальном онтогенезе

Дыгало Н.Н.

2011–2013

46

11-04-00414-а

Сигнальные эффекты низкомолекулярных летучих соединений и перспективы неинвазивной диагностики

Мошкин М.П.

2011–2013

47

11-04-00545-а

Роль ядерных рецепторов в механизмах чувствительности и резистентности к гепатоканцерогенезу

Ильницкая С.И.

2011–2013

48

11-04-00574-а

Молекулярно-генетические механизмы формирования признаков окраски у пшеницы

Хлесткина Е.К.

2011–2013

49

11-04-00653-а

Исследование функции гипоталамо-гипофизарно-надпочечниковой системы, поведения и последствий стресса в адолесцентном периоде у крыс разных генотипов

Оськина И.Н.

2011–2013

50

11-04-00666-а

Выявление генетических детерминант преждевременного старения крыс OXYS

Колосова Н.Г.

2011–2013

51

11-04-00695-а

Изучение молекулярных механизмов быстрых негеномных эффектов альдостерона в собирательных трубках почки крысы в постнатальном онтогенезе

Логвиненко Н.С.

2011–2013

52

11-04-00739-а

Ранние стадии индукции плюрипотентности в фибробластах человека и мыши под действием экзогенных белковых транскрипционных факторов: Oct4, Nanog, Sox2 и c-Myc

Серов О.Л.

2011–2013

53

11-04-00799-а

Регуляция инактивации Х-хромосомы у грызунов

Шевченко А.И.

2011–2013

54

11-04-00806-а

Анализ изменчивости последовательностей митохондриальной и хлоропластной ДНК в процессе коадаптации ядерных и цитоплазматических геномов при интрогрессивной гибридизации мягкой пшеницы и при ускоренном получении гомозиготных рекомбинантных линий в культуре пыльников

Першина Л.А.

2011–2013

55

11-04-00847-а

Репрограммирование дифференцированных соматических клеток человека к плюрипотентному состоянию

Закиян С.М.

2011–2013

56

11-04-01192-а

Выявление причин и механизмов межклеточного перемещения хроматина в материнских клетках пыльцы у трансгенных растений табака

Дейнеко Е.В.

2011–2013

57

11-04-01206-а

Изучение связи полиморфизма генов неспецифического иммунного ответа с предрасположенностью человека к заболеваниям, вызываемым флавивирусами

Ромащенко А.Г.

2011–2013

58

11-04-01221-а

Изучение молекулярно-генетического контроля наследуемых форм нейросенсорной тугоухости/глухоты и анализ их распространенности в популяциях Сибири

Посух О. .

2011–2013

59

11-04-01254-а

Экспериментально-теоретическое изучение молекулярно-генетических механизмов распределения ауксина в корне растений

Миронова В.В.

2011–2013

60

11-04-01333-а

Экспериментально-компьютерное исследование механизмов метаболизма ксенобиотиков у печеночных сосальщиков семейства Opisthorchiidae

Пахарукова М.Ю.

2011–2012

61

11-04-01748-а

Компьютерный анализ и моделирование процессов развития апикальной меристемы побега   

Колчанов Н.А.

2011–2013

62

11-04-01771-а

Изучение адаптации протеомов микроорганизмов к повышенным давлениям внешней среды методами биоинформатики

Афонников Д.А.

2011–2013

63

11-04-01888-а

Компьютерное исследование молекулярных механизмов регуляции транскрипции с помощью высокопроизволительного секвенирования ДНК и иммунопреципитации хроматина (ChIP-seq) в геноме раковых клеток

Орлов Ю.Л.

2011–2012

64

11-04-01956-а

Исследование влияния эмоционального стресса на развитие генетически-детерминированного диабета 2 типа у мышей с мутацией Ау        

Бажан Н.М.

2011–2013

Организация российских и международных научных мероприятий на территории России


№ п/п

Номер
проекта

Название проекта

Годы

Отв. Исполнитель

1

11-01-06094-г

Организация и проведение международной конференции "Современные проблемы математики, информатики и биоинформатики", посвященной 100-летию со дня рождения члена-корреспондента АН СССР Алексея Андреевича Ляпунова

2011

Колчанов Н.А.

2

11-00-06065-г

Организация и проведение международной конференции "Генетические ресурсы и геномика пшеницы" и школы молодых ученых "Методы биоинформатики и новые технологии секвенирования геномов"

2011

Салина Е.А.

3

11-04-06826 моб_г

Организация и проведение третьей школы молодых ученых «Биоинформатика и системная биология»

2011

Колчанов Н.А.

Конкурс ориентированных фундаментальных исcледований по актуальным междисциплинарным темам


№ п/п

Номер
проекта

Название проекта

Годы

Отв. Исполнитель

1

11-04-12093-офи-м-2011

Изучение эффектов воздействия терагерцового излучения на живые объекты разного уровня организации

2011–2012

Пельтек С.Е.

 

2

11-06-12006-офи-м-2011

Реконструкция процессов антропогенеза: анализ митохондриальных геномов представителей древнего и современного населения Сибири

2011–2012

Колчанов Н.А.

Совместный конкурс с НЦНИ: инициативные PICS


Номер проекта

Название проекта

Годы

Отв. Исполнитель

09-04-91051-НЦНИ_а

Структура и функция терминальных районов хромосом млекопитающих

2009–2011

Жданова Н.С.

Конкурс совместных российско-индийских исследовательских проектов


Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный 
исполнитель

 

11-04-92707-ИНД_а

Идентификация и функциональный анализ генов-кандидатов, связанных с задержкой пожелтения листьев и фиолетовой окраской зерна у пшеницы

2011–2012

Хлесткина Е.К.

11-04-92712-ИНД_а

Выявление и анализ особенностей аминокислотных последовательностей нейраминидазы и гемагглютинина вируса гриппа человека, определяющих их адгезивные свойства

2011–2012

Афонников Д.А.

Международный конкурс российско-украинских проектов

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный 
исполнитель

10-04-90411-Укр_а

Исследование роли экстраклеточных рибонуклеаз в механизме вирусоустойчивости растений

2010–2011

Кочетов А.В.

11-04-90437-Укр_ф_а

Молекулярно-генетический анализ полиморфизма генов, контролирующих рост, развитие и чувствительность к фотопериоду среди российских и украинских сортов мягкой пшеницы

2011–2012

Салина Е.А.

11-04-90490-Укр_ф_а

Исследование генетической изменчивости печеночных сосальщиков семейства Opisthorchiidae в природных очагах описторхидозов Российской Федерации и Украины

2011–2012

Мордвинов В.А.

Участие российских ученых в международных мероприятиях за рубежом


№ п/п
Шифр гранта Название проекта Годы Ответственный 
исполнитель
1 2 3 4 5

1

11-04-08355-з

Участие в 15-й международной конференции Европейского сообщества по генетике злаков (EWAC)

2011

Хлесткина Е.К.

2

11-04-08356-з

Участие в 15-й международной конференции Европейского сообщества по генетике злаков (EWAC)

2011

Щербань А.Б.

3

11-04-09728-моб_з

Участие в 15-й международной конференции Европейского обще-ства по генетике злаков (EWAC)

2011

Симонов А.В.

4

11-04-09652-моб_з

Участие в «3rd EMBO Conference on Host Genetic Control of Infectious Diseases»

2011

Бархаш А.В.

5

11-04-09595-моб_з

Участие в «15-th Evolutionary Biology Meeting»

2011

Гунбин К.В.

6

11-04-09613-моб_з

Участие в VII съезде казахского физиологического общества с международным участием «Современная физиология: от клеточно-молекулярной до интегративной – основа здоровья и долголетия»

2011

Меньшанов П.Н.

7

11-04-08306-з

Участие во II международной научно-практической конференции "Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии и медицине"

2011

Мошкин М.П.

8

11-04-09563-моб_з

Участие в международной конференции Европейской Молекулярно- Биологической организации по мейозу 

2011

Башева Е.А.

9

11-04-08245-з

Участие в международной конференции Европейской Молекулярно- Биологической организации по мейозу

2011

Бородин П.М.

10

11-04-09547-моб_з

>Участие в международной конференции «Факторы экспериментальной эволюции организмов»

2011

Кирикович С.С.

11

11-04-08255-з

Участие в международной конфе-ренции «Факторы эксперимен-тальной эволюции организмов»

2011

Малецкий С.И.

12

11-04-08252-з

Участие в международной конференции «Факторы экспериментальной эволюции организмов»

2011

Юданова С.С.

13

11-04-09493-моб_з

Участие в международном симпозиуме «50 лет исследования инактивации Х-хромосомы»

2011

Дементьева Е.В.

14

11-04-09357-моб_з

Участие в восьмой европейской конференции по математической и теоретической биологии (ECMTB-2011).

2011

Акбердин И.Р.

15

11-04-08163-з

Участие в международном симпозиуме «Tenth Symposium on Catecholamines and Other Neurotransmitters in Stress»

2011

Дыгало Н.Н.

16

11-04-09431-моб_з

Участие в восьмой европейской конференции по математической и теоретической биологии (ECMTB-2011)

2011

Зубаирова У.С.

17

11-04-09417-моб_з

Участие в восьмой европейской конференции по математической и теоретической биологии (ECMTB-2011)

2011

Миронова В.В.

18

11-04-08157-з

Участие в восьмой европейской конференции по математической и теоретической биологии (ECMTB-2011)

2011

Николаев С.В.

19

11-04-09428-моб_з

Участие в «8 IBRO World Congress of Neuroscience»

2011

Прокудина О.И.

20

11-04-08164-з

Участие в международном симпозиуме «Tenth Symposium on Catecholamines and Other Neurotransmitters in Stress»

2011

Шишкина Г.Т.

21

11-04-08000

Участие в 1-м Всемирном конгрессе по эндоболизму

2011

Макарова Е.Н.

22

11-04-08001

Участие в Международной конференции «Protein & Peptide Conference»

2011

Соленов Е.И.

23

11-04-09310-моб_з

Участие в «13th Annual meeting of the International Behavioral and Neural Genetics Society»

2011

Базовкина Д.В.

24

11-04-09312-моб_з

Участие в «13th Annual meeting of the International Behavioral and Neural Genetics Society»

2011

Кондаурова Е.М.

25

11-04-90799_моб_ст

Участие во 2-ой международной конференции «Дрозофила в экспериментальной генетике и медицине»

2011

Федорова С.А.

Издательские проекты

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный
исполнитель

10-04-07036-д

Издание книги «Вера Вениаминовна Хвостова – учитель и друг»

2010–2011

Шумный В.К.

09-04-07018-д

Издание книги «Энциклопедия рода Beta(биология, генетика и селекция свеклы)»

2009–2011

Малецкий С.И.

Конкурс научно-популярных статей

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный
исполнитель

11-04-11500-c

Взлет и падение Y-хромосомы

2011

Бородин П.М.

Проекты организации экспедиций


Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный 
исполнитель

11-04-10144-к

Организация и проведение «Комплексной экспедиции по исследованию биологических систем, развивающихся в экстремальных условиях»

2011

Колчанов Н.А.

 

Совместные российско-французские и российско-тайваньские исследовательские проекты


Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный 
исполнитель

11-04-91397-НИСИ_а

Формирование билатеральной симметрии в зародышах двудольных растений

2011–2012

Колчанов Н.А.

11-04-92009-ННС_а

Нейродегенеративные изменения и нарушения поведения, обусловленные старением: исследование протекторных возможностей диосгенина

2011–2013

Амстиславская Т.Г.

Конкурс на получение доступа к электронным научным информационным ресурсам зарубежных издательств

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный 
исполнитель

11-00-14224ир

Получение доступа ИЦИГ СО РАН к электронным научным информационным ресурсам

2011

Колчанов Н.А.

Российский гуманитарный научный фонд РГНФ

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный 
исполнитель

10-01-00322

Общие закономерности и региональные тенденции антропогенетических и историко-культурных процессов Южных районов Сибири в эпоху неолита

2011–2012

Губина М.А.

 

ФЦП Министерство образования и науки Программа «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007–2013 гг.»

№ п/п

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный
исполнитель

1

 ГК-07.514.11.4003

Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике

2011–2012

ак. Колчанов Н.А.

2

 ГК- 16.513.12.3107

Проведение проблемно-ориентирован-ных поисковых исследований в области ДНК-чипов в рамках технологической платформы «Медицина будущего

2011

д.б.н. Колосова Н.Г.

3

 ГК-16.512.11.2274

Проведение проблемно-ориентирован-ных поисковых исследований по тематике технологической платформы «Медицина будущего» в области поиска молекулярных мишеней онкологических заболеваний с помощью биоинформа-ционных и постгеномных технологий

2011

д.б.н. Меркулова Т.И.

4

 ГК- 16.512.11.2129

Изучение паразитарных антигенов, яв-ляющихся маркёрами описторхоза, и соз-дание набора их рекомбинантных анало-гов и специфических моноклональных антител, как платформы для совершен-ствования диагностики гельминтозов

2011–2012

д.б.н. Мордвинов В.А.

5

 ГК-07.514.11.4052

Разработка информационного ресурса модульного типа для поддержки исследований, проводимых в рамках Технологической платформы «Биоиндустрия  и биоресурсы – БиоТех 2030» в областях агробиотехнологии и биоинженерии

2011–2012

к.б.н. Кочетов А.В.

6

 ГК-16.512.11.2180

Создание коллекции штаммов микроводорослей, прменимых в качестве продуцентов липидов

2011–2012

к.б.н. Пельтек С.Е.

7

ГК-07.514.11.4011

Масштабируемые параллельные программы молекулярной динамики для решения задач биотехнологии и компьютерной фармакологии

2011–2012

Подколод-ный Н.Л.

8

 ГК-07.514.11.4023

Проектирование и разработка –веб сервисов для создания распределенной инфраструктуры , ориентированной на решени язадач реконструкции и анализа генных сетей

2011–2012

Подколод-ный Н.Л.

9

 ГК-16.512.11.2223

Разработка метода генетической паспор-тизации сортов и гибридных форм пше-ницы на основании маркирования индивидуальных хромосом

2011–2012

д.б.н. Салина Е.А.

10

ГК-16.513.11.3135

Разработка экспериментального образца биоаналитического комплекса нового поколения на основе микро/нанофлюидных систем

2011–2012

к.б.н. Пельтек С.Е.

Министерство образования и науки РФ

Программа «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» на 2009–2013 гг.

№ п/п

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный
исполнитель

1

 ГК-02.740.11.0705

Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных»
Отчет о НИР: (Этап 1, Этап 2, Этап 3, Этап 4, Этап 5, Этап 6)

2010–2012

к.б.н. Кочетов А.В.

2

 ГК-14.740.11.0922

Изучение молекулярных механизмов синергичного действия химиотерапевтиче-ского цитостатика циклофосфа-на и препарата экзогенной ДНК

2011–2012

д.б.н. Богачев С.С.

3

 ГК. П 721

Разработка программно-инфор-мационного комплекса для исследования механизмов регу-ляции экспрессии генов эукариот

2009–2011

к.б.н. Кочетов А.В.

4

 ГК-П324

Роль дофамина в эволюционно-консервативных механизмах молекулярно-генетического контроля стрессоустойчивости у животных

2010–2012

д.б.н. Грунтенко Н.Е.

5

 ГК-П1044

Вертикальная эволюция и горизонтальный перенос ДНК транспозонов и non-LTR ретротранспозонов в отряде Lepidoptera (Insects)

2010–2012

к.б.н. Блинов А.Г.

6

 ГК-П409

Разработка подходов и создание новых хозяйственно ценных форм мягкой пшеницы методом маркер-опосредованной хромосомной инженерии

2010–2012

д.б.н. Е.А.Салина

7

 ГК-14.740.11

Исследование особенностей фе-нотипа и функциональной актив-ности ИФН-индуцированных дендритных клеток у больных инфекционными заболеваниями (герпес, гепатит ВиС, туберкулез)

2010–2011

д.б.н. Богачев С.С.

8

 ГК-П 857

Разработка программного обес-печения для высокопроизводи-тельных вычислений в биоинформатике

2010–2012

ак. Колчанов Н.А.

9

 ГК-02.740.11.0277

Геномные и хромосомные механизмы возникновения и поддержания биологического разнообразия

2009–2011

к.б.н. Кочетов А.В.

10

. ГК-14.740.11.0001

Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей
Отчет о НИР (Этап 1, Этап 2, Этап 3, Этап 4, Этап 5)

2010–2012

ак. Колчанов Н.А.

Региональные программы

1. Проект «Комплексное популяционно-генетическое и демографическое изучение тундровых ненцев Тазовского района ЯНАО в контексте сохранения их генофонда». 
ГК №5-ГК от 26.10.2011. 
(Департамент по делам коренных малочисленных народов Севера ЯНАО).
Руководитель – к.б.н. Осипова Л.П.

Президентская программа по государственной поддержке ведущих научных школ

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный 
исполнитель

НШ-6477.2010.4

Изучение молекулярно-генетических механизмов гормональной регуляции функций у млекопитающих

2010–2011

ак. Иванова Л.Н.

Президентская программа государственной поддержки молодых российских ученых

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный 
исполнитель

МК-199.2010.4.

Молекулярные механизмы агрессивного и депрессивноподобного поведения: исследование роли 5-НТ1А, 5-НТ2А и 5-НТ3 серотониновых рецепторов

2010–2011

к.б.н. Науменко В.С.

6.6. Программы Президиума РАН Химические аспекты энергетики

(координатор-академик Моисеев И.И.)

Шифр
гранта

Название проекта

Годы

Ответственный
исполнитель

№.3.13

Поиск, селекция и изучение перспективных бактериальных штаммов-продуцентов для переработки глицерина

2010–2011

академик 
Колчанов Н.А.

Фундаментальные науки – медицине

(координатор-академик Григорьев А.И.)

№ п/п

Шифр
гранта

Название проекта

Годы

Ответственный исполнитель

1

ФНМ-43

Применение нейротрофического фактора мозга (BDNF) для коррекции наследственных нарушений функции мозга и поведения

2010–2011

д.м.н. Попова Н.К.

2

ФНМ-39

Условия раннего онтогенеза и формирование гипертензивного статуса при наследственной артериальной гипертонии: фундаментальные и прикладные аспекты

2010–2011

Ак. Иванова Л.Н.

3

 ФНМ-11

Молекулярные механизмы развития хориоретинальной дегенерации у крыс OXYS – первой отечественной модели возрастной макулодистрофии для исследований её патогенеза, разработки способов лечения и профилактики

2010–2011

д.б.н. Колосова Н.Г.

4

 ФНМ-23

Раннее выявление мутаций в генах EGFR и K-Ras для диагностики и  развития персонализированных методов лечения немелкоклеточного рака легких

2010–2011

д.б.н. Меркулова

5

 ФНМ-14

Хроническая тревога и иммунодефицит: поиски рациональной фармакотерапии. Инновационное исследование

2010–2011

д.б.н. Кудрявцева Н.Н.

Молекулярная и клеточная биология

(координатор-академик Георгиев Г.П.)

№ п/п

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный исполнитель

1

 № А.II.6.8

Компьютерное моделирование и экспериментальное конструирование генных сетей

2010–2011

ак. Колчанов Н.А.

2

 № А.II.6.9

Молекулярная биология серотониновой системы мозга в экспериментальных моделях генетической предрасположен-ности к агрессии и депрессии

2010–2011

д.м.н. Попова Н.К.

3

 № А.II.6.11

Эпигенетические механизмы регуляции экспрессии генов эукариот в хорде онтогенеза

2010–2011

д.б.н. Закиян С.М.

4

 № А.II.6.12

Изучение структурно-функциональной организации и механизмов сборки ядерной

2010–2011

к.б.н. Киселева Е.В.

5

 № А.II.6.15

Молекулярно-генетические ме-ханизмы комплексных поведен-ческих, морфологических и фи-зиологических признаков: экспе-риментальные исследования на селекционных моделях животных

2010–2011

д.б.н. Маркель А.Л.

6

 № А.II.6.16

От поведения к геному: молекулярные механизмы агонистического поведения

2010–2011

д.б.н. Кудрявцева Н.Н.

7

 № А.II.6.17

Скрытый кодирующий потен-циал эукариотических мРНК: выявление альтернативных сиг-налов инициации трансляции и новых форм эукариотических белков и биологически активных пептидов

2010–2011

к.б.н. Кочетов А.В.

Биологическое разнообразие

(координатор-академик Павлов Д.С.)

№ п/п

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный
исполнитель

1

 № Б.26.21

Изучение полиморфизма ге-нов, детерминирующих коли-чественные признаки человека

2010–2011

д.б.н. Аксенович Т.И.

2

 № Б.26.22

Исследование молекулярно-генетических механизмов стресс-соустойчивости на мо-дели трансгенных растений. Оптимизация экспрессии трансгенов 

2010–2011

к.б.н. Кочетов А.В

3

 № Б.26.23

Генетическое разнообразие и популяционная динамика добавочных В-хромосом млекопитающих

2010–2011

д.б.н. Рубцов Н.Б.

4

 № Б.26.24

Разнообразие структуры терминальных районов хромосом млекопитающих

2010–2011

д.б.н. Жданова Н.С.

5

 № Б.26.25

Молекулярно-генетические механизмы взаимодействия гонадотропинов и биогенных аминов в контроле оогенеза насекомых

2010–2011

д.б.н. Раушенбах И.Ю.

6

 № Б.26.26

Анализ генетической детерми-нации интегрированных при-знаков организма с использо-ванием методологии много-мерной статистики и искус-ственных нейронных сетей

2010–2011

д.б.н. Маркель А.Л.

7

 № Б.26.27

Молекулярно-генетическое изучение признаков, включен-ных в доместикацию у ди-, тетра- и гексаплоидных пшениц

2010–2011

д.б.н. Гончаров Н.П.

8

 № Б.26.28

Механизмы стабилизации интрогрессивных форм мягкой пшеницы в зависимости от таксономической принадлеж-ности источников чужеродно-го генетического материала

2010–2011

д.б.н. Першина Л.А.

9

 № Б.26.29

Биоинформатика генетической изменчивости: исследование влияния мутаций на молекулярно-генетические системы организмов

2010–2011

ак. Колчанов Н.А.

10

 № Б.26.30

Полиморфизм природных популяций – влияние факто-ров внешней среды и взаимо-действие генов и геномов

2010–2011

д.б.н. Захаров И.К.

Б.21 Основы фундаментальных исследований нанотехнологий и наноматериалов

(координатор-академик Алферов Ж.И.)

№ п/п

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный
исполнитель

1

 № Б.21.8

Разработка фундаментальных основ определения масс биопо-лимеров, недоступных современ-ным методам масс-спектромет-рического анализа

2010–2011

ак. Колчанов Н.А.,
к.б.н. Пельтек С.Е.

2

 № Б.21.63

Эллипсометрическое изучение закономерностей модуляции по-верхностного плазмонного резо-нанса различными биологически-ми субстратами для разработки новых подходов к диагностике заболеваний человека

2010–2011

чл.-корр. РАМН Воевода М.И.

3

 № Б.21.66

Исследование подавления экс-прессссии генаin vivo олигонук-лео-тидами, комплементарными к мРНК гена-мишени, иммобилизо-ванными на наночастицах био-деградируемых полимеров радиационным способом

2010–2011

д.б.н. Дыгало Н.Н.

Программы Президиума СО РАН Междисциплинарные интеграционные проекты

№ п/п

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный
исполнитель

1

№ 3

Исследование механизма образования, осаждение в легких и биологического эффекта при ингаляции лекарственных и токсичных наночастиц

2011

Координатор проекта – ак. Болдырев В.В., ИХТТМ СО РАН. Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН –д.б.н. Маркель А.Л.

2

№ 7

Разработка генно-инженерной платформы нового поколения для экспрессии целевых генов в составе внеядерных геномов клеток

2011

Координатор проекта – д.б.н. Дейнеко Е.В., ИЦиГ СО РАН.

3

№ 9

Разработка методов лазерного нагрева металлических наночистиц в биологических тканях для термического разрушения патологических клеток

2011

Координатор проекта – чл.-к. РАН Бухтияров В.И., ИК СО РАН. Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН к.б.н. Попова Н.А.

4

№ 10

Микробиологическая и геохимическая эволюция природных и техногенных экосистем

2011

Координаторы проекта–д.г.-м.н. Жмодик С.М., ИГМ СО РАН, Репин В.Е., ИХБФМ СО РАН
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН –к.б.н. Пельтек С.Е.

5

№ 15

Иммуномодуляторы на основе древних палеобактерий позднего неогена и геномодифицированных дендритных клеток

2011

Координатор проекта–д.б.н. Зенкова М.А., ТХБФМ СО РАН Отв. исполнитель от ИЦиГ – к.б.н. Попова Н.А.

6

№ 18

Комплексное исследование генетических, молекулярных и физиологических механизмов депрессии и разработка новых методов ее фармакологической коррекции. Роль наследственных изменений в цитокиновой и серотониновой системах мозга

2011

Координатор проекта – д.м.н. Попова Н.К., ИЦиГ СО РАН

7

№ 26

Математические модели, численные методы и параллельные алгоритмы для решения больших задач СО РАН и их реализация на многопроцессорных суперЭВМ

2011

Координатор проекта – ак. Михайленко Б.Г., ИВМиМГ СО РАН
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – ак. Колчанов Н.А.

8

№ 39

Применение терагерцового излучения ЛСЭ в исследовании физико-химических и биологических свойств нанообъекатов различной природы

2011

Координатор проекта – ак. Кулипанов Г.Н., ИЯФ СО РАН
Отв исполнитель от ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Пельтек С.Е.

9

№ 46

Изучение механизмов пространственно-временной устойчивости популяций филлофагов и разработка методов регуляции численности насекомых вредителей сельского и лесного хозяйства

2011

Координатор проекта – д.б.н. Глупов В.А., ИСиЭЖ СО РАН
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – д.б.н. Закиян С.М.

10

№ 50

Модели изменения биосферы на основе баланса углерода (по натурным и спутниковым данным и с учетом вклада бореальных экосистем)

2011

Координатор проекта –  ак. Ваганов Е.А.; чл.-к. РАН Федотов А.М., ИВТ СО РАН
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН–ак. Колчанов Н.А.

11

№ 58

Создание нового методического подхода для изучения регуляции и динамики процессов молекулярного переноса, определяющих водно-электролитный гомеостаз клетки

2011

Координатор проекта – д.б.н.  Соленов Е.И., ИЦиГ СО РАН

12

№ 61

Создание нанокомпозитов для доставки фрагментов ДНК и их аналогов в клетки

2011

Координатор проекта – д.х.н. Зарытова В.Ф., ИХБФМ СО РАН
Отв. исполнитель ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Байбородин С.И.

13

№ 62

Фундаментальные вопросы физической химии газовых гидратов – исследования в интересах практического использования

2011

Координатор проекта-д.х.н.  Манаков А.Ю., ИНХ СО РАН 
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Пельтек С.Е.

14

№ 73

Научные основы технологий выращивания и переработки нового вида целлюлозосодержащего сырья – Мискантуса китайского

2011

Координатор проекта – ак. Шумный В.К., ИЦиГ СО РАН
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Пельтек С.Е.

15

№ 87

Роль физических механизмов в транскапиллярном обмене и его регуляции

2011

Координатор проекта – д.ф.-м.н.  Орлов В.А., ИЛФ СО РАН
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – д.б.н. Рубцов Н.Б.

16

№ 91

Функция почки как интегрального механизма регуляции артериального давления при артериальной гипертонии: экспериментальное исследование, математическое и компьютерное моделирование

2011

Координатор проекта – ак. Иванова Л.Н., ИЦиГ СО РАН;  д.ф.-м.н. Блохин А.М., ИМ СО РАН
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – д.б.н. Маркель А.Л.

17

№ 93

Развитие исследований в области медицинской химии и фармакологии как научной основы разработки отечественных лекарственных препаратов

2011

Координатор проекта – ак. Толстиков Г.А., НИОХ СО РАН
Отв. исполнитель ИЦиГ СО РАН – д.б.н. Шишкина Г.Т.

18

№ 94

Сигнальное и диагностическое значение летучих продуктов метаболизма

2011

Координатор проекта – д.б.н. Мошкин М.П., ИЦиГ СО РАН.
Отв. исполнитель – к.б.н. Иванисенко В.А.

19

№ 96

Фундаментальные основы биотехнологического получения целевых продуктов и препаратов

2011

Координатор проекта – д.б.н.  Волова Т.Г., ИБФ СО РАН
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Пельтек С.Е.

20

№ 98

Молекулярные механизмы функционирования защитно-репарационных систем человека; разработка дифференциальных комплексных методов диагностики и терапии заболеваний с аутоиммунными, онкологическими патологиями и заболеваниями пожилого возраста

2011

Координатор проекта – проф.  Невинский Г.А., ИХБФМ СО РАН
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Синицина О.И.

21

№ 104

Поиск и создание новых препаратов для противоопухолевой терапии на основе модифицированных природных соединений

2011

Координатор проекта – чл.-к. РАН Лаврик О.И., ИХБФМ СО РАН
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Попова Н.А.

22

№ 107

Методы исследования дифференциально-разностных уравнений и приложения к задачам биологии и химии

2011

Координатор проекта – д.ф.-м.н. Демиденко Г.В., ИМ СО РАН
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – ак. Колчанов Н.А.

23

№ 109

Структура и свойства молекулярных органических кристаллов в условиях высоких давлений и низких температур

2011

Координатор проекта - д.х.н.  Болдырева Е.В., ИХТТМ СО РАН
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – ак. Колчанов Н.А.

24

№ 111

Интеллектуальный компьютерный анализ научных текстов для поиска, извлечения и интеграции знаний: приложение к катализу в химии и биологии

2011

Координатор проекта – академик Пармон В.Н., ИК СО РАН
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – ак. Колчанов Н.А.

25

№ 113

Разработка вычислительных методов, алгоритмов и аппаратурно-программного инструментария параллельного моделирования природных процессов

2011

Координатор проекта – чл.-к. РАН Хорошевский В.Г., ИФП СО РАН
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – ак. Колчанов Н.А.

26

№ 115

Антропогенетические, экологические и социально-культурные составляющие этногенеза древнего населения Западной Сибири (V-I тыс. до н.э.)

2011

Координаторы проекта – ак. Молодин В.И., ИАЭТ СО РАН; 
к.б.н. Ромащенко А.Г., ИЦиГ СО РАН

27

№ 119

Постгеномная биоинформатика: компьютерный анализ и моделирование молекулярно-генетических систем

2011

Координатор проекта – ак. Колчанов Н.А., ИЦиГ СО РАН

28

№ 122

Криосфера как среда жизнеобеспечения и сохранения биоразнообразия

2011

Координатор проекта – ак. Мельников В.П., ИКЗ СО РАН
Отв. исполнитель ИЦиГ СО РАН – д.б.н. Гончаров Н.П.

Интеграционные проекты, выполняемые совместно со сторонними научными организациями

 

Шифр гранта

Название проекта

Годы

Ответственный
исполнитель

1

№ 27

Молекулярные механизмы гормональной регуляции численности насекомых в нормальных и неблагоприятных условиях среды

2011

Координатор пролекта – д.б.н. Грунтенко Н.Е., ИЦиГ СО РАН

2

№ 28

Исследование молекулярно-генетических механизмов стрессоустойчивости растений и восстановления фертильности гибридов с помощью методов хромосомной, генной и метаболической инженерии. Получение новых высокоадаптивных форм хозяйственно ценных растений

2011

Координаторы проекта – к.б.н. Кочетов А.В., ИЦиГ СО РАН;
д.б.н. Першина Л.А., ИЦиГ СО РАН, д.б.н. Малиновский В.И., БПИ ДВО РАН

3

№ 31

Разработка фундаментальных основ интегрированных сорбционных, каталитических и микробиологических методов для охраны окружающей среды

2011

Координаторы проекта – ак. Пармон В.Н., ИК СО РАН, ак. НАН Украины Гончарук В.В., ИКХХВ НАНУ; чл.-корр. РАН Демаков В.А., ИЭГМ Уро РАН. 
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Пельтек С.Е.

4

№ 41

Определение противоопухолевого потенциала интерферирующих РНК пролонгированного действия in vivo

2011

Координатор проекта – к.х.н. Черноловская Е.Л., ИХБФМ СО РАН. Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Николин В.П.

5

№ 48

Регуляция пролиферативной активности и дифференцировки стволовых клеток поз-воночных и беспозвоночных животных

2011

Координатор проекта – д.б.н. Серов О.Л., ИЦиГ СО РАН

6

№ 59

Трехмерные культуры клеток: исследование культивирования стволовых и первичных клеток с целью получения дифференцированной хрящевой ткани, пригодной для заместительной терапии

2011

Координатор проекта – д.б.н. Закиян С.М., ИЦиГ СО РАН

7

 № 84

Исследование репродуктивного потенциала и его гормональной регуляции у мужчин европейского и азиатского Севера в связи с изменениями среды обитания

2011

Координатор – д.б.н. Осадчук Л.В., ИЦиГ СО РАН

8

 № 99

Индукция эпигенетических изменений как новый эффективный метод создания исходных селекционных форм растений

2011

Координатор проекта – д.б.н. Малецкий С.И., ИЦиГ СО РАН

9

№ 112

Экспериментальный и биоинформационный анализ видообразования у млекопитающих и птиц

2011

Координаторы проекта – д.б.н. Бородин П.М., ИЦиГ СО РАН, ак. Журавлев Ю.Н., БПИ ЛВО РАН

10

№ 129

Молекулярно-генетические и цитологические основы формирования и стабилизации рекомбинантных геномов злаков

2011

Координаторы проекта – д.б.н. Салина Е.А., ИЦиГ СО РАН, 
ак. НАНБ 
Хотылева Л.В., ИГиЦ НАН Беларуси

11

№ 131

Создание научных основ комплексного физико-химического и микробиологического метода увеличения нефтеотдачи с использованием ферментов и микрофлоры из природных источников

2011

Координатор проекта – д.т.н. Алтунина Л.К., ИХТ СО РАН Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Пельтек С.Е.

12

№ 148

Лазерная диагностика канцерогенеза с использованием измерения преломления и флуоресцентной спектроскопии

2011

Координатор проекта д.б.н. Амстиславская Т.Г., ИЦиГ СО РАН

№ п/п

Шифр гранта

Название проекта

Интеграционные проекты, выполняемые по заказу Президиума СО РАН, и проекты с Академией наук Монголии

Годы

Ответственный
исполнитель

1

 № 1

Создание программной среды для институтов СО РАН на базе свободно-распространяемого ПО и программного обеспечения с открытым кодом в качестве составной части национальной программной платформы

2011

Координаторы проекта: ак. Годунов С.К, ак. Михайленко Б.Г.
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН-Подколодный Н.Л.

2

 № 5

Уникальные устройства и стенды для развития исследовательской инфраструк-туры СО РАН, обеспечивающей возмож-ность проведения нестандартных исследо-ваний в области химии и биологии. Радиа-ционный крекинг тяжелого нефтяного и альтернативного углеводородного сырья

2011

Координаторы проекта – ак. Пармон В.Н., чл.-к. РАН Ляхов Н.З.
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Пельтек С.Е.

3

 № 6

Динамика экосистем Академгородка: мониторинг и разработка рекомендаций по рациональному использованию

2011

Координатор проекта – ак. Жимулев И.Ф.
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН – к.б.н. Костерин О.Э.

4

 № 13

Освоение базовых технологий работы ЦКП «SPF-виварий ИЦиГ СО РАН» на примере исследований по биобезопасности наноматериалов

2011

Координатор проекта – ак. Колчанов Н.А.

5

№ 4

Прогрессивная механохимическая технология углубленной переработки облепихи

2011

Координатор проекта: д.х.н. О.И.Ломовский, ИХТТМ СО РАН
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН д.б.н. М.П. Мошкин

6

№ 14

Применение криогелей для стабилизации выветриваемых почв и создания зеленого покрова из многолетних трав

2011

Координатор проекта: Л.К. Алтунина ИХН СО РАН, Томск.
Отв. исполнитель от ИЦиГ СО РАН к.б.н. С.Е.Пельтек

Гранты экспедиционных исследований СО РАН

1. «Сбор растительного материала для выявления альтернативных источников целлюлозы»
Научный руководитель-д.с/х.н. А.В. Железнов
2. «Исследование репродуктивного потенциала мужского населения Северо-Восточного региона РФ – поиск этнических и эколого-географических различий»
Научный руководитель-д.б.н. Л.В. Осадчук
3. «Изучение молекулярных механизмов наследственной глухоты и распространенности в популяциях Сибири» 
Научный руководитель-к.б.н. О.Л. Посух.
4. «Полиморфизм гена фактора некроза опухолей-альфа у пород крупного рогатого скота, выведенных в экстремальных условиях содержания" 
Научный руководитель-к.б.н. Н.С. Юдин.
5. «Мониторинговые исследования генофонда популяции тундровых ненцев Ямало-Ненецкого АО»
Научный руководитель-к.б.н. Л.П. Осипова.
6. «Изучение структуры микробиологических сообществ озер Новосибирской области». 
Научный руководитель-к.б.н. С.Е. Пельтек.
7. «Динамика биоразнообразия доместицированных растений на Главном Тавре (центре доместикации диплоидных пшениц)»
Научный руководитель-член-корр. РАСХН Н.П. Гончаров.
8. «Геномная изменчивость и межвидовая гибридизация в диплоидных сибирских популяциях Fragaria vesca и Fragaria viridis».
Научный руководитель-к.б.н. С.О. Батурин.
9. «Формирование новых природных сообществ в долине реки Кинтереп после отработки месторождения золота открытым гидромеханичеким способом»
Руководитель – С.К. Швайковская.

Гранты Фонда содействия Российской науке «Лучшие аспиранты РАН»

  1. Иляскин А.В.

  2. Морозова М.В.

  3. Мурсалимов С.Р.

Молодежные проекты Лаврентьевского конкурса

1. Медведев С.П. - Проект «Развитие технологии получения индуцированных стволовых клеток человека, пригодных для клеточной и генной терапии».
2. Ощепков Д.Ю. - Проект «Экспериментально-компьютерное исследование генов, участвующих в ответе макрофага на обработку диоксином, и выявление механизмов их активации».
3. Тихонова М.А. - Проект «Серотониновая и цитокиновая системы мозга в регуляции депрессивноподобного поведения».
4. Хлесткина Е.К. - Проект «Изменение транскрипционной активности генов злаков в условиях абиотического стресса».

Хоздоговоры

№ п/п

Заказчик

Номер
договора

Ответственный
исполнитель

1

 ГОУ ВПО НГМУ Росздрава(мединститут)

103/2010

Тихонов В.Н.

2

 ГНУ Сиб НИИРС РАСХН

42/2011

Гончаров Н.П..

3

 ООО «НИИ Митоинженерии МГУ»

40/2010

Колосова Н.Г.

4

 НИИКИ СО РАМН»

78/2011

Рубцов Н.Б.

5

 ООО «НИИ Митоинженерии МГУ»

53/2010

Колосова Н.Г.

6

 ООО НПФ «Материа Медика Холдинг»

33/2011

Маркель А.Л.

7

 НГУ

74/2009

Богачев С.С.

8

 ГБОУ ВПО СибГМУ Минздравсоцразвития России, Томск

79/2011

Мордвинов В.А..

9

 ПИН РАН

24/2011

Колчанов Н.А..

10

 Институт леса СО РАН, Красноярск

72/2011

Блинов А.Г.

11

 МТЦ СО РАН

110/2010

Колосова Н.Г.

12

.ИЯФ СО РАН(в рамкахГК№16.518.11.7087)

111/2011

Пельтек С.Е.

13

 ООО «ПроСтак»

48/2011

Рубцов Н.Б.

14

 ООО «ПроСтак»

49/2011

Рубцов Н.Б.

15

 ПИН РАН

90/2011

Колчанов Н.А

16

 НИОХ СО РАН

19/2011

Попова Н.А.

17

 НИИКИ СО РАМН

91/2011

Рубцов Н.Б.

18

 ФГУН ГНЦ ВБ «Вектор»

95/2011

Мордвинов В.А.

19

 ФГУН ГНЦ ВБ «Вектор»

94/2011

Мордвинов В.А

20

 РФФИ

112/2010

Салина Е.А.

Зарубежные гранты-2011

№ п/п

Фин. организация;
Шифр гранта

Название проекта

Годы

Отв. исполнитель

1

NIH 1R01MH07711-01А1

Молекулярные механизмы социального поведения

2004–2011

д.б.н. Трут Л.Н.

2

NIH 1R03TW008098-01

Генетическая архитектура скелета млекопитающих: серебристо-черная лисица (Vulpes vulpes)

2004–2011

д.б.н. Трут Л.Н.

3

7-я Европейская рамочная программа (FP7)-№ 289461,
Ирландия

Расширение производства биомассы из многолетних трав, полученных на маргинальных землях»

2010–2012

к.б.н. Пельтек

4

7-я Европейская рамочная программа (FP7)-№ 260429, Германия

Новые алгоритмы системной биологии хозяин-патоген.

2010–2013

к.б.н. Иванисенко

Международные проекты и соглашения с зарубежными партнерами

1. «Изучение возможной связи полиморфизма гена CD209 с предрасположенностью человека к тяжелым формам клещевого энцефалита»

Отделение биологии, Университета Джорджиа, Атланта, США.

2. «Создание и использование генетических коллекций пшеницы для выявления и картирования новых генов»
Институт генетики растений и исследования зерновых культур (IPK) г. Гатерслебен, Германия.
Договор о научном сотрудничестве № TTR/03/00070
3. «Палеогенетическое исследование древнего населения Сибири» 
Институт Макс Планка эволюционной антропологии, Лейпциг, Германия.
4. «Разработка репродуктивных технологий консервации эмбрионов и гамет кошачьих»
Лейбницевский Институт зоологии и диких животных, Лейбниц, Германия,
отдел репродуктивной биологии, Берлин, Германия. 
5. «Изучение механизмов формирования зрения у животных с ночным видением»
Отделение антропологии и генетики человека, Мюнхенский университет им. Людвига-Максимилиана, Мюнхен, Германия.
6.«Трехмерная организация мнтерфазного ядра клеток человека и расположение в них малых сверхчисленных маркерных хромосом»
Институт генетики и антропологии человека Йенского университета, Германия профессор Томас Лир.
Грант DFG, проект № LI820 33-1
7. «Междисциплинарное исследование гибридных зон обыкновенной бурозубки». Университет Йорка, Йорк, Англия.

8«База знаний по ассоциативным генным сетям трофобласта крупного рогатого скота: реконструкция, анализ, предсказание и экспериментальная проверка»

Национальный институт сельскохозяйственных исследований, Отделение Биологии развития репродуктивности, INRA, Жуи-ан-Жозас, Франция.

9. «Формирование билатеральной симметрии в зародышах двудольных растений» 
Национальный институт сельскохозяйственных исследований, Отделение прикладной математики и информатики, Жуи-ан-Жозас, Франция.

10. «Цитогенетический анализ клеточного деления в зародышевой линии дрозофилы»

Лаборатория генетики отделения биологии Университета Турку, Финляндия.
11. «Разработка подходов анализа аллель-специфичного сплайсинга»
Национальный Университет Ирландии, Галвей, Ирландия.
12. «Роль гипоталамо-гипофизарно-надпочечниковой системы в развитии болезней питания».
Институт экспериментальной медицины Венгерской академии наук, г. Будапешт. 
13. Азиатская сеть по исследованиям и образованию в биоинформатике (Asian Bioinformatic Research and Education Network, ABREN)
Страна: Япония
Участники: от ИЦиГ СО РАН в сети участвуют проф. член-корр. РАН Н.А. Колчанов и с.н.с. к.б.н. А.В. Кочетов. Помимо ИЦиГ СО РАН в ABREN участвуют сотрудники Технологического института Киушу (Япония; председатель Сети – проф. Сараи), Национального университет Yang-Ming (Тайвань), Nanyang Technological Unversity (Сингапур), Университета Шанхая (Китай), Университета Putra (Малайзия), Национально университета Pusan (Южная Корея), Национального университета Тайваня, Мусульманского народного университета (Индия).
14. «Изучение этолого-физиологических эффектов отдельных  генов на основе нокаутных линий лабораторных мышей». 
Центр экспериментальной медицины и системной биологии, Университет Токио, Япония. 
15. «Выявление и анализ особенностей аминокислотных последовательностей нейраминидазы и гемаглютинина вируса гриппа человека, определяющих их адгезивные свойства».
Институт геномики и интегративной биологии (IGIB, CSIR), Нью Дели, Индия. 
16. «Индукция эпигенетических изменений как новый эффективный метод создания исходных селекционных форм растений»
ДГП «Институт биологии и биотехнологии растений», Национального центра биотехнологии Республики Казахстан, Алма-Аты, Казахстан
Талдыкорганский филиал Казахского научно-исследовательского института земледелия и растениеводства МСХ РК, г. Талдыкорган, Казахстан. 
17. «Разработка технологии получения трансгенных растений, экспрессирующих антигены возбудителя туберкулеза и иммуномодулирующие медиаторы»
Лаборатория биотехнологии Национального Центра Биотехнологий Республики Казахстан, г. Астана.
18. «Создание трансгенных животных способных синтезировать и секретировать в молоко гранулоцит-макрофаг колониестимулирующий фактор человека»
Национальный Центр Биотехнологий Республики Казахстан, г. Астана.
19. «Агамоспермное размножение и методы селекции сахарной свеклы»
Опытная селекционная станция по сахарной свекле НАНБ г. Несвиж, Беларусь.
20. «Изучение генетической основы изменений у крыс при отборе на агрессивное и ручное поведение».
Институт Макс Планка эволюционной антропологии, Лейпциг, Германия             
Валютный Договор. 
21. «Применение микросателлитных маркеров пшеницы для картирования и оценки генов» 
Институт генетики растений и исследования зерновых культур, Группа генов  картирования генома, Гатерслебен, Германия.
Межакадемическое сотрудничество, грант Министерства сельского хозяйства Германии и России № 101.

Сведения об участии Учреждения Российской академии наук Института цитологии и генетики Сибирского отделения РАН в реализации региональных программ в 2011 г.

1. Заказчик программы Департамент по делам коренных малочисленных народов Севера Ямало-Ненецкого автономного округа (Салехард).
2. Наименование проекта: Комплексное популяционно-генетическое и демографическое изучение тундровых ненцев Тазовского района Ямало-Ненецкого автономного округа в контексте сохранения их генофонда».
ГК №5-ГК от 26.10.2011.
3. Основные результаты работы: 
Объектом исследования явилась популяция тундровых ненцев, проживающая в МО «пос. Тазовский», а также других населенных пунктах Тазовского района Ямало-Ненецкого автономного округа. Целью работы было комплексное изучение современного состояния генофонда тундровых ненцев на этапе промышленного освоения Тазовского района и разработка рекомендаций по дальнейшему сохранению демографического потенциала. 
Выполнено экспедиционное исследование в месте проживания тундровых ненцев; получены демографические, генеалогические данные и социогенетические сведения от опрашиваемых лиц; осуществлен забор венозной крови и типирование на некоторые антигены групп крови; проведено тестирование на «лево-право ориентированность» с помощью метода оценки функциональной асимметрии головного мозга. Подсчитаны частоты аллелей и гаплотипов 4 систем групп крови, построены карты генетических дистанций между исследованной популяцией и другими самодийцами (тундровые и лесные ненцы, селькупы, нганасаны), а также коми и русскими. По результатам генетико-демографического опроса проведен анализ брачной структуры, миграции и метисации, выполнено исследование репродуктивного поведения женщин, составлены родословные. Проведен глубокий социогенетический анализ среди школьников, направленный на выявление узловых проблемных моментов в их образовании, досуге, типе питания, планах, касающихся выбора профессии, мест проживания и брачно-семейных предпочтений. Выполнена работа по определению параметров функциональной асимметрии головного мозга среди жителей пос. Тазовский и учащихся Тазовской школы-интерната для проверки гипотезы Аршавского: «Север отбирает леворуких». Выполнены лабораторные исследования с применением биохимических, иммуногенетических, иммуноферментных методов для определения наличия маркеров гельминтов и гепатита в крови обследованных.

Сведения об участии Учреждения Российской академии наук Института цитологии и генетики Сибирского отделения РАН в реализации федеральных целевых, ведомственных и региональных программ в 2011 г.

1. Наименование программы
Научные и научно-педагогические кадры инновационной России на 2009–2013 гг.
2. Заказчик программы 
Министерство образования и науки РФ
3. Наименование проектов:
3.1. Изучение молекулярных механизмов синергичного действия химиотерапевтического цитостатика циклофосфана и препарата экзогенной ДНК.
ГК № 14.740.11.0922 от 29.04.2011.
3.2. Молекулярные механизмы стресс-специфического контроля экспрессии генов животных.
ГК №02.740.11.0705. от 5.04.2010.
3.3. Разработка программно-информационного комплекса для исследования механизмов регуляции экспрессии генов эукариот.
ГК. П721 от 12.08. 2009.
3.4. Роль дофамина в эволюционно-консервативных механизмах молекулярно-генетического контроля стрессоустойчивости у животных.
ГК № П324 от 7.05.2010.
3.5. Вертикальная эволюция и горизонтальный перенос ДНК транспозонов и non-LTR ретротранспозонов в отряде Lepidoptera (Insects).
ГК № П1044 от 31.05.2010.
3.6. Разработка подходов и создание новых хозяйственно-ценных форм мягкой пшеницы методом маркер-опосредованной хромосомной инженерии.
ГК № П409 от 12.05.2010. 
3.7.Исследование особенностей фенотипа и функциональной активности ИФН-индуцированных дендритных клеток у больных инфекционными заболеваниями (герпес, гепатит ВиС, туберкулез).
ГК №14.740.11. от 1.09 2010.
3.8. Разработка программного обеспечения для высокопроизводительных вычислений в биоинформатике.
ГК№П857 от 25.05.2010.
3.9. Геномные и хромосомные механизмы возникновения и поддержания биологического разнообразия.
ГК 02.740.11.0277 от 07.07.2009.
3.10. Разработка алгоритмов для биоинформационного анализа комплексных метаболических и молекулярно-генетических сетей.
ГК № 14.740.11.0001 от 27.07.2010.
5. Основные результаты законченных этапов работы:
5.3.1. Были проведены исследования с использованием совместных инъекций циклофосфана и препарата экзогенной ДНК в организм экспериментальных животных. При инъекциях экзогенной ДНК в строго определенные промежутки времени после введения циклофосфана было продемонстрировано наличие токсического воздействия на определенные жизненно важные системы клеток (клетки костного мозга) и на организм мышей в целом. А именно, было установлено, что инъекции экзогенной ДНК в промежуток времени 18-30 часов после введения циклофосфана приводят к болезни и гибели экспериментальных животных. Отрезок времени 18-24 часа после введения цитостатика является завершающим этапом репарации всей массы двуцепочечных разрывов, сформированных к 12 часам после введения циклофосфана. Предполагается, что фрагменты экзогенной ДНК достигают клеток костного мозга и принимают участие в репаративных процессах при репарации двуцепочечных разрывов, индуцированных межцепочечными сшивками, внося деструктивные изменения в молекулярные клеточные системы, что приводит к непоправимым изменениям в организме мышей, сопровождающимся болезнью и гибелью животных.
5.3.2. Проведена иммунопреципитация хроматина ткани печени самцов крыс двухмесячного возраста с обработкой канцерогенами и без, а так же новорождённых с использованием антител против транскрипционного факторов FoxO3A, FoxA2, HNF4. Показано, что на формирование гипертензивного статуса крыс линии НИСАГ может влиять состояние ренин-ангиотензиновой системы в первые недели их жизни, у взрослых животных за поддержание гипертензии отвечают другие системы; проведен компьютерный анализ мРНКMus musculus, характеризующихся различной эффективностью трансляции в норме и при стрессе. Выдвинуто предположение о том, что реинициация трансляции, характеристики которой зависят от статуса фосфорилирования фактора eIF2?, является одним из ключевых механизмов стресс-специфического контроля экспрессии генов млекопитающих. 
Впервые показано наличие Д2-подобных рецепторов дофамина в жировом теле и corpus allatum Drosophila. Впервые продемонстрировано, что в фолликулярных клетках яичников (месте синтеза 20-гидроксиэкдизона (20Э)) половозрелых самок дрозофилы отсутствуют Д2-подобные рецепторы дофамина. Впервые показано, что у самок дрозофилы c повышенным в результате снижения числа рецепторов дофамина DD2R в corpus allatum ювенильным гормоном, уровень 20Э резко повышен. Таким образом подтверждено, что дофамин регулирует уровень 20Э опосредованно, через систему метаболизма ЮГ.
Обнаружена связь между гепатоканцерогенностью азосоединения ОАТ и 3’-МеДАБ и их влиянием на ДНК-связывающую активность транскрипционного фактора FoxA.
5.3.3. . Разработаны методы реконструкции сетей регуляции транскрипции генов с использованием информации об уровнях экспрессии генов и структурных моделей регуляторных районов генов, которые реализованы ввиде программного модуля. Разработан метод анализа структуры профилей локусов ChIP-Seq, полученных в экспериментах по массовой иммунопреципитации хроматина. 
Разработаны программные сценарии функциональной аннотации геномных последовательностей. Разработаны методы и проведен компьютерный анализ альтернативных рамок считывания, предсказанных на основе разработанных нами критериев. Впервые показано, что сайты альтернативной инициации трансляции, с которых могут считываться укороченные с N-конца изоформы белков, эволюционно-консервативны, что служит доказательством их функциональной значимости. Создана база данных новых изоформ белков и биологически активных пептидов, трансляция которые может инициироваться на альтернативных стартовых кодонах. Создана интегрированная система для компьютерной поддержки исследований механизмов регуляции транскрипции генов в различных типах клеток, тканей и органов.
5.3.4. Целью настоящего проекта является проверка предположения о том, что стадиеспецифичность эффектов дофамина на метаболизм гонадотропинов связана с онтогенетическим перепрограммированием тканей-мишеней на молекулярно-генетическом уровне и изменением в них состава и/или числа Д1- и Д2-подобных рецепторов дофамина. В 2011 году в рамках проекта было выяснено, что при половом созревании самок дрозофилы происходит изменение числа Д2-подобных рецепторов в такнях-мишенях (тканях, в которых синтезируется ювенильный гормон и ферменты, его разрушающие); осуществлено исследование молекулярного механизма, лежащего в основе онтогенетического изменения характера экспрессии гена Д2-подобного рецептора дофамина в жировом теле (месте синтеза ферментов, разрушающих ювенильный гормон) у самок дрозофилы; исследовано влияние снижения титра ювенильного гормона в результате генетической абляции клеток corpus allatum (месте синтеза ювенильного гормона) на систему метаболизма дофамина самок Drosophila и развитие ответа этой системы на действие стрессора; изучено влияние антагониста Д1-подобных рецепторов дофамина, бутакламола, на уровень синтеза ювенильного гормона у самок дрозофилы.
5.3.5. С помощью биоинформатических методов исследования проведен экспериментальный поиск последовательностей MLE ДНК транспозонов и CR1 non-LTR ретротранспозонов в геномах различных видов отряда Lepidoptera. В общей сложности, проведенный поиск позволил выявить более 70 последовательностей MLE, относящихся к 9 из 16 известных в настоящее групп MLE элементов. CR1 non-LTR ретротранспозоны также были обнаружены в геномах бабочек. Для экспериментального поиска MLE и CR1 элементов в геномах представителей отряда Lepidoptera были исследованы около 60-ти видов бабочек, относящиеся к 15 семействам Macrolepidoptera c помощью ПЦР амплификации с праймерами, специфическими для MLE и CR1 элементов. В общей сложности были установлены нуклеотидные последовательности для 145 MLE и 164 CR1 элементов из различных видов бабочек. 
В результате проведенного филогенетического анализа различных семейств ДНК транспозонов и non-LTR ретротранспозонов было установлено, что в геномах бабочек присутствует два подсемейства CR1 элементов - CR1.1 и CR1.2. CR1.1 подсемейство широко распространено в отряде Lepidoptera и присутствует практически во всех исследованных семействах бабочек, в то время как второе подсемейство (CR1.2) обнаружено только в 6-ти семействах бабочек.  Филогенетический анализ MLE элементов показал, что два подсемейства, DTTMarMel и DTTMarCec, широко распространены в отряде Lepidoptera, в то время как присутствие других подсемейств этих элементов ограничивается отдельными семействами отряда Lepidoptera. Наиболее интересные результаты были получены для Bmmar1 (семейство DTTMOR) и BmmarY (подсемейство DTTMarVer) MLE элементов. Эти элементы были обнаружены только у представителей родов Maculinea  и Bombyx, относящимся к семействам Lycaenidae и Bombycidae. Аналогичные результаты были получены и по распределению CR1B non-LTR ретротранспозонов. Полученные результаты напрямую говорят о факте горизонтального переноса Bmmar1 и BmmarY MLE элементов и CR1B non-LTR ретротранспозонов между представителями родов Maculinea и Bombyx.
5.3.6. Проведена оценка устойчивости родительских форм и гибридных линий пшеницы, содержащих хромосомы с интрогрессиями отTriticum dicoccum, на устойчивость к мучнистой росе, листовой и стеблевой ржавчинам.
В рамках задачи по интеграции генов устойчивости в перспективные селекционные линии или сорта пшеницы получены растения поколения F2 и BC1F1 от скрещивания селекционных линий с интрогрессивными линиями мягкой пшеницы, несущих транслокации отAe. speltoides.
Проведен генетический анализ F2 популяций по признакам устойчивости к грибным болезням и признаку остистости. Анализ расщепления F2 популяций по устойчивости к грибным патогенам показал, что гибридные линии T. aestivum/T. durum иT. aestivum/T. dicoccum отличаются по числу генов, которые контролируют признак устойчивости. Изучение гибридных генотипов пшеницы позволило выявить ряд цитологических и молекулярных маркеров для отбора 7 транслоцированных хромосом, которые содержат гены определяющих устойчивость к грибным заболеваниям. Эти маркеры были использованы для характеристики генотипа 23 растений поколения F2, и отбора растений, содержащих единичные участки транслокации от дикорастущих видов. По данному критерию выделено три растения (113-5, 115-9, 116-1), которые отобраны для дальнейшего размножение и проверки их на устойчивость к различным заболеваниям.
5.3.7. Была проведена сравнительная характеристика фенотипических и функциональных свойств интерферон-?-индуцированных и ИЛ-4-индуцированных дендритных клеток человека. Показано, что интерферон-?-индуцированные дендритные клетки (ИФН-ДК) имеют ряд принципиальных фенотипических и функциональных отличий, свидетельствующих об их более высокой способности к активации реакций врожденного и адаптивного (клеточного и гуморального) иммунитета. ИФН-ДК оказывают более выраженный стимулирующий эффект на активацию Th1- и Th2-клеток, а также способны индуцировать генерацию цитотоксических CD8+перфорин+ Т-лимфоцитов. Были проведены исследования особенностей фенотипа и функциональной активности ИФН-ДК у больных с онкопатологией (злокачественные глиомы, лимфомы) и инфекционными заболеваниями (гепатит В и С, туберкулез) с использованием в качестве дозревающего стимула как стандартных индукторов так и препарата фрагментированной ДНК человека «Панаген».. Показана принципиальная возможность генерации ex vivo из моноцитов крови больных с онкопатологией (злокачественными глиомами, гемобластозами) и инфекционными заболеваниями (гепатиты В и С, туберкулез легких) популяции ИФН-ДК в количествах, достаточных для проведения иммунотерапии с использованием индивидуальных лечебных вакцин. Полученные результаты свидетельствует, что у больных злокачественными глиомами, множественной миеломой, хроническими вирусными гепатитами (не осложненными развитием цирроза печени), туберкулезом легких (с сохранным антиген-специфическим ответом) генерируемые in vitro ИФН-ДК в целом сохраняют свою функциональную активность (в частности, способность активировать клеточный и гуморальный Th1/Th2-ответ), что обосновывает принципиальную возможность их клинической апробации в качестве индивидуальных лечебных вакцин.
5.3.8. Разработаны параллельные версии программ на высокопроизводительном вычислительном кластере с MPI архитектурой, включая: программа поиска структурных гомологов в базе данных пространственных структур белков PDB на основе выравнивания пространственных структур белков, программа выявления функциональных сигналов в регуляторных районах генов для полногеномных данных, нейросетевой алгоритм для анализа микрочиповых данных с оценкой достоверности методом бутстреп, средства поддержки сценариев конвейерной обработки молекулярно-биологических данных при решении задач исследования молекулярной эволюции генов и белков.Разработан программный модуль системы MGSmodeller для спецификации задачи численного анализа моделей молекулярно-генетических систем и запуска ее на высокопроизводительном кластере.Разработан алгоритм  оценки валентных взаимодействий (энергии связей, валентных углов, торсионных углов и 1-4 взаимодействий) с реализацией в среде CUDA с использованием графических аппаратных ускорителей Tesla. Разработана программа предсказания влияния мутаций на стабильность белков. 
5.3.9. Показано, что открытые рамки считывания, расположенные в составе 5’-НТП или белок-кодирующей последовательности, могут кодировать изоформы белков, отличающиеся по структуре N-концевого участка. Установлено, что в мРНК генов животных альтернативные сайты инициации трансляции встречаются значительно чаще, чем у растений и они характеризуются высокой эволюционной консервативностью. Показано, что ядерный геном мягкой пшеницы T. aestivum совместим с цитоплазмой дикорастущего ячменя H. marinum subsp. gussoneanum (2n=28). Показано, что при полиплоидизации ядерного генома ячменно-пшеничных гибридов H.marinum subsp.gussoneanum x T.aestivum и последующей редукции числа хромосом у беккроссных потомков амфиплоида состояние гетероплазмии последовательности 18S/5S митохондриального повтора сохраняется. Установлено, что функция рекомбинации у полевок сводится к образованию в среднем одной хиазмы на бивалент, необходимой и достаточной для нормальной сегрегации гомологов. Показано, что у полевок наиболее надежным детерминантом уровня рекомбинации является число аутосом. 
Показано, что в популяциях человека сигналы сцепления воспроизводятся анализом ассоциаций в местах с низкой частотой рекомбинации.
5.3.10. Целью проекта является разработка биоинформационных методов автоматизированной реконструкции и анализа сложных молекулярно-генетических сетей, описывающих биологические процессы, путем интеграции и расширения различных типов специализированных сетей, таких как интерактомные сети, метаболические, транспортные и регуляторные пути.
В качестве основных методов и методологии выполнения НИР, применялись подходы компьютерного анализа фактографических баз данных и текстов научных публикаций, решающие задачи извлечения информации о взаимосвязях молекулярно-генетических объектов из текстов научных публикаций. Использовалась теория графов для разработки формата представления молекулярно-генетических сетей в виде двудольного графа с возможностью их интеграции, анализа и визуализации.
Были получены следующие основные результаты: проведена адаптация структуры ранее разработанной базы данных ассоциативных сетей для представления в ней информации о взаимодействиях и ассоциациях между объектами, в том числе специализированными молекулярно-генетическими сетями; извлечена информации о специализированных молекулярно-генетических сетях из фактографических баз данных (IntAct, MINT, DIP, GOA, HPRD) и наполнение базы данных. Проанализированы рефераты статей из базы данных PubMed с 1990 по 2010 года включительно с целью извлечения дополнительных знаний и фактов о молекулярно-генетических взаимодействиях между специализированными молекулярно-генетическими сетями.

Сведения об участии Учреждения Российской академии наук Института цитологии и генетики Сибирского отделения РАН в реализации федеральных целевых, ведомственных и региональных программ в 2010 г.

1. Наименование программы: Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007–2012 годы.
2. Заказчик программы: Министерство образования и науки Российской Федерации 
3. Наименование проектов: 
3.1. Разработка алгоритмов и программных систем для решения задач анализа последовательностей, возникающих в теоретической и прикладной геномике.
ГК 07.514.11.4003 от 13.07.2011.
3.2. Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований в области ДНК-чипов в рамках технологической платформы «Медицина будущего
ГК 16.513.12.3107 от 10.10.2011.
3.3. Проект «Проведение проблемно-ориентированных поисковых исследований по тематике технологической платформы «Медицина будущего» в области поиска молекулярных мишеней онкологических заболеваний с помощью биоинформационных и постгеномных технологий».
ГК 16.512.11.2274 от 04.10.2011.
3.4. Изучение паразитарных антигенов, являющихся маркёрами описторхоза, и создание набора их рекомбинантных аналогов и специфических моноклональных антител, как платформы для совершенствования диагностики гельминтозов». 
ГК № 16.512.11.2129 от 28.02.2011.
.3.5. Проект «Разработка информационного ресурса модульного типа для поддержки исследований, проводимых в рамках Технологической платформы «Биоиндустрия  и биоресурсы – БиоТех 2030» в областях агробиотехнологии и биоинженерии». 
ГК № 07.514.11.4052 от 12.10.2011.
3.6. Проект «Создание коллекции штаммов микроводорослей, прменимых в качестве продуцентов липидов».
ГК №16.512.11.2180 от 1.03.2011.
3.7. Проект «Разработка экспериментального образца биоаналитического комплекса нового поколения на основе микро/нанофлюидных систем».
ГК №16.513.11.3135 от 23.10.2011.
3.8. Проект «Масштабируемые параллельные программы молекулярной динамики для решения задач биотехнологии и компьютерной фармакологии».
ГК № 07.514.11.4011 от 19.08.2011.
3.9. Проектирование и разработка RESTful- –веб сервисов для создания распределенной инфраструктуры, ориентированной на решения задач реконструкции и анализа генных сетей». 
ГК № 07.514.11.4023 от 26.09.2011.
3.10. Разработка метода генетической паспортизации сортов и гибридных форм пшеницы на основании маркирования индивидуальных хромосом». ГК №16.512.11.2223 от 12.07.2011.
5. Основные результаты законченных этапов работы:
5.3.1. Проведен анализ публикаций по тематике разработки компьютерных систем геномики, включая методы обработки полногеномных профилей ChIP-seq, выделения пиков и предсказания сайтов связывания транскрипционных факторов, программ предсказания сайтов формирования нуклеосом, моделирования структуры и функциональной аннотации белков, предсказания функциональных сайтов белков по кодирующим их нуклеотидным последовательностям. Проведено патентное исследование по тематике программного обеспечения для анализа данных геномного секвенирования. Показано, что рынок для специализированного программного обеспечения в области геномики остается ненасыщенным. В 2011 году разработаны прототипы методических решений (компьютерных программ) по созданию сценариев обработки (процессинга) данных секвенирования и верификации результатов эксперимента ChIP-seq по определению сайтов связывания транскрипционных факторов в геноме, разработке методов функциональной аннотации участков генома, полученных с помощью секвенирования и разработке методов функциональной аннотации и анализа эволюции белков. 
С помощью разработанных компьютерных программ проведен анализ профиля ChIP-seq для транскрипционных факторов в геноме человека, выполнена оценка надежности выявления сайтов связывания (для белков семейства FOXA). 
5.3.2. Цель проекта-разработка экспериментально-технологических подходов для фундаментальных молекулярно-биологических исследований возрастных заболеваний человека на лабораторных животных с использованием микрочиповых технологий оценки экспрессии генов. 
За отчетный период получены следующие результаты: подготовлен аналитический обзор современной научно-технической, методической литературы по проблему исследования заболеваний старения с помощью ДНК-чипов, исследуемой в рамках НИР; проведены патентные исследования по ГОСТ 15.011-96; выбраны направления проведения исследований; выполнен биоинформатический поиск генов, дифференциально экспрессирующихся в сетчатке при старении и возрастной макулярной дегенерации с использованием имеющихся в мировой литературе данных об изменениях транскриптома, полученных с использованием ДНК-чипов (Affymetrix и другие платформы микрочипов). Результаты представлены в компьютерной базе данных.
Разработан и описан дизайн ДНК-чипа для отобранных генов-мишеней: проведены выбор, синтез и испытания  олигонуклеотидных зондов.
Выполнены работы по содержанию и подготовке лабораторных животных, подготовлено оборудование и комплектующие для молекулярно-биологических работ, включая ДНК-чипы. Описан дизайн ДНК-чипа для отобранных генов-мишеней 
5.3.3. Проведены патентные исследования по теме разработки молекулярных диагностик (по ГОСТ 15.011-96). Разработан метод предсказания регуляторных полиморфизмов (SNP). Создана программа для поиска регуляторных SNP на основе данных по связыванию транскрипционных факторов с ДНК полученных методом массового параллельного секвенирования в рамках проекта ENCODE. Проведен литературный поиск генов связанных с колоректальным раком. Выбраны два гена ассоциированные с данным заболеванием для проверки предложенного метода по поиску функционально значимых полиморфизмов. Для генов APC и MLH1, связанных с развитием рака толстой кишки выполнен поиск SNP, расположенных в этих генах.
Найденные SNP были проанализированы с помощью разработанной программы на их функциональную значимость. Была проведена экспериментальная проверка предсказанных регуляторных SNP. Проведено генотипирование больных раком толстого кишечника на наличие исследуемых полиморфизмов. 
Разработанная методика перспективна для применения в молекулярной диагностике заболеваний и для выявления молекулярных мишеней, принимающих участие в механизмах возникновения и развития заболеваний. В частности, методика может быть использована для поиска регуляторных SNP в генах, ассоциированных с генетическими заболеваниями. Полученные результаты могут быть использованы при разработке ДНК-чипов и служить основой для создания принципиально нового подхода в области персонализированной медицины будущего.
5.3.4. В ходе выполнения проекта была отработана методика и приготовлены для проведения работы основные антигены мариты O.felineus, обозначенные в соответствии с общепринятой системой, как метаболический, экскреторно-секреторный, яичный и соматический. Результаты анализа электрофореграмм позволяют заключить, что антигены O.felineus имеют сложный состав: у соматического антигена выявлялось от 17 до 25 белков, у экскреторного-секреторного и яичного антигенов , 10-11 и от 19 до 23 белков, соответственно.  Используя набор позитивных антисывороток были выявлены и охарактеризованы иммунохимическими методами иммуногенные белкиO. felineus, индуцирующие иммунный ответ организма, как при иммунизации, так и в процессе развития заболевания у инфицированных животных, то есть модели in vivo.Анализ взаимодействия антигенов с иммунными сыворотками от инфицированных животных, свидетельствует, о том, что при естественной инвазии формируется гуморальный иммунный ответ,  как на полипептиды 105, 74, 70, 65 кДа гомогената марит, так и на белок 105 кДа экскреторно-секреторного и соматического, и белки 74, 70, 65 кДа яичного антигенов.  При использовании позитивных сывороток больных описторхозом и панели моноклональных антител было обнаружено, что при естественной инвазии человека формируется гуморальный иммунный ответ на полипептиды 105, 74, 70, 65 кДа, которые распознаются антителами сывороток от инфицированных животных. 
В ходе работы была проведена функциональная аннотация и изучение транскриптома O. felineus и близкородственных трематод и сопоставление полученных данных с литературными источниками. Исходя из полученных данных,  составлен список из 12 белков-маркёров для развития средств иммунодиагностики, который включает в себя следующие белки: глутатион S-трансфераза  (class sigma), глутатион S-трансфераза  (class мю), предшественник катепсина F,  цистеиновая протеаза С13, белок яицO. felineus, глутатион S-трансфераза (class каппа), микросомальная глутатион S-трансфераза, ферритин гельминтов, предшественник легумаина, легумаин  (legumain 51 kDa), вителлин, миоглобин.
Аналогичные методики изготовления антигенов мариты O. felineus существуют, но они не содержат такого подробного описания по их изготовлению, изучению иммунобиологических свойств и сравнительных данных по специфичности взаимодействия с антисыворотками. Полученные научные данные и процесс разработки технологии для создания нового поколения средств диагностики описторхоза соответствует мировому уровню. 
5.3.5. Проведен аналитический обзор литературных данных, патентные исследования и обзор доступных Интернет-ресурсов в областях агробиотехнологии и биоинженерии. Результаты анализа позволили обосновать направление и методы исследований, а также выбрать платформы и аппаратные средства разработки программ и способа представления данных в процессе создания ЭОИП «БР». Основными технологическими и технико-эксплуатационными характеристиками являются: доступ к системе через Интернет, включая мобильные устройства, модульная структура, включающая базы данных внешних информационных ресурсов, промоторов и энхансеров растений, системы поддержки проведения селекционно-генетических экспериментов. Внедрение на данном этапе не планировалось.
5.3.6. Была разработана методика оценки продуктивности штаммов микроводорослей по липидам,  включающая культивирование микроводорослей в микрообъемах, определения содержания липидов с использованием проточной цитофлюориметрии при окрашивании красителем Nile Red. Была проведена верификация накопления липидов в микроводорослях посредством световой микроскопии и оценка содержания липидов методом экстракции последних по методу Фолча. Определен оптимальный способ экстракции липидов из биомассы микроводорослей  - обработка ультразвуком мощностью 120 Вт в течение 10 мин, при концентрации клеток 500 мг. Разработана методика анализа липидов микроводорослей с использованием тонкослойной хроматографии и газовой хроматомасс-спектрометрии. Исследован состав жирных кислот и липидов микроводорослиBotryococcusbraunii.
В результате экспедиционных работ были отобраны образцы микробных сообществ в 9 соленых озерах Баганского и Карасукского районов Новосибирской области. Проведены микробиологические исследования и отбор микробиологических проб из термальных источников и территорий, прилегающих к ним, в долине Гейзеров и кальдере вулкана Узон. Установлена связь структуры микробных сообществ с геохимическими условиями среды обитания. 
5.3.7. Выполнен аналитический обзор современной научно-технической литературы и научных информационных источников: статьи в ведущих зарубежных и российских научных журналах, монографии и патенты за период 2005– 011 гг. (более 100 источников). Проведены патентные исследования в соответствии с ГОСТ Р 15.011-96. Исследованы особенности реакции свободной иммунодиффузии в каналах микрофлюидного модуля. Разработана топология и методы изготовления сменного одноразового  микрофлюидного модуля, предназначенного для проведения реакции свободной иммунодиффузиии. Разработана эскизная конструкторская документация на экспериментальный образец микрофлюидного  модуля. Разработаны методики проведения реакции свободной иммунодиффузии. Разработаны  Программы и методики исследовательских испытаний экспериментального образца биоаналитического комплекса. Разработана методика исследования движения потоков жидкости в микрофлюидном модуле. Подготовлено специальное оборудование для измерения давления в системе микрофлюидного модуля. 
5.3.8. Подготовлен аналитический обзор по теме исследования, проведены патентные исследования, проведены исследования по выбору направления исследований, в том числе: разработка возможных направлений проведения исследований, разработка возможных решений отдельных исследовательских задач, сравнительная оценка эффективности возможных направлений исследований, обоснование выбора оптимального варианта направления исследований. Проведены теоретические исследования, включая:  анализ данных и разработан протокол проведения расчёта термостабильности белков на основе метода молекулярной динамики; (б) разработан метод расчёта эффектов поляризации и переноса заряда; разработку программной архитектуры, структуры данных и базовых алгоритмов, а также проведен анализ вычислительной сложности; реализован последовательный алгоритм учёта эффектов поляризации и переноса заряда; выполнено тестирования кода на производительность и точность.
5.3.9. Подготовлен аналитический обзор информационных источников по методам описания генных сетей, методам и форматам представления генных сетей, методам интеграции данных и реконструкции генных сетей, методам анализа и визуализации графов генных сетей, подходов к созданию распределенных систем в биоинформатике, а также инструментальным средствам создания Restful-веб-сервисов. Проведено исследование объекта НИР, включая анализ архитектурных подходов к созданию распределенных Restful-веб сервисов, методов создания унифицированного интерфейса для клиент-серверной архитектуры, методов управления доступом и обработки запросов в Restful-веб сервисах, методов и т.д. Проведено патентное исследование по направлению исследования.Проведен выбор и обоснование оптимального варианта направления исследований, сформирован план проведения исследований.
5.3.10. Подготовлен аналитический обзор информационных источников по направлению исследований. Проведены патентные исследования.
Проведена генетическая паспортизация 16-ти гибридов пшеницы, полученных от скрещивания с дикорастущими видами, с использованием метода гибридизации in situ. Проведена генетическая паспортизация 5 контрольных сортов хлебной пшеницы и 17-ти гибридных линий, полученных от скрещивания мягкой пшеницы с тетраплоидными пшеницами цитологическими методами и с использованием молекулярных микросателлитных маркеров.
Получен новый маркер на основе повторяющейся последовательности ДНК, позволяющий идентифицировать отдельные хромосомы А-генома. Разработаны маркеры на основе BAC-клонов для выявления методом FISH диплоидных геномов, входящих в состав хлебной пшеницы. Проведены размножение и отбор BAC-клонов библиотеки короткого плеча хромосомы 5В хлебной пшеницы для рестрикционного картирования. BAC-клоны локализованы на хромосомах пшеницы.

Отчет о НИР