ЛАБОРАТОРИЯ ТЕОРЕТИЧЕСКОЙ ГЕНЕТИКИ Отдел
Системной Биологии
 
О лаборатории
Штат
Конференции
Гранты
Публикации
Ресурсы лаборатории




Вход для сотрудников


АСНИ
MGS
Бионет
Группа моделирования МГС
КИБ
Вестник ВОГиС
Посещение аспирантов
  
"COMPUTATIONAL
SYSTEMS BIOLOGY:
from analysis to synthesis"
Проект "Системная биология"

Публикации

2010 2009 2008 2007 2006 2005 2004 2003 2002 2001 2000 1999 1998 1997 1996 1995 1994

2010

Глава в монографии:

1.

E.L. Mishchenko , K.D. Bezmaternykh,V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A., KolchanovIdentification of Drug Targets for Hepatitis C Virus Using Mathematical Modeling. "Handbook of Drug Targeting and Monitoring". 2010, Nova Science Publishers, Inc., New York, Chapter 7, p. 179-192, B.Andreev and V. Egorov (Eds) Publishers, Inc., NY, USA

Статьи в Российских журналах:

1.

Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Эффективность связывания TBP c промотором ARF-генов растений коррелирует с характером влияния ARF белков на транскрипцию (активатор/репрессор). ДАН, 2010, Т 433, С. 549–554.

2.

Николаев, У.С. Зубаирова, С.И. Фадеев, Э. Мйолснесс, Н.А. Колчанов. ИССЛЕДОВАНИЕ ОДНОМЕРНОЙ МОДЕЛИ РЕГУЛЯЦИИ РАЗМЕРОВ ВОЗОБНОВИТЕЛЬНОЙ ЗОНЫ В БИОЛОГИЧЕСКОЙ ТКАНИ С УЧЁТОМ ДЕЛЕНИЯ КЛЕТОК. СибЖИМ. 2010, том 13, № 4 (44). С. 70-82

3.

Пономаренко П.М., Суслов В.В., Савинкова Л.К., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Точное уравнение равновесия четырех шагов связывания ТВР с ТАТА-боксом для прогноза фенотипического проявления мутаций. Биофизика. 2010, Т. 55, С. 400-414.

4.

Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Драчкова И.А., Аршинова Т.В., Савинкова Л.К., Колчанов Н.А. Полиморфизмы ТАТА-боксов генов хозяйственно важных и лабораторных животных и растений, ассоциированные с их селекционно-ценными признаками. Генетика, 2010, т.46, c.448-457.

5.

Бабкин И.В. Дифференциация географических биовариантов вируса натуральной оспы методом ПЦР. Молекулекулярная генетика, микробиология и вирусология 2010. № 1.

6.

Бабкин И.В. Изучение кодирующих последовательностей вариабельных районов генома вируса натуральной оспы. Вопросы вирусологии. 2010. – № 2.

7.

М. В. Богачек, Б. Н. Зайцев, S. K. Sekatskii, Е. В. Протопопова, В. А. Терновой, А. В. Иванова, А. В. Качко, В. А. Иванисенко, G. Dietler, В. Б. Локтев. Характеристика C-концевой части гликопротеина Е вируса Западного Нила и оценка силы его взаимодействия с ?V?3 интегрином как с предполагаемым клеточным рецептором. Биохимия, 2010, том 75, вып. 4, с. 571 – 581

8.

О.А.Подколодная, Е.Э. Яркова, П.С.Деменков, О.С.Коновалова,. В.А.Иванисенко, Н.А.Колчанов. Использование компьютерной системы ANDCell для реконструкции и анализа ассоциативных сетей потенциальных механизмов взаимосвязи миопии и глаукомы. Информационный вестник ВОГиС – 2010 Т. 14, № 1. — С. 106–115.

9.

Юдин Н.С., С.П. Князев, Р.Б. Айтназаров, Куликов И.В., В.Ф. Кобзев, Е.В. Игнатьева, С.В. Никитин, В.И. Ермолаев. Редкое сочетание двух новых однонуклеотидных полиморфизмов в интроне 16 гена рецептора рианодина RYR1 у свиней кемеровской породы. Информационный вестник ВОГиС. 2010, Т.14, 1, 116-121.

10.

Хомичева И.В., Витяев Е.Е., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Шипилов Т.И. Применение программной системы expertdiscovery для поиска закономерностей структурно-функциональной организации регуляторных районов генов. Вестник НГУ (серия: Информационные технологии) 2010, Т.8, Выпуск 1.

Статьи в зарубежных журналах

1.

Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S. Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein. J Biochem. (2010) Feb;147(2):279-89.

2.

Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV, Demina IA, Serebryakova MV, Alexeev D, Ivanisenko VA, Aman E, Govorun VM. Functional Divergence of Helicobacter pylori Related to Early Gastric Cancer. J Proteome Res. 2010 Jan;9(1):254-67.

3.

Novikova O, Smyshlyaev G, Blinov A. Evolutionary genomics revealed interkingdom distribution of Tcn1-like chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons among fungi and plants. BMC Genomics, 2010 11(1):231.

4.

Golovnina KA, Kondratenko EY, Blinov AG, Goncharov NP. Molecular characterization of vernalization loci VRN1 in wild and cultivated wheats. BMC Plant Biol. 2010 10(1):168.

5.

VV Mironova, NA Omelyanchuk, G Yosiphon, SI Fadeev, NA Kolchanov, E Mjolsness, VA Likhoshvai A plausible mechanism for auxin patterning along the developing root. BMC Systems Biology 2010, 4:98

6.

Суслов В.В., Пономаренко М.П., Савинкова Л.К., Пономаренко П.М., Ефимов В.М., Колчанов Н.А. SNPs in the HIV-1 and HIV-2 TATA Box and the AIDS pandemic. J. Bioinform. Comput. Biol., 2010. V. 8, P. 607-625.

Авторские свидетельства.

1.

Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА)/Nanobiomaterial database (NANOBIOBASE) — авторское свидетельство №2010620013 от 11 января 2010 г.

2.

Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE) — №2010620014 от 11 января 2010 г.

3.

Миронова В.В., Залевский Е.М., Омельянчук Н.А. Растения, Паттерны, Фенотипы (3П-ДБ)/Plants, Patterns, Phenotypes (3P-DB). Авторское свидетельство № 2010620474 от 30 июня 2010 г.

2009

Глава в монографии:

1.

L.P.Zakharenko, M.P.Perepelkina, D.A.Afonikov. The importance of transpositions and recombination to genome instability according hobo-element distribution pattern in completely seguenced genome of Drosophila melanogaster. In: Evolutionary Biology: Concept, Modelling, and Application. Ed. P.Pontarotti, Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2009, Chapter 7, P.127-138.

2.

Ефимов В.М., Ковалева В.Ю., Тимаков Ю.В., Кириченко О.В. Экологическое право России. Часть I.: учебное пособие. –Новосибирск: НГАСУ(Сибстрин), 2009. –180 с.

3.

E.L. Mishchenko, K.D. Bezmaternykh, V.A. Likhoshvai, V.A. Ivanisenko, N.A., Kolchanov. A mathematical model for the suppressive effect of subgenomic hepatitis C virus replication in Huh-7 cells in the presence of potential individual drugs. In: Z. Feng and M. Long (ed.), Viral Genomes:Diversity, Properties and Parameters. Nova Science Publishers, Inc., New York, 2009, 169-190.

4.

E.L. Mishchenko , K.D. Bezmaternykh, Identification of Drug Targets for Hepatitis C Virus Using Mathematical Modeling. In Drug Targeting: Processes, Monitoring and Control” 2009. Nova Science Publishers, Inc., NY, USA ISBN:978-1-60741-839-9, Chapter 7, Eds. B.Andreev and V. Egorov.

5.

Fomin E., Alemasov N. Implementation of Non-bonded Interaction Algorithm for the Cell Architecture. Parallel computing technologies 2009 / Malyshkin V; Springer. LNCS, Vol. 5698. 2009. P. 399–405.

Статьи в Российских журналах:

1.

Fadeev S. I., Omel’yanchuk N. A. and Likhoshvai V.A., Study of a Mathematical Model for the Autoregulation of Hes7 Protein Synthesis. Journal of Applied and Industrial Mathematics, 2009, Vol. 3, No. 3, pp. 1–10.

2.

Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Гайнова И.А., Королев В.К., Медведев А.Е. (2009). Компьютерная система интеграции модулей для автоматической генерации и численного анализа математических моделей молекулярно-генетических систем. Сибирские электронные математические известия, Том 6, стр. 440-456.

3.

Бажан С. И., Кашеварова (Ри) Н. А., Хлебодарова Т. М., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа // Биофизика, 2009. Т.54, № 6, С. 1066-1080.

4.

Бугров, Новикова, Опыт использования нуклеотидных последовательностей двух митохондриальных генов (COI, COII) для выяснения таксономического статуса и реконструкции филогенетических отношений шароголовых кузнечиков (Orthoptera, Ensifera, Tettigoniidae). Евразиатский энтомол. Журнал, 8 (1): 1-8

5.

Головнина, Phylogeny of A Genome of Wild and Cultivated Wheat Species, Генетика, 2009, V. 45(11), pp. 1360–1367

6.

Головнина, Блинов , Гончаров Филогения A геномов диких и возделываемых видов пшениц. Генетика, 45 (11): 1-8

7.

Гунбин К. В., Афонников Д. А., Болдырева Е. В., Колчанов Н. А. (2009) Адаптивная эволюция генов археобактерий рода Pyrococcus, связанная с приспособлением к обитанию в условиях высоких давлений. Доклады Академии Наук, Т. 425, С. 546-548.

8.

Демиденко Г. В., В. А. Лихошвай, А. В. Мудров, О связи между решениями дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом и бесконечномерных систем дифференциальных уравнений. ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНЫЕ УРАВНЕНИЯ, 2009, том 45, № 1, с. 34–46

9.

Коптелов С.С., Афонников Д.А., Жарков Д.О. (2009) Анализ коррелированных замен в гомологичных белках семейства Fpg/Nei. Вестник НГУ. Серия: Биология, клиническая медицина. Т.7, Вып.1, С. 3-7.

10.

Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Ри М.Т., Колчанов Н.А. Метаболическая инженерия in silico // Биотехнология, 2009, №4, С.8-29.

11.

Малыгин А.А., Е.И. Бондаренко, В.А. Иванисенко, Е.В. Протопопова, Г.Г. Карпова, В.Б. Локтев. Картирование рецепторного домена для вирусов Венесуэльского энцефалита лошадей и Клещевого энцефалита на С-конце ламининсвязывающего белка человека. Биохимия, 2009, т. 74, вып. 12. с. 1631 – 1641

12.

Новикова, Блинов, Происхождение, эволюция и распространение различных групп non-LTR ретротранспозонов среди эукариот. Генетика, 45 (2): 149-159.

12.

Омельянчук Н.А., В.В.Миронова, Н.А.Колчанов. Генетика развития растений: интеграция информации из различных наблюдений и экспериментов в базах данных. Генетика, 2009, Т.45, С. 1476–1492.

14.

Турнаев И.И., Гунбин К.В., Колчанов Н.А., Эволюция ключевых белков клеточного цикла коррелирует с увеличением сложности эукариотических организмов. 2009, Доклады Академии наук, т.426, №2, стр. 265-269.

15.

Акбердин И.Р., Казанцев Ф.В., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Математическое моделирование метаболизма ауксина в клетке меристемы побега растения. 2009, Вестник ВОГиС, Том 13, №1, С. 170-176.

16.

Дорошков А.В., Арсенина С.И., Пшеничникова Т.А., Афонников Д.А. (2009) Применение компьютерной обработки изображений микрофотографий листа для анализа опушения пшеницы Triticum aestivum L. Информационный вестник ВОГиС. 13, 218-226.

17.

Ефимов В.М. Катохин А.В. Применение неметрического многомерного шкалирования для мультиплатформенной обработки микрочиповых экспрессионных данных // Вестник ВОГиС, 2009. Т.13, №1, С.102–108.

18.

Н.И. Ершов, В.Г. Левицкий, Д.Ю. Ощепков, О.В. Вишневский, Л.О. Брызгалов, Е.В. Антонцева, Т.И. Меркулова. Изменения транскриптома печени крысы под действием гепатоканцерогенного для этих животных 3'-МеДАБ и неканцерогенного ОАТ. Вестник ВОГиС, 13(4), 703-722.

19.

Игнатьева Е.В., Т.И. Меркулова, Д.Ю. Ощепков, Н.В. Климова, Г.В. Васильев, И.И. Турнаев, В.Ф. Кобзев, Н.А. Колчанов. Выявление новых сайтов транскрипционных факторов SREBP в промоторных районах генов позвоночных на основе комбинации биоинформационного и экспериментального подходов. Вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №1, С.37-45.

20.

Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д., Лихошвай В.А. Система автоматизированной генерации математических моделей генных сетей. 2009, Вестник ВОГиС, Том 13, №1, С.. 163-170.

21.

Лашин С.А., Матушкин Ю.Г., Хлебодарова Т.М., Лихошвай В.А. Корреляции оперонной структуры с длиной генома у 14 видов микоплазм // Информационный Вестник ВОГиС, 2009, т.13, №1, с.84-89.

22.

Лихошвай В.А., Н.А. Омельянчук, В.В. Миронова, Ф.В. Казанцев, И.Р. Акбердин, В.К. Королев, С.И. Фадеев, Н.А. Колчанов. Моделирование регуляции ауксином инициации латеральных органов у Arabidopsis thaliana. Вестник ВОГиС, 2009, Том 13, № 1, 176-186.

23.

Лихошвай В.А., Степанова Т.Ю., Задорожный А.В., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М. Экспрессия гена dps Escherichia coli в присутствии токсических агентов: анализ и математическое моделирование. Информационный вестник ВОГИС, 2009, Т.13, №4, С.731-740.

24.

Медведева И.В., Деменков П.С., Иванисенко В.А. Анализ распределения аденозинфосфат-связывающих сайтов белков на экзонной структуре гена // Вестник ВОГиС — 2009. Т. 13, № 1. — С. 122–127.

25.

Мищенко Е.Л., K.Д. Безматерных, В.А. Иванисенко, В.А. Лихошвай, Н.А. Колчанов. Математическое моделирование действия потенциальных противо-вирусных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита с в клетке.Вестник ВОГиС, 2009, Том 13, № 1, 208-218.

26.

Новикова, Horizontal transfer of non-LTR retrotransposons, Информационный вестник ВОГиС, 13 (1): 76-83.

27.

Ощепков Д.Ю., Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов. Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора// Информационный Вестник ВОГиС, 2009, т.13, №1, стр.46-52.

28.

Ощепков Д.Ю., Д.П. Фурман, Е.А. Ощепкова, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, В.А. Мордвинов. (2009) Выявление новых DRE в регуляторной области генов человека, кодирующих компоненты цитозольного комплекса арил-гидрокарбонового рецептора. Вестник ВОГИС, 13, 1, 46-52

29.

Пинтус С.С. Коэволюция доменов ключевых белков апоптоза p53 и mdm2 // Информационный вестник ВОГиС. 2009. Т.13. №1 C.128-136.

30.

Суслов В.В., Н.А. Колчанов. Дарвиновская эволюция и регуляторные генетические системы // Вестник ВОГиС, 2009, Том 13, № 2 с.410-439.

Статьи в зарубежных журналах:

1.

Bandyopadhyay A, Arora A, Jain S, Laskar A, Mandal C, Ivanisenko VA, Fomin ES, Pintus SS, Kolchanov NA, Maiti S, Ramachandran S. Expression and molecular characterization of the Mycobacterium tuberculosis PII protein. J Biochem. 2009 Nov 2. In press. PMID: 19884192

2.

Furman D. P., E.A. Oshchepkova, D.Yu. Oshchepkov, M.Yu. Shamanina, V.A. Mordvinov. Promoters of the Genes Encoding the Transcription Factors Regulating the Cytokine Gene Expression in Macrophages Contain Putative Binding Sites for Aryl Hydrocarbon Receptor. Comput. Biol. Chem. 2009, 33, 6, 463-466. (doi:10.1016/j.compbiolchem.2009.10.004)

3.

Furman D.P., T. A. Bukharina The gene network determining development of Drosophila melanogaster mechanoreceptors, Comput. Biol. Chem. 2009, 33, 3, 231-234

4.

Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. (2009) Molecular evolution of the hyperthermophilic archaea of the Pyrococcus genus: analysis of adaptation to different environmental conditions, BMC Genomics, 10, 639.

5.

Momynaliev KT, Kashin SV, Chelysheva VV, Selezneva OV, Demina IA, Serebryakova MV, Alexeev D, Ivanisenko VA, Aman E, Govorun VM. Functional Divergence of Helicobacter pylori Related to Early Gastric Cancer. J Proteome Res. 2009 Nov 18. Accepted. PMID: 19886703 DOI: 10.1021/pr900586w

6.

Omelyanchuk Nadezda, Orlovskaya Irina A., Schraufstatter Ingrid U. and Khaldoyanidi Sophia K.. Key Players in the Gene Networks Guiding ESCs toward Mesoderm. Journal of stem cells, 2009, V.4, N3. P.

7.

Salina E.A., Sergeeva E.M., Adonina I.G., Shcherban A.B., Afonnikov D.A., Belcram H., Huneau C., Chalhoub B. (2009) Isolation and sequence analysis of the wheat B genome subtelomeric DNA. BMC Genomics, 10, 414.

8.

Shehovtsov et al, A novel nuclear marker, Pm-int9, for phylogenetic studies of Opisthorchis felineus, Opisthorchis viverrini, and Clonorchis sinensis (Opisthorchiidae, Trematoda), Parasitol Res (2009) 106:293–297

9.

Shehovtsov et al, The complete mitochondrial genomes of two liver flukes, Opisthorchis felineus and Clonorchis sinensis, Parasitology International 2009 Nov 10.

1.

Goncharov Nikolay P., Kseniya A. Golovnina, Elena Ya. Kondratenko, Taxonomy and molecular phylogeny of natural and artificial wheat species, Breeding Science, 2009, V.59(5), pp. 492-498

2.

Novikova, Blinov Non-LTR retrotransposons in fungi. Funct. Integr. Genomics. 9 (1): 27-42.

3.

Novikova, Blinov Flying non-LTR retrotransposons: DNA transposons as freely available “wings”? Retrovirology. V. 6 (Suppl 2), P62

4.

Novikova.Chromodomains and LTR retrotransposons in plants. Comm. & Integr. Biol. V. 2, P:158-162

Авторские свидетельства:

1.

Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А. База данных: Матрицы функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов про- и эукариот (RealSite). Авторское свидетельство РФ №2009620500, 2009.

2.

Свидетельство о государственной регистрации базы данных. Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. База данных нанобиоматериалов (НАНОБИОБАЗА)/Nanobiomaterial database (NANOBIOBASE) — авторское свидетельство № 2009620541

3.

Свидетельство о государственной регистрации базы данных. Иванисенко В.А., Деменков П.С., Иванисенко Т.В., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Игнатьева Е.В., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Колчанов Н.А. База данных нанобиотехнологий (НАНОБИОТЕХБАЗЕ)/Nanobiotechnology database (NANOBIOTECHBASE) — авторское свидетельство № 2009620542

4.

Библиотека для разработки сетевых редакторов (АРАНЕУС) / А.с. № 2009610949, зарег. 03.04.09.

5.

Свидетельство о государственной регистрации базы данных №2009620500 Матрицы функциональных сайтов связывания транскрипционных факторов про- и эукариот (РеалСайт)/Matrixes for functional binding sites of pro- fnd eukaryotic transctiption factors (RealSite) Зарегестрировано в реестре базы данных 2 октября 2009 г.

6.

Качко А.В., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Штамм бактерий Escherichia coli для тестирования присутствия в среде фенола и перекиси водорода. // Патент № 2348687, от 10 марта 2009 г.

7.

Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Качко А.В., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Рекомбинантная плазмидная ДНК pYfi-gfp, кодирующая продукцию флюоресцентного белка GFPaav и штамм бактерий Escherichia coli JM109-pYfi продуцирующий флюоресцентный белок GFPaav в присутствии токсических агентов // Заявка на изобретение №2008110261, решение о выдаче патента от 19 октября 2009г.

2008

Монографии (2):

1.

Системная компьютерная биология. Под ред. Н.А.Колчанова, С.С.Гончарова, В.А.Лихошвая, В.А.Иванисенко. Изд-во СО РАН, Новосибирск, 2008 г. 768 c.

2.

Biosphere origin and evolution. Ed. By N.Dobretsov, N.Kolchanov, A.Rozanov, G.Zavarzin. Springer 2007, 430 p.

Публикации в монографиях (29):

1.

Ефимов В.М., Ковалева В.Ю. Многомерный анализ биологических данных: учебное пособие. 2-е испр. и доп. изд. –Санкт-Петербург: ВИЗР РАСХН, 2008. –88с.

2.

Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Omelyanchuk L.V., Kolchanov N.A. The Hedgehog Signaling Cascade System: Evolution and Functional Dynamics. In: Biosphere origin and evolution. Eds. by N.L. Dobretsov, N.A. Kolchanov, A.Yu. Rozanov, G.A. Zavarzin. New York: Springer-Science+Business Media. 2008. P. 289-301.

3.

Ананько Е.А., Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. Понятие о генных сетях. База данных GeneNet. В монографии "Системная Компьютерная Биология" Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Издательство СО РАН, 2008, с. 313-319.

4.

Афонников Д.А. Координиованные замены аминокислот в белках. Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 591-602.

5.

Афонников Д.А., Колчанов Н.А. Классификация локального пространственного окружения аминокислотных остатков по физико-химическим свойствам. Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 281-289.

6.

Барышев П.С., Афонников Д.А. Компьютерный анализ структурно-функциональных характеристик протеасомной деградации белков. Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 296-301.

7.

Варламова Е.С., Афонников Д.А., Суслов В.В., Колчанов Н.А. Анализ режима адаптивной эволюции в белках вируса гепатита С. Системная компьютерная биология, под ред. Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая, В.А., Иванисенко В.А., Новисибирск, 2008, Изд-во СО РАН, с. 602-610.

8.

Витяев Е.Е., Орлов Ю.Л., Хомичева И.В., Шипилов Т.И Методы извлечения знаний и логического анализа регуляторных геномных последовательностей // Системная компьютерная биология. ИЦиГ СО РАН, 126-136, 2008.

9.

Гунбин К.В. Омельянчук Л.В., Ананько Е.А., Когай В.В., Фадеев С.И., Колчанов Н.А. Морфогенез животных: реконструкция в базах данных и моделирование. В монографии "Системная Компьютерная Биология" Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Издательство СО РАН, 2008, с.498-539.

10.

Гунбин К.В., Колчанов Н.А. Исследование эволюции генов Hh-каскада сигналов. В монографии: Системная Компьютерная Биология. Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Издательство СО РАН. 2008. С.610-650.

11.

Деменков П.С., Яркова Е.Э., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А., Гончаров С.С. Предсказание изменения термодинамической стабильности белков при одиночных аминокислотных заменах. В монографии: Cистемная компьютерная биология. Изд. СО РАН под ред. Колчанов НА, Гончаров СС, Лихошвай ВА, Иванисенко ВА, 2008, стр. 269-276.

12.

Ефимов В.М., Бадратинов М.С., Катохин А.В., Мордвинов В.А., Колчанов Н.А. Анализ микрочиповых данных по экспрессии генов методами самоорганизующихся карт Кохонена и главных компонент // Системная компьютерная биология / отв. ред. Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров, В.А. Лихошвай, В.А.Иванисенко. -Новосибирск: изд-во СО РАН, 2008. С.154-165.

13.

Иванисенко В.А., Деменков П.С., Фомин Э.С., Крестьянова М.А., Ощурков И.С., Иванисенко Т.В., Иванисенко Н.В., Пинтус С.С., Яркова Е.Э., Степаненко И.Л., Сурнина Н.Ю., Гончаров С.С., Колчанов Н.А. Распознование функциональных сайтов в пространственных структурах белков. Системная компьютерная биология / отв. ред. Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров, В.А.Лихошвай, В.А.Иванисенко — Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2008 (Интеграционные проекты СО РАН; вып.14). с.231-244

14.

Иванисенко В.А., Яркова Е.Э., Деменков П.С., Колчанов Н.А., Гончаров С.С. Анализ взаимосвязи структура-активность в белковых семействах. В монографии: Cистемная компьютерная биология. Изд. СО РАН под ред. Колчанов НА, Гончаров СС, Лихошвай ВА, Иванисенко ВА, 2008, стр. 276-281.

15.

Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Мищенко Е.Л., Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Подколодный Н.Л., Ромащенко А.Г., Ощепков Д.Ю., Мигинский Д.С. Регуляторные последовательности ДНК: описание в базах данных. В монографии "Системная Компьютерная Биология" Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Издательство СО РАН, 2008, с. 15-38.

16.

Кочетов А.В., Вишневский О.В., Волкова О.А., Владимиров Н.В., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Григорович Д.А., Нишида Х., Сараи А., Смирнова О.Г., Ибрагимова С.С., Пономаренко М.П., Пальянов А.Ю., Титов И.И., Колчанов Н.А. Трансляция. В монографии: Системная Компьютерная Биология. Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Издательство СО РАН. 2008. C. 184-228.

17.

Левицкий В.Г. Подколодная О.А., Колчанов Н.А., Подколодный Н.Л. Сайты формирования нуклеосом ДНК эукариот: исследование компьютерными методами. В кн. Системная Компьютерная биология (ред. Н.А.Колчанов, С.С. Гончаров, В.А. Лихошвай, В.А. Иванисенко), Системная компьютерная биология, 2008, Отв. редакторы: Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров, В.А.Лихошвай, В.А.Иванисенко, Новосибирск, Издательство Сибирского отделения Российской Академии наук 667 стр. Серия Интеграционные проекты, Вып.14, С.15-37

18.

Лихошвай В.А., Ратушный А.В., Бажан. С.И., Фадеев С.И., Колчанов Н.А. Методы моделирования динамики молекулярно-генетических систем. В «Системная компьютерная биология». Отв. Редакторы: Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров, В.А. Лихошвай и В.А. Иванисенко. Изд. СО РАН, Новосибирск, 2008, с. 333-393.

19.

Лашин С.А., Суслов В.В., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А., Матушкин Ю.Г. Моделирование эволюции сообществ: программа “Эволюционный конструктор” В «Системная компьютерная биология». Отв. Редакторы: Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров, В.А. Лихошвай и В.А. Иванисенко. Изд. СО РАН, Новосибирск, 2008, с.662-676.

20.

Лихошвай В.А., Голубятников В.П., Демиденко, Г.В., Евдокимов А.А., Матвеева И.И., Фадеев С.И. . Теория генных сетей. В «Системная компьютерная биология». Отв. Редакторы: Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров. В.А. Лихошвай и В.А. Иванисенко, Н: Изд. СО РАН, , 2008, с. 397-480.

21.

Мищенко Е.Л., Безматерных K.Д., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Секция V. Медицинская микробиология и вирусология. Эффект потенциальных лекарственных препаратов на репликацию субгеномного репликона вируса гепатита С в клетке: математическая модель // Фундаментальные науки - медицине. Сборник трудов конференции, ISBN 5-902700-03-5, Новосибирск, 2008, C.159-165.

22.

Омельянчук Н.А., Миронова В.В., Залевский Е.М., Подколодный Н.Л., Пономарев Д.К., Николаев С.В., Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Пененко А.В., Лавреха В.В., Зубаирова У.С., Колчанов Н.А. Морфогенез растений: реконструкция в базах данных и моделирование. Н.: Издательство СО РАН. Системная компьютерная биология. 2008. Под редакцией: Колчанова Н.А., Гончарова С.С., Лихошвая В.А., Иванисенко В.А. С. 539-591.

23.

Ощепков Д.Ю., Бугреев Д.В., Невинский Г.А., Колчанов Н.А., Игнатьева Е.В., Климова Н.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И., Пономаренко М.П., Воробьев Ю.Н., Емельянов Д.Ю., Левицкий В.Г., Ананько Е.А., Вишневский О.В., Кобзев В.Ф., Бусчгина Т.В. Регуляторные последовательности ДНК: исследование компьютерными методами. В монографии "Системная Компьютерная Биология" Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Издательство СО РАН, 2008, с. 38-126.

24.

Панина И.И., Татарникова Л.Ю., Деменков П.С., Яркова Е.Э., Иванисенко В.А., Колчанов НА, Гончаров СС. Предсказание внутриклеточной локализации белков на основе аминокислотных последовательностей. В монографии: Cистемная компьютерная биология. Изд. СО РАН под ред. Колчанов НА, Гончаров СС, Лихошвай ВА, Иванисенко ВА, 2008, стр. 257-269.

25.

Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А. Филогенетический и структурный анализ семейства p53. Системная компьютерная биология / ред. Н.А.Колчанов, С.С.Гончаров, В.А.Лихошвай, В.А.Иванисенко — Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2008 (Интеграционные проекты СО РАН; вып.14). с.650-661

26.

Титов И.И., Пальянов А.Ю., Чекмарев С.Ф., Карплус М. Фолдинг и мисфолдинг белков. В:Системная компьютерная биология, стр. 289-295.

27.

Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Качко А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А. Создание информационно-экспериментальной базы для дизайна геносенсорных конструкций на основе генов прокариот // В монографии: Cистемная компьютерная биология. Ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А., Изд-во СО РАН, Новосибирск. 2008, Глава 4.2, С. 319-329.

28.

Хомичева И.В., Левицкий В.Г., Вишневский О.В., Пономаренко М.П., Савинская С.А., Афонников Д.А., Катохин А.В., Омельянчук Н.А. МикроРНК: компьютерный анализ контекстной организации. В монографии: Системная Компьютерная Биология. Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Издательство СО РАН. 2008. C. 165-183.

29.

Хомичёва И.В., Левицкий В.Г., Вишневский О.В. Пономаренко М.П., Савинская С.А., Афонников Д.А., Омельянчук Н.А. Распознавание среди MPSS данных ARABIDOPSIS THALIANA потенциальных миРНК // Системная компьютерная биология, ИЦиГ, 178-183, 2008.

1.

Катохин А.В., Шеховцов С.В., Konkow S., Юрлова Н.И., Сербина Е.А., Водяницкая С.Н., Федоров К.П., Локтев В.Б., Муратов И.В., Ohyama F., Махнева Т.В., Пельтек С.Е., Мордвинов В.А. Оценка генетических отличий Opisthorchis felineus от Opisthorchis viverrini и Clonorchis sinensis по ITS2- и CO1-последовательностям // ДАН, 2008, Т. 421(№4), С. 549-552.

2.

Кузнецова Т.Н., Е.В. Игнатьева, В.А. Мордвинов, А.В. Катохин, М.Ю. Шаманина, Д.Ю. Ощепков, Н.А. Колчанов Анализ структуры инсулин-зависимых регуляторных контуров зрелых адипоцитов Успехи физиологических наук, 2008, 39, 1, 3-22

3.

Г.Г. Лазарева, В.В. Миронова, Н.А. Омельянчук, И.В. Шваб, В.А. Вшивков, Д.Н. Горпинченко, С.В. Николаев, Н.А.Колчанов. Математическое моделирование морфогенеза растений // Сибирский Журнал Вычислительной Математики. 2008. Т.11. №2., С.151-166.

4.

Пельтек С. Е., Горячковская Т. Н., Попик В. М., Пиндюрин В. Ф., Елисеев В. С., Гольденберг Б. Г., Щеглов М. А., Тикунова Н. В., Хлебодарова Т. М., Рубцов Н. Б., Кулипанов Г. Н., Колчанов Н. А. Микрофлюидные системы в биологии и конструирование геносенсоров // Российские нанотехнологии. 2008. Т.3, № 9/10. С. 622-632.

5.

Пономаренко П.М., Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Пономаренко М.П., Колчанов Н.А. Пошаговая модель связывания TBP/TATA-бокс позволяет предсказать наследственное заболевание человека по точечному полиморфизму. // ДАН, 2008. Т. 419, № 6. C. 828-832.

6.

Пономаренко М.П., Омельянчук Н.А., Катохин А.В., Савинская С.А., Колчанов Н.А. Содержание микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с наличием в последовательностях тетрануклеотидов WRHW и DRYD. // ДАН. 2008. Т. 420. № 5. С. 703-707.

7.

Тикунова Н. В., Хлебодарова Т. М., Качко А. В., Степаненко И.Л., Колчанов Н. А. Компьютерно-экспериментальный подход к созданию полифункционального геносенсора на основе промотора гена yfiA Escherichia coli. // ДАН, 2007, Т. 417, №6, С. 835-839.

8.

Фадеев С.И., Когай В.В., Омельянчук Н.А. , Лихошвай В.А. О математическом моделировании паттерна распределения ауксина в корне растений Сибирский журнал индустриальной математики // СИБИРСКИЕ ЭЛЕКТРОННЫЕ МАТЕМАТИЧЕСКИЕ ИЗВЕСТИЯ, 2008, 5, 25-41

9.

Фадеев С.И., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Исследование математической модели авторегуляции синтеза белка Hes7. //Сибирский журнал индустриальной математики, 2008, т.XI, №1(33), c. 131-140.

10.

Д.П. Фурман, Т.А. Бухарина. Генетический контроль развития макрохет у Drosophila melanogaster // Онтогенез 2008, т. 38, №4, 245-258

11.

Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A. Genetic Systems of Development: Functional Dynamics and Molecular Evolution. Biochemistry (Moscow). 2008. V. 73, N 2, P. 219-230.

12.

Gunbin K.V., Suslov V.V., Kolchanov N.A. Genetic Systems of Development: Functional Dynamics and Molecular Evolution. Biochemistry (Moscow). 2008. V. 73, N 2, P. 219-230.

Публикации в зарубежных журналах (16):

1.

Ivanisenko VA, Afonnikov DA, Kolchanov NA. Web-based computational tools for the prediction and analysis of post-translational modifications of proteins. Methods Mol Biol. 2008;446:363-84.

2.

Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. (2008) Web-based computational tools for the prediction and analysis of post-translational modifications of proteins. Methods Mol Biol., 446, 363-384.

3.

Khomicheva I.V., Vityaev E.E., Ananko E.A., Shipilov T.I., Levitsky V.G., . Intelligent Data Analysis, Vol. 12, № 5, 481-494, 2008.

4.

Kochetov A.V. Alternative translation and hidden coding potential of eukaryotic mRNAs. BioEssays. 2008. 30. 683-691.

5.

Kochetov AV, Ahmad S, Ivanisenko V, Volkova OA, Kolchanov NA, Sarai uORFs, reinitiation and alternative translation start sites in human mRNAs. A. FEBS Lett. 2008 Apr 16;582(9):1293-7. Epub 2008 Mar 20.

6.

N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy and A.G. Romashchenko TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes Intell. Data Anal. 2008, 12, 5, 443-461

7.

N.A. Kolchanov, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, T.M. Khlebodarova, I.L. Stepanenko, T.I. Merkulova, V.M. Merkulov, N.L. Podkolodnyy and A.G. Romashchenko TRRD: Technology for extraction, storage, and use of knowledge about the structural-functional organization of the transcriptional regulatory regions in the eukaryotic genes Intell. Data Anal. 2008, 12, 5, 443-461

8.

Victor G. Levitsky, Elena V. Ignatieva, Eugenia Aman, Tatyana I. Merkulova, Nikolay A. Kolchanov, T. Charles Hodgman: Genetic algorithm and optimized weight matrix application for peroxisome proliferator response elements recognition: Prerequisites of accuracy growth for wide genome research. Intell. Data Anal. 12(5): 513-526 (2008).

9.

Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Turnaev I.I., Merkulova T.I., Kolchanov N.A., Hodgman T.C. Effective transcription factor binding site prediction using a combination of optimization, a genetic algorithm and discriminant analysis to capture distant interactions. BMC Bioinformatics 2007, 8:481.

10.

Merkulova TI, Oshchepkov DY, Ignatieva EV, Ananko EA, Levitsky VG, Vasiliev GV, Klimova NV, Merkulov VM, Kolchanov NA. Bioinformatical and experimental approaches to investigation of transcription factor binding sites in vertebrate genes Biochemistry (MOSCOW) 2007, 72 (11):1187-1193.

11.

Mordvinov V.A., Tsyrlov I.B. Regulatory region of human genes encoding macrophageal transcription factors possess multiple potential dioxin response elements // Organohalogen Compounds. 2008. V. 70. P. 001467-001470.

12.

Novikova O, Mayorov V., Adkison L., Smyshlyaev G., Fursov M., Pisarenko O., and Blinov A. 2008. Novel clades of chromodomain-containing Gypsy LTR retrotransposons from mosses (Bryophyta). Plant J. 2008. DOI: 10.1111/j.1365-313X.2008.03621.x

13.

Novikova O., Fet V., Blinov A. Non-LTR retrotransposons in fungi. Funct. Integr. Genomics. 2008. DOI: 10.1007/s10142-008-0093-8.

14.

Oshchepkova E.A., Furman D.P., Oshchepkov D.Y., Katokhin A.V., Shamanina M.Y., Vityaev Е.E., Lapardin K.A., Khomicheva I.V., Proskura A.L. Transcription factor binding site recognition by regularity matrices based on the natural classification method. Intelligent Data Analysis, Vol. 12, № 5, 495-512, 2008.

15.

Pintus SS, Fomin ES, Oshurkov I, Ivanisenko VA. Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families. In Silico Biology. 2007 7(3):319-332.

16.

D.P. Furman, T. A. Bukharina. How Drosophila melanogaster Forms its Mechanoreceptors // Current Genomics, 2008, 5, pp. 312-323. DOI: 10.2174/138920208785133271.

ПАТЕНТЫ И АВТОРСКИЕ СВИДЕТЕЛЬСТВА

1.

Фомин Э.С. Software tool for the protein-ligand docking (MONTEDOCK) Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ. Заявка 2007614392 от 6.11.2007 N2008610260 9.01.2008.

2.

Фомин Э.С. Software tool for the restoring of the missing atoms in PDB files (BAUBLE) Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ. Заявка 2007614391 от 6.11.2007 N2008610261 9.01.2008.

3.

Фомин Э.С. Software tool for the protein-ligand complex optimization (EMINIMA) Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ. Заявка 2007614393 от 6.11.2007 N2008610262 9.01.2008.

4.

Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Программа автоматической генерации математических моделей генных сетей (МГСгенератор) / Software tool for mathematical models autogeneration on basis of the gene networks structure (MGSgenerator), СВИДЕТЕЛЬСТВО №2008611941, апрель 2008.

5.

Лихошвай В.А., Казанцев Ф.В., Акбердин И.Р., Безматерных К.Д. Лашин С.А., Подколодная Н.Н., Ратушный А.В. Компьютерная система для конструирования, расчета и анализа моделей молекулярно-генетических систем (МГСмоделлер)/ A computer system for reconsnruction/ Calculation and analysis matimatical models of molecular genetic system (MGSmodeller), СВИДЕТЕЛЬСТВО №2008612820, июнь 2008.

6.

Хлебодарова Т.М., Тикунова Н.В., Качко А.В., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А. Рекомбинантная плазмидная ДНК pYfi-gfp, кодирующая продукцию флюоресцентного белка GFPaav и штамм бактерий Escherichia coli JM109-pYfi продуцирующий флюоресцентный белок GFPaav в присутствии токсических агентов // Заявка на изобретение №2008110261, приоритет от17.03.2008.

7.

Деменков П.С., Яркова Е.Э., Иванисенко В.А. База данных ассоциативных сетей (ЭНДЦелл)/Associative network database (ANDCell) № 20086203033 от 21.10.2008.

8.

Деменков П.С., Иванисенко В.А., Яркова Е.Э. Программа для реконструкции, визуализации и анализа ассоциативных сетей (ЭНДВизио)/Program for reconstruction, visualization and analysis associative networks (ANDVisio), СВИДЕТЕЛЬСТВО № 2008614799, октябрь 2008.

9.

Тимонов В.С., Мигинский Д.С., Сурнина Н.Ю. Библиотека для быстрой разработки баз данных “ПРОМЕТЕЙ” / Toolkit for agile development of data storing software “PROMETHEUS Toolkit”, СВИДЕТЕЛЬСТВО № 2008615514, зарег. 19.11.08.

2007

Патенты и авторские свидетельства

  1. Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л. База данных: Геносенсорные конструкции (КонСенсор)/GenosensorConstruction (CjnSensor). Авторское свидетельство №200762168 от 28 апреля 2007г.

  2. Ибрагимова С.М., Смирнова О.Г., Григорович Д.А., Хлебодарова Т.М, Колчанов Н.А. База данных: Биотехнологически значимые продукты (БиотехПро)/Biotechnologically important product (BiotechPro) . Авторское свидетельство №2007620105 от 09 января 2007г.

  3. Качко А.В., Тикунова Н.В., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Рекомбинантная плазмидная ДНК pDps-gfp, содержащая ген gfp под контролем промотора гена dps, и обеспечивающая продукцию флюоресцентного белка GFPvaa после добавления в среду фенола или перекиси водорода и штамм бактерий Escherichia coli JM109 [pDps] для тестирования присутствия в среде фенола и перекиси водорода. Заявка на изобретение № 2007118843, приоритет от 21.05.2007

  4. Пельтек С.Е., Попик В.М., Горячковская Т.Н., Мордвинов В.А., Петров А.К. Способ абляции биополимеров с твердых подложек. Патент № 2007132775 (2007).

  5. Мордвинов В.А., Катохин А.В., Шеховцов С.В., Пельтек С.Е. Фрагмент fr316 митохондриального гена nd1, предназначенный для выявления возбудителей описторхоза. Заявка на патент №2006143131/20(047103).

  6. Ананько Е.А., Игнатьева Е. В., Подколодная О.А., Степаненко И.Л., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. (RU) Экспрессия эукариотических генов (ЭуГенЭксп) / Eukaryotic Gene Expression Database (EuGenExp). Авторское свидетельство №2007620394 от 16 ноября 2007г.

  7. Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Подколодный Н.Л., Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Игнатьева Е. В., Генаев М.А.(RU) Транскрипционный Фактор-Ген Млекопитающих взаимодействия (ТФГМВ)/ Transcription Factor- Mammalian Gene Interactions (TFMGI). Авторское свидетельство №2007620395 от 16 ноября 2007г.

  8. Степаненко И.Л., Ананько Е.А., Игнатьева Е. В., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. (RU) Сайты связывания транскрипционных факторов (ТФСАЙТ)/ Transcription factor sites database (TFSITE). Авторское свидетельство №2007620396 от 16 ноября 2007г.

Публикации в монографиях
(Publications in monographs (peer-reviewed)):

  1. Martin J., Blinov A., Alieva E. , Hirabayashi K. A molecular phylogenetic investigation of the genera closely related to Chironomus Meigen (Diptera: Chironomidae). Contributions to the Systematics and Ecology of Aquatic Diptera - A Tribute to Ole A. Saether. T.Andersen (ed.), The Caddis Press, 2007, pp 193-203.

  2. Goncharov N.P., Golovnina K.A., Kilian B. S., Glushkov S., Blinov A., Shumny V.K. Evolutionary history of wheats - the main cereal of mankind . Schpringer (Domestication and Evol), 2007, in press

  3. Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Omelyanchuk L.V., Kolchanov N.A. The Hedgehog Signaling Cascade System: Evolution and Functional Dynamics. In Biosphere origin and evolution. Eds. by Dobretsov N.L., Kolchanov N.A., Zavarzin G.A., Rozanov A.Yu. Springer Publishing House. 2007 (In press, Accepted).

  4. Ананько Е.А., Гунбин К.В., Суслов В.В. Понятие о генных сетях. База данных GeneNet. В монографии Системная Компьютерная Биология. Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Издательство СО РАН, 2007, (Принято в печать).

  5. Гунбин К.В., Николаев С.В., Суслов В.В., Омельянчук Л.В. Введение. Процессы морфогенеза и подходы к их моделированию. В монографии Системная Компьютерная Биология. Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Издательство СО РАН, 2007, (Принято в печать).

  6. Гунбин К.В., Когай В.В., Омельянчук Л.В., Фадеев С.И., Колчанов Н.А. Модель рецепции градиента морфогена Hedgehog. В монографии Системная Компьютерная Биология. Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Издательство СО РАН, 2007, (Принято в печать).

  7. Гунбин К.В. Омельянчук Л.В., Ананько Е.А. Регуляторные контуры морфогенеза: молекулярные механизмы формирования крыла Drosophila melanogaster. В монографии Системная Компьютерная Биология. Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Издательство СО РАН, 2007, (Принято в печать).

  8. Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция. В монографии Системная Компьютерная Биология. Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Издательство СО РАН, 2007, (Принято в печать).

  9. Николаев С.В., Фадеев С.И., Лавреха В.В., Пененко A.В., Зубаиров У., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Мелснесс E., Колчанов Н.А. Клеточно-ориентированный подход к моделированию регуляции структуры апикальной меристемы побега Arabidopsis thaliana . В монографии Системная Компьютерная Биология. Под ред. Колчанов Н.А., Гончаров С.С., Лихошвай В.А., Иванисенко В.А. Издательство СО РАН, 2007, (Принято в печать).

Публикации в зарубежных журналах
Publications in international journals:

  1. Ananko E.A., Kondrakhin Y.V., Merkulova T.I., Kolchanov N.A. Recognition of interferon-inducible sites, promoters, and enhancers. BMC Bioinformatics, 2007, 8:56.

  2. Kochetov A.V., Palyanov A., Titov I.I., Grigorovich D., Sarai A., Kolchanov N.A. AUG_hairpin: prediction of a downstream secondary structure influencing the recognition of a translation start site. BMC Bioinformatics, 2007, 8(1):318 (Epub ahead of print)

  3. Kolchanov N.A., Merkulova T.I., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Oshchepkov D.Y., Levitsky V.G., Vasiliev G.V., Klimova N.V., Merkulov V.M., Hodgman T.C. Combined experimental and computational approaches to study the regulatory elements in eukaryotic genes. Brief Bioinform, 2007, 8(4): 266-274, doi: 10.1093/bib/bbm027

  4. Rodin S. N., Kolchanov N. A. Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure-BGRS'2006. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006)), 2007, 7: 0040.
    http://www.bioinfo.de/isb/2007/07/0040/

  5. Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G.. Simulation of coevolution in community by using the "Evolutionary Constructor" program. In Silico Biology (Special Issue: 5th International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS 2006)), 2007, 7: 0042.
    http://www.bioinfo.de/isb/2007/07/0042/

  6. Pintus S.S., Fomin E.S., Oshurkov I., Ivanisenko V.A. Phylogenetic analysis of the p53 and p63/p73 gene families. In Silico Biology. 2007 7:0046 (7(3):319-332)
    http://www.bioinfo.de/isb/2007/07/0046/

  7. Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. The evolution of the Hh-signaling pathway genes: a computer-assisted study. In Silico Biol. 2007; 7:0047
    http://www.bioinfo.de/isb/2007/07/0047/

  8. Oshchepkova-Nedosekina E.A., Likhoshvai V.A. A mathematical model for the adenylosuccinate synthetase reaction involved in purine biosynthesis. Theoretical Biology and Medical Modelling 2007, 4:11.

  9. Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., Gorpinchenko D.N., Kolchanov N.A. A cellular automaton to model the development of primary shoot meristems of Arabidopsis thaliana. J Bioinform Comput Biol, 2007, 5(2b):641-50.

  10. Likhoshvai V., Ratushny A. "Generalized Hill function method for modeling molecular processes". J Bioinform Comput Biol, 2007, 5(2b):521-531.

  11. Khlebodarova T.M., Tikunova N.V., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Application of bioinformatics resources for genosensor design. J Bioinform Comput Biol, 2007, 5(2b):507-520.

  12. Mishchenko EL, Bezmaternykh KD, Likhoshvai VA, Ratushny AV, Khlebodarova TM, Yu Sournina N, Ivanisenko VA, Kolchanov NA. Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture. J Bioinform Comput Biol, 2007, 5(2b):593-609.

  13. Gunbin KV, Omelyanchuk LV, Kogai VV, Fadeev SI, Kolchanov NA. Model of the reception of hedgehog morphogen concentration gradient: comparison with an extended range of experimental data. J Bioinform Comput Biol, 2007,5(2b):491-506.

  14. Axenovich T.I., Zorkoltseva I.V., Akberdin I.R., Beketov S.V., Kashtanov S.N., Zakharov I.A., Borodin P.M. Inheritance of litter size at birth in farmed arctic foxes (Alopex lagopus, Canidae, Carnivora). Heredity. 2007 Feb;98(2):99-105.

  15. Popadin K., Polishchuk L.V., Mamirova L., Knorre D., Gunbin K. Accumulation of slightly deleterious mutations in mitochondrial protein-coding genes of large versus small mammals. PNAS, 2007, 104: 13390-13395.

  16. Golovnina K. A., Glushkov S. A., Blinov A. G., Mayorov V. I., Adkison L. R. , Goncharov N. P. Molecular phylogeny of the genus Triticum L. Pl. Syst. Evol., 2007, 264: 195-216.

  17. Shukalyuk, K. Golovnina, S. Baiborodin, K. Gunbin, A. Blinov, and V. Isaeva. vasa-related genes and their expression in stem cells of colonial parasitic rhizocephalan barnacle Polyascus polygenea (Arthropoda: Crustacea: Cirripedia: Rhizocephala. Cell Biol. Int., 2007, 31: 97-108.

  18. Novikova O, Sliwinska E, Fet V, Settele J, Blinov A, Woyciechowski M. CR1 clade of non-LTR retrotransposons from Maculinea butterflies (Lepidoptera: Lycaenidae): evidence for recent horizontal transmission. BMC Evolutionary Biology,2007, 7:93.

Публикации в отечественных журналах:

  1. Игнатьева Е. В., Климова Н. В., Ощепков Д. Ю., Васильев Г. В., Меркулова Т. И., член - корреспондент РАН Колчанов Н. А. Поиск новых сайтов связывания транскрипционного фактора SF1 методом SITECON: экспериментальная проверка и анализ регуляторных районов генов-ортологов. Доклады академии наук, 2007, т.415, №1, 120-124.

  2. Владимиров Н. В., Лихошвай В. А., Матушкин Ю. Г.. Корреляция частот кодонов и потенциальных вторичных структур с эффективностью трансляции мРНК в одноклеточных организмах. Молекулярная биология, 2007, Т. 41, № 5, с. 926-933.

  3. Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Швалов А.Н., Локтев В.Б. (2007) Иммунохимические свойства белка PrM и С концевого фрагмента белка М вируса Западного Нила. Молекулярная биология, т. 41, N 1, с. 8-17.

  4. Шаманина М.Ю., Вавилин В.А., Мордвинов В.А., Катохин А.В., Кузнецова Т.Н., Ляхович В.В. Метод полимеразной цепной реакции с детекцией в реальном времени и возможности его применения в клинической практике . Вестник Российской АМН. 2007. № 7. С. 37-46.

  5. Гончаров Н.П., Кондратенко Е.Я., Банникова С.В., Коновалов А.А., Головнина К.А.. Сравнительно-генетический анализ голозерной диплоидной пшеницы Triticum sinskajae и еe исходной формы T. Monococcum . Генетика ,2007, том 43, № 11, с. 1491-1500.

  6. Новикова О., Фет В., Блинов А. LTR ретротранспозоны из геномов Aspergillus fumigatus и Аspergillus nidulans. Молекулярная биология, 2007, 41 (5): 830-838.

  7. Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция. Информационный вестник ВОГиС. 2007; 11(2):373-400.

  8. Тикунова Н. В., Хлебодарова Т. М., Качко А. В., Степаненко И.Л., член-корр. РАН Колчанов Н. А. Компьютерно-экспериментальный подход к созданию полифункционального геносенсора на основе промотора гена yfiА Еscherichia coli. Докл. Акад. Наук, 2007, т.417, №6 , 835-839.
    (Tikunova N.V., Khlebodarova T.M., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Kolchanov N.A. Computational-experimental approach to designing a polyfunctional genosensor derived from the Escherichia coli gene yfiA promoter. Doklady Biochemistry and Biophysics, 2007,417, 357-361 )

  9. Фурман Д.П., Бухарина Т.А. Генетический контроль формирования щетиночного рисунка у Drosophila melanogaster. Докл. Акад. Наук, 2007, т.417, №6 , в печати

  10. Новикова О., Фет В., Блинов А . Гомолог-зависимая инактивация LTR ретротранспозонов в геномах Aspergillus fumigatus и A. nidulans. Молекулярная биология, 2007. 41(6), в печати.

  11. Катохин А.В., Шеховцов С.В., Konkow S., Юрлова Н.И., Сербина Е.А., Водяницкая С.Н., Федоров К.П., Локтев В.Б., Муратов И.В., Ohyama F., Махнева Т.В., Пельтек С.Е., Мордвинов В.А. Оценка генетических отличий Opisthorchis felineus от Opisthorchis viverrini и Clonorchis sinensis по ITS2- и CO1-последовательностям. Доклады академии наук, 2007, принято в печать.

  12. Катохин А.В., Ефимов В.М., Бадратинов М.Ш., Камнева О. К., Мордвинов В.А. Многомерный анализ и функциональная аннотация ДНК-чиповых профилей транскрипции генов, участвующих в адипогенезе. Биофизика, принято в печать.

  13. Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Ратушный А.В., Лихошвай В.А., Хлебодарова Т.М., Иванисенко В.А., "Математическая модель воспроизведения РНК репликона вируса гепатита С в клеточной культуре. Моделирование действия потенциальных лекарственных препаратов". Биофизика, в печати

  14. Акбердин И. Р., Озонов Е. А., Миронова В. В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н. А., Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. "Моделирование морфогенеза Arabidopsis thaliana в терминах клеточного автомата".Биофизика, в печати.

  15. Пальянов А.Ю., Титов И.И., Чекмарев С.Ф., Карплус М. Моделирование нарушений фолдинга белка в рамках решеточной модели . Биофизика, 2007,в печати.

  16. Фомин Э. С., Иванисенко В. А. Подтверждение функциональности дополнительного Zn2+ сайта связывания в мутантной форме G245C белка p53. Биофизика, 2007, в печати.

  17. Николаев С.В., Фадеев С.И., Пененко A.В., Лавреха В.В., Миронова В.В., Омельянчук Н.А., Мелснесс E., Колчанов Н.А. Системный подход к исследованию морфогенеза Arabidopsis thaliana: ii. Моделирование регуляции структуры апикальной меристемы побега. Биофизика 2007, (в печати)

  18. Николаев С. В., Пененко A. В., Лавреха В. В., Мелснесс Э. Д., Колчанов Н. А. Модельное изучение роли CLV1, CLV2, CLV3 И WUS в регуляции структуры апикальной меристемы побега. Онтогенез , 2007, 38 №6, 457-462 .
    (Nikolaev S.V., Penenko A.V., Lavreha V.V., Mjolsness E.D., Kolchanov N.A. A Model Study of the Role of Proteins CLV1, CLV2, CLV3, and WUS in Regulation of the Structure of the Shoot Apical Meristem . Russian Journal of Developmental Biology. 2007. V. 38. № 6. P. 383-388.)

  19. Лихошвай В. А., Омельянчук Н. А., Миронова В. В., Фадеев С. И., Мелснесс Э. М., Колчанов Н. А. Математическая модель паттерна распределения ауксина в корне растения Онтогенез, 2007, т.38, №6, 1-11.

  20. Бажан С. И. , Кашеварова Н. А. , Хлебодарова Т. М. , Лихошвай В. А., Колчанов Н.А. Математическая модель внутриклеточного размножения вируса гриппа Биофизика 2007, в печати.

  21. Ратушный А.В., Лихошвай В.А. Математическое моделирование внутриклеточного мембранного транспорта: рецептор-опосредованный эндоцитоз и деградация липопротеинов низкой плотности. Биофизика 2007, в печати.

  22. Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А. Молекулярно-генетические системы развития: динамика функционирования и молекулярная эволюция. Биохимия. 2007, в печати.

  23. Merkulova T. I., Oshchepkov D. Yu., Ignatieva E. V., Ananko E. A., Levitsky V. G., Vasiliev G. V., Klimova N. V. , Merkulov V. M., Kolchanov N. A. Bioinformatical and Experimental Approaches to Investigation of Transcription Factor Binding Sites in Vertebrate Genes. Biochemistry (Moscow), 2007, 72, 11, 1187-1193 .

Статьи и доклады в сборниках международных конференций:

  1. Vyatkin Yu. V., Gunbin K.V., Snytnikov A.V., Afonnikov D.A. The location of the gene regions under selective pressures: PLATO algorithm parallelization. Proc. of the 9th International conference PACT’2007, LNCS 4671, 2007

  2. Matushkin Yu. G., Vishnevskiy O.V., Volod'ko V.B., Vladimirov N.V., Levitsky V.G., Likhoshvai V.A., Novikova O.S., Orlov. Yu.L., Oschepkov D.Yu, Ponomarenko M.P., Shuvaev R.Yu., Ulyashin A.V. Computer system GenomeMarker for annotation of bacterial genome structure-functional organization. In Congress Proceedings of Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development, Moscow, March 2007, v.2, P.399.

  3. Lashin S.A., Suslov V.V., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G. "Evolutionary constructor" - methodic for simulation of coevolution in community. Proceedeings of the Third International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'07), Moscow, Russia, July 27-31 2007, 174-176.

  4. Matushkin Y. G., Vladimirov N.V., Likhoshvai V.A. A study of genes expression efficiency according to its nucleotide content by bioinformatics methods. In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Bioligy, Moscow, July 2007, P.201-202.

  5. Khomicheva I.V., Vityaev E.E., Ananko E.A., Levitsky V.G., Shipilov T.I. Hierarchical analysis of the eukaryotic transcription regulatory regions based on the DNA codes of transcription. In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology. Moscow, Russia, July 27-31, 2007, p. 142-143.

  6. Vyatkin Yu.V, Afonnikov D.A. CMDB: A database for coordinated mutations. In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow, July 2007, P.316-318.

  7. Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N.,Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., Miginsky D.S., Kolchanov N.A. 2d modelling and analysis of spatially distributed cells types of primary shoot apical meristem (SAM) of Arabidopsis thaliana. Proceedeings of the Third International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'07), Moscow, Russia, July 27-31 2007, 25-26.

  8. Bezmaternykh K.D., Mishchenko E.L., Ivanisenko V.A., Likhoshvai V.A. "Mathematical Modeling of the HCV Drugs Combinations Effect". In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology. Moscow, Russia, July 27-31, 2007, pp.46-47

  9. Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Omelyanchuk L.V., Kolchanov N.A. The Hedgehog Signaling Cascade System: Evolution and Functional Dynamics. In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology. Moscow, Russia, July 27-31, 2007, p.114-116.

  10. Turnaev I.I., Gunbin K.V., Omelyanchuk L.V., Likhoshvai V.A. Theoretical study of the evolution of the molecular-genetic system controlling the cell cycle. In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology. Moscow, Russia, July 27-31, 2007, p.303-305.

  11. Vorozheikin P. S., Ivanisenko AYu., Kulikov A.I., Titov I.I. Sequence-structural characteristics of hyman miRNAs. In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB07),Moscow, Russia, July 27-31, 2007, p.314-315.

  12. Aman E., Demenkov P., Nemiatov A., Ivanisenko V. Associative network discovery (AND) - Software package for automated reconstruction of molecular-genetic association networks. In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology. Moscow, Russia, July 27-31, 2007, p.33-34.

  13. Nizolenko L.P., Bachinsky A.G., Naumochkin A.N., Yarigyn A.A., Grigorovich D.A. Investigation of the amino acid sequences of Bacillus subtilis complete genome with protein family patterns bank Prof_Pat. In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology. Moscow, Russia, July 27-31, 2007, p.230-231.

  14. Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Titov I.I., Kolchanov N.A., Sarai A. Signals influencing general translation efficiency of eukaryotic mRNAs. Proceedeings of the Third International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'07), Moscow, Russia, July 27-31 2007, 152-153.

  15. Lavreha V.V., Nikolaev S.V., Kolchanov N.A., Penenko A.V. Computer system for analysis and modeling 2D plant tissue. Proceedeings of the Third International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'07), Moscow, Russia, July 27-31 2007, 177-178.

  16. Nikolaev S., Fadeev S., Mjolsness E., Kolchanov N. Significance of molecular mechanisms of morphogen detection for pattern formation modeling. Proceedeings of the Third International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'07), Moscow, Russia, July 27-31 2007, 226-227.

  17. Zubairova U.S., Nikolaev S.V., Kolchanov N.A. An using of DL-systems to model of the renewable zone size control in growing tissue. . Proceedeings of the Third International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'07), Moscow, Russia, July 27-31 2007, 328-329.

  18. Fomin E. S. А constant-time algorithm for regular binary multigrid cell indexation In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology. Moscow, Russia, July 27-31, 2007, p.89-90.

  19. Fomin E.S., Alemasov N.A., Aknazarov Z.I., Chirtsov A.S, Fomin A.E. Template library molkern as a framework for building effective molecular modeling programs. In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology. Moscow, Russia, July 27-31, 2007, p.90-91.

  20. Fomin E.S., Chirtsov A.S. A fast approximate method for calculation of high degree intersection areas of atomic spheres. In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology. Moscow, Russia, July 27-31, 2007, p.91-93.

  21. Mironova V.V., Likhoshavay V.A, Omelyanchuk N.A., Fadeev S.A., Mjolsness E. Modeling of the Pattern of Auxin Distribution in Plant Roots. In Proceedings of the 3-rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology. Moscow, Russia, July 27-31, 2007, p.214-216.

  22. Fomin E.S, Alemasov N.A, Chirtsov A.S, Fomin A.E. Molkern as new effective engine for drug discovery software. Fourth International Symposium on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources (СМТРI-2007), Moscow (Russia), 1-5 Setp., 2007, 97.

  23. Kolchanov N.A., Suslov V.V., Gunbin K.V. Gene networks and evolution of regulatory genetic system. Current Evolutionary Thinking in Biology, Medicine and Sociology.
    International Conference Dedicated to 90 Anniversary of Prof. Dmitry K. Belyaev. Novosibirsk, Russia, August 7-9, 2007
    http://www.bionet.nsc.ru/meeting/Belyaev_2007/

  24. Гунбин К.В., Афонников Д.А., Омельянчук Л.В., Колчанов Н.А. HH-каскад сигналов: теоретическое исследование динамики функционирования и эволюции.
    Current Evolutionary Thinking in Biology, Medicine and Sociology.
    International Conference Dedicated to 90 Anniversary of Prof. Dmitry K. Belyaev. Novosibirsk, Russia, August 7-9, 2007
    http://www.bionet.nsc.ru/meeting/Belyaev_2007/

  25. Турнаев И.И., Гунбин К.В., Омельянчук Л.В., Лихошвай В.А. Теоретическое исследование эволюции молекулярно-генетической системы управления клеточного цикла.
    Current Evolutionary Thinking in Biology, Medicine and Sociology.
    International Conference Dedicated to 90 Anniversary of Prof. Dmitry K. Belyaev. Novosibirsk, Russia, August 7-9, 2007
    http://www.bionet.nsc.ru/meeting/Belyaev_2007/

  26. Bezmaternykh K.D., Mishchenko E.L., Ivanisenko V.A., Likhoshvai V.A. "Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture". Abstracts 7th YSF "Molecular Networks", Vienna, Austria, 5 - 7 July 2007, P.44.

  27. Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., D.N., Kolchanov N.A. Mathematical model of the Arabidopsis thaliana morphogenesis in a cellular automaton terms. Abstracts 7th YSF "Molecular Networks", Vienna, Austria, 5 - 7 July 2007, P.10.

  28. Bezmaternykh K.D., Mishchenko E.L., Ivanisenko V.A., Likhoshvai V.A. "Mathematical model for suppression of subgenomic hepatitis C virus RNA replication in cell culture". Abstracts 32nd FEBS Congress "Molecular Machines", P.258.

  29. Golovnina K.A., Glushkov S.A., Goncharov N.P., Blinov A.G.. The origin of A, B and G Triticum genomes based on molecular data. Proceedings of the XI Congress European Society for Evolutionary Biology - ESEB 2007, Uppsala, Sweden, August 20-25, P. 351.

  30. Nedosekina EA, Oshchepkov DY, Katokhin AV, Kuznetsova TN, Shamanina MY, Mordvinov VA, Tsyrlov I. Detection of new potentially active DRE sites in regulatory region of human genes encoding components of Ah receptor cytosolic complex . "Dioxin 2007"; 27th International Symposium on Halogenated Persistent Organic Pollutants, 2-7 September, 2007. P-206-210.

  31. Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., Gorpinchenko D.N., Kolchanov N.A. Mathematical model of the Arabidopsis thaliana L. morphogenesis in a cellular automaton terms. FEBS Journal, 2007, Vol. 274, S1, Abstracts of the 32nd FEBS Congress, Jul 2007, 134.

  32. Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Gorpinchenko D.N., Omelyanchuk N.A., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A. Modelling and analysis of spatially distributed systems regulation in apical meristem of Arabidopsis thaliana. Proceedings of the 3-rd International Conference "Basic Science for Medicine", Novosibirsk, Russia, September 2-8 2007, 95.

  33. Ivanisenko V.A., Demenkov P.S., Aman E.E., S.S. Pintus S.S., Kolchanov N.A.Associative network and protein structure discovery: a software complex for facilitating search of targets for drugs, drug design, and evaluation of molecular toxicity. Proceedings of the 3-rd International Сonference "Basic Science for Medicine". Novosibirsk, Russia, September 2-8, 2007, p. 92.

  34. Nikolaev S., Penenko A., Lavreha V., Smal P., Mjolsness E., Kolchanov N. Modeling of the Shoot Apical Meristem Structure Regulation Based on CLV1, CLV2, CLV3 and WUS Interactions. In Proceedings of the The Eighth International Conference On Systems Biology ICSB 2007 October 1 - 6, 2007 Long Beach, California, USA, p. 29 .

  35. Peltek S.E., Goryachkovskaya T.N., Kusnetsova T.N., Mordvinov V.A., Popik V.M., Scheglov M.A., Kozlov A.S., Malyshkin S.B., Petrov A.K. FEL Irradiation Use for the Biochip Production Standardization. 29th International Free Electron Laser Conference, Aug 26-31, 2007, Budker INP, Novosibirsk, Russia.

  36. Акбердин И.Р., Озонов Е.А., Миронова В.В., Горпинченко Д.Н., Омельянчук Н.А., Лихошвай В.А. Тезис "Моделирование морфогенеза зародыша Arabidopsis Thaliana в терминах клеточного автомата", Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии" 9 - 12 мая 2007 г., Томск, С. 5-6

  37. Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А. "Математическая модель репликации репликона вируса гепатита С в клетках Huh-7" // Труды XLV Международной научной студенческой конференции "Студент и научно-технический прогресс", апрель 2007, Новосибирск, Т. Биология. С.174.

  38. Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А. Комбинационная терапия как средство борьбы с лекарственной устойчивостью вируса гепатита С, результаты математического моделирования . Труды III Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г. Новосибирск, 2-8 сентября 2007 г., С. 101

  39. Khlebodarova T.M., Kachko A.V., Oshchepkov D.Yu., Tikunova N.V., Likhoshvai V.A. Deducing the mechanisms underlying expression regulation of a polyfunctional genosensor based on the promoter of Escherichia coli gene yfiA Proceedings of the IC "Basic sciences - medicine", Novosibirsk, 2007, с.79 Труды III Международная конференция "Фундаментальные науки - медицине", г.Новосибирск, 2-8 сентября 2007, 79.

  40. Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А., Колчанов Н.А., Математическая модель репликации РНК репликона вируса гепатита С в клетке. Построение и варианты использования . Труды III Международной конференции "Фундаментальные науки - медицине", Новосибирск, 2-8 сентября 2007 , 15.

  41. Безматерных К.Д., Мищенко Е.Л., Иванисенко В.А., Лихошвай В.А. Математическое моделирование комбинационного действия лекарственных препаратов против вируса гепатита С . Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии", 9-12 мая 2007, г. Томск, С. 19-20.

  42. Миронова В.В., Лихошвай В.А., Омельянчук Н.А. Моделирование распределения ауксина в корне растений. Международная молодежная научно-методическая конференция "Проблемы молекулярной и клеточной биологии", 9-12 мая 2007, г. Томск, С. 122-123.

  43. Алемасов Н.А., Фомин Э.С.Параллельная реализация задач молекулярного докинга и виртуального скрининга. IV Российско-германская школа по параллельным вычислениям на высокопроизводительных вычислительных системах, Новосибирск 2007, с.8-10

  44. Колчанов Н.А., Суслов В.В., Гунбин К.В. Молекулярно-генетические системы развития: динамика функционирования и молекулярная эволюция. Международная научная конференция "Вычислительная филогенетика и геносистематика, ВФГС-2007" , Москва, Россия, 16-19 ноября 2007 г., 107-110. (Kolchanov N.A., Suslov V.V., Gunbin K.V.
    Molecular genetic systems of development: dynamics of functioning and molecular evolution. Computational phylogenetics and molecular evolution "CPMS' 2007". Conference proceedings November 16-19, 2007, Moscow, Russia, 2007, 111-113)

  45. Гунбин К.В., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. Молекулярно-генетические системы развития: динамика функционирования и молекулярная эволюция Hh- и Dpp-каскадов сигналов. Международная научная конференция "Вычислительная филогенетика и геносистематика, ВФГС-2007" , Москва, Россия, 16-19 ноября 2007 г.,76-79. (Gunbin K.V., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. A molecular-genetic system of development: functional dynamics and molecular evolution of Hh- and Dpp- signal cascades. Computational phylogenetics and molecular evolution "CPMS' 2007". Conference proceedings November 16-19, 2007, Moscow, Russia, 2007, 80-82)

  46. Турнаев И.И., Гунбин К.В., Омельянчук Л.В., Лихошвай В.А. Теоретическое исследование эволюции молекулярно-генетического управления клеточного цикла. Международная научная конференция "Вычислительная филогенетика и геносистематика, ВФГС-2007" , Москва, Россия, 16-19 ноября 2007 г.,331-334. (Turnaev I.I., Gunbin K.V., Omelyanchuk L.V., Likhoshvai V.A. Theoretical analysis of the evolution of molecular cell cycle control. Computational phylogenetics and molecular evolution "CPMS' 2007". Conference proceedings November 16-19, 2007, Moscow, Russia, 2007, 335-338)

Статьи и доклады в сборниках Всероссийских конференций

  1. Зубаирова У.С., Николаев С.В. Применение формализма dL-систем для изучения модели регуляции размеров возобновительной зоны в растущей ткани. Материалы конференции "VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям", Новосибирск, 27-29 ноября 2007г, С. 49-50.

  2. Пененко A.В., Николаев С.В., Смаль П.А., Лавреха В.В. Моделирование механизма позиционирования зоны деления стволовых клеток в апикальной меристеме побега растения. Материалы конференции "VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям", Новосибирск, 27-29 ноября 2007г, С. 64-65.

  3. Лавреха В.В.,Пененко А.В.,Шерин Д.С.,Николаев С.В. Компьютерная система для моделирования и анализа растительных тканей. Материалы конференции "VIII Всероссийская конференция молодых ученых по математическому моделированию и информационным технологиям", Новосибирск, 27-29 ноября 2007г, С. 102.

2006

Публикации в зарубежных журналах
Publications in international journals:

1.Skoblov M, Shakhbazov K, Oshchepkov D, Ivanov D, Guskova A, Ivanov D, Rubtsov P, Prasolov V, Yankovsky N, Baranova A. Human RFP2 gene promoter: Unique structure and unusual strength. Biochem Biophys Res Commun. 2006 Apr 14;342(3):859-66. Epub 2006 Feb

2.S. Glushkov Novikova O Blinov A Fet V. Divergent non-LTR retrotransposon lineages from the genomes of scorpions (Arachnida: Scorpions). Mol Gen Genomics (2006), 275: p.288-296

3.Axenovich T.I.,Zorkoltseva I.V.,Akberdin I.R.,Beketov S.V.,Kashtanov S.N.,Zakharov I.A., Borodin P.M. Inheritance of litter size at birth in farmed arctic foxes (Alopex lagopus, Canidae, Carnivora). Heredity. 2006 Sep 27; [Epub ahead of print]

4.Golovina K.A., Glushkov S.A., Blinov A.G.,Mayorov V.I., Adkison L.R.,Goncharov N.P. Molecular phylogeny of the Triticum L. Pl Syst Evol 2006 ( In Press)

5. Orlov Y.L., Te Boekhorst R., Abnizova I.I. Statistical measures of the structure of genomic sequences: entropy, complexity, and position information. J Bioinform Comput Biol. 2006 Apr;4(2):523-36.

Публикации в монографиях
Publications in monographs (peer-reviewed):

1.V. Levitsky, E. Ignatieva, G. Vasiliev, N. Limova, T. Busygina, T.Merkulova, N. Kolchanov THE SITEGA TOOL FOR RECOGNITION AND CONTEXT ANALYSIS OF TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES: SIGNIFICANT DINUCLEOTIDE FEATURES BESIDES THE CANONICAL CONSENSUS EXEMPLIFIED BY SF-1 BINDING SITE. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 31-41.

2.N. Kolchanov, E. Ignatieva, O. Podkolodnaya, E. Ananko, I. Stepanenko, T. Merkulova, T. Khlebodarova, V. Merkulov, N. Podkolodny, D. Grigorovich, A. Poplavsky, A. Romashchenko TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS DATABASE (TRRD): A SOURCE OF EXPERIMENTALLY CONFIRMED DATA ON TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS OF EUKARYOTIC GENES . In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov , R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 43-53.

3.Khlebodarova, O. Podkolodnaya, D. Oshchepkov, D. Miginsky, E. Ananko, E. Ignatieva ARTSITE DATABASE: COMPARISON OF IN VITRO SELECTED AND NATURAL BINDING SITES OF EUKARYOTIC TRANSCRIPTION FACTORST. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov , R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 55-65.

4.Katokhin, V. Levitsky, D. Oshchepkov, A. Poplavsky, V. Trifonov, D. Furman ANALYSIS OF NUCLEOSOME FORMATION POTENTIAL AND CONFORMATIONAL PROPERTIES OF HUMAN J1-J2 AND D2-D1 TYPE ALPHA SATELLITE DNA. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov , R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 75-83.

5.Yu.L. Orlov, V.G. Levitsky, O.G. Smirnova, O.A. Podkolodnaya, T.M. Khlebodarova, N.A. Kolchanov VMM: A VARIABLE MEMORY MARKOV MODEL PREDICTION OF NUCLEOSOME FORMATION SITES. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 85-95 .

6.V.G. Levitsky, A.G. Pichueva, A.V. Kochetov, L. Milanesi DNA NUCLEOSOME ORGANIZATION OF THE PROMOTER GENE REGIONS. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov , R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 97-103 .

7.Titov, D. Vorobiev, A. Palyanov A TOOLBOX FOR ANALYSIS OF RNA SECONDARY STRUCTURE BASED ON GENETIC ALGORITHM. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov , R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 105-110 .

8.O. Novikova, M. Fursov, E. Beresikov, A. Blinov NEW LTR RETROTRANSPOSABLE ELEMENTS FROM EUKARYOTIC GENOMES. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov, R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 131-140 .

9.D.A. Afonnikov PREDICTION OF CONTACT NUMBERS OF AMINO ACID RESIDUES USING A NEURAL NETWORK MODEL. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov , R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 297-304 .

10.V.A. Ivanisenko, S.S. Pintus, P.S. Demenkov, M.A Krestyanova , E.K. Litvenko, D.A. Grigorovich, V.A. Debelov FASTPROT: A COMPUTATIONAL WORKBENCH FOR RECOGNITION OF THE STRUCTURAL AND FUNCTIONAL DETERMINANTS IN PROTEIN TERTIARY STRUCTURES. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov , R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 305-316.

11.V.A. Likhoshvai, V.V. Kogai, S.I. Fadeev SELF-OSCILLATIONS IN HYPOTHETICAL GENE NETWORKS. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov , R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 391-404

12.V.P. Golubyatnikov, V.A. Likhoshvai, E.P. Volokitin, Yu.A. Gaidov, A.F. Osipov PERIODIC TRAJECTORIES AND ANDRONOV-HOPF BIFURCATIONS IN MODELS OF GENE NETWORKS. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov , R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 405-414 .

13.V.A. Likhoshvai ON THE PROBLEM OF SEARCH FOR STATIONARY POINTS IN REGULATORY CIRCUITS OF GENE NETWORKS. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov , R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 415-420.

14.V.A. Likhoshvai, G.V. Demidenko, S.I. Fadeev MODELING OF GENE EXPRESSION BY THE DELAY EQUATION. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov , R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 421-431 .

15.N. Omelyanchuk, V. Mironova, A. Poplavsky, N. Podkoldny, N. Kolchanov, E. Mjolsness, E. Meyerowitz AGNS-A DATABASE ON EXPRESSION OF ARABIDOPSIS GENES. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov , R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 433-442.

16.E. Ananko, D. Oshchepkov, E. Nedosekina, V. Levitsky, I. Lokhova, O. Smirnova, V. Likhoshvai, N. Kolchanov STUDY OF THE INTERACTIONS BETWEEN VIRAL AND HUMAN GENOMES DURING TRANSFORMATION OF B CELLS WITH EPSTEIN-BARR VIRUS. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov , R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 443-450 .

17.E.E. Vityaev, T.I. Shipilov, M.A. Pozdnyakov, O.V. Vishnevsky, A.L. Proscura, Yu.L. Orlov, P. Arrigo SOFTWARE FOR ANALYSIS OF GENE REGULATORY SEQUENCES BY KNOWLEDGE DISCOVERY METHODS. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N.Kolchanov , R. Hofestaedt ,L.Milanesi), Springer Science+Business Media, Inc. 2006, pp. 491-498 .

Публикации в отечественных журналах:

1. Пинтус С.С., Фомин Э.С., Иванисенко В.А., Колчанов Н.А. Филогенетический анализ семейства р53. Биофизика, 2006, 51(4):640-9.

2. Воробьева Н.В., Билтуева Л.С., Орлов Ю.Л., Графодатский А.С., Колчанов Н.А. Интерстициальные теломерные повторы как маркеры эволюционных преобразований кариотипа млекопитающих: хромосома 2 человека. Биофизика,2006, 51(4):602-7.

3. Орлов Ю.Л., Левицкий В.Г., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Хлебодарова Т.М., Колчанов Н.А. Статистический анализ последовательностей ДНК, содержащих сайты формирования нуклеосом. Биофизика, 2006, 51(4):608-14.

4. Левицкий В.Г., Игнатьева Е.В.,Ананько Е.А.,Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.,Ходжман Ч. Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью метода SiteGA. Биофизика, 2006, 51(4):633-9.

5. Волкова О.А., Кочетов А.В., Титов С.Е., Колчанов Н.А. Потенциальные открытые рамки считывания в 5"-нетранслируемых районах эукариотических мРНК. Биофизика, 2006, 51(4):615-21.

6. М.П. Пономаренко, Н.А. Омельянчук, А.В. Катохин, Н.А. Колчанов СОДЕРЖАНИЕ микроРНК В Arabidopsis thaliana коррелирует с встречаемостью тетрануклеотидов WRYW и DRYD.Вестник ВОГИС 2006, Т.10, N 2, стр.304-311.

7. Левицкий В.Г., Хомичёва И.В., Омельянчук Н.А., Пономоренко М.П, Колчанов Н.А Паттерн определенных динуклеотидов МИКРОРНК арабидопсиса связан с уровнем их содержания в растении. Вестник ВОГИС 2006, Т.10, N 2, стр.298-303.

8. А.В. Катохин, Т.Н. Кузнецова, Н.А. Омельянчук, миРНК - новые регуляторы активности генов у эукариот. Вестник ВОГИС 2006, Т.10, N 2, стр.241-272.

9. Н.А. Колчанов, М.И. Воевода, Т.Н. Кузнецова, В.А. Мордвинов,Е.В. Игнатьева ГЕННЫЕ СЕТИ ЛИПИДНОГО МЕТАБОЛИЗМА. БЮЛЛЕТЕНЬ СО РАМН, 2006 г., N2 (120), стр. 29-42.

10. Климова Н.В.,Левицкий В.Г.,Игнатьева Е.В.,Васильев Г.В.,Кобзев В.Ф.,Бусыгина Т.В.,Меркулова Т.И.,Колчанов Н.А. Пптенциальные сайты связывания фактора транскрипции SF-1: выявление методом SiteGA, экспериментальная проверка и поиск новых генов-мишений. Молекулярная биология, 2006, Т.40, №3, стр.512-523.

11. Добрецов Н.Л., Колчанов Н.А., Суслов В.В. О ранних стадиях эволюции геосферы и биосферы. Палеонтологический журнал, 2006, принято к печати.

12. Колчанов Н.А., Суслов В.В. Кодирование и эволюция сложности биологической организации. Палеонтологический журнал, 2006, принято к печати.

13. Суслов В.В., Колчанов Н.А., Сергеев М.Г. Молекулярно-генетические механизмы процессов формирования биоразнообразия. В кн. Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование (ред. В.К. Шумный, Ю.И. Шокин, Н.А.Колчанов, А.М. Федотов), Новосибирск, 2006, стр.317-344.

14. Сергеев М.Г., Суслов В.В., Мигинский Д.С., Юрлова Н.И., Колчанов Н.А..Опыт создания моделей на основе онтологии экосистем. В кн. Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование (ред. В.К. Шумный, Ю.И. Шокин, Н.А.Колчанов, А.М. Федотов), Новосибирск, 2006, стр.95-118.

15. Лихошвай В.А., Северцов А.С. Разработка технологии построения портретных моделей многолетнего жизненного цикла развития популяций земноводных. . В кн. Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование (ред. В.К. Шумный, Ю.И. Шокин, Н.А.Колчанов, А.М. Федотов), Новосибирск, 2006, стр.368-373 .

16. Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г. Молекулярно-эпигенетические механизмы возникновения разнообразия. В кн. Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование (ред. В.К. Шумный, Ю.И. Шокин, Н.А.Колчанов, А.М. Федотов), Новосибирск, 2006, стр.401-410.

17.Ермаков Н.Б., Дитц Л.Ю., Равкин Ю.С., Алсынбаев К.С., Махатков И.Д., Артемов И.А.,Черемушкина В.А., Нозирова Г.Р., Попов Д.Ю., Суляев Я.С., Ким П.А., Колчанов Н.А. Экспертно-аналитическая географическая информационная система (ГИС) " Пространственно-временная динамика экосистем Урала и Сибири". В кн. Биоразнообразие и динамика экосистем: информационные технологии и моделирование (ред. В.К. Шумный, Ю.И. Шокин, Н.А.Колчанов, А.М. Федотов), Новосибирск, 2006, стр.207-257.

18. Гунбин К.В., Суслов В.В., Колчанов Н.А Ароморфозы и адаптивная молекулярная эволюция. Вестник ВОГиС, 2006, (принято к печати).

19. Г.В. Демиденко, В.А. Лихошвай, Т.В. Котова, Ю.Е. Хропова Об одном классе систем дифференциальных уравнений с запаздывающим аргументом .Сибирский математический журнал, 2006, том 47, №1б, 58-68.

20. Колчанов Н.А., Иванисенко В.А. Поиск мишеней для новых лекарств. В мире науки, 2006, № 10, стр.80-83.

Статьи и доклады в сборниках международных конференций:

1. Ananko E.A., Kondrakhin Yu.V., Merkulova T.I. PREDICTION OF INTERFERON-INDUCIBLE GENES IN HUMAN GENOME // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.23-26.

2. Apasyeva N.V., Yudin N.S., Ignatieva E.V., Voevoda M.I., Romashenko A.G.A DATABASE DESIGNED FOR THE POLYMORPHISMS OF THE HUMAN CCR2 GENE // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.27-30.

3. Efimov V.M., Badratinov M.S., Katokhin A.V.INTERPRETATION OF RESULTS OF SOM ANALYSIS OF MICROARRAY DATA BY PRINCIPAL COMPONENTS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.44-47.

4. Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Klimova N.V., Vasiliev G.V., Merkulova T.I. SITECON: A QUALITY TOOL FOR PREDICTION OF TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES NOW HANDLES THOSE FOR SF-1. EXPERIMENTAL VERIFICATION AND ANALYSIS OF REGULATORY REGIONS OF ORTHOLOGOUS GENES // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.52-55.

5. Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Omelianchuk N.A., Ponomarenko M.P PATTERN OF LOCALLY POSITIONED DINUCLEOTIDES IN MICRORNA RELATES TO ITS ACCUMULATION LEVEL // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.69-72.

6. Khomicheva I.V., Levitsky V.G., Vishnevsky O.V., Savinskaya S.A., Omelianchuk N.A. IDENTIFICATION OF ARABIDOPSIS THALIANA MICRORNAS AMONG MPSS SIGNATURES // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.73-76.

7. Khomicheva I.V., Vityaev E.E., Shipilov T.I., Levitsky V.G TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES RECOGNITION BY THE EXPERTDISCOVERY SYSTEM BASED ON THE RECURSIVE COMPLEX SIGNALS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.77-80.

8. Kolchanov N.A., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Khlebodarova T.M., Merkulov V.M., Merkulova T.I., Podkolodny N.L., Romashenko A.G. TRRD: A DATABASE ON EXPERIMENTALLY IDENTIFIED TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS AND TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.81-84.

9. Kondrakhin Yu.V., Ananko E.A., Merkulova T.I. METHODS FOR RECOGNITION OF INTERFERON-INDUCIBLE SITES, PROMOTERS, AND ENHANCERS SITES // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.85-89.

10. Kuznetsov V.A., Zhou J.T., George J., Orlov Yu.L GENOME-WIDE CO-EXPRESSION PATTERNS OF HUMAN CIS-ANTISENSE GENE PAIRS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.90-93.

11. Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Merkulova T.I. THE SITEGA AND PWM METHODS APPLICATION FOR TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES RECOGNITION IN EPD PROMOTERS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.94-98.

12. Orlov Yu.L., Zhou J.T., Lipovich L., Yong H.C., Li Yi, Shahab A., Kuznetsov V.A A COMPREHENSIVE QUALITY ASSESSMENT OF THE AFFYMETRIX U133A&B PROBESETS BY AN INTEGRATIVE GENOMIC AND CLINICAL DATA ANALYSIS APPROACH // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.126-129.

13. Ponomarenko M.P., Omelianchuk N.A., Katokhin A.V., Kolchanov N.A THE CONTENT OF MIRNAS IN ARABIDOPSIS THALIANA CORRELATES WITH THE OCCURRENCE OF TETRAMERS WRHW AND DRYD APPROACH // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.130-134.

14. Shavkunov K.S., Masulis I.S., Matushkin Yu.G., Ozoline O.N ALTERNATIVE TRANSCRIPTION WITHIN PROCARYOTIC GENES PREDICTED BY PROMOTER-SEARCH SOFTWARE // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.150-155.

15. Smirnova O.G., Ibragimova S.S., Grigorovich D.A., Kochetov A.V. TGP (TRANSGENE PROMOTERS): A DATABASE OF BIOTECHNOLOGICALLY IMPORTANT PLANT GENE PROMOTERS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.168-171.

16. Vishnevsky O.V., KonstantinovYu. ANALYSIS OF THE NUCLEOTIDE CONTEXT OF HIGHER PLANT MITOCHONDRIAL mRNA EDITING SITES PROMOTERS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), V. 1, PP.193-198.

17. Vityaev E.E., Lapardin K.A., Khomicheva I.V., Levitsky V.G TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES RECOGNITION BY THE REGULARITIES MATRICES BASED ON THE NATURAL CLASSIFICATION METHOD // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.199-202.

18. VLADIMIROV N.V., LIKHOSHVAI V.A., MATUSHKIN YU.G ROLES OF CODON BIASES AND POTENTIAL SECONDARY STRUCTURES IN mRNA TRANSLATION OF UNICELLULAR ORGANISMS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), V. 1, PP.203-206.

19. Afonnikov D.A., Morozov A.V. CONNP: THE PREDICTION OF THE CONTACT NUMBERS OF THE AMINO ACID RESIDUES IN PROTEINS USING NEURAL NETWORK REGRESSION // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.219-222.

20. Aman E.E., Demenkov P.S., Ivanisenko V.A ANALYSIS OF THE TERTIARY STRUCTURE OF THE PPAR AND RXR TRANSCRIPTIONAL FACTORS AND THEIR MUTANT VARIANTS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.227-230.

21. Baryshev P.B., Afonnikov D.A., Nikolaev S.V. IDENTIFICATION AND STRUCTURE-FUNCTIONAL ANALYSIS OF THE SPECIFICITY DETERMINING RESIDUES OF THE ALPHA SUBUNITS OF THE PROTEOSOMAL COMPLEX // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.235-239.

22. Demenkov P.S., Ivanisenko V.A PREDICTION IN CHANGES OF PROTEIN THERMODYNAMIC STABILITY UPON SINGLE MUTATIONS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.256-259.

23. Fomin E.S., Oshurkov I.S., Ivanisenko V.A RISE OF NEW ZN2+ BINDING SITES CAN BE A MOLECULAR MECHANISM FOR IMPAIRED FUNCTION OF THE P53 MUTANTS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.264-267.

24. Ivanisenko V.A., Ivanisenko T.V., Sharonova I.V., Krestyanova M.A., Ivanisenko N.V., Grigorovich D.A. PDBSITE DATABASE AND PDBSITESCAN TOOL: RECOGNITION OF FUNCTIONAL SITES IN PROTEIN 3D STRUCTURE AND TEMPLATE-BASED DOCKING // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.272-276.

25. Kochetov A.V., Sarai A., Kolchanov N.A. THE CONTRIBUTION OF ALTERNATIVE TRANSLATION START SITES TO HUMAN PROTEIN DIVERSITY // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 1, pp.282-284.

26. Nizolenko L.Ph., Bachinsky A.G., Yarygin A.A., Naumochkin A.N., Grigorovich D.A PROF_PAT: THE UPDATED DATABASE OF PROTEIN FAMILY PATTERNS. CURRENT STATUS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), V. 1, pp.99-301.

27. Likhoshvai V.A., Ratushny A.V. IN SILICO CELL I. HIERARCHICAL APPROACH AND GENERALIZED HILL FUNCTIONS IN MODELING ENZYMATIC REACTIONS AND GENE EXPRESSION REGULATION // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.13-18.

28. Khlebodarova T.M., Ananko E.A., Nedosekina E.A., Podkolodnaya O.A., Poplavsky A.S., Smirnova O.G., Ibragimova S.S., Mishchenko E.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Proskura A.L., Nishio Y., Imaizumi A., Usuda Y., Matsui K., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. IN SILICO CELL II. INFORMATION SOURCES FOR MODELING ESCHERICHIA COLI METABOLIC PATHWAYS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.19-24.

29. Ratushny A.V., Usuda Y., Matsui K., Podkolodnaya O.A MATHEMATICAL MODELING OF ELEMENTARY PROCESSES OF THE GENE NETWORK CONTROLLING HISTIDINE BIOSYNTHESIS IN ESCHERICHIA COLI // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.25-29.

30. Nedosekina E.A., Usuda Y., Matsui K MODELING OF THE EFFECTS OF THREONINE, VALINE, ISOLEUCINE AND PYRIDOXAL 5'-MONOPHOSPHATE ON BIOSYNTHETIC THREONINE DEHYDRATASE REACTION // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.30-34.

31. Ratushny A.V., Nedosekina E.A REGULATION OF PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS IN ESCHERICHIA COLI: GENE NETWORK RECONSTRUCTION AND MATHEMATICAL MODELING // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.35-39.

32. Ratushny A.V., Smirnova O.G., Usuda Y., Matsui K. REGULATION OF THE PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY IN ESCHERICHIA COLI: GENE NETWORK RECONSTRUCTION AND MATHEMATICAL MODELING OF METABOLIC REACTIONS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.40-44.

33. Ananko E.A., Ratushny A.V., Usuda Y., Matsui K AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS IN ESCHERICHIA COLI: GENERALIZED HILL FUNCTION MODEL OF THE TRYPTOPHAN-SENSITIVE 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE REACTION DEMONSTRATE COMPLICATED MECHANISM // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.45-48.

34. Ratushny A.V., Khlebodarova T.M MATHEMATICAL MODELING OF REGULATION OF CYОABCDE OPERON EXPRESSION IN ESCHERICHIA COLI // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.49-54.

35. Khlebodarova T.M., Lashin S.A., Apasieva N.V GENE NETWORK RECONSTRUCTION AND MATHEMATICAL MODELING OF E. COLI RESPIRATION: REGULATION OF F0F1-ATP SYNTHASE BY METAL IONS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.55-59.

36. Nedosekina E.A MATHEMATICAL MODELING OF REGULATION OF ESCHERICHIA COLI PURINE BIOSYNTHESIS PATHWAY ENZYMATIC REACTIONS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.60-67.

37. Mishchenko E.L., Lashin S.A., Usuda Y., Matsui K RECONSTRUCTION AND MATHEMATICAL MODELING OF THE GENE NETWORK CONTROLLING CYSTEINE BIOSYNTHESIS IN ESCHERICHIA COLI: REGULATION OF SERINE ACETYLTRANSFERASE ACTIVITY // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.68-72.

38. Smirnova O.G., Ratushny A.V. GENE NETWORK RECONSTRUCTION AND MATHEMATICAL MODELING OF SALVAGE PATHWAYS: REGULATION OF ADENINE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE ACTIVITY BY STRUCTURALLY SIMILAR SUBSTRATES // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.73-77.

39. Turnaev I.I., Ibragimova S.S., Usuda Y., Matsui K MATHEMATICAL MODELING OF SERINE AND GLYCINE BIOSYNTHESIS REGULATION IN ESCHERICHIA COLI // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.78-83.

40. Turnaev I.I., Smirnova O.G REGULATION OF PYRUVATE BIOSYNTHESIS IN ESCHERICHIA COLI: GENE NETWORK RECONSTRUCTION AND MATHEMATICAL MODELING OF ENZYMATIC REACTIONS OF THE PATHWAY // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.84-88.

41. Ibragimova S.S., Smirnova O.G., Grigorovich D.A., Khlebodarova T.M. BIOTECHPRO: A DATABASE FOR MICROBIOLOGICALLY SYNTHESIZED PRODUCTS OF BIOTECHNOLOGICAL VALUE // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.89-92.

42. Khlebodarova T.M., Kachko A.V., Stepanenko I.L., Tikunova N.V DATABASE GENSENSOR AS INFORMATIONAL SOURCE FOR DESIGN OF BIOSENSORS. EXPERIMENTAL DEVELOPMENT OF BIOSENSOR BASED ON YFIA GENE // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.93-96.

43. Akberdin I.R., Kashevarova N.A., Khlebodarova T.M., Bazhan S.I., Likhoshvai V.A A MATHEMATICAL MODEL FOR THE INFLUENZA VIRUS LIFE CYCLE // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.105-108.

44. Bezmaternikh K.D., Mishchenko E.L., Likhoshvai V.A., Khlebodarova T.M., Ivanisenko V.A. A MINIMUM MATHEMATICAL MODEL FOR SUPPRESSION HCV RNA REPLICATION IN CELL CULTURE // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.109-113.

45. Bazhan S.I., Schwartz Ya.Sh., Gainova I.A., Ananko E.A A MATHEMATICAL MODEL OF IMMUNE RESPONSE IN INFECTION INDUCED BY MYCOBACTERIA TUBERCULOSIS. PREDICTION OF THE DISEASE COURSE AND OUTCOMES AT DIFFERENT TREATMENT REGIMENS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.114-117.

46. Fadeev S.I., Shtokalo D.N., Likhoshvai V.A MATRIX PROCESS MODELING: STUDY OF A MODEL OF SYNTHESIS OF LINEAR BIOMOLECULES WITH REGARD TO REVERSIBILITY OF PROCESSES // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.121-124.

47. Kouznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Kondrakhin Y.V., Katokhin A.V., Shamanina M.Y., Mordvinov V.A. A GENE NETWORK OF ADIPOCYTE LIPID METABOLISM: COORDINATED INTERACTIONS BETWEEN THE TRANSCRIPTION FACTORS SREBP, LXR? AND PPAR? // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.137-140.

48. Mishchenko E.L., Korotkov R.О., IvanisenkoV.A HCV-KINET DATABASE: KINETIC PARAMETER REACTIONS AND REGULATORY PROCESSES OF THE LIFE CYCLE OF THE HEPATITIS C VIRUS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.148-150.

49. Ratushny A.V MATHEMATICAL MODELING OF RECEPTOR MEDIATED ENDOCYTOSIS OF LOW-DENSITY LIPOPROTEINS AND THEIR DEGRADATION IN LYSOSOMES // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp151-155.

50. Ratushny A.V., Bezmaternikh K.D. CONSERVED PROPERTIES OF ENZYMATIC SYSTEMS: PRENYLTRANSFERASE KINETICS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.156-159.

51. Ratushny A.V. MATHEMATICAL MODELING OF THE GENE NETWORK CONTROLLING HOMEOSTASIS OF INTRACELLULAR CHOLESTEROL // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.160-164.

52. Stepanenko I.L., Podkolodnaya N.N., Paramonova N.V., Podkolodny N.L. RECONSTRUCTION AND STRUCTURE ANALYSIS OF APOPTOSIS GENE NETWORK IN HEPATITIS C // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.174-177.

53. Akberdin I.R., Ozonov E.A., Mironova V.V., Komarov A.V., Omelianchuk N.A. A CELLULAR AUTOMATON TO MODEL THE DEVELOPMENT OF SHOOT MERISTEMS OF ARABIDOPSIS THALIANA // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.185-189.

54. Bukharina T.A., Katokhin A.V., Furman D.P. THE GENE NETWORK DETERMINING DEVELOPMENT OF DROSOPHILA MELANOGASTER MECHANORECEPTORS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.190-193.

55. Kogai V.V., Gunbin К.V., Omelyanchuk L.V., Fadeev S.I. A MODEL FOR SENSING THE MORPHOGEN HEDGEHOG CONCENTRATION GRADIENT I:A NUMERICAL STUDY // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.194-198.

56. Gunbin К.V., Kogai V.V., Fadeev S.I., Omelyanchuk L.V. A MODEL FOR SENSING THE HEDGEHOG CONCENTRATION GRADIENT II: A CHECK FOR ADEQUACY // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.199-203.

57. Mironova V.V., Poplavsky A.S., Ponomarev D.K., Omelianchuk N.A ONTOLOGY OF ARABIDOPSIS GENE NET SUPPLEMENTARY DATABASE (AGNS), CROSS DATABASE REFERENCES TO TAIR ONTOLOGY // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.209-212.

58. Nikolaev S.V., Fadeev S.I., Kogay V.V., Mjolsness E., Kolchanov N.A. A ONE-DIMENSIONAL MODEL FOR THE REGULATION OF THE SIZE OF THE RENEWABLE ZONE IN BIOLOGICAL TISSUE // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.213-217.

59. Omelianchuk N.A., Mironova V.V., Poplavsky A.S., Pavlov K.S., Savinskaya S.A., Podkolodny N.L., Mjolsness E.D., Meyerowitz E.M., Kolchanov N.A. AGNS (ARABIDOPSIS GENENET SUPPLEMENTARY DATABASE), RELEASE 3.0 // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.223-226.

60. Ponomaryov D., Omelianchuk N., Kolchanov N., Mjolsness E., Meyerowitz E SEMANTICALLY RICH ONTOLOGY OF ANATOMICAL STRUCTURE AND DEVELOPMENT FOR ARABIDOPSIS THALIANA L. // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.227-230.

61. Ponomaryov D., Omelianchuk N., Mironova V., Kolchanov N., Mjolsness E., Meyerowitz E A PROGRAM METHOD OF CONSTRUCTING ONTOLOGY OF PHENOTYPIC ABNORMALITIES FOR ARABIDOPSIS THALIANA // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 2 pp.231-234.

62. Aman E.E., Demenkov P.S., Pintus S.S., Nemiatov A.I., Apasieva N.V., Dubovenko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Ivanisenko V.A. DEVELOPMENT OF A COMPUTER SYSTEM FOR THE AUTOMATED RECONSTRUCTION OF MOLECULAR-GENETIC INTERACTION NETWORKS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.15-18.

62. Aman E.E., Levitsky V.G., Ignatieva E.V. RECONSTRUCTION AND COMPUTER ANALYSIS OF THE FATTY ACID ?-OXIDATION GENE NETWORK REGULATED BY THE PPAR TRANSCRIPTION FACTORS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.19-23.

63. Bezmaternykh K.D., Nikulichev Yu.V., Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G., Latipov A.F., Kolchanov N.A OPTIMAL CONTROL TASKS IN TERMS OF THE GENE NETWORK MODELS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.24-28.

64. Likhoshvai V.A., Rudneva D.S., Fadeev S.I. OSCILLATIONS OF CHAOTIC TYPE IN SYMMETRIC GENE NETWORKS OF SMALL DIMENSION // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.74-77.

65. Podkolodny N.L., Podkolodnaya N.N., Miginsky D.S., Poplavsky A.S., Likhoshvai V.A., Compani B., Mjolsness E. AN INTEGRATION OF THE DESCRIPTIONS OF GENE NETWORKS AND THEIR MODELS PRESENTED IN SIGMOID (CELLERATOR) AND GENENET // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.86-90.

66. Golovnina K., Blinov A., Chang L.-S EVOLUTION AND ORIGIN OF NEUROFIBROMIN, THE PRODUCT OF THE NEUROFIBROMATOSIS TYPE 1 (NF1) TUMOR-SUPRESSOR GENE // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.142-146.

67. Golovnina K., Glushkov S., Blinov A., Mayorov V., Adkison L., Goncharov N. MOLECULAR PHYLOGENY OF THE GENUS TRITICUM L. // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.147-150.

68. Gunbin K.V., Morozov A.V., Afonnikov D.A. A METHOD FOR SEMIAUTOMATED ANALYSIS OF GENE EVOLUTION // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.155-158.

69. Gunbin K.V AROMORPHOSES AND ADAPTIVE MOLECULAR EVOLUTION: MORPHOGENS AND SIGNALING CASCADE GENES // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.159-162.

70. Kabanova A., Novikova O., Gunbin K., Fet V., Blinov A. EVOLUTIONARY RELATIONSHIPS AND DISTRIBUTION OF THE DIFFERENT LTR RETROTRANSPOSON FAMILIES IN PLANTS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.163-166.

71. Lashin S.A., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G. EVOLUTIONARY CONSTRUCTOR: A PACKAGE FOR MODELING COEVOLUTION OF UNICELLULAR ORGANISMS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.183-187.

72. Lashin S.A., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G. MODELING OF HORIZONTAL GENE TRANSFER IN PROKARYOTIC POPULATIONS WITH THE "EVOLUTIONARY CONSTRUCTOR" PROGRAM PACKAGE // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.188-191.

73. Novikova O., Fursov M., Blinov A NEW FAMILY OF LTR RETROTRANSPOSABLE ELEMENTS FROM FUNGI // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.195-198.

74. Pintus S.S., Ivanisenko V.A PHYLOGENETIC ANALYSIS OF THE P53 AND P63/P73 GENE FAMILIES // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.207-210.

75. Vladimirov N.V., Kochetov A.V., Grigorovich D.A., Matushkin Yu.G. RSCU_COMPARER: A NEW STATISTICAL TOOL FOR PRACTICAL ANALYSIS OF CODON USAGE // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.241-244.

76. Yudin N.S., Vasil'eva L.A., Kobzev V.F., Kuznetsova T.N., Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Voevoda M.I., Romaschenko A.G. ASSOCIATION STUDY OF SNP OF THE TNF-ALPHA GENE WITH BOVINE LEUKOSIS AND EVALUATION OF ITS FUNCTIONAL SIGNIFICANCE // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.245-248.

77. Kolchanov N.A., Orlova G.V., Bachinsky A.G., Bazhan S.I., Shvarts Ya.Sh., Golomolzin V.V., Popov D.Yu., Efimov V.M., Tololo I.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Il'ina E.N., Rogov S.I., Tretiakov V.E., Kubanova A.A., Govorun V.M. EPI-GIS: GIS ASSISTED COMPUTER TOOLS FOR DATA ACCUMULATION, COMPUTER ANALYSIS AND MODELING IN MOLECULAR EPIDEMIOLOGY // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.270-275.

78. Miginsky D.S., Sokolov S.A., Labuzhsky V.V., Nikitin A.G., Tarancev I.G. OBJECT-ORIENTED APPROACH TO BIOINFORMATICS SOFTWARE RESOURCES INTEGRATION // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.288-291.

79. Miginsky D.S., Suslov V.V., Rasskazov D.A., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A ARCHITECTURE OF SOFTWARE TOOLKIT FOR STORING AND OPERATING WITH BIOSYSTEMS MODELS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.292-295.

80. Suslov V.V., Sergeev M.G., Yurlova N.I., Miginsky D.S. THE ONTOLOGY OF ECOSYSTEMS // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.300-304.

81. Titov I.I THE GARNA TOOLBOX FOR RNA STRUCTURE ANALYSIS: THE 2006 STATE OF THE ART // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.305-308.

82. Titov I.I., Ivanisenko A.Yu A MODEL OF THE TRANSLATIONAL INHIBITION BY MIRISC COMPLEX DESCRIBES PROTEIN SYNTHESIS VARIATIONS INDUCED BY MUTATIONS IN MAMMALIAN MIRNA SITES // PROCEEDINGS OF THE FIFTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2006), v. 3 pp.309-314.

Патенты

1.Хлебодарова Т.М., Ананько Е.А., Подколодная О.А., Поплавский А.С., Наумочкин А.Н., Смирнова О.Г., Степаненко И.Л., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. База данных: Регуляторные районы генов прокариот (ProkaTEX) // Авторское свидетельство РФ №2006620257 от 07.08.2006

2.Недосекина Е.А., Хлебодарова Т.М., Поплавский А.С., Смирнова О.Г., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Ибрагимова С.М., Мищенко Е.Л., Игнатьева Е.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. База кинетических данных (KiNET) // Авторское свидетельство РФ №2006620209 от 07.07.2006.

3..Хлебодарова Т.М., Степаненко И.Л., Подколодный Н.Л. База данных: Гены-сенсоры (GenSensor) // Авторское свидетельство РФ №2006620197 от 30.06.2006.

4.Хлебодарова Т.М. База данных: Матрицы сайтов связывания транскрипционных факторов (ArtSite) // Авторское свидетельство РФ №2006620167 от 07.06.2006.

5.Омельянчук Н.А., Поплавский А.С.,Миронова В.В., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Генные сети Арабидопсиса (ГСА)/Arabidopsis GeneNet Supplementary (AGNS) // Авторское свидетельство РФ №2006620170 от 13.06.2006.

6.Ратушный А.В., Недосекина Е.А., Лашин С.А., Турнаев И.И., Владимиров Н.В., Подколодный Н.Л., Лихошвай В.А. База математических моделей молекулярно-генетических процессов (Модельер)/Database of mathematical models of molecular genetic processes (ModelER) // Авторское свидетельство РФ №2006620196 от 30.06.2006.

7.Левицкий В.Г., Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Фурман Д.П.,Катохин А.В., Смирнова О.Г., Хлебодарова Т.М. Районы позиционирования нуклеосом (РПН)/ Nucleosome Positioning Region Database (NPRD) // Авторское свидетельство РФ №2006620074 от 27.02.2006.

8. № 2006620026 "Пространственные структуры функциональных сайтов белков ( ПДБСайт) /Spatial structure of protein functional sites ( PDBSite ) ", автор: Иванисенко В.А., зарегистрировано 10.01.2006.

9.№ 2006610271 " Программа распознавания функциональных сайтов в пространственных структурах белков ( ПДБСайтСкан ) /Program for search of functional sites in the spatial structures of proteins ( PDBSiteScan ) ", автор: Иванисенко В.А., зарегистрировано 10.01.2006.

10.№ 2006610270 " Программа для определения консервативных свойств в сайтах связывания транскрипционных факторов и их распознавания ( САЙТКОН ) / The tool for detecting conservative properties in transcription factor binding sites and for site recognition (SITECON) ", автор: Ощепков Д.Ю., зарегистрировано 10.01.2006.

Всего публикаций 122 ( с теми, что приняты в печать)
Патентов 10

2005

Публикации в зарубежных журналах

1.E. A. Ananko, N. L. Podkolodny, I. L. Stepanenko, O. A. Podkolodnaya, D. A. Rasskazov, D. S. Miginsky, V. A. Likhoshvai, A. V. Ratushny, N. N. Podkolodnaya, and N. A. Kolchanov GeneNet in 2005 Nucl. Acids Res. 2005 33: D425-D427

2.Victor G. Levitsky, Aleksey V. Katokhin, Olga A. Podkolodnaya, Dagmara P. Furman, and Nikolay A. Kolchanov NPRD: Nucleosome Positioning Region Database Nucl. Acids Res. 2005 33: D67-D70

3. Vladimir A. Ivanisenko, Sergey S. Pintus, Dmitry A. Grigorovich, and Nickolay A. Kolchanov PDBSite: a database of the 3D structure of protein functional sites Nucl. Acids Res. 2005 33: D183-D187

4. Ivanisenko VA, Eroshkin AM, Kolchanov NA. (2005) WebProAnalyst: an interactive tool for analysis of quantitative structure-activity relationships in protein families. Nucleic Acids Res. V. 33, W99-W104.

5.O.V. Vishnevsky, N.A.Kolchanov ARGO: a web system for the detection of degenerate motifs and large-scale recognition of eukaryotic promoters // Nucleic Acids Research, 2005, Vol. 33, Web Server issue W417-W422

6. Ponomarenko,J.V., Orlova,G.V., Merkulova,T.I., Vasiliev,G.V. and Ponomarenko M.P. (2005) Mining genome variation to associate genetic disease with mutation alterations and ortho/paralogous polimorphysms in transcription factor binding site. International Journal on Artificial Intelligence Tools (IJAIT) Vol. 14, No. 4, p. 599-619.

7. A.V.Kochetov, A.Sarai, I.B.Rogozin, V.K.Shumny, N.A.Kolchanov. The role of alternative translation start sites in the generation of human protein diversity. // Mol. Gen. Genomics, 2005, Vol. 273, pp.491-496.

8.Arthaningtyas E., Kok C.C., Mordvinov V.A., Sanderson C.J. (2005). The conserved lymphokine element 0 is a powerful activator and target for corticosteroid inhibition in human interleukin-5 transcription. Growth Factors. 23, no. 3:211-21.

Публикации в отечественных журналах:

1.Д.Ю.Ощепков, Д.В.Бугреев, Н.А.Колчанов, Г.А.Невинский. Компьютерный анализ конформационных и физико-химических особенностей нуклеотидных последовательностей, расщепляемых ДНК-топоизомеразой I // Мол. Биология, 2005, Т.39, №3, с. 488-496

2.Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко А.В., Иванова А.В., Иванисенко В.А., Локтев В.Б. (2005) Иммунохимические свойства рекомбинантных полипептидов, моделирующих домены I и II белка Е вируса Западного Нила. Молекулярная биология, т. 39, N 5, с. 813-822.

3. Иванисенко, В.А., Афонников, Д.А., Николаев, С.В., Пинтус, С.С., Крестьянова, М.А., Пальянов, А.Ю, Титов, И.И. (2005) Актуальные проблемы компьютерной протеомики. Вестник ВОГиС, т.9, с.162-178 .

4. А.В. Ратушный, В.А. Лихошвай, Е.А. Ананько, Н.В. Владимиров, К.В. Гунбин, С.А. Лашин, Е.А. Недосекина, С.В. Николаев, Л.В. Омельянчук, Ю.Г. Матушкин, Н.А. Колчанов. 2005. Новосибирская школа системной компьютерной биологии: исторический экскурс и перспективы развития. Вестник ВОГиС, т. 9, с. 232-261.

5. Колчанов Н.А., Подколодная О.А., Игнатьева Е.В., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Проскура А.Л., Воронич Е.С., Дубовенко Е.А. Интеграция генных сетей, контролирующих физиологические функции организма. Вестник ВОГиС, 2005, т.9, N2, с.179-198.

6. Бусыгина Т.В., Васильев Г.В., Климова Н.В., Игнатьева Е.В., Осадчук А.В. Cайты связывания транскрипционного фактора SF1 в промоторных районах генов, кодирующих ферменты стероидогенеза 3бетаГСДI и Р450с17 мыши. Биохимия. 2005, Т. 70. Вып. 10. C. 1397-1402

7. Г.В.Демиденко, В.А.Лихошвай О ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНЫХ УРАВНЕНИЯХ С ЗАПАЗДЫВАЮЩИМ АРГУМЕНТОМ// Сибирский математический журнал, 2005, Vol. 46, No. 3, pp. 538-552 (G. V. Demidenko and V. A. Likhoshvai ON DIFFERENTIAL EQUATIONS WITH RETARDED ARGUMENT Siberian Mathematical Journal, Vol. 46, No. 3, pp. 417-430, (2005)

8. Когай В.В., Фадеев С.И., Лихошвай В.А. О численном исследовании автоколебаний в гипотетических генных сетях. // Журнал Вычислительные технологии, 2005, том 10, N3, 56-71.

9. Евдокимов А.А., Комаров А. В., Лихошвай В. А. О восстановлении структуры дискретных моделей функционирования генных сетей. // Вестник ТГУ, N 14, 2005, стр. 213-217.

10 Григоренко Е.Д., Евдокимов А.А., Лихошвай В.А., Лобарева И.А. Неподвижные точки и циклы автоматных отображений, моделирующих функционирование генных сетей. // Вестник ТГУ, N 14, 2005, стр. 206-212.

11. В.А. Мордвинов, Ч.Ч. Кок, Э. Артанингтяс, Г.Т.Ф. Швенгер, А. Кристоу, К.Дж. Сандерсон Дексаметазон подавляет активность промотора гена интерлейкина-5 человека. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины 2005 г., том 140, N 7 июль, стр. 91-95.

12. G.T.F. Schwenger, V.A. Mordvinov, and C.J. Sanderson Transcription factor GATA-3 is involved in repression of promoter activity of the human interleukin-4 gene. Biochemistry (Moscow), vol. 70, no. 9, 2005, pp. 1065-1069. (Translated from Biokhimiya, vol. 70, no. 9, 2005, pp. 1289-1294.)

13.Nikitin S.; Knyazev S.; Orlova G.; Bekenev V.; Danil'chenko N. A model for the effect of homo- or heterozygosity on animal growth intensity. Russian Journal of Genetics, Volume 41, Number 2, February 2005, pp. 174-181(8)

14. Омельянчук Н.А. Кузнецова Т.Н., Катохин А.В. МикроРНК растений Вестник Вогис, 2005, Т.9, N3, стр. 440-450

15.Колчанов Н.А.,Захаров И.К. Вадим Александрович Ратнер:Биография и Библиография (2005) Вестник ВОГиС, т.9, с.107-124.

16.Афонников, Д.А., Иванисенко, В.А., Пинтус, С.С., Пальянов, А.Ю, Титов, И.И., Григорович Д.А. (2005) Как компьютер помогает решать задачи протеомики. Наука в Сибири, N3, январь 2005 г.

17.Фадеев С.И., Лихошвай В.А., Штокало Д.Н. Исследование модели синтеза линейных биомолекул с учетом обратимости процессов ,// Сибирский журнал индустриальной математики, 2005, Т.8, N3(23), 149-162.

Статьи и доклады в сборниках международных конференций:

1.Golubyatnikov V.P., Likhoshvay, V.A.,Gaidov Yu.A., Kleshchev A.G., Lashina E. Regular and Chaotic dynamics in the Gene Network Modeling. 2005, Proc 8-th nternatioonal Conference Human&Computers-2005, Aizu, Japan, pp. 7 - 12. (доклад)

2. Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Busygina T.V., Vasiliev G.V., Klimova N.V., Merkulova T.I. The SiteGA tool for transcription factor binding sites recognition and context analysis exemplified by SF-1 binding site // Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'05), p. 208-209.

3. Vladimirov N.V., Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G. Stochastic simulation of translation elongation by Next Reaction Method. Proceedings of the European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB05), 2005, Vol.2, p. 235.

4. Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Oshchepkov D.Yu., Kolchanov N.A. Modelling of signal transduction and gene expression regulation in immune system cells. // Proceedings of the conference on modeling and simulation in biology, medicine and biomedical engineering. Linkoping, Sweden, 2005, May 26-27, 125-128

5.Konstantinov Yu.M., Orlov Yu.L. (2005) Contextual Features of Mitochondrial Genome Organization in Higher and Lower Plant Species. // In: Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB'05, July 18-21, 2005, Moscow State University, pp.184.

6.Mikheeva L.E., Orlov Yu.L. (2005) Phylogenetic patterns in cyanobacteria based on genome repeats. // In: Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB'05, July 18-21, 2005, Moscow State University, pp.229.

7.Orlov Yu.L., Levitsky V.G., Podkolodnaya O.A., Khlebodarova T.M., Kolchanov N.A. (2005) Prediction of nucleosome formation sites in gene regulatory regions. // In: Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB'05, July 18-21, 2005, Moscow State University, pp.270-271.

8.Orlov Yu.L., Poplavsky A.S., Potapov V.N., Abnizova I.I. (2005) Statistical Measures of Genomic Sequence Constraints: Entropy, Complexity and Long-Range Correlations. // In: Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB'05, July 18-21, 2005, Moscow State University, pp.272-273.

9.Vorobieva N.V., Orlov Yu.L., Biltueva L.S., Graphodatsky L.S. (2005) Location of Human Interstitial Telomere Repeats Corresponds to Evolutionary Breakpoints of Mouse, Rat and Cattle Genomes. // In: Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB'05, July 18-21, 2005, Moscow State University, pp.406.

10.Afonnikov D. Prediction of contact numbers of amino acid residues using a neural network model. // In: Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB'05, July 18-21, 2005, Moscow State University, pp.24-25.

11.Ivanisenko V.A. Computer analysis of the structure and evolution of the functional sites in globular proteins. // In: Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB'05, July 18-21, 2005, Moscow State University, pp.142-143.

12.Kochetov A.V., Kolchanov N.A.,Sarai A. The role of alternative translation start sites in generation of human protein diversity. // In: Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB'05, July 18-21, 2005, Moscow State University, pp.177-178.

13.Pintus S.,Ivanisenko V.A.,Kolchanov N.A. Computer analysis of structure and evolution of functional sites of the DNA-binding domain of human P53 protein. // In: Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB'05, July 18-21, 2005, Moscow State University, pp.297-298.

14.Ratushny A.V,. Likhoshvai V.A.,Khlebodarova T.M., Apasyeva N.V. Molecular-genetic mechanisms of prokaryotic cell respiration:gene network reconstruction and mathematical modeling // In: Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB'05, July 18-21, 2005, Moscow State University, pp.319-320.

15. Ratushny A.V., Likhoshvai V.A. (2005) Mathematical and computer modelling of molecular genetic network controlling intracellular cholesterol homeostasis. // 4th European Conference on Computational Biology (ECCB 2005), Programme and abstracts book, p. 114.

16. Ratushny A.V., Likhoshvai V.A. (2005) Mathematical modeling of molecular genetic network controlling cholesterol homeostasis in vertebrate cells. // The 13th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2005), Conference programme, p.

17. Ratushny A.V., Likhoshvai V.A. (2005) Kinetic modeling of molecular genetic network controlling intracellular cholesterol homeostasis. // Abstracts from the 46th International Conference on the Bioscience of Lipids - September 20-24, Ajaccio, France, Chemistry and Physics of Lipids :, pp.

18. Ratushny A.V., Likhoshvai V.A. (2005) Kinetic modeling of molecular genetic system controlling cholesterol homeostasis in vertebrate cells. FEBS Workshop - Dijon 2005 First Dijon International Workshop On Lipids (DIWOL), June 21-24, 2005. Book of abstracts, pp.

2004

Публикации в монографиях:

1. V.G. Levitsky, A.V. Katokhin, O.A. Podkolodnaya, D.P. Furman Nucleosomal DNA organization: an integrated information system. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N.Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 3-12.

2. D.P. Furman, D.Yu. Oshchepkov, M.A. Pozdnyakov, A.V. Katokhin PROPERTIES OF INSERTION REGIONS OF DROSOPHILA LTR RETROTRANSPOSONS. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp.21-32.

3. O.V. Vishnevsky, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, I.L. Stepanenko ARGO_VIEWER: A PACKAGE FOR RECOGNITION AND ANALYSIS OF REGULATORY ELEMENTS IN EUKARYOTIC GENES. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp.71-80.

4. E.V. Ignatieva, E.A. Ananko, O.A. Podkolodnaya, I.L. Stepanenko, T.M. Khlebodarova, T.I. Merkulova, M.A. Pozdnyakov, A.L. Proscura, D.A. Grigorovich, N.L. Podkolodny, A.N. Naumochkin, A.G. Romashchenko, N.A. Kolchanov TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS DATABASE (TRRD): DESCRIPTION OF TRANSCRIPTION REGULATION AND THE MAIN CAPABILITIES OF THE DATABASE. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp.81-92.

5. D.Yu. Oshchepkov, I.I. Turnaev, M.A. Pozdnyakov, L. Milanesi, E.E. Vityaev, N.A. Kolchanov SITECON-A TOOL FOR ANALYSIS OF DNA PHYSICOCHEMICAL AND CONFORMATIONAL PROPERTIES: E2F/DP TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE ANALYSIS AND RECOGNITION. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp.93-102.

6. Yu.G. Matushkin, V.A. Likhoshvai, A.V. Kochetov Local Secondary Structure May Be A Critical Characteristic Influencing Translation Of Unicellular Organisms mRNA.In: "BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE." Ed. by N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 103-114.

7. N.A. Omelyanchuk, D.G. Vorobiev COMPUTER ANALYSIS OF miRNA-mRNA DUPLEXES AND ITS APPLICATION TO PREDICTING POSSIBLE TARGET mRNAS OF ARABIDOPSIS. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp.115-124.

8. Pichueva A.G., Kochetov A.V., Milanesi L., Kondrakhin Yu.V., Kolchanov N.A. (2003) Correlations between sequence features of yeast genes functional regions and the level of expression. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 125 - 132.

9. V.A. Ivanisenko, S.S. Pintus, D.A. Grigorovich, L.N. Ivanisenko, V.A. Debelov, A.M. Matsokin PDBSITESCAN: A PROGRAM SEARCHING FOR FUNCTIONAL SITES IN PROTEIN 3D STRUCTURES. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 185-192.

10. I.I. Titov, A.Yu. Palyanov A GENETIC ALGORITHM FOR THE INVERSE FOLDING OF RNA In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 193-202.

11. O.V. Vishnevsky, I.V. Avdeeva, A.V. Kochetov STUDY OF THE SPECIFIC CONTEXTUAL FEATURES OF TRANSLATION INITIATION AND TERMINATION SITES IN SACCHAROMYCES CEREVISIAE. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer AcademicPublishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 213-222.

12. D.A. Afonnikov CONTRIBUTION OF COORDINATED SUBSTITUTIONS TO THE CONSTANCY OF PHYSICOCHEMICAL PROPERTIES OF ATP-BINDING LOOP IN PROTEIN KINASES. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 223-230.

13. V.A. Likhoshvai, Yu.G. Matushkin SPORADIC EMERGENCE OF LATENT PHENOTYPE DURING EVOLUTION. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 231-244.

14. E.A. Ananko, K.A. Loktev, N.L. Podkolodny DEVELOPMENT AND ANALYSIS OF MODELS OF GENETIC AND METABOLIC NETWORKS AND SIGNAL TRANSDUCTION PATHWAYS IN THE GENENET SYSTEM. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer AcademicPublishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 265-272.

15. I.I. Turnaev, D.Yu. Oshchepkov, O.A. Podkolodnaya EXTENSION OF CELL CYCLE GENE NETWORK DESCRIPTION BASED ON PREDICTION OF POTENTIAL BINDING SITES FOR E2F TRANSCRIPTION FACTOR. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 273-282.

16. E.A. Nedosekina, E.A. Ananko, L. Milanesi, V.A. Likhoshvai, N.A. Kolchanov. Mathematical simulation of dynamics of macrophage gene network activated by lipopolysaccharides and/or interferon-gamma. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 283-293.

17. A.V. Ratushny, E.V. Ignatieva, V.A. Likhoshvai COMPUTER DYNAMIC MODELING OF THE GENE NETWORK CONTROLLING INTRACELLULAR CHOLESTEROL HOMEOSTASIS. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London,2004, pp.293-300.

18. V.A. Likhoshvai, S.I. Fadeev, Yu.G. Matushkin THE GLOBAL OPERATION MODES OF GENE NETWORKS DETERMINED BY THE STRUCTURE OF NEGATIVE FEEDBACKS. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London,2004, pp.319-330.

19. Yu.V. Kondrakhin, O.A. Podkolodnaya, A.V. Kochetov, G.N. Erokhin, N.A. Kolchanov STATISTICAL ANALYSIS OF MICROARRAY DATA: IDENTIFICATION AND CLASSIFICATION OF YEAST CELL CYCLE GENES. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London,2004, pp.331-3?.

20. Yu.V. Kondrakhin, I.B. Rogozin, T.M. Naykova, N.S. Yudin, M.I. Voevoda, A.G. Romashchenko TYPE-SPECIFIC FEATURES OF THE STRUCTURE OF THE tRNA GENE PROMOTERS. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London,2004, pp.47-60.

Публикации в зарубежных журналах:

1.Kochetov A.V., Sarai A. Translational polymorphism as a potential source of plant proteins variety in Arabidopsis thaliana // Bioinformatics. 2004. V. 20. 445-447.

2.Kochetov AV, Kolchanov NA, Sarai A. Interrelations between the efficiency of translation start sites and other sequence features of yeast mRNAs MOLECULAR GENETICS AND GENOMICS 270 (5): 442-447 JAN 2004.

3.Oshchepkov D.Y., Vityaev E.E., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. SITECON: a tool for detecting conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding site alignments and for site recognition. Nucleic Acids Res. 2004, 32, W208-W212.

4.Levitsky V.G. RECON: a program for prediction of nucleosome formation potential. Nucl. Acids. Res., 2004, 32, W346-W349.

5.Afonnikov DA, Kolchanov NA. (2004) CRASP: a program for analysis of coordinated substitutions in multiple alignments of protein sequences, Nucleic Acids Res, V.32 , W64-W68

6.Orlov Y.L., Potapov V.N. (2004) Complexity: an internet resource for analysis of DNA sequence complexity. Nucleic Acids Res.2004,32(Web Server issue): W628-633.

7.Vladimir A. Ivanisenko, Sergey S. Pintus, Dmitry A. Grigorovich, Nickolay A. KolchanovPDBSiteScan: a program for search of the active, binding and posttranslational modification sites in the 3D structures of proteins. // Nucleic Acids Research, 2004, V. 32, P. W549-W554.

8.Papusheva E, Gruhl MC, Berezikov E, Groudieva T, Scherbik SV, Martin J, Blinov A, Bergtrom G. 2004. The Evolution of SINEs and LINEs in the Genus Chironomus (Diptera). J Mol Evol. 58(3): 269-279.

9.Antyufeev V., Nikolaev S.V. Protein degradation modeling by the Monte Carlo method. Russian Journal of Numerical Analysis and Mathematical Modelling, Vol.19, No.5, 2004.

10.Vladimir Ivanisenko, Sergey Pintus, Dmitry Grigorovich, Nickolay KolchanovPDBSite: a database of the 3D structure of protein functional sites. // Nucleic Acids Research, 2005 (Принята к печати).

11.V.G. Levitsky, A.V. Katokhin, O.A. Podkolodnaya, D.P. Furman., Kolchanov N.A. NPRD: Nucleosome Positioning Region Database Nucleic Acids Res. 2005 (Принята к печати).

12. E.A. Ananko, N.L. Podkolodny, I.L. Stepanenko, O.A. Podkolodnaya, D.A. Rasskazov, D.S. Miginsky, V.A. Likhoshvai, A.V. Ratushny, N.N. Podkolodnaya, and N.A. Kolchanov: GeneNet in 2005 // Nucleic Acids Research, 2005 (Принята к печати)

Публикации в отечественных журналах:

1.Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук, Н.Л. Подколодный, А. В. Ратушный Интегрированная компьютерная система по регуляции экспрессии генов эукариот // Молекулярная биология 2004, т.38, №1, с.69-81. (Kolchanov N.A., Podkolodnaia O.A., Anan'ko E.A., Afonnikov D.A., Vishnevskii O.V., Vorob'ev D.G., Ignat'eva E.V., Levitskii V.G., Likhoshvai V.A., Omel'ianchuk N.A. Integrated computer system for regulating eukaryotic gene expression. Mol Biol (Mosk)., 2004, 38(1), 69-81.)

2.Н.А.Колчанов, А.Ф.Латыпов, В.А.Лихошвай, Ю.Г.Матушкин, Ю.В.Никуличев, А..В.Ратушный Задачи оптимального управления в динамике генных сетей и методы их решения. Известия РАН. Теория и системы управления, 2004, N6, с.36-45.

3.В.А.Лихошвай, С.И.Фадеев, Ю.Г.Матушкин, Г.В.Демиденко, Н.А.Колчанов. Математическое моделирование регуляторных контуров генных сетей Журнал вычислительной математики и математической физики, 2004, том 44, N10, с. 1921-1940.

4.Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Демиденко Г.В., Матушкин Ю.Г. Моделирование многостадийного синтеза вещества без ветвления уравнением с запаздывающим аргументом // Сибирский журнал индустриальной математики, 2004, том 7, №1, 73-94.

5. Кузнецова Т.Н., Воевода М.И., Подколодная О.А., Куликов И.В., Кобзев В.Ф., Устинов С.Н., Малютина С.К., Логвиненко Н.И., Журавская Э.Я., Чердынцева Н.В., Туманов Ю.В., Морозова О.А., Баум В.А., Ромащенко А.Г.ДЕЛЕЦИОННЫЙ ПОЛИМОРФИЗМ 11-ГО ИНТРОНА ГЕНА c-fms ЧЕЛОВЕКА: ЧАСТОТЫ АЛЛЕЛЕЙ В НЕКОТОРЫХ ПОПУЛЯЦИЯХ РОССИИ И ВОЗМОЖНАЯ ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ ЗНАЧИМОСТЬ. Генетика. 2004 40(1):102-12.

6.В.В. Суслов, К.В. Гунбин,Н.А. Колчанов Генетические механизмы кодирования биологической сложности // Экологическая генетика 2004 г., том 2, выпуск1, стр. 13-26

7.К.В. Гунбин, В.В. Суслов, Н.А.Омельянчук, Н.А. Колчанов Генетические механизмы морфологической эволюции, ч.1 // Сибирский экологический журнал, 2004, том 11,N5, стр. 599-610

8. К.В. Гунбин, В.В. Суслов, Н.А.Омельянчук, Н.А. Колчанов Генетические механизмы морфологической эволюции, ч.2 // Сибирский экологический журнал, 2004, том 11,N5, стр. 611- 621

9.Степаненко И.Л. Регуляция генных сетей стрессового ответа активными формами кислорода // Экологическая генетика 2004 г., том 2, выпуск1, стр. 4-12.

10.Н.А. Виниченко, К.А. Головнина, А.Г. Блинов, О.О. Cоколова (Антонова), Е.В. Левитес. 2004. Молекулярные различия аллелей Adh1-F и Adh1-S у сахарной свеклы Beta vulgaris L. Генетика, 40,N2, 232-238.

11. Е. Алиева, В. Майоров, Е. Елисафенко, Л. Адкисон, А. Блинов. 2004. Структура и экспрессия гена F6.2 У Chironomus thummi и других видов рода Chironomus. Генетика, 40(3): 334-342.

12. Потапов В.Н. Аддитивная сложность слов с ограничениями на состав подслов //Дискрет. анализ и исслед. операций. Сер.1. 2004. Т.11, No1. C.52--78.

Статьи и доклады в сборниках международных конференций:

1.Ignatieva E.V. , Levitsky V.G., Vasiliev G.V., Klimova N.V., Busygina, T.V., Merkulova T.I. DISTRIBUTION OF THE SF-1 BINDING SITES PREDICTED BY THE SITEGA METHOD IN THE GENOMIC SEQUENCES AND THEIR EXPERIMENTAL VERIFICATION // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.64-68.

2.Ignatieva E.V., Oshchepkov D.Yu., Levitsky V.G., Vasiliev G.V., Klimova N.V., Busygina T.V., Merkulova T.I. COMPARISON OF THE RESULTS OF SEARCH FOR THE SF-1 BINDING SITES IN THE PROMOTER REGIONS OF THE STEROIDOGENIC GENES, USING THE SITEGA AND SITECON METHODS // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.69-72.

3.Ishchukov I.M., Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G. A NEW ALGORITHM FOR RECOGNIZING THE OPERON STRUCTURE OF PROKARYOTES // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.73-76.

4.Katokhin A.V., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Yu., Poplavsky A.S., Furman D.P. ANALYSIS OF NUCLEOSOME FORMATION POTENTIAL AND CONFORMATIONAL PROPERTIES OF HUMAN J1-J2 TYPE ALPHA SATELLITE DNA // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.87-90.

5.Khlebodarova T.M., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V. COMPARISON OF THE STRUCTURES OF IN VITRO SELECTED AND NATURAL BINDING SITES OF TRANSCRIPTION FACTORS // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.99-102.

6.Khlebodarova T.M., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Pozdnyakov M.A., Proscura A.L. TRRD_ARTSITE DATABASE: STRUCTURES OF TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.103-106.

7.Kochetov A.V. , Sarai A., Kolchanov N.A. TRANSLATIONAL POLYMORPHISM AS A POTENTIAL SOURCE OF EUKARYOTIC PROTEINS VARIETY // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.107-109.

8.Konstantinov Yu.M., Poplavsky A.S., Orlov Yu.L. ANALYSIS OF PLANT MITOCHONDRIAL GENOME ORGANIZATION: CHARACTERISTICS OF REPEATS AND SEQUENCE COMPLEXITY // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.110-113.

9.Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Busygina T.V., Merkulova T.I. ANALYSIS OF THE CONTEXT FEATURES OF SF-1 BINDING SITE AND DEVELOPMENT OF A CRITERION FOR SF-1 REGULATED GENE RECOGNITION BY THE SITEGA METHOD // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.119-122.

10.Levitsky V.G., Pichueva A.G., Kochetov A.V., Milanesi L. DNA NUCLEOSOME ORGANIZATION OF THE FUNCTIONAL GENES REGIONS AND ITS RELATION TO GENE EXPRESSION LEVEL // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.123-125.

11.Levitsky V.G., Katokhin A.V., Furman D.P. ANALYSIS OF PERIODICITIES IN THE DINUCLEOTIDE CONTEXT OF NUCLEOSOMAL DNA USING THE METHOD PHASE // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.126-129.

12.Levitsky V.G., Proscura A.P., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A.NUCLEOSOME FORMATION POTENTIAL OF THE GENE REGULATORY REGIONS // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.130-133.

13.Mishchenko E.L., Kondrakhin Yu.V., Podkolodnaya O.A. COMPUTER-BASED ANALYSIS AND RECOGNITION OF POTENTIAL IRON-RESPONSIVE ELEMENTS IN 5' AND 3' UTR TRANSCRIPTS OF EUKARYOTIC GENES // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.141-144.

14.Orlov Yu.L., Levitsky V.G. NUCLEOSOME POSITIONING SIGNAL ANALYSIS // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.149-152.

15.Orlov Yu.L., Potapov V.N., Poplavsky A.S. COMPUTER ANALYSIS OF GENOMIC SEQUENCE COMPLEXITY: NEW APPLICATIONS // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.153-157.

16.Orlov Yu.L., Proscura A.L., Vityaev E.E., Arrigo P. CONTEXT FEATURES OF TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE SEQUENCES: RELATION TO DNA-BINDING DOMAIN CLASSIFICATION // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.158-161.

17.Oshchepkov D.Yu., Grigorovich D.A., Ignatieva E.V., Khlebodarova T.M. SITECON: A TOOL FOR TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE RECOGNITION // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.162-165

18.Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V. A DATABASE ON DNA SEQUENCE/ACTIVITY RELATIONSHIPS: APPLICATION TO PHYLOGENETIC FOOTPRINTING // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.166-169.

19.Pozdnyakov M.A., Orlov Yu.L., Vishnevsky O.V., Proscura A.L., Vityaev E.E., Arrigo P.ANALYSIS OF GENE REGULATORY SEQUENCES BY KNOWLEDGE DISCOVERY METHODS // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.170-173

20.Proskura A.L., Oshchepkov D.Yu., Pozdnyakov M.A., Ignatieva E.V. SREBP BINDING SITES: CONTEXT FEATURES AND ANALYSIS OF GENOME DISTRIBUTION BY THE SITECON METHOD // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.174-178

21.Vishnevsky O.V., Ignatieva E.V., Arrigo P. THE ARGO_SITES: AN ANALYSIS AND RECOGNITION OF THE TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES BASED ON SETS OF DEGENERATE OLIGONUCLEOTIDE MOTIFS // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.204-207

22.Afonnikov D.A. PREDICTING CONTACT NUMBERS OF AMINO ACID RESIDUES USING A NEURAL NETWORK MODEL // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.227-230

23.Chelobanov B.P., Ivanisenko V.A.1, Kharkova M.V., Laktionov P.P., Rykova E.Yu., Vlassov V.V. IDENTIFICATION AND ANALYSIS OF CELL SURFACE NUCLEIC ACIDS-BINDING PROTEINS // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.248-251.

24.Ivanisenko V.A., Pintus S.S., Krestyanova M.A., Demenkov P.S., Znobisheva E.K., Ivanov E.E., Grigorovich D.A. PDBSITE, PDBLIGAND AND PDBSITESCAN: A COMPUTATIONAL WORKBENCH FOR THE RECOGNITION OF THE STRUCTURAL AND FUNCTIONAL DETERMINANTS IN ROTEIN TERTIARY STRUCTURES COMBINED WITH PROTEIN DRAFT DOCKING // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.269-273

25.Nikolaev S.V., Afonnikov D.A. INTER-SUBUNIT CONTACTS OF THE PROTEASOMAL ALPHA-SUBUNITS AS DETERMINANTS OF PARALOG GROUPS // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.319-322

26.Nizolenko L.Ph., Bachinsky A.G., Yarygin A.A., Naumochkin A.N., Grigorovich D.A. PROTEIN FAMILY PATTERNS BANK PROF_PAT. CURRENT STATUS // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.323-325

27.Palyanov A.Yu., Krivov S.V., Titov I.I., Karplus M., Chekmarev S.F. PROTEIN FOLDING AND MISFOLDING: A BIFURCATION STUDY OF A LATTICE MODEL // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.326-329

28.Palyanov A.Yu., Titov I.I. STRUCTURAL MEMORY OF A LATTICE PROTEIN // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.330-332

29.Pintus S.S., Ivanisenko V.A. A MOLECULAR MECHANISM FOR THE STRUCTURE-FUNCTIONAL ALTERATIONS IN MUTANT FORMS OF HUMAN P53 PROTEIN // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v. 1, pp.338-342

30.Ananko E.A., Nedosekina E.A., Oshchepkov D.Yu., Lokhova I.V., Likhoshvai V.A EBV INFECTION AND EBV TRANSFORMATION: RECONSTRUCTION OF GENE NETWORKS IN THE GeneNet SYSTEM AND SEARCHING FOR REGULATORY POINTS // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.19-22

31.Fadeev S.I., Gainova I.A., Berezin A.Yu., Ratushny A.V., Matushkin Yu.G., Likhoshvai V.A DETERMINATION OF STATIONARY SOLUTIONS IN GENE NETWORK MODELS BY HOMOTOPY METHOD // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.29-34

32.Fadeev S.I., Osokina V.A., Likhoshvai V.A ABOUT COMPUTATIONAL RESEARCH OF MATHEMATICAL MODELS OF HYPOTHETICAL GENE NETWORKS BY PARAMETER CONTINUATION // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.35-37

33.Golubyatnikov V.P., Volokitin E.P., Osipov A.F., Likhoshvai V.A. HOPF BIFURCATION IN THE GENE NETWORK MODELS // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.46-48

34.Gunbin K.V., Omelyanchuk L.V., Ananko E.A. TWO GENE NETWORKS UNDERLYING THE FORMATION OF THE ANTERIOR-POSTERIOR AND DORSO-VENTRAL WING IMAGINAL DISC COMPARTMENT BOUNDARIES IN DROSOPHILA MELANOGASTER // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.56-59

35.Guryeva Ya.P., Stepanenko I.L., Likhoshvai V.A. MATHEMATICAL MODEL OF THE GENE NETWORK OF TNF?-INDUCED NF-kappaB ACTIVATION // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.64-67

36.Kogai V.V., Fadeev S.I., Likhoshvai V.A. ABOUT NUMERICAL INVESTIGATION OF AUTO-OSCILLATIONS IN HYPOTHETICAL GENE NETWORKS // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.73-76

37.Lashin S.A. , Likhoshvai V.A. EVOLUTIONARY ALGORITHMS FOR MATHEMATICAL MODELS OF GENE NETWORKS IDENTIFICATION // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.81-84

38.Lashin S.A., Likhoshvai V.A. EXPLICIT INTEGRAL METHOD FOR NONLINEAR DYNAMIC MATHEMATICAL MODELS IDENTIFICATION // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.85-87

39.Likhoshvai V.A. ON THE STATIONARY POINTS OF REGULATORY CONTOURS OF GENE NETWORKS // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.92-96

40.Likhoshvai V.A., Demidenko G.V., Fadeev S.I. MODELLING OF SUBSTANCE SYNTHESIS PROCESS WITHOUT BRANCHING BY THE DELAY EQUATION // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.97-100

41.Mironova V.V., Omelianchuk N.A.GENE NETWORK OF THE ARABIDOPSIS DEVELOPING SHOOT MERISTEM AND ITS DESCRIPTION IN THE GENENET COMPUTER SYSTEM // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.101-104

42.Nedosekina E.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A. COMPUTER MODELING OF THE FUNCTION OF TRANSCRIPTION FACTORS DURING MACROPHAGE ACTIVATION // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.105-108

43.Omelyanchuk L.V., Gunbin K.V. AN ELEMENTARY MODULE RECOGNIZING MORPHOGENETIC GRADIENTS IN TISSUES // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.117-120

44.Omelianchuk N.A., Mironova V.V., Poplavsky A.S., Kukeeva Yu.A., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. AGNS: ARABIDOPSIS GENENET SUPPLEMENTARY DATABASE // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.121-124

45.Peshkov I.M., Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G., Fadeev S.I. ON RESEARCH INTO HYPOTHETICAL NETWORKS OF ECOLOGICAL NATURE // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.128-130

46.Vasilenko N.L., Balueva K.E., Likhoshvai V.A., Nevinsky G.A., Matushkin Yu.G. MODELING AND CONSTRUCTION OF MOLECULAR TRIGGER IN E. COLI // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.155-158

47.Vladimirov N.V., Likhoshvai V.A. STOCHASTIC MODEL OF TRANSLATION ELONGATION BASED ON CONTINUOUS TIME MONTE CARLO METHOD// PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.159-162

48.Antyufeev V.S., Nikolaev S.V. A FAST PROCEDURE FOR MODELING OF PROTEASOMAL PROTEIN DEGRADATION IN VITRO // PROCEEDINGS OF THE FOURTH INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS'2004), v.2, pp.257-260

49.Berezikov E., Novikova O., Makarevich I., Lashina V., Plasterk R., Blinov A. Evolutionary relationships and distribution of Non-LTR retrotransposons in eukaryotes. // Forth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure. BGRS' 2004, Novosibirsk, Russia. Vol 2: 181-184

50.Novikova O., Fursov N., Berezikov E., Blinov A. New LTR retrotransposable elements from the eukaryotic genomes.// Forth international conference on bioinformatics of genome regulation and structure. BGRS' 2004, Novosibirsk, Russia. Vol 2: 220-224

51.Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Ignatieva E.V., Kolchanov N.A. (2004) Robustness of intracellular cholesterol content to a wide range of perturbations in the cell. // Abstracts from FEBS special meeting: 45th International Conference on the Bioscience of Lipids, Chemistry and Physics of Lipids, 2004, 130(1), p. 81.

52.Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Ignatieva E.V., Kolchanov N.A. (2004) Robustness of key components of homeostatic gene networks to a wide range of mutations. // The 12th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2004) and 3rd the European Conference on Computational Biology (ECCB 2004), Conference programme, p. 219.

53.Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Ignatieva E.V., Kolchanov N.A. (2004) Robustness of homeostatic gene networks target products to a wide range of mutations and perturbations in the cell. // ISMB 2004 and ECCB 2004 Satellite Meeting, Special Interest Group in Simulations and Modelling, Book of abstracts, p. 29.

54.Golubyatnikov V.P., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V. Oscillatory gene networks modeling and Hopf bifurcation. Proceedings of the 7-th International Conference Human and Computer (HC-2004), September 1-3, 2004, University of Aizu, Japan, 2004, pp.72-77.

55.Eugene Berezikov, Olga Novikova, Irina Makarevitch, Valentina Lashina, Ronald H.A. Plasterk, and Alexander Blinov. Evolutionary Relationships and Distribution of Non-LTR Retrotransposons in Eukaryotes. EMBO workshop. Molecular mechanisms of transposition, its regulation and evolution. 2004, Roscoff, France (oral presentation).

56. Orlov Yu.L., Levitsky V.G. NUCLEOSOME POSITIONING SIGNAL ANALYSIS GENSIPS-2004 Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS), Baltimore, Maryland, USA, May 26-27, 2004 (Посланo в печать)

57. Vityaev E.E., Arrigo P., Kovalerchuk B.K., Pozdnyakov M.A., Orlov Yu.L., Vishnevsky O.V., Proscura A.L. Analysis of Gene Regulatory Sequences by Knowledge Discovery Methods The 2004 International Conference on Mathematics and Engineering Techniques in Medicine and Biological Sciences (METMBS '04) June 21 - 24, 2004 Monte Carlo Resort, Las Vegas, Nevada, USA (Посланo в печать)

58.Потапов В.Н. Аддитивная сложность слов с заданным составом подслов // Материалы XIV Международной школы-семинара "Синтез и сложность управляющих систем". (г.Н.Новгород, 27 октября - 1 ноября 2003 г.). 2003. Н.Новгород: Изд-во Нижегородского гос. пед. университета. С.65-66.

Статьи и доклады в сборниках Всероссийских конференций:

1.Смирнова О.Г.,Степаненко И.Л. Роль негативной регуляции в процессе фотоморфогенеза растений. // Генетика в ХХI веке: современное состояние и перспективы развития, III Съезд ВОГиС, Москва, 6-12 июня 2004. Т.1, стр.276.

2.Ибрагимова С.С., Степаненко И.Л. Гибридная генная сеть симбиотической азотфиксации . // Генетика в ХХI веке: современное состояние и перспективы развития, III Съезд ВОГиС, Москва, 6-12 июня 2004. Т.1, стр.426.

3.Проскура А.Л., Ощепков Д.Ю.,Игнатьева Е.В., Вишневский О.В.,Поздняков М.А., Колчанов Н.А. Выявление генов, регулируемых транскрипционными факторами SREBP, c помощью компьютерных методов SITECON и ARGO // Генетика в ХХI веке: современное состояние и перспективы развития, III Съезд ВОГиС, Москва, 6-12 июня 2004. Т.2, стр. 367.

4.Бусыгина Т.В., Игнатьева Е.В., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г.,Климова Н.В., Васильев Г.В.,Меркулова Т.И., Колчанов Н.А,Осадчук А.В. Исследование сайтов связывания SF1 в регуляторных районах генов 3BETAHSDI и CYP17 мыши. // Генетика в ХХI веке: современное состояние и перспективы развития, III Съезд ВОГиС, Москва, 6-12 июня 2004. Т.2, стр. 321.

5.Колчанов Н.А, Суслов В.В.,Гунбин К.В.Генетические механизмы кодирования биологической сложности и их эволюция. // Генетика в ХХI веке: современное состояние и перспективы развития, III Съезд ВОГиС, Москва, 6-12 июня 2004. Т.2, стр. 310.

6.Поздняков М.А.,Орлов Ю.Л.,Проскура А.Л.,Витяев Е.Е. Компьютерное исследование промоторных районов генов эукариот методами поиска закономерностей и анализа данных. // Генетика в ХХI веке: современное состояние и перспективы развития, III Съезд ВОГиС, Москва, 6-12 июня 2004. Т.2,стр.366.

7.Орлов Ю.Л. .Левицкий В.Г. Компьютерное определение контекстного кода позиционирования нуклеосом. . // Генетика в ХХI веке: современное состояние и перспективы развития, III Съезд ВОГиС, Москва, 6-12 июня 2004. Т.2,стр.365.

8. Орлов Ю.Л Анализ повторов в полных бактериальных геномах. . // Генетика в ХХI веке: современное состояние и перспективы развития, III Съезд ВОГиС, Москва, 6-12 июня 2004. Т.2,стр.364.

9.Левицкий В.Г.,Катохин А.В. Периодические контекстные характеристики нуклеосомной ДНК. . // Генетика в ХХI веке: современное состояние и перспективы развития, III Съезд ВОГиС, Москва, 6-12 июня 2004. Т.2,стр.336.

10.Игнатьева Е.В., Ощепков Д.Ю., Левицкий В.Г., Бусыгина Т.В., Климова Н.В., Васильев Г.В., Меркулова Т.И. Анализ содержания сайтов SF1 в регуляторных районах генов стероидогенеза. III съезд биофизиков России, Воронеж, 24-29 июня 2004 г., Т.2, 767-769.

11.А.Л. Проскура, Д.Ю. Ощепков, Е.В. Игнатьева, М.А. Поздняков, Н.А. Колчанов. Поиск потенциальных сайтов SREBP (SRE типа), с помощью компьютерного метода SITECON. III съезд биофизиков России, Воронеж, 24-29 июня 2004 г., Т.2, 790-791.

12.М.А.Поздняков, Т.В. Бусыгина, А.Л.Проскура, Е.В.Игнатьева Контекстный анализ сайтов связывания SF1 И SREBP. III съезд биофизиков России, Воронеж, 24-29 июня 2004 г., Т.2, 786-787

13.О.В.Вишневский, Т.В. Бусыгина, Е.В.Игнатьева Контекстный анализ сайтов связывания SF1 и его фланкирующих районов c использованием системы ARGO. III съезд биофизиков России, Воронеж, 24-29 июня 2004 г., Т.2, 756-757.

14.Колчанов Н.А., Игнатьева Е.В., Левицкий В.Г., Орлов Ю.Л. Образовательные программы по биоинформатике в НГУ. III Съезд биофизиков России. 24-29 июня 2004 г. Воронеж. Тезисы докладов. Воронежский госуниверситет, 2004, Т.2, с.806-807.

15.Ратушный А.В., Лихошвай В.А. Математическое моделирование и компьютерный анализ гомеостатических генных сетей. // III Съезд биофизиков России, 24-29 июня 2004 г., г.Воронеж, Воронежский госуниверситет, Тезисы докладов, Т.2, с. 794-795.

16.Лашин С.А., Ратушный А.В., Лихошвай В.А. Эволюционные методы идентификации параметров математических моделй генных сетей. // III Съезд биофизиков России, 24-29 июня 2004 г., г.Воронеж, Воронежский госуниверситет, Тезисы докладов, Т.2, с. 771-772.

17.Левицкий В.Г., Орлов Ю.Л. компьютерный анализ сайтов формирования нуклеосом. III Съезд биофизиков России. 24-29 июня 2004 г. Воронеж. Тезисы докладов. Воронежский госуниверситет, 2004, Том II.(VIII.21) с.772-773.

18.Орлов Ю.Л., Морозов А.В., Поплавский А.С., Подколодный Н.Л. Компьютерный анализ прямых и инвертированных повторов в полных геномах. III Съезд биофизиков России. 24-29 июня 2004 г. Воронеж. Тезисы докладов. Воронежский госуниверситет, 2004, Том II.(VIII.32) с.784-786.

19.Поздняков М.А., Проскура А.Л., Шипилов Т.И., Орлов Ю.Л., Витяев Е.Е. Компьютерный анализ контекстной структуры нуклеотидных последовательностей промоторных районов генов эукариот. III Съезд биофизиков России. 24-29 июня 2004 г. Воронеж. Тезисы докладов. Воронежский госуниверситет, 2004, ТомII.(VIII.35) с.788-789.

20.Иванисенко В.А., Пинтус С.С.,Колчанов Н.А. Возникновение нового сайта в белке Р53 в результате мутаций, ассоциированных с опухолевыми заболеваниями. // III Съезд биофизиков России, 24-29 июня 2004 г., г.Воронеж, Воронежский госуниверситет, Тезисы докладов, Т.2, с.767.

21.Ищуков И.М.,Лихошвай В.А.,Матушкин Ю.Г. Компьютерный анализ структуры мРНК генов Escherichia coli. // III Съезд биофизиков России, 24-29 июня 2004 г., г.Воронеж, Воронежский госуниверситет, Тезисы докладов, Т.2, с.770-771.

22.Владимиров Н.В., Лихошвай В.А.,Матушкин Ю.Г. Стохастическая модель элонгации трансляции на основе метода Монте-Карло с непрерывным временем. // III Съезд биофизиков России, 24-29 июня 2004 г., г.Воронеж, Воронежский госуниверситет, Тезисы докладов, Т.2, с.757-758.

23.Гунбин К.В.,Суслов В.В.,Колчанов Н.А. Генетические механизмы кодирования биологической сложности. // III Съезд биофизиков России, 24-29 июня 2004 г., г.Воронеж, Воронежский госуниверситет, Тезисы докладов, Т.2, с. 764-765.

24.Афонников, Д.А. (2004) Предсказание координационных чисел аминокислотных остатков в белках. Материалы III съезда биофизиков России, Воронеж, 23-29 июня 2004 г, ВГУ, т. II, с.753.

25. Афонников Д.А., Воробьев Ю.Н., Иванисенко В.А., Николаев С.В., Титов И.И., Колчанов Н.А. (2004) Курс "Структурная компьютерная биология" на кафедре информационной биологии НГУ. Материалы III съезда биофизиков России, Воронеж, 23-29 июня 2004 г, ВГУ, т. II, с 804-805.

26.В. Николаев, В.С. Антюфеев, Д.А. Афонников. Феноменологическая модель протеасомной деградации белков in vitro. Тезисы докладов. III съезд биофизиков России. 24-29 июня 2004, Воронеж, Воронежский госуниверситет, Тезисы докладов, Т.2, с.74-75.

27.С.В. Николаев, Д.А. Афонников. Межсубъединичные контакты альфа-субъединиц протеасомы как детерминанты паралогичных групп. Тезисы докладов. III съезд биофизиков России. 24-29 июня 2004, Воронеж, Воронежский госуниверситет, Тезисы докладов, Т.2, с.781-782.

28.Ю.Л. Орлов КОМПЬЮТЕРНАЯ РЕАЛИЗАЦИЯ ОЦЕНОК СЛОЖНОСТИ ТЕКСТОВ Российская конференция "Дискретный анализ и исследование операций ". Материалы конференции (Новосибирск, 28 июня--2 июля 2004 г.). Новосибирск: Изд-во Ин-та математики, 2004, стр. 225.

2003

Публикации в монографиях:

1. V.G. Levitsky, A.V. Katokhin, O.A. Podkolodnaya, D.P. Furman Nucleosomal DNA organization: an integrated information system. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N.Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 3-12.

2. D.P. Furman, D.Yu. Oshchepkov, M.A. Pozdnyakov, A.V. Katokhin PROPERTIES OF INSERTION REGIONS OF DROSOPHILA LTR RETROTRANSPOSONS. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp.21-32.

3. O.V. Vishnevsky, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, O.A. Podkolodnaya, I.L. Stepanenko ARGO_VIEWER: A PACKAGE FOR RECOGNITION AND ANALYSIS OF REGULATORY ELEMENTS IN EUKARYOTIC GENES. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp.71-80.

4. E.V. Ignatieva, E.A. Ananko, O.A. Podkolodnaya, I.L. Stepanenko, T.M. Khlebodarova, T.I. Merkulova, M.A. Pozdnyakov, A.L. Proscura, D.A. Grigorovich, N.L. Podkolodny, A.N. Naumochkin, A.G. Romashchenko, N.A. Kolchanov TRANSCRIPTION REGULATORY REGIONS DATABASE (TRRD): DESCRIPTION OF TRANSCRIPTION REGULATION AND THE MAIN CAPABILITIES OF THE DATABASE. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp.81-92.

5. D.Yu. Oshchepkov, I.I. Turnaev, M.A. Pozdnyakov, L. Milanesi, E.E. Vityaev, N.A. Kolchanov SITECON—A TOOL FOR ANALYSIS OF DNA PHYSICOCHEMICAL AND CONFORMATIONAL PROPERTIES: E2F/DP TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITE ANALYSIS AND RECOGNITION. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp.93-102.

6. Yu.G. Matushkin, V.A. Likhoshvai, A.V. Kochetov Local Secondary Structure May Be A Critical Characteristic Influencing Translation Of Unicellular Organisms mRNA.In: "BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE." Ed. by N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 103-114.

7. N.A. Omelyanchuk, D.G. Vorobiev COMPUTER ANALYSIS OF miRNA–mRNA DUPLEXES AND ITS APPLICATION TO PREDICTING POSSIBLE TARGET mRNAS OF ARABIDOPSIS. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp.115-124.

8. Pichueva A.G., Kochetov A.V., Milanesi L., Kondrakhin Yu.V., Kolchanov N.A. (2003) Correlations between sequence features of yeast genes functional regions and the level of expression. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 125 - 132.

9. V.A. Ivanisenko, S.S. Pintus, D.A. Grigorovich, L.N. Ivanisenko, V.A. Debelov, A.M. Matsokin PDBSITESCAN: A PROGRAM SEARCHING FOR FUNCTIONAL SITES IN PROTEIN 3D STRUCTURES. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 185-192.

10. I.I. Titov, A.Yu. Palyanov A GENETIC ALGORITHM FOR THE INVERSE FOLDING OF RNA In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 193-202.

11. O.V. Vishnevsky, I.V. Avdeeva, A.V. Kochetov STUDY OF THE SPECIFIC CONTEXTUAL FEATURES OF TRANSLATION INITIATION AND TERMINATION SITES IN SACCHAROMYCES CEREVISIAE. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer AcademicPublishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 213-222.

12. D.A. Afonnikov CONTRIBUTION OF COORDINATED SUBSTITUTIONS TO THE CONSTANCY OF PHYSICOCHEMICAL PROPERTIES OF ATP-BINDING LOOP IN PROTEIN KINASES. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 223-230.

13. V.A. Likhoshvai, Yu.G. Matushkin SPORADIC EMERGENCE OF LATENT PHENOTYPE DURING EVOLUTION. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 231-244.

14. E.A. Ananko, K.A. Loktev, N.L. Podkolodny DEVELOPMENT AND ANALYSIS OF MODELS OF GENETIC AND METABOLIC NETWORKS AND SIGNAL TRANSDUCTION PATHWAYS IN THE GENENET SYSTEM. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer AcademicPublishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 265-272.

15. I.I. Turnaev, D.Yu. Oshchepkov, O.A. Podkolodnaya EXTENSION OF CELL CYCLE GENE NETWORK DESCRIPTION BASED ON PREDICTION OF POTENTIAL BINDING SITES FOR E2F TRANSCRIPTION FACTOR. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 273-282.

16. E.A. Nedosekina, E.A. Ananko, L. Milanesi, V.A. Likhoshvai, N.A. Kolchanov. Mathematical simulation of dynamics of macrophage gene network activated by lipopolysaccharides and/or interferon-gamma. In: Bioinformatics of genome regulation and structure. Ed. by N. Kolchanov and R. Hofestaedt, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London, 2004, pp. 283-293.

17. A.V. Ratushny, E.V. Ignatieva, V.A. Likhoshvai COMPUTER DYNAMIC MODELING OF THE GENE NETWORK CONTROLLING INTRACELLULAR CHOLESTEROL HOMEOSTASIS. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London,2004, pp.293-300.

18. V.A. Likhoshvai, S.I. Fadeev, Yu.G. Matushkin THE GLOBAL OPERATION MODES OF GENE NETWORKS DETERMINED BY THE STRUCTURE OF NEGATIVE FEEDBACKS. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London,2004, pp.319-330.

19. Yu.V. Kondrakhin, O.A. Podkolodnaya, A.V. Kochetov, G.N. Erokhin, N.A. Kolchanov STATISTICAL ANALYSIS OF MICROARRAY DATA: IDENTIFICATION AND CLASSIFICATION OF YEAST CELL CYCLE GENES. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London,2004, pp.331-3?.

20. Yu.V. Kondrakhin, I.B. Rogozin, T.M. Naykova, N.S. Yudin, M.I. Voevoda, A.G. Romashchenko TYPE-SPECIFIC FEATURES OF THE STRUCTURE OF THE tRNA GENE PROMOTERS. In: BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE. Ed. By N.KOLCHANOV and R. HOFESTAEDT, Kluwer Academic Publishers, Boston/Dordrecht/London,2004, pp.47-60.

21. N.A. Kolchanov, M.A. Pozdnyakov, Y.L. Orlov, O.V. Vishnevsky, N.L. Podkolodny, E.E. Vityaev and B. Kovalerchuk. Computer System "Gene Discovery" for Promoter Structure Analysis. In: Artificial Intelligence and Heuristic Methods in Bioinformatics. Eds.: P. Frasconi and R. Shamir, IOS Press, 2003, P.173-192.

22. Ratushny AV, Likhoshvai VA, Ignatieva EV, Kolchanov NA. Resilience of Cholesterol Concentration to a Wide Range of Mutations in the Cell. ComPlexUs, Modelling and Understanding Functional Interactions in Life Science, Karger publisher (in press).

Публикации в зарубежных журналах:

1. Smirnova OG, Stepanenko IL. Application of filter technology in photomorphogenesis gene network. In Silico Biol. 2003;3(1-2):117-25. Epub 2003 Feb 26.

2.. Kolchanov N.A., Hofestaedt R. The 3rd International conference on bioinformatics og genome regulation and structure (BGRS’2002). Preface. // In Silico Biology, 2003, v. 3, No. 1-2, pp.1-2.

3. V.A. Ternovoi, G.P. Kurzhukov, Y.V. Sokolov, G.Y. Ivanov, V.A. Ivanisenko, A.V. Loktev, R.W. Ryder, S.V. Netesov, and V.B. Loktev. Tick-Borne Encephalitis with Hemorrhagic Syndrome, Novosibirsk Region, Russia, 1999. // Emerg Infect Dis., 2003, V. 9, P. 743-746. (http://www.cdc.gov/ncidod/EID/vol9no6/03-0007.htm)

4. Kochetov A.V., Kolchanov N.A., Sarai A. Interrelations between the "strength" of translation start site and the sequence features of yeast mRNAs // Molecular Genetics & Genomics. 2003 (in press).

5. .Irina Stepanenko, Nikolay Kolchanov Apoptosis Gene Network: description in the GeneNet and TRRD databases Ann.N.Y.Acad.Sci.,(2003)
( Принято для публикации в Annals of the New York Academy of Sciences. Но страниц пока нет)

6. N. G. Zagoruiko, N. A. Kolchanov, A. G. Pichueva, O. A. Kutnenko, I. A. Borisova, A. V. Kochetov, V. A. Ivanisenko, S. V. Nikolaev, V. A. Likhoshvai, and A. V. Ratushnyi. Data Mining Techniques in Bioinformatics. Pattern Recognition and Image Analysis, Vol. 13, No. 4, 2003, pp. 550-555.

7. .Levitsky V.G., Katokhin A.V. Recognition of eukaryotic promoters using a genetic algorithm based on iterative discriminant analysis. In Silico Biol. 2003, 3, 0008. http://www.bioinfo.de/isb/2003/03/0008/

8. A. D. Logvinenko, W. Byth, E. E. Vityaev. In search of an elusive hard threshold: a test of observer's ability to order sub-threshold stimuli. Vision Research, Volume 44, Issue 3, February 2004, Pages 287-296.

Публикации в отечественных журналах:

1. Н.А.Колчанов, В.В.Суслов, В.К.Шумный. Молекулярная эволюция генетических систем. // Палеонтологический журнал, 2003, N 6, С. 58-71.

2. А. В. Ратушный, В. А. Лихошвай, Е. В. Игнатьева, Ю. Г. Матушкин, И. И. Горянин, Н. А. Колчанов. Компьютерная модель генной сети регуляции биосинтеза холестерина в клетке: анализ влияния мутаций. //Доклады Академии Наук, 2003, Том 389, N 2, С. 259-262. (2а. A. V. Ratushnyi, V. A. Likhoshvai, E. V. Ignat'eva, Yu. G. Matushkin, I.I. Goryanin, and N. A. Kolchanov. A Computer Model of the Gene Network of the Cholesterol Biosynthesis Regulation in the Cell: Analysis of the Effect of Mutations. // Doklady Biochemistry and Biophysics, Vol. 389, 2003, pp. 90-93. Translated from Doklady Akademii Nauk, Vol. 389, No. 2, 2003, pp. 259-262.)

3.Бусыгина Т.В., Игнатьева Е.В., Осадчук А.В. Консенсус сайта связывания транскрипционного фактора SF-1 и его потенциальные сайты в 5'-фланкирующих районах генов ферментов стероидогенеза 3bHSDI и Cyp17 мыши Биохимия, 2003, том 68, вып.4, С.467-476.

4.Бусыгина Т.В., Игнатьева Е.В., Осадчук А.В. Регуляция транскрипции генов, контролирующих биосинтез стероидных гормонов: описание в базе данных ES-TRRD. Успехи современной биологии. 2003, том 123, 4, С.364-382.

5. . ИНТЕГРИРОВАННАЯ КОМПЬЮТЕРНАЯ СИСТЕМА ПО РЕГУЛЯЦИИ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ ЭУКАРИОТ
Н. А. Колчанов, О. А Подколодная, Е. А. Ананько, Д. А. Афонников, О. В. Вишневский, Д. В. Воробьев, Е. В. Игнатьева, В. Г. Левицкий, В. А. Лихошвай, Н.А.Омельянчук,Н. Л. Подколодный, А. В. Ратушный Молекулярная биология 2004,38,1,(принято в печать).

6. ДЕЛЕЦИОННЫЙ ПОЛИМОРФИЗМ 11-ГО ИНТРОНА ГЕНА c-fms ЧЕЛОВЕКА: ЧАСТОТЫ АЛЛЕЛЕЙ В НЕКОТОРЫХ ПОПУЛЯЦИЯХ РОССИИ И ВОЗМОЖНАЯ ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ ЗНАЧИМОСТЬ.
Кузнецова Т.Н.1, Воевода М.И. 1,2, Подколодная О.А.1, Куликов И.В. 2, Кобзев В.Ф. 1, Устинов С.Н.2, Малютина С.К.2, Логвиненко Н.И.3, Журавская Э.Я.2, Чердынцева Н.В.4, Туманов Ю.В.6, Морозова О.А.5, Баум В.А.2, Ромащенко А.Г1. "Генетика" (принято в печать).

7. С.И.Фадеев, В.А.Лихошвай. О гипотетических генных сетях. // Сибирский журнал индустриальной математики, т. 6, N 3(15), (2003), c.c. 134-153.

8. Лихошвай В.А, Матушкин Ю.Г., Фадеев С.И.// Задачи теории функционирования генных сетей. Сибирский журнал индустриальной математики, 2003, , Том 6, № 2(14), С. 64-80.

9. Лихошвай В.А., Фадеев С.И., Демиденко Г.В., Матушкин Ю.Г.Моделирование многостадийного синтеза вещества без ветвления уравнением с запаздывающим аргументом // Сибирский журнал индустриальной математики, в печати.

Статьи и доклады в сборниках международных конференций:

1. . Stepanenko I.L. Gene Network of Apoptosis. Proc. APOPTOSIS 2003 From signaling pathways to therapeutic tools. Luxembourg. 2003. P. 566.

2. V.Golubyatnikov, V.Likhoshvai, S.Fadeev, Yu.Matushkin, A.Ratushny, N.Kolchanov Mathematical and Computer modeling of genetic networks. //Proceedings of the 6-th International Conference Human and Computer (HC-2003), August 28-30, 2003, University of Aizu, Japan, 2003, pp. 200 - 205.

3. Latypov A.F., Nikulichev Yu.V., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A. Problems of Control of Gene Networks in a Space of Stable States. //Proc. IFAC Workshop "Modelling and Analysis of Logic Controlled Dynamic Systems", Irkutsk, Russia, 2003, p.251-266.

4. Palyanov A. Yu., Titov I. I. - RNA Design: Artificial Constructions and Structural Code Research // Proc. Int. Conf. “Targeting RNA: Artificial Ribonucleases, Conformational Traps and RNA interference’2003”

5. Н.Г. Загоруйко, А.Г. Пичуева, О.А. Кутненко, И.А. Борисова, А.В. Кочетов, В.А. Иванисенко, С.В. Николаев, В.А. Лихошвай, А.В. Ратушный, Н.А, Колчанов. Информационные технологии в генетике. Труды Международной конференции "Информационные системы и технологии" ИСТ'2003, т. 3, стр. 136 - 139, Новосибирск, 2003 г.

6. . A.L. Proscura, V.G. Levitsky, D.Yu. Oshchepkov, M.A. Pozdnyakov, E.V., Ignatieva, N.A. Kolchanov Expression of lipid metabolism genes: description in TRRD database and computer-assisted analysis. // Proceednings of the First International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB’2003), Moscow, Russia, July 22-25, 2003 pp. 194-195.

7. Afonnikov,D.A., Nikolaev,S.V., Ivanisenko,V.A., Kolchanov,N.A. Сlassification of local spatial environment of amino acid residues by physicochemical characteristics in transcription factor DNA-binding domains, In: Proceedeings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology, MCCMB'03, Moscow, Russia, 2003, pp 17-18.

8. A. Yu. Palyanov, I. I. Titov - Computational Evolution for Biopolymer Structure Design. // Proc. Int. Moscow Conf. on Computational Biology (MCCMB’03), p. 180-181.

9. Pichueva A.G., Kochetov A.V., Kondrakhin Yu.V., Kolchanov N.A. (2003) Relationship between the contextual features of yeast core promoter and the level of gene expression. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCM'03. Moscow. - p. 187.

10. D. Yu. Oshchepkov, I.I. Turnaev, and E.E. Vityaev, SITECON: A method for recognizing transcription factor binding sites basing on analysis of their conservative physicochemical and conformational properties (2003) // Proceednings of the First International Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB’2003), pp 178-179.

11. Nedosekina E.A., Likhoshvai V.A., Ananko E.A. Signaling in macrophage activation gene network: data accumulation and computer modeling. Proceeding of Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'03), pp.159-160.

12. Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A., Borisova I.A., Zagoruiko N.G. Computer analysis of mutations and evolution of gene networks. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow, Russia, July 22-25, 2003, pp. 198-199.

13.Furman D.P., Katokhin A.V., V.G. Levitsky. Periodic context features of human alpha satellite DNA related to its nucleosomal organization. // Proceedings of the Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'03), p. 71-72.

14. Kolchanov N.A., Likhoshvai V.A., Ananko E.A., Stepanenko I.L.,Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Ratushny A.V., Nedosekina E.A., Podkolodny N.L.GeneNet Discovery: Gene networks reconstruction,analysis and modeling. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Moscow, Russia, July 22-25, 2003, pp. 109-111.

15.Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Borisova I.A., Zagoruiko N.G., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A. Theoretical study of mutations and evolution of gene networks. Proceedings of the European Conference on Computational Biology in conjunction with the French National Conference on Bioinformatics (JOBIM 2003), Paris, France, September 27-30, 2003, pp. 579-580.

16.Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A. Computer dynamic modeling and theoretical investigation of homeostatic and developmental gene networks. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, October 12-14, 2003, Neuherberg/Garching near Munich.

17. А. Ю. Пальянов - Дизайн и кинетика решеточных белков. // МАТЕРИАЛЫ XLI МЕЖДУНАРОДНОЙ НАУЧНОЙ СТУДЕНЧЕСКОЙ КОНФЕРЕНЦИИ (МНСК 2003), секция ФИЗИКА, стр. 54.

18. Колчанов Н.А, Омельянчук Н.А., Кочетов А.В., Степаненко И.Л., Ибрагимова С.С., Смирнова О.Г., Воробьев Д.Г., Шумный В.К. Математическое моделирование экспрессии генов у растений.// II Московский международный Конгресс «Биотехнология:состояние и перспективы развития», Москва,Россия, 10-14 ноября 2003,стр.161.

19. A.V. Ratushny, V.A. Likhoshvai, Y.G. Matushkin, N.A.. Kolchanov. Theoretical analysis of mutations and evolution of gene networks. http://www.iscb.org/ismb2003/cgi-bin/posterabstracts.cgi#Systems%20Biology.

20.Valuev V.P.,Afonnikov D.A.,Ponomarenko M.P. ASPD (Artificially Selected Proteins/Peptides Database)- a resource of proteins and peptides evolved through phage display technique. Proceedings of the Seventh Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, RECOMB 2003,April 10-13, Berlin,Germany, pp327-328.

21. Vityaev E.E., Khomicheva I.V., Goodman's paradox generalizations. Proceedings of the 12th International Congress of Logic Methodology and Philosophy of Science, (12 International Congress of Logic, Methodology and Philosophy of Science Oviedo (Spain), August 7-13 2003), 2003, pp.146-147.

Статьи и доклады в сборниках Всероссийских конференций:

1. Д.О.Брюхов, В.Н.Захаров, Л.А.Калиниченко, С.А.Ступников, Н.Л.Подколодный Персонализация предметного посредника в области регуляции экспрессии генов // Пятая Всероссийская научная конференция Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции. RCDL'2003. 29-31 октября 2003 г.

2. . Матушкин Ю.Г., В.А. Лихошвай, А.В. Кочетов. Зависимость эффективности экспрессии генов в одноклеточных организмах от этапов элонгации трансляции и контекста района старта трансляции. Материалы 2-й конференции «Актуальные проблемы генетики», Москва, 20-21 февраля 2003 г. Москва, издательство МСХА 2003, т.2, сс.218-220.

3. Михиенко Е.В., Витяев Е.Е. Моделирование работы функциональной системы. Нейроинфо-рматика и ее приложения (Материалы ХI Всероссийского семинара Нейроинформатика и ее приложения, 3-5 окт. 2003), Красноярск, 2003, стр.

Статьи и доклады в сборниках региональных конференций:

1.Витяев Е. Е., Харламов Е. Ю., Формализация понятия предсказания // Вероятностные идеи в науке и философии, материалы региональной конференции, Новосибирск, 2003, стр. 79-82

2. Vityaev E., Khomicheva I, Stating of induction problem using second level laws of nature // Вероятностные идеи в науке и философии, материалы региональной конференции, Новосибирск, 2003, стр. 72-86

3. Vityaev E., Demenkov P., Empirical Theory Discovery, Вероятностные идеи в науке и философии, материалы региональной конференции, Новосибирск, 2003, стр. 86-89. (Vityaev E., Demenkov P., Empirical Theory Discovery. In: Probabilistic ideas in science and philosophy (Proceedings of the reagion conference, Novosibirsk, 23-26 sept., 2003), Novosibirsk, 2003, стр. 86-89).

2002

Публикации в иностранных журналах:

Ananko EA, Podkolodny NL, Stepanenko IL, Ignatieva EV, Podkolodnaya OA, Kolchanov NA. GeneNet: a database on structure and functional organization of gene networks. Nucleic Acids Research, 2002, 30, N1:398-401.

Kolchanov NA, Ignatieva EV, Ananko EA, Podkolodnaya OA, Stepanenko IL, Merkulova TI, Pozdnyakov MA, Podkolodny NL, Naumochkin AN, Romashchenko AG. Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002. Nucleic Acids Research, 2002, 30, N1:312-317.

Kolchanov NA, Nedosekina EA, Ananko EA, Likhoshvai VA, Podkolodny NL, Ratushny AV, Stepanenko IL, Podkolodnaya OA, Ignatieva EV, Matushkin YuG. GeneNet Database: Description and Modeling of Gene Networks. In Silico Biology, 2002, 2:97-110.

Kutsenko AS, Gizatullin RZ, Al-Amin A.N., Wang F, Kvasha SM, Podowski RM, Matushkin YuG, Gyanchandani A, Muravenko OV, Levitsky VG, Kolchanov NA, Protopopov AI, Kashuba VI, Kisselev LL, Wasserman W, Wahlestedt C, Zabarovsky ER. NotI flanking sequences: a tool for gene discovery and verification of the human genome. Nucleic Acids Research, 2002, 30, N14:3163-3170.

Valuev VP, Afonnikov D.A, Ponomarenko M.P, Milanesi L, Kolchanov NA. ASPD (Artificial Selected Proteins/Peptides Database): a database of proteins and peptides evolved in vitro. Nucleic Acids Research, 2002, 30, N1:200-202.

Vityaev EE, Orlov YuL, Vishnevsky OV, Pozdnyakov MA, Kolchanov NA. Computer system "Gene Discovery" for promoter structure analysis. In Silico Biology 2 (Bioinformation Systems e.V.), 2002, 0024:(http://www.bioinfo.de/isb/2002/02/0024/ ).

Orlov YuL, Filippov VP, Potapov VN, Kolchanov NA. Construction of stochastic context trees for genetic texts. In Silico Biology,2, (Bioinformation Systems e.V.), 2002,0022: (:( http://www.bioinfo.de/isb/2002/02/0022/ ).

Ponomarenko JV, Orlova GV, Frolov AS, Gelfand MS, Ponomarenko MP. Related Articles, Links SELEX_DB: a database on in vitro selected oligomers adapted for recognizing natural sites and for analyzing both SNPs and site-directed mutagenesis data. Nucleic Acids Research, 2002, Jan 1;30(1):195-9.

Ponomarenko JV, Orlova GV, Merkulova TI, Gorshkova EV, Fokin ON, Vasiliev GV, Frolov AS, Ponomarenko MP. rSNP_Guide: An integrated database-tools system for studying SNPs and site-directed mutations in transcription factor binding sites. Hum Mutat. 2002, 20(4):239-48.

Hofestadt R, Kolchanov N,Reinitz J. Information and Simulation Systems for the Analysis of Gene Regulation and Metabolic Pathways. In Silico Biology, 2002, 2:35-36.

Ponomarenko J, Merculova T, Orlova G, Fokin O, Gorshkov E, Ponomarenko M. Mining DNA seguences to predict sites which mutations cause genetic diseases. Knowledge-Based Systems, 2002, 15:225-233.

Публикации в Российских журналах:

Хлебодарова ТМ. Как клетки защищаются от стресса? Генетика, 2002, 38, N4:437-452.

Голубятников ВП, Лихошвай ВА. Одномерная модель развития популяции земноводных. Сибирский журнал индустриальной математики, 2002, V, N1(10):53-60.

Титов ИИ, Воробьев ДГ, Иванисенко ВА, Колчанов НА. Быстрый генетический алгоритм для анализа вторичной структуры РНК. Известия Академии Наук. Серия химическая, 2002, N7:1047-1056.

Кочетов А.В., Sarai A., Воробьев Д.Г., Колчанов Н.А. Контекстная организация функциональных районов генов с высоким уровнем экспрессии у дрожжей. // Молекулярная биология, 2002,Т.36, №6, С.1026-1034.

Публикации в сборниках трудов международных конференции:

Ratushny A.V., Lihoshvai V.A., Ignatieva E.V., Matushkin U.G., Kolchanov N.A. Computer Modeling of gene Network: the Action of Mutations. // In: Molecular Genetics, Biophysics, and Medicine To-day (Bresler Memorial Lectures) ed. V.A. Lanzov, PNPI Press, ST. Petersburg, Gatchina, 2002, pp.169-184.

Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Matushkin Y.G., Kolchanov N.A. Computer dynamic modeling of gene networks and the analysis of the action of mutations. // ISMB Satellite Meeting on Computer Modeling of Cellular Processes, special Interest Group for Biological simulation, Book of abstracts, p. 2.

Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Ignatieva E.V., Kolchanov N.A. Analysis of the influence of mutations in the gene network regulating cholesterol synthesis in the cell. // Abstracts from the 43rd International Conference on the Bioscience of Lipids - September 11-14, Graz, Austria, Chemistry and Physics of Lipids 118 (1-2), pp. 61 - 62.

Vityaev E.E., Orlov Yu.L., Pozdnyakov M.A., Vishnevsky O.V., Kolchanov N.A., Kovalerchuk B.K. Knowledge Discovery for Promoter Structure Analysis // In: Proceedings of the International Conference on Imaging Science, Systems, and Technology Eds.: Hamid R. Arabnia, Youngsong Mun, Las Vegas, Nevada, USA, June 24-27, 2002, CSREA Press, v.1, 122-128.

Golubyatnikov V.P., Likhoshvai V.A. On modeling amphibious population evolution // School of Mathimatical and Information Sciences, The University of Auckland, 2002, Series 480, p.1-10.

Книги:

Kolchanov N.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Ratushny A.V., Matushkin Yu.G. Gene Networks Description and Modelling in the GeneNet System. // In: "Gene Regulation and Metabolism: Post-Genomic Computational Approaches" eds. Collado-Vides J. and Hofestadt R. MIT Press (Book chapter), 2002, pp.149-180.

Публикации в сборниках трудов Всероссийских конференций:

Витяев ЕЕ, Орлов ЮЛ, Поздняков МА, Левицкий ВГ, Вишневский ОВ, Подколодный НЛ, Колчанов НА. Компьютерная система "Gene Discovery" для поиска закономерностей и представления знаний по регуляции генной экспрессии в интегрированной электронной библиотеке GeneExpress. Вторая Всероссийская научная конференция "Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции", Дубна, 2002:84-93.

Подколодный НЛ, Локтев КА, Ткачев ЮА, Ананько ЕА, Колчанов НА. Электронная библиотека по структурно-функциональной организации генных сетей: система визуального моделирования. Вторая Всероссийская научная конференция "Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции", Дубна, 2002:263-271.

Калиниченко ЛФ, Брюхов ДО, Захаров ВН, Подколодная ОА, Подколодный НЛ. Проблемы создания предметного посредника для регуляции экспрессии генов. Вторая Всероссийская научная конференция "Электронные библиотеки: перспективные методы и технологии, электронные коллекции", Дубна, 2002:94-102.

Игнатьева Е.В., Бусыгина Т.В., Суслов В.В., Хлебодарова Т.М., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Меркулова Т.И., Меркулов В.М., Колчанов Н.А. ES-TRRD -База данных по регуляции транскрипции генов эндокринной системы // Тезисы Второй научной конференции с международным участием, посвященной 80-летию со дня рождения профессора М. Г. Колпакова. Россия, Новосибирск, 15-17 октября 2002, С.59.

Суслов В.В., Витяев Е.Е., Игнатьева Е.В., Колчанов Н.А. Интерпретация генных сетей эндокринной системы в рамках теории функциональных систем Анохина // Тезисы Второй научной конференции с международным участием, посвященной 80-летию со дня рождения профессора М. Г. Колпакова. Россия, Новосибирск, 15-17 октября 2002, С.151.

Суслов В.В., Игнатьева Е.В., Колчанов Н.А. Молекулярно-генетические механизмы регуляции уровня тиреоидных (Т3, Т4) гормонов: представление в базе данных GeneNet // Тезисы Второй научной конференции с международным участием, посвященной 80-летию со дня рождения профессора М. Г. Колпакова. Россия, Новосибирск, 15-17 октября 2002, С.152.

BGRS-2002

Ignatieva E.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Pozdnyakov M.A., Podkolodny N.L., Naumochkin A.N., Romashchenko A.G., Kolchanov N.A. Transcription regulatory regions database (TRRD): its status in 2002 // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v. 1, pp. 10-13.

Brunk B., Crabtree J., Diskin S., Mazzarelli J., Zigouras N., Alkalaeva E., Bogdanova V., Trifonoff V., Vorobjeva N., Katokhin A., Kolchanov N., Stoeckert C. Manual annotation of the human and mouse gene index: WWW.ALLGENES.ORG // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v. 1, pp.182-184.

Ananko E.A., Podkolodny N.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Kolchanov N.A. GENENET SYSTEM: ITS STATUS IN 2002 // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v. 2, pp.70-73.

Kolchanov N.A., Podkolodny N.L., Likhoshvai V.A., Loktev K.A., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Nedosekina E.A., Matushkin Yu.G., Ratushny A.V., Tkachev Yu.A., Borisova I.A., Zagoruiko N.G., Dobrynin A.A., Makarov L.I., Fadeev S.I., Gainova I.A., Latypov A.F., Nikulichev Yu.V. Computer systemic biology: informational and software toolsfor complex molecular biological systems // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v. 2, pp. 140-142.

Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Kolchanov N.A. Analysis of mutational portraits of gene networks // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v. 2, pp. 157-159.

Ratushny A.V., Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A. Evolution of diploid gene network of cholesterol biosynthesis regulation in a cell // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v. 2, pp. 160-162.

Borisova I.A., Zagoruiko N.G., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Kolchanov N.A. Diagnostics of mutations based on analysis of gene networks // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.2, pp.163-165.

Latypov A.F., Nikulichev Yu.V., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A. Problems of control of gene networks in a space of stable states // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.2, pp.195-198.

Latypov A.F., Nikulichev Yu.V., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A. A method of solving problems of optimal control in dinamics of gene networks // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.2, pp. 199-202.

Kochetov A.V., Sarai A., Grigorovich D.A., Kolchanov N.A. Database on mRNA-located eucariotic translational signals // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp. 40-42.

Titov I.I., Kochetov A.V., Kolchanov N.A., Sarai A. Computer analysis of mRNA untranslated regions of hypoxia-induced corn genes // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp. 46-48.

Kochetov A.V., Kolchanov N.A., Sarai A. Unoptimal translation start site correlates with increased content of in-frame downstream AUG codons at the beginning of CDS of eukaryotic mRNAS // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp.52-54.

Nikolaev S.V., Afonnikov D.A., Ivanisenko V.A., Bazhan S.I., Kolchanov N.A. Comparison of methods for predicting proteasome cleavage motifs // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp. 108-111.

Nikolaev S.V., Ivanisenko V.A., Afonnikov D.A., Bazhan S.I., Kolchanov N.A. An index for estimating the efficiency of antigenic epitope generation during proteasomal proteolysis // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp.112-114.

Afonnikov D.A., Ivanisenko V.A., Grigorovich D.A., Valuev V.P., Nikolaev S.V., Kolchanov N.A. Resources for the analysis of protein sequences and structures in the GENEEXPRESS system // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp.138-140.

Ivanisenko V.A., Grigorovich D.A., Kolchanov N.A. PDBSITE: A database on protein active sites and their environment // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp.145-148.

Ivanisenko V.A., Debelov V.A., Pintus S.S., Matsokin A.M., Nikolaev S.V., Grigorovich D.A., Kolchanov N.A. PDBSITESCAN: A tool for search for the best-matching superposition in the database PDBSITE // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp.149-152.

Likhoshvai V.A., Kochetov A.V., Matushkin Yu.G., Kolchanov N.A. Structural features of mRNA region at the translation start site // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp. 55-57.

Zagoruiko N.G., Pichueva A.G., Kutnenko O.A., Borisova I.A., Kochetov A.V., Ivanisenko V.A., Nikolaev S.V., Likhochvai V.A., Ratushny A.V., Kolchanov N.A. Application of the method of intellectual data analysis to solving the problems of bioinformatics // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp. 204-207.

Kolchanov N.A., Valishev A.I., Popova N.A. On specialization "BIOINFORMATICS" in the Novosibirsk State University and High College of informatics of Novosibirsk State University // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp.220-221.

Kolchanov N.А., Podkolodny N.L., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Lavryushev S.V., Grigorovich D.A., Kochetov A.V., Orlova G.V., Titov I.I., Vishnevsky О.V.,Orlov Yu.L, Ivanisenko V.A., Vorobiev D.G., Oschepkov D.Yu., Omel'yanchuk N.A., Pozdnyakov M.A., Afonnikov D.A., Matushkin Yu.G., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Katokhin A.V., Turnaev I.I., Proskura A.L., Suslov V.V., Nedosekina E.A. GENEEXPRESS - 2002: an integrated system on gene expression regulation // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp. 232-234.

Matushkin Yu.G., Levitsky V.G. , Likhoshvai V.A., Vishnevsky O.V., Kutsenko A.S., Protopopov A.I. , Zabarovsky E.R. Kolchanov N.A. Analysis of the secondary structure and nucleosomal potential of not i sites of the human genome // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp. 235-239.

Vityaev E.E., Pozdnyakov M.A.,Orlov Yu.L., Vishnevsky O.V., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Gene Discovery computer system for analysis of regulatory regions // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp. 257-259.

Pozdnyakov M.A., Vityaev E.E., Ananko E.A., Busygina T.V., Ignatieva E.V., Proskura A.L., Podkolodnaya O.A., Podkolodny N.L., Merkulova T.I., Kolchanov N.A. Detection of the core structure of transcription factor binding sites // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp. 251-254.

Vityaev Е.E., Kostin V.S., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A. Natural classification of nucleotide sequences // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp. 197-199.

Vishnevsky O.V., Avdeeva I.V., Kolchanov N.A. Study of the specific contextual features of translation initiation and termination regions in eucariotes // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.3, pp. 72-76.

Stepanenko I.L., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A. Gene networks: principles of organization and mechanisms of operation and integration // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v. 2, pp.109-113.

Levitsky V.G., Ignatieva E.V., Proscura A.L., Pozdnyakov M.A., Busygina T.V. Recognition of binding sites for the transcription factors SREBP, PPAR, HNF4, COUP-TF, and SF-1 by a genetic algorithm based on iterative discriminant analysis // Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, 2002, V.I, P. 51-54.

Levitsky V.G. Katokhin A.V., Lavryushev S.V. Recognition of eukaryotic promoters using genetic algorithm based on iterative discriminant analysis // Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, 2002, V.I, P.72-76.

Levitsky V.G., Podkolodny N.A. Analysis of the nucleosome potential of DNA sequences generated by SELEX-experiments and possessing by the low and high affinity to histone octamer. // Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, 2002, V.I, P.158-160.

Turnaev I.I., Podkolodnaya О.А. (2002). GENE NETWORK ON CELL CYCLE CONTROL. // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002). V. 2. P. 95-98.

Vishnevsky O.V., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Vityaev E.E. ARGO_VIEWER: a system for recognition and analysis of gene regulatoryelements in eukaryotes // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.1, pp. 62-64.

Ibragimova, S.S., Smirnova, O.G., Shavrukov, Yu.N., and Stepanenko, I.L. (2002). A hybrid network of nitrogen-fixing nodules: intergenomic interactions of bacteria and host plant. Proc. III Intern. Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002). 2002. V.2. 106-108

Kudryavtseva, A.N. and Stepanenko, I.L. Gene network of glutathione homeostasis: a response to oxidative stress. // Proc. III Intern. Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002). 2002. V.2. 78-80.

Smirnova, O.G., Ibragimova, S.S., Shavrukov, Yu.N., and Stepanenko, I.L. Negative regulation of plant photomorphogenesis. // Proc. III Intern. Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002). 2002. V.2. 102-105.

Stepanenko I.L., and Grigor'ev, S.A. Organization of the gene network of apoptosis. // Proc. III Intern. Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002. V.2. 89-91.

Orlov Yu.L., Potapov V.N., Filippov V.P. Recognizing functional DNA sites and segmenting genomes using the program "Complexity" // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), Novosibirsk, Vol.3, p.243-246.

Orlov Yu.L., Gusev V.D., Nemytikova L.A. Software package LZcomposer: analysis of occurence of repeats in complete genomes. // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), Novosibirsk, Vol.3, p.247-250.

Gusev V.D., Nemytikova L.A., Orlov Yu.L., Filippov V.P. Internet-available software system LZcomposer for analysis of genome sequence structure on the basis of complexity decompositions // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), Novosibirsk, Vol. 3, p.260-263.

Ratushny A.V., Likhoshvai V.A. Computer analysis of the effects of mutations in LDL receptor gene on the regulation of cholesterol biosynthesis in the cell. // Proc. of the 3rd Intern. Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, Russia, Vol. 2, 150-153.

Likhoshvai V.A., Latypov A.F., Nedosekina E.A., Ratushny A.V., Podkolodny N.L. Technology of using experimental data for verification of models of gene network operation dynamics. // Proc. of the 3rd Intern. Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, Russia, Vol. 2, 146-149.

Fadeev S.I., Berezin A.Yu., Gainova I.A., Kogai V.V., Ratushny A.V., Likhoshvai V.A. Development of the program software for mathematic modeling of the gene network dynamics. // Proc. of the 3rd Intern. Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, Russia, Vol. 2, 173-175.

Nedosekina E. A., Ananko E. A., Likhoshvai V.A. Construction of mathematical model of the gene network on macrophage activation under the action of INF-g and LPS // Proceeding of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure, Novosibirsk, 2002, v. 2, pp. 154-156.

Nedosekina E. A. and Ananko E. A. Gene network of macrophage activation under the action of interferon-gamma and lipopolysaccarides // Proceeding of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure, Novosibirsk, 2002, v. 2, pp. 92-94.

Oshchepkov D.Yu., Turnaev I.I., and Vityaev E.E. Study of the Context-Dependent Conformational and Physicochemical Properties of DNA Functional Sites // Proc. of the Third International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure V.1, pp. 43-46.

Oshchepkov D.Yu., Turnaev I.I., and Vityaev E.E.. SITECON: a Method for Recognizing Transcription Factor Binding Sites Basing on Analysis of Their Conservative Physicochemical and Conformational Properties // Proc. of the Third International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure V.1, pp. 40-42.

Oshchepkov D.Yu., Bugreev D.V., Vityaev E.E.,. Nevinsky G.A. Study of The Context-Dependent Conformational and Physicochemical Properties of DNA Topoisomerase I Cleavage Sites // Proc. of the Third International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure V.1, pp. 161-164.

Oshchepkov D.Yu., Furman D.P., Katokhin A.V. , Katokhina L.V Detection of conservative conformational properties of insertion sites for drosophila retrotransposons. // Proc. of the Third International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure V.1, pp. 151-154.

Turnaev I.I, Oshchepkov D.Yu., and.Podkolodnaya O.A. Recognition of E2F Transcription Factor Binding Sites. // Proc. of the Third International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure V.1, pp. 47-50.

Ananko Е.А., Oshchepkov D.Yu., Levitskii V.G., and Pozdnyakov M.A. Analysis of the Regulatory Regions of Genes Involved in the Immune System Operation // Proc. of the Third International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure V.1, pp. 68-71.

Furman D.P., Katokhin A.V., Oshchepkov D.Yu., Stepanenko I.L.Do drosophila retrotransposon LTRs contain functional sites contain functional sites capable of providing heat-shock -inducible transposition?. // Proc. of the Third International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure V.1, pp. 89-91.

Proscura A.L., Levitsky V.G., Oshchepkov D.Yu.,. Pozdnyakov M.A., Ignatieva E.V. Expression of lipid metabolism genes: description in TRRD database and computer-assisted analysis // Proc. of the Third International Conference On Bioinformatics of Genome Regulation and Structure V.3, pp. 255-256.

Grigorovich D.A., Ivanisenko V.A. ENPDB: A Retrieval System For The Pdb Databank. // Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. 2002. V3. P.141-144.

Zagoruiko N.G., Kutnenko O.A., Nikolaev S.V., Ivanisenko V.A. Recognition Of Occurrence And Localization Of Cleavage Site In Signal Peptides. // Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. 2002. V3. P.104-107.

Vorobiev D.G., Titov I.I., Ivanisenko V.A. Garna Internet Resource For The Analysis Of Rna Secondary Structure: Its State In 2002. // Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. 2002. V3. P.11-14.

Afonnikov D.A., Nikolaev S.V., Ivanisenko V.A. Classification Of Local Spatial Environment Of Amino Acid Residues By Physicochemical Characteristics: Analysis Of Transcription Factor DNA-Binding Domains. // Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. 2002. V3. P.156-159.

Titov I.I., Pal'yanov A.Yu., Ivanisenko V.A. Design Of A Knotted Cubic-Lattice Protein. // Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. 2002. V3. P.164-166.

Pichueva A.G., Kochetov A.V., Zagoruiko N.G. Study of the relations between expression level and contextual characteristics of yeast gene functional regions by the ZET method. // Proceedings of the IIId International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (eds. Kolchanov N.A. et al.), 2002, Vol. 3. P.58-61.

Proscura A.L., Ignatieva E.V Molecular-genetical mechanisms of adipocyte regulation: representation in GENENET database // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.2, pp. 74-77.

Suslov V.V., Ignat'eva E.V. Molecular Genetic Mechanisms Regulating the Thyroid System: Description in the TRRD and GeneNet Databases // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), v.2, pp. 81-84.

Suslov V.V., Vityaev E.E., Ignatieva E.V. Interpretation of Gene Networks in the Context of Anokhin's Theory of Functional Systems // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS'2002), 2002, v.2, pp. 85-88.

Dobrynin A.A., Makarov L.I., Podkolodny N.L. A graph-theoretic approach to computer analysis of gene network structure. // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002, V. 2. P. 136-139.

Kalinichenko L.A., Briukhov D.O., Zakharov V.N., Podkolodny N.L. Mediation of heterogeneous information resources in the gene expression regulation domain. // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002, V. 3. P. 224-227

Loktev K.A., Tkachev Yu.A., Ananko E.A., Podkolodny N.L. A system for visual modelling of gene networks' structural and functional organization. // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002, V. 2. P. 132-135.

Ananko E.A., Grigorovich D.A., Podkolodny N.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Korostishevskaya I.M. Thesaurus as a Tool for Searching TRRD database. // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002, V. 1. P. 14-16.

Katokhin A.V., Furman D.P., Levitsky V.G., Katokhina L.V. Nucleosomal organization of drosophila retrotransposon insertion sites. // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002, V. 1. P. 155-157.

Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G. On the Theory of Prediction of Global Modes in the Function of Gene Networks// Proc. III Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002, v.2, p.166-169.

Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G., Fadeev S.I. A study of the function modes of symmetric genetic networks // Proc. III Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002, v.2, p.170-172.

Fadeev S.I., Klishevich M.A., Likhoshvai V.A. Qualitative and numerical studying of hypothetical gene networks by the example of the m(n,n) model // Proc. III Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002, v.2, p.176-178.

Fadeev S.I., Vernikovskaya E.V., Purtov A.V., Likhoshvai V.A. Determination of bifurcational parameter values of mathematical model М(N,K) OF HYPOTHETICAL GENE NETWORKS // Proc. III Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002, v. 2, p.179-181.

Fadeev S.I., Osokina V.A., Likhoshvai V.A. Analysis of properties of hypothetical gene networks with positive feedback // Proc. III Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002),2002,v2, p. 182-185.

Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G. Translation Elongation Stages Critical for the Efficiency of Gene Expression in Unicellular Organisms // Proc. III Intern. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002),2002,v3, p.68-71.

Vorobiev D.G. Algorithm for predicting the evolutionarily conserved secondary structures of RNA // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002, V. 3. P.18-20.

Titov I.I., 2 Pal'yanov A.Yu. A genetic algorithm for the inverse folding problem of RNA // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002, V. 3. P.28-31.

Titov I.I., 2 Sarai A. Effects of correlations during ribosome movement along mRNA // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002, V. 3. P.49-51.

Titov I.I., Pal'yanov A.Yu. Short-range correlations in gene expression profiles. // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002. V. 3. P.62-64.

Afonnikov D.A. Contribution of coordinated substitutions to the constancy of physicochemical properties of atp-binding sites in protein kinases. // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002, V. 3. P.170-173.

Mikhienko E.V., Goncharov S.S., Vityaev E.E. Logical specification of neural networks. // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002, V. 3. P.200-201.

Vityaev E.E., Khomitheva I.V. Survey of the scientific discovery foundations. // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), 2002, V. 3. P.208-210.

Omelyanchuk N.A., Aksenovich A.V. Fragments of Gene Network of Flower Development in Arabidopsis under Long Day Conditions and Their Description in the GeneNet System // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulatioin and Structure(BGRS 2002), 2002, V. 3, pp. 240-242.

Vorobiev D.G., Titov I.I., Omelyanchuk N.A. Seaching for the antisense interactions between 5'UTR of eukaryotic genes // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulatioin and Structure(BGRS 2002),. 2002, V. 3, pp. 65-67.

Omelyanchuk N.A., Gusev V.D., Nemytikova L.A., Aksenovich A.V. Comparative Analysis of Coding Sequences of APETALA1 Homologues // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulatioin and Structure (BGRS 2002), 2002, V. 2, pp. 66-68.

Ananko G.G. Genesis of the mechanisms underlying directed search for beneficial mutations. // Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002). V. 3. P.211-214.

Vodyanitskii S.N., Yurlova N.I., Suslov V.V. Formal Description of the Trematode Ecoparasitic System on Using the GeneNet Data Format. // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS-2002), 2002, v.2, p. 210-213.

Kolchanov N.A., Valishev A.I., Popova N.A ON SPECIALIZATION "BIOINFORMATICS" IN THE NOVOSIBIRSK STATE UNIVERSITY AND HIGH COLLEGE OF INFORMATICS OF NOVOSIBIRSK STATE UNIVERSITY. // Proceedings of the third international conference on bioinformatics of genome regulation and structure (BGRS-2002), 2002, v.2, p. 220-221.

2001

Kovalerchuk, B., Vityaev E., Ruiz J.F.. "Consistent and Complete Data and "Expert" Mining in Medicine", In: Medical Data Mining and Knowledge Discovery (Book chapter), Springer, 2001, pp. 238-280.

Kolchanov N.A.. "Gene Networks Description and Modelling in the GeneNet System". In: Gene Regulation and Metabolism: Post-Genomic Computational Approaches eds. Collado-Vides J. and Hofestadt R. MIT Press (Book chapter), (in press)

Cтатьи в отечественных журналах.

Афонников Д.А., Колчанов Н.А.. Консервативные особенности ДНК-связывающих доменов класса "гомеодомен", обусловленные ко-адаптивными заменами аминокислотных остатков. // Докл. Акад. Наук, 2001, 380 (5), 1035-1046.

Ващенко В.В., Витяев Е.Е., Загоруйко Н.Г., Мальцев А.А., Непейвода Н.Н., Пальчунов Д.Е., Пыркин С.Г., Ткачев А.В. Рефлексирующие программные системы. // Сибирский журнал индустриальной математики, Январь-июнь, 2001. Том. IV, №1(7).

Н.А. Колчанов. Биоинформатика регуляции и структуры геномов. // Молекулярная Биология 2001, т.35 (6), 931-933.

Н.А. Колчанов, А. Подколодная, Е.А. Ананько, Е.В. Игнатьева, Н.Л. Подколодный, В.М. Меркулов, И.Л. Степаненко, М.А. Поздняков, Е. Белова, Д.А. Григорович, А.Н. Наумочкин. Регуляция транскрипции генов эукариот: описание в базе данных TRRD. // Молекулярная Биология 2001, т.35 (6), 934-942.

А. Подколодная, В.Г. Левицкий, Н.Л. Подколодный. Локусконтролирующие районы: описание в базе данных LCR-TRRD. // Молекулярная Биология 2001, т.35 (6), 943-951

Е.Е. Витяев, Ю.Л. лов, В. Вишневский, А.С. Беленок, Н.А. Колчанов. Компьютерная система "Gene Discovery" для поиска закономерностей организации регуляторных последовательностей эукариот. // Молекулярная Биология 2001, т.35 (6), 952-960

М.А. Поздняков, Е.Е. Витяев, Е.А. Ананько, Е.В. Игнатьева, А. Подколодная, Н.Л. Подколодный, С.В. Лаврюшев, Н.А. Колчанов. Сравнительный анализ методов распознавания потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов. // Молекулярная Биология 2001, т.35 (6), 961-969

В.Г. Левицкий, А.В. Катохин. Компьютерный анализ и распознавание промоторов генов Drosophilа melanogaster. // Молекулярная Биология 2001, т.35 (6) 970-978

В. Вишневский, Е.Е. Витяев. Анализ и распознавание промоторов эритроид – специфичных генов на основе наборов вырожденных олигонуклеотидных мотивов. // Молекулярная Биология 2001, т.35 (6), 979-986

В.Д. Гусев, Л.А. Немытикова, Н.А. Чужанова. Быстрый метод выявления взаимосвязей в подборках функционально и/или эволюционно близких биологических текстов. // Молекулярная Биология 2001, т.35 (6), 1015-1022

А. В. Кочетов, Д. А. Григорович, И. И. Титов, Д. Г. Воробьев, А. Сырник, В. Вишневский, A. Сараи, Н. А. Колчанов. Компьютерная система mRNA-FAST (mRNA – Function, Activity, Structure). // Молекулярная Биология 2001, т.35 (6), 1039-1047

В.П. Валуев, Д.А. Афонников, И. Петренко, Д.А. Григорович. Исследование свойств искусственной эволюции белков и пептидов. // Молекулярная Биология 2001, т.35 (6), 1048-1055

И.Л. Степаненко Интерференция генных сетей апоптоза и ответа на тепловой шок. // Молекулярная Биология 2001, т.35 (6), 1063-1071

В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин, А.В. Ратушный, Е.А. Ананько, Е.В. Игнатьева, В. Подколодная. общенный химико-кинетический метод моделирования генных сетей. // Молекулярная Биология 2001, т.35 (6), 1072-1079

В.А. Лихошвай, Ю.Г. Матушкин, С.И. Фадеев. связи графа генной сети с качественными режимами ее функционирования. // Молекулярная Биология 2001, т.35 (6), 1080-1088

И.И. Титов, Х.-К. Шредер. Выявление ключевых взаимодействий в метаболической сети: модель первичного транспорта фосфатов в бактериях. // Молекулярная Биология 2001, т.35 (6), 1105-1109

Статьи в зарубежных журналах.

Ponomarenko J., Furman D., Frolov A., Podkolodny N., Orlova G., Ponomarenko M., Kolchanov N., Sarai, A. ACTIVITY: a database on DNA/RNA sites activity adapted to apply sequence-activity relationships from one system to another. // Nucl. Acids Res., 2001, 29, 284-287

Ponomarenko J., Merkulova T., Vasiliev G., Levashova Z., Orlova G., Lavryushev S., Fokin O., Ponomarenko M., Frolov A., Sarai, A.. rSNP_Guide, a database system for analysis of transcription factor binding to target sequences: application to SNPs and signal-directed mutations. // Nucl. Acids Res., 2001, 29, 312-316

Orlova G., Ponomarenko J., Frolov A., Ponomarenko M., Gelfand M.. Adapting in vitro selected oligoDNAs for recognition of natural sites and for analysis of SNPs and mutagenesis. // Genome Informatics, 2001, 12 (in press)

Levitsky V.G., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A., Podkolodny N.L.. Nucleosome formation potential of eukaryotic DNA: tools for calculation and promoters analysis. // Bioinformatics, 2001, 17 (11), 988-1010

Levitsky V.G., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A., Podkolodny N.L.. Nucleosome formation potential of exons, introns, and Alu repeats. // Bioinformatics, 2001, 17 (11), 1062-1064

Afonnikov D.A., Oschepkov D.Yu., Kolchanov N.A.. Detection of conserved physico-chemical characteristics of proteins by analysing clusters of positions with co-ordinated substitutions. // Bioinformatics, 2001, 17 (11), 1035-1046

Kolchanov N.A., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Pozdnyakov M.A., Podkolodny N.L., Naumochkin A.N., Romashchenko A.G.. Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 2002. // Nucleic. Acid Research., 2002, 30 (1), 312-317

Ananko E.A., Podkolodny N.L., Stepanenko I.L., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A.. GeneNet: a database on structure and functional organization of gene networks // Nucleic. Acid Research., 2002, 30 (1), 398-401

Valuev V.P., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Milanesi L., Kolchanov N.A.. ASPD (Artificial Selected Proteins/Peptides Database): a database of proteins and peptides evolved in vitro. // Nucleic. Acid Research., 2002, 30 (1), 200-202

Valuev V.P., Afonnikov D.A., Ponomarenko M.P., Kolchanov N.A.. ASPD (Artificial Selected Proteins/Peptides Database) - a tool for proteomic studies. // European Journal of Biochemistry, 268 (Suppl. 1), 44

Статьи в региональных сборниках.

Тезисы выступлений на отечественных конференциях.

Горячковская Т.Н., Степаненко И.Л., Аксенович А.В., Ананько Е.А., Колпаков Ф.А., Пельтек С.Е., Колчанов Н.А., Шумный В.К.. Регуляция экспрессии генов растений: описание в базах данных TRRD И GENENET.// в кн. "Изучение генома и генетическая трансформация растений: Материалы Всероссийского симпозиума. 23-27 августа 1999 г.Иркутск-Новосибирск: Наука. 2001. 216 с.

Электронная публикация в 2001 г. ( http://www.ict.nsc.ru/ws/show_abstract.dhtml?ru+9+1119)

Орлов Ю.Л. Стохастическая сложность генетических текстов. // Конференция молодых ученых, посвященная 10-летию ИВТ СО РАН, 25-26 декабря 2000 года, Новосибирск, Академгородок, ИВТ СО РАН.

Тезисы выступлений на международных конференциях.

Ермаков Н.Б., Колчанов Н.А., Коропачинский И.Ю., Федотов А.М., Шокин Ю.И., Шумный В.К.. Электронные коллекции в задачах сохранения биоразнообразия. // Конференция: el-pub-2000.

Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Недосекина Е.А., Суслов В.В., Подколодная О.А., Ратушный А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А.. Генные Сети. // Конференция, посвященная 90-летию со дня рождения Алексея Андреевича Ляпунова, http://www-sbras.nsc.ru/ws/Lyap2001

Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Суслов В.В., Недосекина Е.А., Подколодная О.А., Ратушный А.В., Степаненко И.Л., Колчанов Н.А.. Классификация генных сетей на основе информации базы данных GeneNet. // Конференция, посвященная 90-летию со дня рождения Алексея Андреевича Ляпунова, http://www-sbras.nsc.ru/ws/Lyap2001

Игнатьева Е.В., Подколодная О.А., Ананько Е.А., Степаненко И.Л., Меркулова Т.И., Подколодный Н.Л., Наумочкин А.Н., Коростышевская И.М., Ромащенко А.Г., Колчанов Н.А.. База данных по транскрипционным регуляторным районам генов. // Конференция, посвященная 90-летию со дня рождения Алексея Андреевича Ляпунова, http://www-sbras.nsc.ru/ws/Lyap2001

Поздняков М.А., Витяев Е.Е., Вишневский О.В., Подколодный Н.Л., Орлов Ю.Л., Колчанов Н.А., Ковалерчук Б.К.. Компьютерная система "Promoter Discovery" поиска закономерностей расположения сайтов связывания транскрипционных факторов в промоторных районах генов эукариот. // Конференция, посвященная 90-летию со дня рождения Алексея Андреевича Ляпунова, http://www-sbras.nsc.ru/ws/Lyap2001

Поздняков М.А., Витяев Е.Е., Подколодный Н.Л., Колчанов Н.А. Сравнительный анализ методов распознавания потенциальных сайтов связывания транскрипционных факторов. // Конференция, посвященная 90-летию со дня рождения Алексея Андреевича Ляпунова, http://www-sbras.nsc.ru/ws/Lyap2001

Титов И.И. Коды укладки РНК. // Конференция, посвященная 90-летию со дня рождения Алексея Андреевича Ляпунова, http://www-sbras.nsc.ru/ws/Lyap2001

Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г., Ратушный А.В., Ананько Е.А., Игнатьева Е.В., Подколодная О.А. Моделирование генных сетей с помощью обобщенного химико-кинетического метода. // Конференция, посвященная 90-летию со дня рождения Алексея Андреевича Ляпунова, http://www-sbras.nsc.ru/ws/Lyap2001

Афонников Д.А. Исследование ко-ординированных замен остатков в белках. // Конференция, посвященная 90-летию со дня рождения Алексея Андреевича Ляпунова, http://www-sbras.nsc.ru/ws/Lyap2001

Логвиненко Н.С., Игнатьева Е.В., Иванова Л.Н. Представление модели двухэтапного действия альдостерона в главных клетках дистальных канальцев почек на основе технологии GeneNet. // Конференция, посвященная 90-летию со дня рождения Алексея Андреевича Ляпунова, http://www-sbras.nsc.ru/ws/Lyap2001

Левицкий В.Г., Подколодная О.А. Анализ связи между позиционированием нуклеосом в районе промоторов и характером экспрессии генов. // Конференция, посвященная 90-летию со дня рождения Алексея Андреевича Ляпунова, http://www-sbras.nsc.ru/ws/Lyap2001

Колчанов Н.А., Лихошвай В.А., Матушкин Ю.Г. Генетические сети и фенотипическое разнообразие. // Первое международное рабочее совещание "Биоразнообразие и динамика экосистем северной Евразии: информационные технологии и моделирование" (WITA2001), 18

Бачинский А.Г., Григорович Д.А., Наумочкин А.Н., Низоленко Л.Ф., Ярыгин А.А. Новая версия банка образцов белковых семейств PROF_RAT1.7. // Первое международное рабочее совещание "Биоразнообразие и динамика экосистем северной Евразии: информационные технологии и моделирование" (WITA2001), 25

Бачинский А.Г., Иванисенко В.А., Селедцов И., Соловьев В.В.. Новый ресурс предсказания внутриклеточной локализации белков. // Первое международное рабочее совещание "Биоразнообразие и динамика экосистем северной Евразии: информационные технологии и моделирование" (WITA2001), 26

Витяев Е.Е. Рефлексирующие и мыслящие программные системы. Рефлексивное управле-ние. (Международный симпозиум "Рефлексивные процессы и управление" 8-10 октября 2001 года, г. Москва) Сборник статей/Под редакцией В.Е.Лепского -М.: Изд-во "Институт психологии РАН", 2000.-192с.

Тезисы выступлений на зарубежных конференциях.

Vityaev E.E., Orlov Yu.L., Vishnevsky O.V., Kovalerchuk B.K., Belenok A.S., Podkolodnii N.L., Kolchanov N.A. Computer system "Gene Discovery" for functional annotation of DNA sequences. // in: ECML'2001 Workshop Machine Learning as Philosophy of Science Ed. K.B. Korb, H. Bensusan, Freiburg, Sept., 2001. p.1-11. Электронная публикация - http://www.informatik.uni-freiburg.de/~ml/ecmlpkdd/WS-Proceedings/w02/index.html

Kolchanov N.A. Computer analysis and modeling of gene nets. // Dagstuhl Seminars 2001 (in press)

Orlov Yu.L., Filippov V.P., Potapov V.N., Kolchanov N.A. Construction of stochastic context trees for genetical texts. // In: Proceedings of GCB '01, German Conference on Bioinformatics, October 7 - 10, 2001, Braunschweig, Germany, (ISBN 3-00-008114-3) p.212-214 (Электронная публикация http://www.bioinfo.de/isb/gcb01/poster/index.html >)

Orlov Yu.L., Vityaev E.E., Vishnevsky O.V., Belenok A.S., Kovalerchuk B.K., Pozdnyakov M.A., Kolchanov N.A. Program "Gene Discovery" for Pattern Matching in Promoter Sequences // In: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB '01, October 7 - 10, 2001, Braunschweig, Germany, (ISBN 3-00-008114-3) p.215-216 (Электронная публикация http://www.bioinfo.de/isb/gcb01/poster/index.html )

2000

Orlov Yu.L., Potapov V.N.. Estimation of stochastic complexity of genetical texts. // Computational Technologies. 2000, Vol.5, Special Issue, pp. 5-15

Vishnevsky O.V., Katokhin A.V., Babenko V.N., Overton G.C., Kolchanov N.A.. Open reading frame reconstruction by using EST multiple alignment and dynamic programming. // Computational Technologies. 2000, Vol.5, Special Issue, pp. 16-25.

Kolchanov N.A., Podkolodny N.L., Ananko E.A., Podkolodnaia O.A., Ignatieva E.V., Merkulova T.I., Goryachkovsky T.N., Stepanenko I.L., Kel-Margoulis O.V., Kel A.E., Naumochkin, I.M., Grigorovich D.A., Lokhova I.V., Romashchenko A.G.. Transcription regulatory regions database (TRRD): new possibilities. // Computational Technologies. 2000, Vol.5, Special Issue, pp. 32-40

Levitsky V.G., Katokhin A.V., Kolchanov N.A. (2000) Inherent modular promoter structure and its application for recognition tools development. // Computational technologies (Novosibirsk), 5, spec.issue, 41-47.

Grigorovich D.A., Ivanisenko V.A.. The EnPDB database on DNA, RNA and protein 3-dimensional structures. // Computational Technologies. 2000, Vol.5, Special Issue, pp. 64-66

Vasil'ev G.V., Merkulov V.M., Kobzev V.F., Merkulova T.I., Ponomarenko M.P., Podkolodnaia O.A., Ponomarenko Iu.V., Kolchanov N.A.. [Point mutations in region 663-666 of intron 6 or the tryptophan oxygenase gene, connected with a series of mental disorders, disrupts the transcription factor YY1 binding site]. Mol Biol (Mosk) 2000 Mar-Apr;34(2):214-22  [Article in Russian] ML: 20242219 [MEDLINE]

Kel-Margoulis O.V., Romashchenko A.G., Kolchanov N.A., Wingender E., Kel A.E..COMPEL: a database on composite regulatory elements providing combinatorial transcriptional regulation. Nucleic Acids Res 2000 Jan 1;28(1):311-5 ML 20063292 [MEDLINE]

N.A. Kolchanov*, O.A. Podkolodnaya, E.A. Ananko, E.V. Ignatieva, I.L. Stepanenko, O.V. Kel-Margoulis, A.E. Kel, T.I. Merkulova, T.N. Goryachkovskaya, T.V. Busygina, F.A. Kolpakov, N.L. Podkolodny, A.N. Naumochkin, I.M., Korostishevskaya, A.G. Romashchenko, G.C. Overton. Transcription regulatory regions database (TRRD): its status in 2000. Nucleic Acids Res. 2000, V. 28, P. 298-301 ML 20063287 [HTML] [MEDLINE]

Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Lavryushev S.V., Frolov A.S., Zybova S.V., Kolchanov N.A. SELEX_DB: an activated database on selected randomized DNA/RNA sequences addressed to genomic sequence annotation. Nucleic Acids Res 2000 Jan 1;28(1):205-8 ML 20063260 [MEDLINE] [PDF]

I.I. Titov, V.A. Ivanisenko, N.A. Kolchanov. Fitness - a WWW-resource for RNA folding simulation based on genetic algorithm with local minimization. // Computational Technologies. 2000, Vol.5, Special Issue, pp. 48-56 [HTML]

Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G.. Computer model for analysis of  evolutionary drift of synonymous codons  along  mRNA. // Computational Technologies. 2000, Vol.5, Special Issue, pp. 57-63

Grigorovich D.A., Ivanisenko V.A.. The EnPDB database on DNA, RNA and protein 3-dimensional structures. // Computational Technologies. 2000, Vol.5, Special Issue, pp. 64-66

Grigorovich D.A., Ivanisenko V.A.. The EnPDB database on DNA, RNA and protein 3-dimensional structures. // Computational Technologies. 2000, Vol.5, Special Issue, pp. 64-66

Valuev V.P., Kuropatov D.A.. Automatic generation of recognition programs for amino acid sequences. // Computational Technologies. 2000, Vol.5, Special Issue, pp. 67-74

Afonnikov D.A., Valuev V.P., Kashinskaya Ju.O., Orlov Yu.L.. The ASPD database on synthetic peptides. // Computational Technologies. 2000, Vol.5, Special Issue, pp. 75-78

Afonnikov D.A., Oshchepkov D.Yu., Kolchanov N.A. A method of estimation of variances and covariances of protein physico-chemical characteristics in families of homologous sequences. // Computational Technologies. 2000, Vol.5, Special Issue, pp. 79-86

Grigorovich D.A., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A.. Structure and format of the EnPDB database accumulating spatial structures of DNA, RNA and proteins. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 119-121

Afonnikov D.A.. CRASP: software package for analysis of physicochemical parameters of aligned sequences of protein families. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 145-148

Valuev V. P., Afonnikov D.A., Petrenko O., Beylina A.G., Lokhova I.V., Grigorovich D.A., Fokin O.N., Ivanisenko V.A.. The database ASPD on experiments with application of phage display technique. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 160-163

Valuev V.P.. 3-dimensional protein structural class recognition. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 164-166

Ivanisenko V.A., Grigorovich D.A., Kolchanov N.A.. PDBSite: a database on biologically active sites and their spatial surroundings in proteins with known tertiary structure. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 171-174

Afonnikov D.A. Stability of partial correlation coefficient estimates for residue characteristics at different positions of amino acid sequences. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 207-210

Orlov Yu. L., Ivanisenko V.A., 1potapov V.N.. Context dependencies in amino acid sequencies of protein domains. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 211-216

Ignatieva E.V., Busygina T.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Merkulova T.I., Suslov V.V., Pozdnyakov M.A.. Databases on endocrine system gene expression regulation: informational content and computer analysis. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 22-23

Ananko E.A., Kolpakov F.A., Kolchanov N.A.. GeneNet database: a technology for a formalized description of gene networks. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 174-177

Logvinenko N.S., Ignatieva E.V., Ivanova L.N.. GeneNet-based model of two-stage aldosterone effect on principal cells of cortical collecting ducts. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 181-184

Goryachkovsky T.N., Ananko E.A., Kolpakov F.A.. Gene network on plant interaction with pathogen organisms. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 188-191

Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G.. Latent phenotype as an adaptation reserve: a simplest model of cell evolution. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 195-198

Ratushny A.V., Ignatieva E.V., Matushkin Yu.G., Likhoshvai V.A.. Mathematical model of cholesterol biosynthesis regulation in the cell. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 199-202

Ratushny A.V., Podkolodnaya O.A., Ananko E.A., Likhoshvai V.A.. Mathematical model of erythroid cell differentiation regulation. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 203-206

Stepananko I.L., Smirnova O.G., Konstantinov Yu.M.. Gene network of redox regulation and the problem of integrating local gene networks. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 207-209

Axenovich A.V., Goryachkovsky T.N., Ananko E.A., Omelyanchuk N.A., Stepanenko I.L.. Gene network on storage mobilization in seed. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 235-237

Goryachkovsky T.N., Ananko E.A., Kolpakov F.A., Stepanenko I.L.. Seed maturation in higher plants: gene networks on ontogenesis in storage tissues. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 238-242

Berezin A.Yu., Gainovai.A., Matushkin Yu.G., Likhoshvai V.A., Fadeev S.I.. Numerical study of mathematical models described dynamics of gene nets functioning: software package step. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 243-245

Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Lavryushev S.V., Vorobiev D.G., Minina A.V., Ivashin S.A., Mikhailov Yu.I.. Education on the basis of the GENEEXPRESS system: business game "Regulatory Signals". // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 224-228

Valuev V.P., Afonnikov D.A.. Course "Introduction To Bioinformatics". // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 229-231

Valishev A.I., Kolchanov N.A., Podkolodny N.L., Melnikov V.N., Alsynbayeva L.G., Yaroslavtseva R.G., Haans W.J.A.. Bioinformatics: novel profile of vocational education. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 232-234

Titov I.I., Kolchanov N.A., Schroder H.C.. Model of phosphate high-affinity transport in bacteria. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.3, p. 62-64

Suslov V.V., Ignatieva E.V., Osadchuk A.. Molecular-genetical mechanisms of thyroid system regulation: description in TRRD and GeneNet databases. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.3, p. 80-84

Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Kel-Margoulis O.V., Kel A.E., Merkulova T.I., Stepanenko I.L., Goryachkovskaya T. N., Podkolodny N.L., Grigorovich D.A., Naumochkin A.N., Korostishevskaya I.M., Lokhova I.V., Romashchenko A.G., Kolchanov N.A., Transcription regulatory regions database (TRRD) // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p.18-25

Ignatieva E.V., Busygina T.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Merkulova T.I., Suslov V.V., Pozdnyakov M.A. Databases on endocrine system gene expression regulation: informational content and computer analysis. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 22-23 [HTML]

Podkolodnaya O.A., Levitsky V.G. Locus control regions: description in a database. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 31-33

Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Ananko E.A., Vorobiev D.G., Representation of information on erythroid gene expression regulation in the GENEEXPRESS system. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 34-36 [HTML]

Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Lavryushev S.V., Zybova S.V., Frolov A.S. SELEX_DB: an activated database on DNA/RNA sequences obtained in SELEX-experiments. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 37-40

Busygina T.V., Ignatieva E.V., Osadchuk A.V. Steroidogenesis-controlling gene transcription regulation: representation in TRRD database. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 41-44

Kel-Margoulis O.V., Romashchenko A.G., Deineko I.V., Kolchanov N.A.,Wingender E. Kel A.E., Database on composite regulatory elements in eukaryotic genes (COMPEL). // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 45-49

Ignatieva E.V., Likhoshvai V.A., Ratushny A.V., Kosarev P.S.. Knowledge base on molecular-genetical foundations of lipid metabolism regulation: current state and perspective. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 54-57 [HTML]

Ponomarenko J.V., Furman D.P., Ponomarenko M.P., Orlova G.V., Frolov A.S., Podkolodny N.L., Sarai A.. ACTIVITY: a database on DNA regulatory sites activity, adapted for analysis of DNA-protein interactions. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 58-61

Kondrakhin Y.V., Milanesi L., Lavryushev S.V., Schug J., Kolchanov N.A.. Recognition groups: a new method for description and prediction of transcription factor binding sites. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 62-65

Kochetov A.V., Sirnik O.A., Komarova M.L., Trifonova E.A., Kolchanov N.A., Shumny V.K.. Translational Features of 5'UTR-located miniORFs. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 74-77

Kosarev P.S.. TRRDEXTR: computer program for extraction of regulatory sequences described in TRRD. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 84-85

Levitsky V.G., Katokhin A.V. Characteristic modular promoter structure and its application to development of recognition program software. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 90-93

Levitsky V.G., Kolchanov N.A.. Nucleosome organization of chromatin in eukaryotic genes and structure-functional genome regions. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 90-93

Levitsky V.G., Podkolodnaya O.A.. Analysis of relationships between nucleosome positioning in promoter regions and gene expression pattern. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 94-97

Ponomarenko J.V., Ponomarenko M.P. Common b-DNA features of a definite transcription factor binding sites superclass. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 98-101

Ponomarenko J.V., Pomonarenko M.P., Zvolsky I.L.. Conformation of TATA-promoters A-helix may govern diffusion of tbp along DNA towards -30 position of these promoters. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 102-105

Rogozin I.B., Kondrakhin Yu.V., Naykova T.M., Yudin N.S., Voevoda M.I., Romaschenko A.G.. The module organization of the A and B boxes in the tRNA intragenic promoter. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 106-110

Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Goryachkovskaya T.N., Orlova G.V., Sarai A.. B-DNA features correlating with point mutations that influence DNA/protein-binding free energy. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 111-114

Orlov Yu.L., Kosarev P.S., Orlova N.G., Potapov V.N.. Analysis of context dependencies within regulatory gene regions in eukaryotes. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 115-117

Merkulova T.I., Vasiliev G.V., Ponomarenko M.P., Kobzev V.F., Podkolodnaya O.A., Ponomarenko Yu.V., Kolchanov N.A.. Analysis of the region of intron 6 of the human TDO2 gene in that point mutations associated with psychiatric disorders are located with the aid of computer and experimental approaches. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 134-137

Kondrakhin Yu.V., Rogozin I.B., Romaschenko A.G.. Construction of the module structure model of the regulatory site on the base of the multiple relationships between site positions. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 147-149

Vityaev E.E., Podkolodny N.L., Vishnevsky O.V., Kosarev P.S., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A.. Detecting patterns of structure-function organization of regulatory genomic sequences in a first order logic. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 150-152

Orlov Yu.L., Levitsky V.G.. Nucleosome code analysis by estimating Markov dependencies. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 153-156

Oshchepkov D.Yu., Kuzin F.E., Afonnikov D.A.. Correlation analysis of DNa conformational characteristics of human topoisomerase I cleavage sites. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 157-160

Oshchepkov D.Yu., Stepanenko I.L., Afonnikov D.A., Schroeder H.C.. Correlation analysis of HSF binding sites conformational properties. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 161-163

Levashova Z.B., Kaledin V.I., Ponomarenko M.P., Kobzev V.F., Vasiliev G.V., Ponomarenko J.V., Podkolodnaya O.A., Merkulova T.I., Kolchanov N.A.. Single nucleotide polymorphism in the region of 288-296 bp of intron 2 of the k-ras gene, related to lung tumor susceptibility, causes alteration in the set of proteins binding to this region. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 164-167

Kolchanov N.A.. Regulatory genomic sequences: coding, organization, and function. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 168-172

Stepanenko I.L., Goryachkovsky T.N., Ibragimova S.S., Axenovich A.V., Omelyanchuk N.A., Lavryushev S.V., Podkolodny N.L.. Development of knowledge base on plant gene expression regulation. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 185-186 [HTML]

Vishnevsky O.V., Katokhin A.V. Babenko V.N.. Reconstruction of the open reading frames by using est multiple alignment and dynamic programming. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 62-64

Likhoshvai V.A., Matushkin Yu.G.. On relationships between gene expression efficiency and nucleotide content of the protein-coding sequences. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 65-66

Orlov Yu.L., Potapov V.N.. Determining Markov model of genetical texts by stochastic complexity estimation. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 69-71

Grigorovich D.A., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A.. Structure and format of the EnPDB database accumulating spatial structures of DNA, RNA and proteins. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 119-121

Titov I.I.. Model of PCR kinetics. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 122-124

Afonnikov D.A.. Novel functional features of DNA-binding domain of the "homeodomain" class revealed by analysis of correlations of amino acid substitutions in its positions. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 149-151

Kolesnikov N.N., Nesterova T.B., Slobodyanyuk S.Y., Shevchenko A.V., Pavlova M.V., Rogozin I.B., Elisaphenko E.A., Kel A.E., Levitsky V.G., Brockdorff N., Zakian S.M.. Comparative characterization of the 5'-regions of the vole, human and mouse xist gene: conserved and repetitive sequences. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.3, p. 58

Stepanenko I.L., Levitsky V.G., Schroeder H.C.. Heat shock knowledge base. PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.3, p. 59-61 [HTML]

Ponomarenko M.P., Merkulova T.I., Pomonarenko Yu.V., Orlova G.V.. Method for prediction of transcription factor binding to regulatory region, based on caused by point mutation alterations in the pattern of this region interaction with nuclear proteins. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.3, p. 65-68

Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Lavryushev S.V., Merkulova T.I.. rSNP_GUIDE: a database documenting influence of substitutions in regulatory gene regions onto their interaction with nuclear proteins and predicting protein binding sites, damaged or appeared de novo due to these substitutions. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.3, p. 69-72

Ignatieva E.V., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A.. Informational support of ontology for transcription regulation (ISOTR). // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.3, p. 99-102

Nedosekina E.A., Pozdnyakov M.A.. Method of functional sites classification based on oligonucleotide frequencies. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.3, p. 103-104

Katokhin A.V., Levitsky V.G.. Drosophila promoter database EnDPD: project and the first steps of its realization. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.3, p. 105-108

Ponomarenko J.V., Orlova G.V., Ponomarenko M.P., Lavryushev S.V., Zybova S.V., Frolov A.S. SELEX_DB: an activated database on DNA/RNA sequences obtained in SELEX-experiments. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 37-40

Kochetov A.V., Vorobiev D.G., Sirinko.A., Kisselev L.L., Kolchanov N.A.. Contextual features of yeast mRNA 5'UTRs potentially important for their translational activity. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 67-70

Yudin N.S., Naykova T.M., Kondrakhin Yu.V., Kobzev V.F., Romaschenko A.G.. THE BSP-repeats from canidae contain a bidirectional promoter for the RNA polymerase III potentially capable of encoding double-stranded RNA. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.1, p. 222-225

Grigorovich D.A., Ivanisenko V.A., Kolchanov N.A.. Structure and format of the EnPDB database accumulating spatial structures of DNA, RNA and proteins. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 119-121

Vorobiev D.G., Titov I.I., Kochetov A.V., Kolchanov N.A.. Structural features of mRNA 5'UTRs of eukaryotic genes expressed at high and low levels. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 135-137 [HTML]

Titov I.I., Vorobiev D.G., Kolchanov N.A.. Mass analysis of RNA secondary structures using a genetic algorithm. // PROCEEDINGS OF THE SECOND INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE (BGRS-2000), v.2, p. 138-142 [HTML]

1999

Babenko V.N., Kosarev P.S., Vishnevsky O.V., Levitsky V.G., Basin V.V., Frolov A.S.. Investigating extended regulatory regions of genomic DNA sequences // Bioinformatics. _ 1999. _Vol.15, No.8

Kochetov A.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S.,

Kisselev L.L., Kolchanov N.A. Prediction of eukaryotic mRNA translational properties // Bioinformatics. _ 1999. _ Vol. 15, No.8.

Kolchanov N.A., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Ignatieva E.V., Stepanenko I.L., Kel-Margoulis O.V., Kel A.E., Merkulova T.I., Goryachkovskaya T.N., Busygina T.V., Kolpakov F.A., Podkolodny N.L., Naumochkin A.N., Romashchenko A.G. Transcription Regulatory Regions Database (TRRD): its status in 1999 // NAR. _ 1999. _ Vol. 27 No.1.

Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Kel A.E., Kondrakhin Ju.V., Frolov A.S., Kolpakov F.A., Goryachkovskaya T.N., Kel O.V., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V. V., Vorobiev D.V., Lavryushev S.V, Ponomarenko Yu.V., Kochetov A.V, Kolesov G.N., Podkolodny N.L., Milanesi L., Wingender E., Heinemeyer T., Solovyev V., Overton G.C. Integrated databases and computer systems for studying the eukaryotic gene expression // Bioinformatics. _ 1999. _ Vol. 15, No.8.

Kolpakov F.A., Ananko E.A.. Interactive data input into the GeneNet database // Ibid.

Levitsky V.G., Ponomarenko M.P., Ponomarenko Ju.V., Frolov A.S., Kolchanov N.A. Nucleosomal DNA property database // Bioinformatics. _ 1999. _ Vol. 15, No.7.

Ponomarenko M.P., Ponomarenko Ju.V, Frolov A.S., Podkolodnaya O.A., Kolchanov N.A., Overton G. C.. Oligonucleotide frequency matrices addressed to recognizing functional DNA sites // Bioinformatics. _ 1999. _ Vol. 15, No.8.

Ponomarenko Ju.V., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Vorobyev D.V., Overton G.C., Kolchanov N.A. Conformational and physico-chemical DNA features specific for transcription factor binding sites // Ibid.

Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Podkolodny N.L, Frolov A.S., Kolchanov N.A. Identification of sequence-dependent DNA features correlating to activity of DNA sites interacting with proteins // Ibid.

1998

Heinemeyer T., Wingender E., Reuter I., Hermjakob H., Kel A.E., Kel O.V., Ignatieva E.V., Ananko E.A., Podkolodnaya O.A., Kolpakov F.A., Podkolodny N.L., Kolchanov N.A.. Databases on Transcriptional Regulation: TRANSFAC, TRRD, and COMPEL // Nucl. Acids Res. _ 1998._ Vol. 26, No. 1.

Kochetov A.V., Ischenko I.V., Vorobiev D.G., Kel A.E., Babenko V.N., Kisselev L.L., Kolchanov N.A. Eukaryotic mRNAs encoding abundant and scarce proteins are statistically dissimilar in many structural features // FEBS Lett. _ 1998. Vol. 440.

Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Kel A.E., Kondrakhin Yu.V., Frolov A.S., Kolpakov F.A. Kel O.V., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Merkulova T.I., Babenko V.N., Vorobiev D.G., Lavryushev S.V., Ponomarenko Yu.V., Kochetov A.V., Kolesov G.B., Podkolodny N.L., Milanesi L., Wingender E., Heinemeyer T., Solovyev V.V. GeneExpress: a computer system for description, analysis, and recognition of regulatory sequences of the eukaryotic genome // ISMB. _ 1998. _ Vol. 6. P. 95-104

1997

Kolpakov F.A., Ananko E.A., Kolesov G.B., Kolchanov N.A. GeneNet: a database for gene networks and its automated visualization // Bioinformatics. _ 1998. _ Vol. 14, N6.

Afonnikov D.A., Kondrahin Yu.V., Titov I.I. Revealing correlated positions of the DNA-binding regions in the CREB and AP-1 transcription factor families. // Mol. Biol. (Moscow). _ 1997. _ Vol. 31, No. 4.

Ananko E.A., Bazhan S.I., Belova O.E., Kel A.E. Mechanisms of transcriptional Regulation of interferon-inducible genes: description in the TRRD database // Ibid.

Ignatieva E.V., Merkulova T.I., Vishnevsky O.V., Kel A.E. Transcription regulation of lipid metabolism genes as described in the TRRD database // Ibid.

Karas H., Kel A.E., Kel O.V., Kolchanov N.A., Wingender E. Integrating the knowledge on gene regulation by federated database approach: TRANSFAC, TRRD, and COMPEL // Ibid.

Kel O.V., Kel A.E.. Complex gene network in cell cycle regulation: central role of the E2F family // Ibid.

Kel O.V., Kel A.E., Romashchenko A.G., Wingender E., Kolchanov N.A.. Composite regulatory elements: classification and description in the COMPEL database // Ibid.

Kel A.E., Kolchanov N.A., Kel O.V., Romashchenko A.G., Ananko E.A., Ignatieva E.V., Merkulova T.I., Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L., Kochetov A.V., Kolpakov F.A., Podkolodny N.L., Naumochkin A.N. TRRD: a database of transcription regulatory regions in eukaryotic genes // Ibid.

Kolchanov N.A. Regulation of eukaryotic gene transcription: databases and computer analysis // Ibid.

Kolchanov N.A., Matushkin Yu.G.. A Biological Self-reproducing Systems: Principles of Organization and Evolution // Russ. J. Genet. _ 1997. _ Vol. 33, No.8.

Kolchanov N.A., Ponomarenko M.P., Ponomarenko Yu. V, Podkolodny N. L., Frolov A. S.. Functional sites of pro- and eukaryots: computer modeling and prediction of activity. // Mol. Biol. (Moscow). _ 1998. _ Vol. 32, No. 2.

Kolpakov F.A., Babenko V.N.. Computer system MGL: tool for sample generation, visualization and analysis of regulatory genomic sequences // Mol. Biol. (Moscow). _ 1997. _ Vol. 31, No. 4.

Merkulova O.I., Merkulov V.M., Mitina R.L.. Glucocorticoid regulation mechanisms and glucocorticoid-controlled gene regulatory regions: description in the TRRD database // Ibid.

Podkolodnaya O.A., Stepanenko I.L.. Mechanisms of transcriptional regulation of erythroid-specific genes // Ibid.

Ponomarenko M.P., Kolchanova A.N., Kolchanov N.A.. Generating programs for predicting the activity of functional sites // J. Comput. Biol. _ 1997. _ Vol. 4, No. 1.

Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Kel A.E., Kolchanov N.A.. Search for DNA conformational features for functional sites. Investigation of the TATA box // Pacific Symp. on Biocomputing '97. _ Singapore: World Scientific, 1997. _ P. 340-351.

Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Kel A.E., Kolchanov N.A., Karas H., Wingender E., Sklenar H. Computer analysis of the DNA conformational features of the eukaryotic promoter TATA-box // Mol. Biol. (Moscow). _ 1997. _ Vol. 31, No.4.

M.P.Ponomarenko, L.K.Savinkova, J.V. Ponomarenko, A.E.Kel, I.I.Titov, N.A.Kolchanov. Simulating the eukaryotic TATA box sequences // Ibid.

Pozdnyakov M.A., Rogozin I.B., Babenko V.N., Kolchanov N.A.. Analysis of Neighbor Base Influences on Spontaneous Mutations in Human Pseudogenes // Proc. of Russ. Acad. Sci., 1997. _ Vol. 45, N.1 (in Russian).

Wingender E., Kel A.E., Kel O.V., Karas H., Heinemeyer T., Dietze P., Knuppel R., Romashchenko A.G., Kolchanov N.A.. TRANSFAG, TRRD and COMPEL: toward a federated database system on transcriptional regulation // Nucl. Acids Res. _ 1997. _ Vol. 25, No.1.

1996

Kolchanov N.A., Babenko V.N., Vishnevsky O.V., Kel A.E.. Oligonucleotide vocabularies for protein-coding isofunctional gene families // Proc. of Russ. Acad. Sci. _ 1996. _ Vol. 348, No. 5 (in Russian).

Kolchanov N.A., Titov I.I., Vlassova I.E., Vlassov V.V. Chemical and computer probing of RNA Structure // Progress in Nucleic Acid Research and Molecular Biology. _ Academic Press, 1996. _ Vol. 53. _ P. 131-195.

Ponomarenko M.P., Kel A.E., Kolchanova A.N., Kolchanov N.A. Contextual signals and antisignals of the td intron homing site // Proc. of Russ. Acad. Sci. _ 1996. _ Vol. 348, No. 3 (in Russian).

Ratner V.A., Zharkikh A.A., Kolchanov N.A, Rodin S.N., Solovyev V.V., Antonio A.S.. Molecular Evolution. Biomathematics. Springer-Verlag, 1996. _ Vol. 24. _433 p.

Rogozin I.B., Milanesi L., Kolchanov N.A.. Gene structure prediction using information on homologous protein sequence // CABIOS. _ 1996. _ Vol. 12, No. 3.

Rogozin I.B., Sredneva N.E., Kolchanov N.A.. Somatic hypermutagenesis in immunoglobulin genes. III. Somatic mutations in the chicken light chain locus. // Biochim. Biophys. Acta. _ 1996. _ Vol. 1306.

1995

Kel A.E., Kondrakhin Y.V., Kopakov F.A.,. Kel O.V, Romashchenko A.G., Wingender E., Milanesi L., Kolchanov N.A. Computer tool FUNSITE for analysis of eukaryotic regulatory genomic sequences // Proc. of the Third Intern. Conf. on Intelligent Systems for Molecular Biology _ Menlo Park, California: AAAI Press, 1995. _ P. 97-205.

Kel O.V., Romashchenko A.G., Kel A.E., Naumochkin A.N., Kolchanov N.A.. Data representation in the TRRD - a database of transcription regulatory regions of the eukaryotic genomes // Proc. of the 28th Annual Hawaii Intern. Conf. on System Sciences [HICSS]. v. 5, Biotechnology Computing. _ Los Alamitos, California: IEE Computer Society Press, 1995. _ P. 42 -51.

Kel O.V., Romashchenko A.G., Kel A.E., Wingender E., Kolchanov N.A. A compilation of composite regulatory elements affecting transcription in vertebrates // Nucleic Acids Res. _ 1995. _ Vol. 23, No. 20.

Kolchanov N.A., Vishnevsky O.V., Babenko V.N., Kel A.E., Shyndyalov I.N.. Identification of cDNA sequences by specific oligonucleotide sets. Computer tool and applicatio n // Proc. of the Third Intern. Conf. on Intelligent Systems for Molecular Biology. _ Menlo Park, California: AAAI Press, 1995. _ P. 206-214.

Kondrakhin Y.V., Kel A.E., Kolchanov N.A., Romashchenko A.G., Milanesi L.. Eukaryotic promoter recognition by binding sites for transcription factors // CABIOS. _ 1995. _ Vol. 11, No.5.

1994

Computer Analysis of Genetic Macromolecules: Structure, Function and Evolution / Kolchanov N.A., Lim H.A., Eds. _ Singapore, New Jersey, London, Hong Kong: World Scientific Publ., 1994. _ 556 p.

Kondrakhin Y.V., Shamin V.V., Kolchanov N.A.. Construction of a generalized consensus matrix for recognition of vertebrate pre-mRNA 3'-terminal processing sites // CABIOS. _ 1994. _ Vol. 10, No.6

Milanesi L., Kolchanov N.A., Rogozin I.B., Kel A.E., Titov I.I. Sequence Functional Inference. // Guide to Human Genome Computing / Bishop M.J., Ed. _ Academic press, 1994 _ P. 249-312.

Shindyalov I.N., Kolchanov N.A., Sander C. Can three-dimensional contacts in protein structures be predicted by analysis of correlated mutations? // Protein Engineering. _ 1994. _ Vol. 7, No. 3.

© 1997-2006,  Laboratory of Theoretical Genetics, IC&G

WebDesign Ekaterina Denisova