В ЦКП существует возможность проведения микроскопии в светлом поле (микроскопия окрашенных препаратов), в фазовом контрасте (микроскопия неокрашенных препаратов), в поляризованном свете (микроскопия неокрашенных препаратов), а также интерференционной микроскопии (измерения количества сухого вещества, показателей преломления и толщины объектов).

Использование комплектов интерференционных фильтров при анализе аутолюминесценции и окраске объекта специфическими флуорохромами с неперекрывающимися спектрами возбуждения и эмиссии позволяет проводить регистрацию независимых изображений.

Возможна регистрация, как на стандартных фотоносителях, так и цифровая запись микроизображений