СИСТЕМНАЯ БИОЛОГИЯ




Аннотация

Дирекция

Извещение о конкурсе

Генеральный заказчик

Наши соисполнители

Извещение о конкурсе


ИЗВЕЩЕНИЕ
об открытом конкурсе на выполнение комплексных проектов в 2005-2006 годах в рамках федеральной целевой научно-технической программы "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники" на 2002-2006 годы по приоритетному направлению "Информационно-телекоммуникационные системы" (VII очередь)

ЛОТ 1.
ИТ-КП.5/001. Разработка комплекса программных компонентов для компьютерного моделирования и дизайна в области постгеномной системной биологии (системная биология in silico).

1. Цель проекта
Создание интегрированной информационно-компьютерной платформы для обеспечения организаций, работающих в области биоинженерии, биотехнологии, биомедицины и системной биологии конкурентоспособными средствами компьютерного анализа экспериментальных данных и компьютерного моделирования для ускорения исследований генов, геномов, молекулярно-биологических, молекулярно-генетических и метаболических систем и процессов, контролирующих функционирование клеток, тканей, органов и организмов, в ходе создания конкурентоспособных продуктов с целью их ускоренного внедрения в практику и вывода на рынок.

2. Основные требования к результатам проекта

2.1. Разрабатываемая информационно-компьютерная платформа должна являться единым комплексом, состоящим из взаимосвязанных модулей, предназначенных для использования в исследовании живых систем, создания новых методов диагностики, оптимизации процессов получения биологически активных соединений в биотехнологии, моделировании метаболических сетей и исследовании ген-генных взаимодействий.

2.1.1. Комплекс программных компонентов для компьютерного моделирования и дизайна в области постгеномной системной биологии (далее - Комплекс) должен состоять из следующих взаимосвязанных программных компонентов и баз данных:

2.1.1.1. Программный компонент поддержки эксперимента при изучении ген-генных взаимодействий в бактериальной клетке. Компонент должен обеспечивать анализ графов генных взаимодействий и установление их взаимоотношение с протеомой и белок-белковыми взаимодействиями.

2.1.1.2. Программный компонент для экспериментального дизайна искусственных молекулярно-генетических конструкций с заданными (принципиально улучшенными или качественно новыми) свойствами с целью их практического применения в биоинженерии, биотехнологии и медицине. Компонент должен обеспечивать эффективное предсказание новых конструкций для получения в биологически активных молекул (белки, витамины, антибиотики и т.д.)

2.1.1.3. Программный компонент для решения задач бактериальной метаболомики и метаболической инженерии при оптимизации биотехнологических процессов.

2.1.1.4. Программный компонент для изучения механизмов функционирования бактериальных геномов и создания компьютерных моделей функционирования бактериальных клеток. Компонент должен обеспечивать проведение работ по моделированию многопараметрических систем бактриальных клеток с целью построения моделей их взаимодействия с организмом при развитии патологий (для биотехнологически значимых микроорганизмов)

2.1.1.5. Программный компонент создания генно-сенсорных устройств на основе бактериальных систем. Компонент должен обеспечивать программный продукт для анализа считывания сигнала и его интерпретации с единичных генетически модифицированных бактериальных клеток для ранней диагностики заболеваний человека.

2.1.1.6. Программный компонент для анализа экспериментальных данных по молекулярной эпидемиологии социально-значимых заболеваний и популяционному полиморфизму ДНК. Компонент должен обеспечивать анализ и интерпретацию результатов по выявлению предрасположенности к многофакторным генетически обусловленным заболеваниям человека.

2.1.1.7. Программный компонент для анализа экспериментальных данных при высокоточной генетической идентификации личности.

2.1.1.8. Программный компонент для компьютерного моделирования сложных пространственно-распределенных молекулярно-генетических систем и процессов, контролирующих морфогенез клеток, тканей и органов растений, ориентированного на применение в биоинженерии и биотехнологии для создания трансгенных растений с качественно новыми или улучшенными свойствами.

2.1.1.9. Программный компонент обеспечивающий интеграцию, хранение и эффективный анализ многопараметрических гетерогенных экспериментальных данных, получаемых высокопроизводительными методами системной биологии (транскриптомные, протеомные, метаболомные профили и др.).

2.1.1.10. Программные компоненты для компьютерной геномики, транскриптомики, протеомики и метаболомики, обеспечивающие реконструкцию сложных молекулярно-генетических и молекулярно-биологических систем на основе анализа гетерогенных экспериментальных данных по структурно-функциональной организации регуляторных районов генов, профилям экспрессии генов, метаболическим путям и регуляторным системам клетки.

2.1.1.11. Компьютерные базы данных и знаний, содержащие интегрированную информацию по структурно-функциональной организации и динамике молекулярно-генетических систем (от уровня гена до уровня целостного организма) с ориентацией на применение этих баз данных для математического моделирования сложных молекулярно-биологических и молекулярно-генетических систем и процессов.

2.1.2. Программные компоненты, перечисленные в п. 2.1.1, должны обеспечивать:

2.1.2.1. Функционирование серверных компонет c операционными системами Linux, а также клиентских компонент на операционных системах Windows XP, Windows 2000.

2.1.2.2. Интеграцию больших объемов разнородных, гетерогенных, распределенных, мультидисциплинарных биоинформационных ресурсов и вычислительных сервисов в области системной биологии, хранение и эффективный анализ многопараметрических гетерогенных экспериментальных данных, получаемых высокопроизводительными методами системной биологии (транскриптомные, протеомные, метаболомные профили и др.).

2.1.2.3. Возможность пополнения новой информацией и новыми сервисами; возможность автоматического поиска новых данных и вычислительных сервисов в области системной биологии в сети Интернет и автоматизированного добавления найденных ресурсов в компонент

2.1.3. Программные компоненты, перечисленные в п. 2.1.1, должны быть пригодными для самостоятельного применения по назначению, а также обеспечивать программную совместимость между собой и образовывать следующие исполнения Комплекса:

Исполнение Комплекса

Входящие компоненты

Компьютерный анализ, моделирование и дизайн бактериальных молекулярно - генетических конструкций

2.1.1.1, 2.1.1.2, 2.1.1.3, 2.1.1.4, 2.1.1.9, 2.1.1.10, 2.1.1.11

Моделирование сложных пространственно - распределенных молекулярно - генетических систем

2.1.1.8, 2.1.1.9, 2.1.1.10, 2.1.1.11,

Молекулярная эпидемиология и популяционный полиморфизм ДНК

2.1.1.5, 2.1.1.6, 2.1.1.7, 2.1.1.9,

2.2. Экономические требования

2.2.1. Создаваемый Комплекс должен быть пригоден для внедрения и массового применения в биоинженерную, биотехнологическую и биомедицинскую отрасли науки и промышленности как в России, так и за рубежом при генерации новых знаний, проведении прикладных исследований и опытно-конструкторских разработок в таких областях системной биологии, как структурная и функциональная геномика, транскриптомика, протеомика, метаболомика и др.

2.2.2. Должны быть разработаны 2 бизнес-плана коммерциализации создаваемых технологий.

2.2.3. В ходе выполнения проекта должны быть продемонстрированы примеры коммерциализуемости создаваемых программных компонентов, в том числе - с выходом на зарубежные рынки.

2.2.4. В 2007-2008 гг. должна быть обеспечена привлечение инвестиций и реализация продукции в объеме не менее 150 млн. рублей.

2.2.5. В результате выполнения проекта в 2005 году должно быть подано не менее 4 заявок на патенты, а в 2006 году - не менее 6.

2.2.6. Выполнение проекта должно способствовать развитию приборно-методической базы организаций, участвующих в проекте для проведения исследований в области системной компьютерной биологии.

2.2.7 Работа в рамках проекта должна осуществляться с привлечением молодых специалистов, студентов и аспирантов, учебных кафедр вузов (факультетов) биологического, биомедицинского, биотехнологического и информационно-вычислительного профиля.

2.2.9. Должны быть достигнуты значения индикаторов по мероприятиям Программы.

2.2.10. Научно-практические результаты работы должны быть патентно-чистыми и, при необходимости, защищены патентами Российской Федерации и стран - потенциальных потребителей

3. Содержание основных работ по проекту

3.1. Разработка программных компонентов комплекса в соответствии с пунктом 2.1.1; разработка документации: руководства системного пользователя и руководства системного программиста.

3.2. Проведение испытаний компонентов и корректировка программ и программной документации по результатам испытаний.

3.3. Интегрирование программных компонентов в Комплекс.

3.4. Проведение испытаний Комплекса и корректировка программных компонентов и программной документации по результатам испытаний Комплекса.

3.5. Выбор СУБД, структурирование и наполнение компьютерной базы данных и знаний по структурно-функциональной организации и динамике молекулярно-генетических систем.

3.6. Отработка процедуры пополнения Комплекса новой информацией и новыми сервисами, автоматического поиска новых данных и вычислительных сервисов в области системной биологии в сети Интернет и автоматизированного добавления найденных ресурсов в компоненты.

3.7. Научно-организационное и методическое сопровождение патентования результатов интеллектуальной деятельности полученных в результате выполнения проекта.

4. Лимит бюджетного финансирования: всего - 70 млн. рублей, в том числе на 2005 год - 34,0 млн. рублей.

Ориентировочная разбивка лимита бюджетного финансирования по мероприятиям Программы, утвержденной постановлением Правительства Российской Федерации № 540 от 12.10.04 г. (Приложение 1 к Программе), млн. руб

Номер мероприятия Программы в соответствии с перечнем программных мероприятий

1.3.

1.7.

1.9.

1.10.

2.2.

2.3.

2.10

Итого:

2005 г.

5,0

10,0

3,0

1,0

14,0

0,5

0,5

34,0

2006 г.

-

10,0

3,0

1,0

21,0

0,5

0,5

36,0

5. Объем средств из внебюджетных источников: всего - 16,2 млн. руб., в том числе на 2005 год - 7,2 млн. руб.

6. Сроки выполнения: 2005-2006 годы.

ГОСУДАРСТВЕННЫЙ ЗАКАЗЧИК / ОРГАНИЗАТОР КОНКУРСА - Федеральное агентство по науке и инновациям (г. Москва, Тверская улица, д. 11, стр. 1) приглашает к участию в открытом конкурсе на право заключения государственных контрактов на выполнение работ по заказу Агентства.

УСЛОВИЯ КОНКУРСА
В конкурсе могут принимать участие юридические лица, зарегистрированные на территории Российской Федерации По каждой теме подается отдельная конкурсная заявка по установленной форме. Текст конкурсной заявки представляется в печатной (оригинал и копия) и электронной форме. Электронная форма представляется на дискете 3.5" или СD в редакторе Microsoft Word 6.0 в формате rtf.
При формировании внутренних конвертов конкурсную заявку на участие в конкурсе необходимо положить первой. В случае подачи организацией конкурсных заявок по нескольким лотам одного приоритетного направления количество экземпляров самой заявки должно соответствовать количеству лотов.
Характеристики каждой конкурсной работы определяются заказчиком.

ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ ИНФОРМАЦИЯ
Комплект конкурсной документации по проведению открытого конкурса на право заключения государственного контракта на выполнение в 2005 - 2006 годах комплексных проектов по приоритетному направлению "Информационно-телекоммуникационные системы" (VII очередь) в рамках ФЦНТП "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники" на 2002-2006 годы" размещен на следующих сайтах: fasi.gov.ru, goszakupki.ru. Заинтересованные организации могут также получить указанные документы в электронном виде на свою дискету по адресу организатора конкурсов. Контактные телефоны: 229-48-74 и 229-18-24.

Конкурсные заявки должны быть отправлены почтой (или доставлены нарочным) в запечатанном конверте с пометкой "На конкурс Федерального агентства по науке и инновациям" (с указанием лота, шифра и наименования темы конкурсной работы) с условием, что они будут получены экспедицией Агентства не позднее 17 часов 28 июля 2005 года по адресу организатора конкурса.

Вскрытие конвертов с конкурсными заявками будет произведено после окончания срока их подачи в присутствии представителей участников конкурса, пожелавших принять участие в этой процедуре, 1 августа 2005 года в 15 часов по адресу организатора конкурса.

Итоги конкурса будут опубликованы в бюллетене "Конкурсные торги".