ENGLISH LANGUAGE PAGE

Совместный Индо-Российский семинар по системной биологии и геномной информатике
"Предсказательная биология с использованием системного и интегрированного анализа и методов"

15-19 ноября, 2010 г
город Чандигар, Индия



Организаторы:
Institute for Microbial Technology (CSIR), Chandigarh, India
Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR), New Delhi, India

Российские координаторы:
Prof. Nikolay Kolchanov, Academician, IC&G SB RAS, Novosibirsk, Russia
Dr. Dmitry Afonnikov, Head, Evolutionary Bioinformatics, IC&G SB RAS, Novosibirsk, Russia

Индийские координаторы:
Dr. G.P.S. Raghava, Head Bioinformatics Centre, Institute of Microbial Technology(CSIR), Chandigarh, India
Dr. S. Ramachandran, Institute of Genomics and Integrative Biology, New Delhi, India

Тема семинара:

Инфекционные болезни представляют одну из наиболее главных опасностей в области здравоохранения в мировом масштабе. В последние годы как в фундаментальной так и в прикладной биологии и медицине интенсивно появляются новые данные о структуре геномов патогенных микроорганизмов, их метаболических и функциональных особенностях, деталях взаимодействий их генетических макромолекул (ДНК,РНК и белков), метаболитов и соединений лекарственного типа. Интенсивный процесс накопления этих знаний характерен, в том числе и для таких стран как Индия и Россия. Интеграция этих знаний на системном уровне, их тщательный анализ и дополнительная обработка с использованием современных математических и компьютерных методов позволит разработать новые подходы для борьбы с патогенными микроорганизмами.

Новый интегрированный подход будет эффективен, в том числе и для предсказания новых лекарственных соединений для борьбы с патогенами. Для того чтобы более тесно интегрировать усилия индийских и российских ученых в разработке новых системных подходов к борьбе с туберкулезом и другими опасными инфекционными заболеваниями, решено организовать совместный Индо-Российский семинар “Предсказательная биология с использованием системного и интегрированного анализа и методов ” в 2010 г.

Целью семинара является обмен опытом и интеграция усилий ведущих ученых из России и Индии в области системной биологии, биоинформатики, исследований белка и компьютерной геномики. Участники семинара представят доклады по работам в рамках системной биологии и геномной информатики. Основное прикладное значение данных работ будет заключаться в теоретическом и компьютерном анализе патогенных микроорганизмов, систем взаимодействия патоген-человек, разработке новых методов борьбы с туберкулезом и другими инфекционными заболеваниями.

Этот семинар будет являться продолжением предыдущей встречи индийских и российских биоинформатиков «Cистемная биология и геномная информатика M. tuberculosis и других инфекционных заболеваний", проведенной в октябре 2008 г. в Новосибирске.

Цель проведения семинара:

Инфекционные болезни являются одними из основных причин гибели людей в таких странах как Россия и Индия. В последние годы заболевание наиболее опасными заболеваниями, такими как туберкулез, встречается все чаще, в силу способности микроорганизмов к адаптации и изменениям. Более того, новые патогенные организмы появляются в результате динамического взаимодействия между патогенном, хозяином и окружающей средой. Поэтому традиционные подходы к лечению новых инфекций и вновь возникающих заболеваний недостаточно эффективны. Использование комбинированных и интегрированных подходов представляется перспективным при лечении опасных заболеваний. Методы системной биологии предоставляют в этой связи новые возможности. Новые экспериментальные методы высокопроизводительного анализа (микрочипы, масс-спектрометрия белков, методы ChIP и высокопроизводительного секвенирования) предоставляют огромное количество данных по взаимодействиям между патогенном и хозяином, патогенностью заболевания, иммунным ответом и т.п. Однако получаемые данные зачастую фрагментированы. Чтобы создать целостную картину сложной сети взаимодействий, вовлеченных в инфекционное заболевание, необходимо объединить современные знания и заполнить существующие пробелы. Это может быть сделано на основе системной биологии. Новая парадигма интеграции современных экспериментальных, теоретических и компьютерных методов анализа от молекул до уровней клетки и организма представляется перспективной. Она завоевывает все большее признание в мире, включая Россию и индию. Тесное сотрудничество ученых в этом направлении может обеспечить прорыв для решения сложнейших задач.

Основные темы семинара

Новые интегрированные методы создания лекарств
Систеиный анализ взаимодействия патоген-хозяин
Аннотация для предсказания метаболитов
Неструктурные районы белка и их роль в белок-белковых взаимодействиях
Анализ поверхностей белок-белковых взаимодействий на микроуровне
Вычислительные платформы для интегративного анализа
Методы искусственного интеллекта для предсказаний в биологии
Анализ геномных последовательностей как основа системной биологии.

Список Российских участников

Prof. Nikolai Kochanov, Director, Institute of Cytology and Genetics, Novosibirsk
Dr. Dmitry Afonnikov, Institute of Cytology and Genetics, Novosibirsk
Prof. Sergey Deyev, Shemyakin & Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Moscow
Prof. Alexander Efimov, Institute of Protein Research, Pushchino
Prof. Roman Efremov, Shemyakin & Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Moscow
Dr. Vladimir Ivanisenko, Institute of Cytology and Genetics, Novosibirsk
Prof. Alex Ivanov, Institute of Biomedical Chemistry RAMS, Moscow
Dr. Alex Kochetov, Institute of Cytology and Genetics, Novosibirsk
Prof. Vsevolod Makeev, Institute of genetics and selection of industrial microorganisms, GosNIIgenetika, Moscow
Dr. Yurii Matushkin, Institute of Cytology and Genetics, Novosibirsk

Список Индийских участников

Samir K. Brahmachari, Council of Scientific and Industrial Research, New Delhi India.
Prof. Alok Bhattacharya, Jawaharlal Nehru University, New Delhi, India
Dr. Nagasuma Chandra, Indian Institute of Science, Bengluru, India
Dr. Andrew M. Lynn, Jawaharalal Nehru University, New Delhi, India
Dr. Shekhar C. Mande, Centre for DNA Fingerprinting and Diagnostics, Hyderabad, India
Dr. Debasisa Mohanty, National Institute of Immunology, New Delhi, India.
Dr. G.P.S. Raghava, Institute of Microbial technology, CSIR, Chandigarh, India
Dr. S. Ramachandran, Institute of Genomics and Integrative Biology, Delhi, India
Dr. R. Ravishankar, Central Drug Research Institute, Lucknow, India
Dr. RamaSubbu Sankar, Indian Institute of Technology, Kanpur, India
Dr. Vinod Scaria, Institute of Genomics and Integrative Biology, Delhi, India

Специально приглашенные доклады

Dr. Anshu Bhardwaj, Institute of Genomics and Integrative Biology, Delhi, India
Dr. Amit Nargotra, Indian Institute of Integrative Medicine, Jammu, India
Dr. Ravishankar, Institute of Himalayan Biotechnology, Palampur, India
Shri Zakir Thomas, Council of Scientific and Industrial Research, Delhi, India

Программа семинара

Tentative programme of the Joint Indo-Russian Workshop “Predictive Biology using Systems and Integrative analysis and Methods” Institute for Microbial Technology (CSIR), Chandigarh, India 15-19 November 2010

November 14, 2010
Arrival day
November 15, 2010
Institute for Microbial Technology (CSIR)

Time Speakers and Chair Title
10:00 AM – 1:00 PM Visit to IMTECH Laboratories
1:00 PM – 2:00 PM LUNCH

Time Speakers and Chair Title
2:00 P.M. – 2:10 P.M. Director, IMTECH, Chandigarh Opening Remarks
2:10 P.M. – 2:20 P.M. Dr. S. Ramachandran, Dr. G.P.S. Raghava Indian Co-ordinators Indo-Russian Co-operation in the era of Systems analysis for Predictive Biology
2:20 P.M. - 2:30 P.M. Dr. Dmitry Afonnikov, and Prof. Nikolai Kolchanov Russian Co-ordinatior
2:30 P.M. – 3:15 P.M. Dr. GPS Raghava Machine intelligence for biological predictions
3:15 P.M. – 4:00 P.M. Dr. A. Kochetov Computational genomics: searching for new proteome components (pdf )
4:00 P.M. – 4:30 P.M. TEA
4:30 P.M. – 5:15 P.M. Dr. Vinod Scaria "Understanding the Biology of Genomes"
5:15 P.M. – 6:00 P.M. Dr. Andrew M. Lynn "Information theoretic applications in identifying specificity determining residues"

November 16, 2010
Institute for Microbial Technology (CSIR)

Time Speakers and Chair Title
10:00 A.M. - 10:45 A.M. Dr. Yuri Matushkin Evolution of trophically linked populations of unicellular organisms; translation efficiency in unicellular organisms. (pdf)
10:45 A.M. - 11:30 A.M. Prof. Alexander V. Efimov Modeling of Protein Structure and Protein Folding (pdf)
11:30 A.M. – 12:00 P.M. TEA
12:00 P.M. – 12:45 P.M. D. Debasisa Mohanty Structure based approach for predicting substrates for protein kinases (pdf)
12:45 P.M. - 2:00 P.M. LANCH
2:00 P.M. – 2: 45 P.M. Dr. Vladimir Ivanisenko Reconstruction of molecular genetic networks: text mining as a tool for knowledge discovery (pdf)
2:45 P.M. - 3:30 P.M. Dr. S. Ramachandran Computational platforms for Integrative Analysis in Open Source (pdf )
3:30 P.M. - 4:00 P.M. TEA
4:00 P.M. - 4:45 P.M. Dr. Nagasuma Chandra Networks in M. tuberculosis: Deriving optimal strategies for drug discovery (pdf)
4:45 P.M. – 5: 30 P.M. Dr. Anshu Bhardwaj Open Source Drug Discovery (pdf)
Special Dinner

November 17, 2010
IMTECH, Chandigarh

Time Speakers and Chair Title
10:00 A.M. - 10:45 A.M. Dr. Dmitry Afonnikov on behalf of Prof. Nikolai Kolchanov, Russian Organizer The systems biology: integration of experimental and computational approaches (pdf)
10:45 A.M. - 11:30 A.M. Prof. Alok Bhattacharya Comparative genomics and genome evolution of microbes (pdf)
11:30 A.M. - 12:00 P.M. TEA
12:00 P.M. - 12:45 P.M. Dr. Dmitry Afonnikov Prokaryotic adaptation to different environmental conditions at the genomic level: Molecular evolution analysis (pdf)
12:45 P.M. - 2:00 P.M.
2:00 P.M. – 2:45 P.M. Prof. Sergey Deev Barnase-barstar module as a platform for targeted delivery of imaging and therapeutic nanoconstructs (pdf)
2:45 P.M. - 3:30 P.M. Dr. R. Ravishankar Rational approach to drug discovery (pdf)
3:30 P.M. - 4:00 P.M. TEA
4:00 P.M. - 4:45 P.M. Prof. Alexis Ivanov Integration of Structure-Based Drug Design and SPR Biosensor Technology in Discovery of New Lead Compounds (pdf)
4:45 P.M. - 5:30 P.M. Dr. RamaSubbu Sankar Using molecular dynamics simulations to understand the specificity of protein-ligand interactions (pdf)

November 18, 2010

Time Speakers and Chair Title
10:00 A.M. - 10:45 A.M. Ms. Nisha Chandran Open source methods and using SysBorg2.0
10:45 A.M. - 11:30 A.M. Prof. Roman Efremov Intrinsic structural heterogeneity of biomembranes is functionally important: a molecular modeling view.(pdf)
11:30 A.M. – 12:00 P.M. TEA
12:00 P.M. - 12:45 P.M. Dr. Vsevolod Makeev Improved modulon identification from bacterial expression array data using operon-based reference correlation set
12:45 P.M. - 2:00 P.M. LUNCH
2:00 P.M. - 3:00 P.M. Round table discussion “Bioinformatics research in India and Russia: perspectives of mutual collaboration”. Sum up report.

November 19, 2010
Individual discussions (and other visits)
Departure.

Financial Support



Russian Foundation for Basic Research



Department of Science and Technology, Ministry of Science and Technology, India