Современная биология стала источником беспрецедентно огромных объемов экспериментальных данных. Их осмысление и практическое применение невозможны без привлечения современных информационных технологий, эффективных методов анализа данных и моделирования биологических систем и процессов на различных иерархических уровнях организации живой материи: от молекулярно-генетического, клеточного, организменного до экосистемного и биосферного. В ответ на этот вызов возникла компьютерная системная биология как союз экспериментальных подходов с биоинформатикой.

Основные направления деятельности ЦКП

  1. Создание и поддержка информационной и программно-аппаратной инфраструктуры, объединяющей через специализированные сети передачи данных суперкомпьютерные вычислительные комплексы и объемные хранилища данных с уникальными высокопроизводительными экспериментальными установками для решения задач геномики, протеомики, масс-спектрометрии, микроскопии и томографии.
  2. Компьютерная и информационная поддержка исследований и разработок, выполняемых в рамках программы «Геномика, протеомика, биоинформатика» включая решение следующих задач:
    • обработка первичных данных, получаемых с использованием экспериментальных технологий геномики, протеомики, масс-спектрометрии, микроскопии, томографии;
    • обеспечение доступа к распределенным мировым информационным ресурсам в области геномики, транскриптомики, протеомики, метаболомики, генетики, молекулярной и клеточной биологии, физиологии, фармакологии, биомедицины, биотехнологии и др.;
    • разработка алгоритмов и методов обработки и хранения биологических данных;
    • поддержка высокопроизводительных, параллельных, распределенных вычислений и Web-сервисов в биоинформатике;
    • компьютерное моделирование живых систем на различных уровнях их иерархической организации;
    • планирование экспериментов с использованием методов биоинформатики и системной биологии;
    • разработка новых экспериментально-компьютерных технологий для системной биологии.
  3. Повышение квалификации сотрудников в области компьютерной биологии, биоинформатики и высокопроизводительных вычислений в науках о жизни; подготовка специалистов, владеющих методами биоинформатики, теоретического и компьютерного анализа и моделирования, необходимыми для решения широкого круга фундаментальных и прикладных проблем биологии, физиологии и биомедицины, фармакологии и биотехнологии.

Принципы организации и структура ЦКП «Биоинформатика»

ЦКП «Биоинформатика» является межинститутской организационной структурой. Базовыми подразделениями Центра в ИЦиГ являются лаборатория теоретической генетикии сектор высокопроизводительных вычислений. Кадровый состав ЦКП «Биоинформатика» комплектуется из сотрудников и аспирантов организаций-учредителей.

Учредителями ЦКП являются:

  1. Институт цитологии и генетики СО РАН (ИЦиГ СО РАН);
  2. Институт вычислительной математики и математической геофизики СО РАН (ИВМиМГ СО РАН);
  3. Институт «Международный томографический центр» СО РАН (ИМТЦ СО РАН);
  4. Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН (ИХБФМ СО РАН);
  5. Институт математики СО РАН (ИМ СО РАН);
  6. Институт вычислительных технологий СО РАН (ИВТ СО РАН);
  7. ГОУ ВПО «Новосибирский государственный университет» (НГУ).

При возникновении новых научных направлений и задач в число учредителей могут быть включены другие организации на основании дополнений к Договору о научно-техническом сотрудничестве в рамках Межинститутского распределенного ЦКП «Биоинформатика».
В рамках деятельности ЦКП предполагаются проведение совместных конференций, семинаров и рабочих совещаний,  научных школ, организация стажировок, учебной и научной практики для студентов и аспирантов. О своей деятельности ЦКП отчитывается перед Научно-техническим советом ЦКП, а также представляет отчеты в ученые советы организаций-учредителей, Объединенный ученый совет по биологическим наукам, Объединенный ученый совет СО РАН по нано- технологиям и информационным технологиям, Объединенный ученый совет СО РАН по математике и информатике, совет СО РАН по супервычислениям.

В рамках ЦКП функционируют следующие научно-технологические секции:

  • компьютерная геномика и транскриптомика (ИЦиГ СО РАН);
  • компьютерная протеомика (ИЦиГ СО РАН, МНТЦ);
  • статистический анализ биологических данных (ИЦиГ СО РАН);
  • математическое моделирование биологических систем и процессов (ИЦиГ СО РАН, ИМ СО РАН);
  • эволюционная биоинформатика (ИЦиГ СО РАН);
  • популяционно-генетический и сегрегационный анализ (ИЦиГ СО РАН);
  • моделирование макромолекул методами молекулярной динамики и механики (ИЦиГ СО РАН, ИХБФМ СО РАН);
  • анализ текстов научных публикаций (ИМ СО РАН, ИЦиГ СО РАН);
  • астробиология (ИК СО РАН);
  • высокопроизводительные вычисления в биоинформатике (ИЦиГ СО РАН и ИВМиМГ СО РАН);
  • математические проблемы биоинформатики (ИЦиГ СО РАН, ИМ СО РАН);
  • информационно-телекоммуникационные технологии в биоинформатике.